Анализ взаимосвязи климатических факторов и генетического разнообразия популяций дуба черешчатого в разных частях Республики Башкортостан
Автор: Янбаев Руслан Юлаевич, Бахтина Светлана Юрьевна, Садыков Айдар Харисович, Янбаев Юлай Аглямович
Журнал: Вестник Пермского университета. Серия: Биология @vestnik-psu-bio
Рубрика: Экология
Статья в выпуске: 4, 2022 года.
Бесплатный доступ
Республика Башкортостан, площадью около 143 тыс. км2, расположена на Южном Урале, где геоморфологическая неоднородность территории, воздействие воздушных масс Атлантического океана, внутренних районов Арктики и Сибири формируют существенную внутри- и межгодовую изменчивость температуры и осадков. Цель работы - анализ динамики во времени и пространстве этих двух важнейших экологических факторов на фоне результатов, полученных при исследовании генетических различий популяций дуба черешчатого. Для генетического анализа растительный материал отобран в 14 естественных насаждениях региона, использованы 412 локусов однонуклеотидных полиморфизмов ядерной ДНК. Также использована информация по динамике температур и количеству осадков в разрезе месяцев на южной, центральной, северной и западной частях республики в 2004-2019 г. Показано, что температуры во всех метеорологических станциях варьируются по месяцам и годам достаточно синхронно. По режиму и количеству осадков исследованные территории различались намного больше; различия доходили до статистически достоверного уровня в 59.7% (преимущественно в месяцы вегетационных сезонов) сравнениях пар метеостанций по отдельным месяцам. При этом популяции дуба черешчатого обладают близкими уровнями генетического разнообразия и генетически относительно слабо дифференцированы, что доказывает устойчивость системы к воздействию факторов окружающей среды в условиях глобального изменения климата. Выявленный феномен может быть связан с эффективностью генетически реализованного потока пыльцы, в том числе между удаленными насаждениями.
Климат, южный урал, дуб черешчатый, генетическое разнообразие
Короткий адрес: https://sciup.org/147239682
IDR: 147239682 | DOI: 10.17072/1994-9952-2022-4-327-334
Текст научной статьи Анализ взаимосвязи климатических факторов и генетического разнообразия популяций дуба черешчатого в разных частях Республики Башкортостан
Одним из последствий глобального изменения климата является повышение температуры на Земле. По информации Всемирной метеорологической организации, 2015–2019 гг. и 2010–2019 гг. стали самыми теплыми за всё время проведения метеонаблюдений [Доклад…, 2020]. В целом, начиная с 80-х гг. прошлого столетия, каждое новое десятилетие было более теплым. Следовательно, воздействие на живые организмы таких экологических факторов, как температура окружающей среды и тесно связанные с ней количество и режим осадков изменяются, выходя, в том числе, за пределы оптимальных значений [Исаев, 2001]. Растения, особенно виды лесных древесных растений, мало приспособлены для быстрой миграции в более благоприятные условия среды. По этой причине они вынуждены адаптироваться к меняющимся условиям преимущественно по месту своего произрастания. При этом потенциал для адаптации обеспечивается существующим в популяциях генетическим разнообразием [Degen et al., 2021]. Следовательно, его выявление, вместе с анализом динамики климата во времени, позволяют прогнозировать возможные адаптационные процессы популяционного уровня. Исследования роли экологических факторов в формировании популяционных генофондов растений стали особо популярными и результативными из-за появления генетических маркеров нового поколения [Peterson et al., 2012; Leroy et al., 2019] с использованием в качестве генетических маркеров локусов однонуклеотидных полиморфизмов [Degen et al., 2021].
