Анализ генов BRCA1 и BRCA2 у женщин татарского происхождения методом высокопроизводительного секвенирования

Введение. В настоящее время в мире известно более 3000 мутаций в генах BRCA1 и BRCA2. Распространенность мутаций генов BRCA1 и BRCA2 значительно варьирует в зависимости от принадлежности к этническим группам и географическому региону. Особенность спектра мутаций в России заключается в преобладании пяти частых мутаций (5382insC, С61G, 185delAG, 4154delA, 2080delA), которые охватывают до 90% всего спектра. С наибольшей частотой у женщин, проживающих в достаточно отдаленных друг от друга регионах России, встречается одна из этих мутаций – 5382insC в экзоне 20 гена BRCA1 (от 68 до 90%). Помимо BRCA1 5382insC, у российских пациентов РМЖ и РЯ наблюдается относительно частая встречаемость мутаций BRCA1 4154delA и BRCA1 185delAG, но почти вся информация, полученная в отношении наследственного РМЖ и РЯ в России, относится к женщинам славянского происхождения. Есть основание полагать, что представительницы других этнических групп, населяющих РФ, имеют отличный от славян спектр мутаций в генах BRCA1 и BRCA2, и принятые диагностические процедуры по поиску только распространенных в славянской популяции мутаций могут привести к большому числу ложноотрицательных результатов. Таким образом, основной задачей данной работы было выявление особенностей распределения частот встречаемости мутаций генов BRCA1 и BRCA2 среди татарских женщин.

Материалы и методы. Методом секвенирования нового поколения (NGS) были проанализированы гены BRCA1 и BRCA2 в 56 образцах крови от пациенток с наследственным РМЖ, проходивших обследование в Республиканском клиническом онкологическом диспансере Министерства здравоохранения Республики Татарстан (г. Казань) в 2014–2016 гг. и подписавших информированное согласие на проведение исследования. Критерии включения были следующими: молодой возраст возникновения РМЖ (до 40 лет), отягощенный семейный анамнез (наличие одного и более РМЖ или РЯ у родственниц первой или второй линии родства), самоидентификация больных к татарскому этносу (не менее чем в двух поколениях в роду все родственники должны принадлежать к татарскому этносу).

Для сравнения частот встречаемости мутаций были проанализированы 15 образцов крови от пациенток славянского происхождения, проходивших обследование в Федеральном научно-клиническом центре ФМБА России (г. Москва) в 2014–2016 гг. и подписавших информированное согласие на проведение исследования.

Результаты и обсуждение. Полученные результаты секвенирования 56 образцов пациенток с наследственным РМЖ можно разделить на две группы.

К первой группе (описанных в литературе патогенных мутаций) можно отнести выявление 6 мутаций в гене BRCA1 и 5 в гене BRCA2 (таблица 1).

При этом 2 мутации относились к частым (NM_007300.3: c.5329dup и NM_007294.3: c.181T>G).

Ко второй группе предположительно патогенных мутаций по данным компьютерного анализа можно отнести 5 мутаций в генах BRCA1 и BRCA2.(таблица 2).

По результатам анализа ПЦР «в реальном времени» среди женщин славянского происхождения была выявлена мутация 5382insC в 67% случаев. Эта же мутация обнаруживалась лишь в 7% случаев у татарских женщин. Таким образом, мы подтвердили предположение о том, что ПЦР-наборы, которые используют для поиска мутаций в генах BRCA1/BRCA2 в РФ, у пациенток татарского происхождения выявляют мутации гораздо в меньшем числе случаев.

С помощью метода NGS появилась возможность выявить редкие мутации, характерные для татарского этноса, что дает возможность исследовать обнаруженные мутации с помощью секвенирования по Сэнгеру у родственников пациенток. Выводы. В результате проведенного NGS анализа 56 пациенток с наследственных РМЖ татарской национальности было выявлено 16 мутаций в генах BRCA1/BRCA2 (28%). Использование только коммерческих ПЦР наборов для определения мутаций в генах BRCA1, BRCA2 у татарских пациенток приводит к большому количеству ложноотрицательных результатов, поэтому при отсутствии мутаций по результатам ПЦР-анализа рекомендуется проводить для данных пациенток анализ с помощью NGS.

В рамках данного проекта планируется дальнейший анализ мутаций в генах репарационной системы, таких как ATM, FANCI, FANCL, PALB2, RAD51B, RAD51C, RAD54L, RAD51D, CHEK1, CHEK2, CDK12, BRIP1, PPP2R2A, BARD1, XRCC3, APC, CDH1, MUTYH, представляющих собой исключительный клинический интерес. Также планируется более широкое использование парафиновых блоков для диагностики наличия мутаций в генах системы репарации.