Республика Башкортостан – расположенный на Южном Урале российский регион с площадью около 143 тыс. км2, где геоморфологическая неоднородность территории, воздействие воздушных масс Атлантического океана, внутренних районов Арктики и Сибири формируют существенную и отличающуюся от других регионов внутри- и межгодовую изменчивость температуры и осадков. Это обстоятельство влияет на формирование генофонда популяций дикорастущих древесных растений Урала и их генетическое разнообразие [Пришнивская, Красильников, Боронникова, 2016]. Цель работы – анализ динамики во времени и пространстве на Южном Урале (в Башкортостане) этих двух важнейших экологических факторов в 2004–2019 гг на фоне результатов, полученных при исследовании в южной части уральских гор генетических различий популяций дуба черешчатого ( Quercus robur L.). Насаждения данного экономически и экологически важного вида сильно пострадали во время экстремально холодных зим XX в., сопровождаемых увеличением количества энтомовредителей и болезней [Царалунга, Фурменкова, Крюкова, 2015], особенно на восточной границе ареала в Башкортостане [Попов, 1980]. Однако потепление климата может дать здесь дубу черешчатому с его исключительной засухоустойчивостью возможность восстановления насаждений и смещения границы ареала на север [Albert et al., 2018].
Материалы и методы исследования
Образцы для лабораторного анализа отобраны на 14 пробных площадях дуба черешчатого. Насаждения для их закладки (рис. 1, табл. 1) выбраны, исходя из данных о распространении дубрав на территории Башкортостана [Попов, 1980]. Низкогорья западного макросклона Южного Урала (здесь представлены основные площади и запасы дуба черешчатого, вид в древостоях может доминировать, особенно на юге Башкортостана) представлены выборками ЗИЛ, АРХ-1, АРХ-2, АРХ-3 и ИГЛ. На Уфимском плато (вид входит в состав темнохвойно-широколиственных лесов) заложены пробные площади МШК и КРД.
Остальные участки представляют колочные и островные степные и лесостепные насаждения Башкирского Предуралья (ТМЗ, ИЛШ, БУР, БРС, БЛГ и БВШ) и Мясогутовской лесостепи (СЛВ). Одновременно изученные дубравы представляют южную, центральную, северную и западную части Республики Башкортостан, соответственно и разделены расстояниями в 432 (с. Зилаир – с. Аскино) и 292 км (с. Малояз – г. Туймазы) в широтном и долготном направлениях. В большинстве пробных площадей отобраны по 10 деревьев репродуктивного возраста (в Зилаирском лесничестве с 40) не менее чем в 50 м друг от друга для уменьшения эффекта семейной кластеризации. С них отобраны образцы камбия для выделения ДНК [Dumolin, Demesure, Petit, 1995].

Рис. 1. Расположение исследованных выборок дуба черешчатого на схематической карте дубрав Республики Башкортостан [по Попову, 1980].
Сведения о выборках приведены в табл. 1; насаждения с доминированием и участием дуба черешчатого в составе древостоев закрашены и показаны штриховкой, соответственно
[The location of the pedunculate oak samples studied on the species schematic map in the Republic of Bashkortostan [according to Popov, 1980].
Note: information about the samples is given in Table 1; stands with the dominance and participation of the pedunculate oak in the stands are painted over and shown with hatching, respectively]
Таблица 1
Географические координаты и генетическое разнообразие выборок дуба черешчатого
[Geographical coordinates and genetic diversity of the pedunculate oak samples]
Районы |
Выборки |
Долгота, широта |
Показатели генетического разнообразия |
|||
Ae |
Ho |
He |
Fis |
|||
Архангельский |
1. АРХ-1 |
57.255, 54.517 |
1.339 |
0.204 |
0.199 |
–0.038 |
2. АРХ-2 |
57.116, 54.449 |
1.349 |
0.215 |
0.204 |
–0.057 |
|
3. АРХ-3 |
56.798, 54.420 |
1.326 |
0.209 |
0.191 |
–0.077 |
|
Иглинский |
4. ИГЛ |
57.029, 54.838 |
1.342 |
0.222 |
0.201 |
–0.093 |
Зилаирский |
5. ЗИЛ |
57.320, 52.230 |
1.351 |
0.208 |
0.206 |
–0.015 |
Туймазинский |
6. ТМЗ |
53.512, 54.441 |
1.344 |
0.215 |
0.204 |
–0.048 |
Илешевский |
7. ИЛШ |
54.478, 55.362 |
1.334 |
0.205 |
0.197 |
–0.039 |
Бураевский |
8. БУР |
55.647, 55.862 |
1.335 |
0.214 |
0.196 |
–0.085 |
Мишкинский |
9. МШК |
58.318, 55.490 |
1.349 |
0.217 |
0.206 |
–0.065 |
Бирский |
10. БРС |
57.029, 54.838 |
1.345 |
0.216 |
0.205 |
–0.051 |
Благоварский |
11. БЛГ |
57.029, 54.838 |
1.331 |
0.212 |
0.196 |
–0.073 |
Благовещенский |
12. БВШ |
58.317, 55.489 |
1.341 |
0.202 |
0.201 |
–0.016 |
Караидельский |
13. КРД |
58.319, 55.491 |
1.337 |
0.204 |
0.197 |
–0.038 |
Салаватский |
14. СЛВ |
58.237, 55.172 |
1.330 |
0.210 |
0.197 |
–0.062 |
Примечание. Ае – эффективное число аллелей, Но и Не –наблюдаемая и ожидаемая етерозиготность, Fis – индекс фиксации Райта (коэффициент инбридинга особи относительно популяции).
Для анализа динамики климатических показателей в регионе исследования использована информация, собранная Зилаирским, Архангельским, Аскинским и Туймазинским метеостанциями Башкирского управления по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды. Для метеорологических данных (месячные значения температур и количества осадков) вычислены средние значения, медианы, пределы изменения показателей и коэффициент вариации. Для анализа выбран период 2004–2019 гг, который входит в период наибольшего глобального потепления [Доклад…, 2020]. Статистическая достоверность различий вариационных рядов, с учетом их непараметрического распределения, определена с применением коэффициента корреляции Спирмена. Все вычисления выполнены в программе STATISTICA 13.3. Детальное описание методов лабораторных анализов было приведено ранее [Degen et al., 2021]. Генетические сравнения популяций проведены с применением в качестве генетических маркеров однонукле-тидных полиморфизмов (SNP, Single Nucleotide Polymorphisms) из недавно разработанного нами [Degent et al., 2021] набора 412 локусов ядерной ДНК. Для каждой выборки вычислены эффективное число аллелей (Ае), наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность (Hо и Hе, соответственно) и коэффициент инбридинга особи относительно популяции (Fis). Уровень генетических различий между популяциями оценивался с использованием генетического расстояния Грегориуса d0 [Gregorius, 1984].Cоответствующие вычисления проведены в программе GDA_NT [Degen, 2022]. Определение числа генетических групп исследованных выборках проведено в программе STRUCTURE [Pritchard et al., 2000], а графическое представление результатов – в программе CLUMPAK [Kopelman et al., 2015].
Результаты и их обсуждение
Среднемесячная температура 2004–2019 гг. изменяется по данным четырех метеостанций от 3.0±0.9 до 4.7±0.9; она выше в Архангельском (4.6±0.9ºС) и Туймазинском р-нах (4.7±0.9ºС) с более благоприятными для дуба черешчатого [Попов, 1980] лесорастительными условиями. Как в северной части исследованной территории (метеостанция в с. Аскино), так и на границе со степной зоной (с. Зилаир) показатель ниже – 3.0±0.9, и 3.2±0.9ºС, соответственно. Тем не менее, эти различия не столь выражены по сравнению с данными по среднемесячному количеству осадков. Экстремально низких температур ниже –40ºС, обусловивших массовое усыхание дубрав во второй половине прошлого века [Попов, 1980], не наблюдалось. Анализ динамики температур показал, что они в данных метеостанций изменяются по месяцам в целом синхронно. Из всех теоретически возможных 72 случаев попарный коэффициент корреляции Спирмена был статистически достоверным на разных уровнях значимости. Другая картина наблюдается при сравнении вариационных рядов с данными по месячному количеству осадков за 2004–2019 гг. В среднем за месяц рассмотренных 16 лет выпадало осадков 51.1±2.2 (с. Архангельское), 48.9±2.2 (с. Аски-но), 41.0±1.9 (с. Зилаир) и 39.8±1.9 мм (г. Туймазы). Однако средние величины не дают представления о размахе изменчивости признака – он варьируется в пределах отдельных месяцев в широких пределах – в пределах 0.5–170.8 мм, 2.7–156.7 мм, 1.2–110.8 мм и 0.8–170.4 мм, соответственно. Более того, часто месяцы с обильными осадками или малыми их количествами в разных районах не совпадают. В таблице 2 приведена матрица, показывающая 43 из 72 изученных месяцев (59.7 %), по которым динамика количества осадков в парах метеостанций не является статистически достоверной – то есть не синхронной.
Таблица 2
Месяцы со статистически достоверными различиями количества осадков пар метеостанций Башкортостана
[Months with statistically significant differences in precipitation of pairs of weather stations of Bashkortostan]
Метеостанции |
Аскино |
Зилаир |
Туймазы |
Архангельское |
Март, сентябрь, октябрь, ноябрь, декабрь |
Апрель, июнь, июль, август, сентябрь, октябрь, ноябрь, декабрь |
Март, июль, сентябрь, октябрь, ноябрь, декабрь |
Аскино |
- |
Март, июнь, июль, август, сентябрь, октябрь, ноябрь, декабрь |
Март, апрель, июль, август, сентябрь, октябрь, ноябрь, декабрь |
Зилаир |
- |
- |
Апрель, июнь, июль, август, сентябрь, октябрь, ноябрь, декабрь |
Наиболее отличается от других по этому показателю южная, Зилаирская метеостанция, расположенная на границе со степной зоной. Количество осадков в разных метеостанциях статистически значимо коррелировало лишь в январе и феврале. И, наоборот, с апреля по октябрь (в вегетационный период) дифференциация изученных частей Башкортостана по ним становились намного более выраженной. Таким образом, количество и время выпадения осадков может быть для дуба черешчатого сравнительно более критическим явлением, воздействующим на состояние дубрав через действие отбора, чем месячные температуры. В то же время, влияние температуры, другого важного экологического фактора, на популяции может оказываться опосредованно через его воздействие на режим и количество осадков [Исаев, 2001]. В среднем для 14 изученных популяций эффективное число аллелей составило значение Ае = 1.339±0.002, наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность, Но = 0.211±0.002 и Не = 0.200±0.001, коэффициент инбридинга Fis = –0.054 ± 0.06. Данные табл. 1 и вычисление коэффициентов вариации (0.6, 2.8 и 2.3% для Ае, Но и Не, соответственно) показывают существенное сходство уровней генетического разнообразия как в соседствующих насаждениях, так и в удаленных друг от друга дубравах. Генетическое расстояние между выборками в среднем по 412 локусам SNP составило значение d0 = 0.069±0.001 с изменениями между парами от d0 = 0.054 до d0 = 0.084. При этом генетические различия популяций в пределах центральной, западной и северной частей Башкортостана выражены на уровне, сопоставимым с генетической дифференциацией более удаленных друг от друга выборок, иногда превышая ее. Во всех выборках отмечен небольшой эксцесс наблюдаемой гетерозиготности. Результаты работы в программах STRUCTURE и CLUMPAK подтвердили слабую генетическую подразделенность дубрав Башкортостана. На рисунке 2 для наиболее информативных К = 2 и К = 3 показано, что исследованные выборки не формируют разные генетические группы и не образуют отличающиеся кластеры. Таким образом, близкая динамика месячных температур в исследованных частях Башкортостана в 2004–2019 гг. совпадает с результатами генетических исследований дуба черешчатого, демонстрируя относительно слабую дифференциацию и близкие уровни генетического разнообразия популяций. И наоборот, сходство популяционных генофондов на этой территории наблюдается на фоне выраженных и статистически значимых различий южной, центральной, западной и северных частях региона по режиму и количеству осадков.

Рис. 2. Популяционная структура дуба черешчатого по результатам анализа в программе STRUCTURE. Вертикальные полосы показывают особей выборок, представленных разными цветами пропорционально принадлежности к тому или иному кластеру
[The population structure of the pedunculate oak according to the results of the analysis in the STRUCTURE program. Note: vertical bars represent by different colors individuals of samples in proportion according to belonging to a particular cluster]]
Этот феномен требует дополнительного исследования и, по-видимому, имеет под собой комплекс причин, в том числе генетических, связанных с эффективностью генетически реализуемого потока пыльцы. Нами, по данным находящегося в открытом доступе (сайт Министерства лесного хозяйства Башкортостана, URL: forest.bashkortostan.ru) Лесного плана 2016 г., был проведен анализ соотношения площадей насаждений 24 лесничеств, где представлены широколиственные древесные растения региона. Установлено (табл. 3), что во всех хозяйствах доминирует Tilia cordata , а доля других видов существенно варьируется. Доля насаждений с доминированием Q. robur сравнительно мала во всех лесничествах – в 45.8% из них занимают 0.6–3.0% лесопокрытой площади. Тем не менее, он во всех случаях является непременным спутником других представителей широколиственных лесов. Возможно, эти деревья представляют «генные тропы», которые дают возможность потоку генов выравнивать частоты аллелей и сближать генофонды и уровни генетического разнообразия популяций всего Южного Урала. Вряд ли может этот процесс быть реализован путем распространения тяжелых желудей дуба черешчатого.
Таблица 3
Доли насаждений широколиственных древесных растений в лесничествах Республики Башкортостан (в %)
[The proportion of broad-leaved stands in forestry enterprises of the Republic of Bashkortostan (in %)]
Виды |
Средняя |
Пределы изменений |
Медиана |
Коэффициент вариации, % |
Quercus robur |
4.2±0.6 |
0.6-10.4 |
3.7 |
68.1 |
Tilia cordata |
86.7±2.2 |
61.4-98.4 |
89.3 |
12.3 |
Acer platanoides |
6.9+1.7 |
0.1-30.4 |
2.7 |
128.6 |
Ulmus glabra , U. laevis |
2.6+0.5 |
0.1-7.9 |
1.8 |
92.8 |
Нами ранее было показано [Bushbom, Yanbaev, Degen, 2011), что успешный генетический поток может обеспечиваться за счет эффективности потока «отцовских» аллелей на дальние расстояния при помощи пыльцы. Реконструкция генотипов зародышей при помощи микросателлитных генетических маркеров в удаленном на много десятков километров от других дубрав малой популяции выявила, что по крайней мере 35% пыльцы попали в насаждение из дальних источников. В настоящее время насаждения широколиственных лесов Башкортостана существенно фрагментированы в пространстве, в первую очередь, при сельскохозяйственном освоении территории. Тем не менее, уменьшение лесистости почти в два раза произошло лишь за несколько последних веков [Попов, 1980]. Это, вероятно, еще не привело у долгоживущего дуба черешчатого к заметному обеднению генофондов популяций, оказавшихся в пространственной изоляции безлесными территориями, и к увеличению генетической дифференциации между ними. Эти сценарии могут лежать в основе показанного нами феномена близости генофондов удаленных популяций региона с относительно большой изменчивостью климата – выраженной динамикой в пространстве и во времени количества осадков.
Выводы
-
1. Температура в южной, центральной, северной и западной частях Республики Башкортостан варьируется по месяцам и годам в целом синхронно, что доказывается положительной статистически достоверной корреляцией ее значений.
-
2. Количество осадков по месяцам и годам является более изменчивым показателем, асинхронность (статистически достоверная на разных уровнях значимости в 59.7% сравнений пар метеостанций) выражена преимущественно в месяцы вегетационного периода. Таким образом, данный показатель потенциально является более критическим экологическим фактором для популяций дуба черешчатого.
-
3. Применение генетических маркеров 412 локусов однонуклеотидных полиморфизмов ядерной ДНК позволило выявить сравнительно низкую генетическую дифференциацию популяций дуба черешчатого региона и близкие значения показателей их генетического разнообразия, несмотря на относительно большую динамику в пространстве и во времени количества осадков. Этот феномен демонстрирует устойчивость популяционной системы к воздействию этого климатического фактора.
Список литературы Анализ взаимосвязи климатических факторов и генетического разнообразия популяций дуба черешчатого в разных частях Республики Башкортостан
- Доклад о научно-методических основах для разработки стратегий адаптации к изменениям климата в Российской Федерации (в области компетенции Росгидромета). СПб.; Саратов: Амирит, 2020. 120 с. URL: http://cc.voeikovmgo.ru/images/ dokumenty/2G2G /dokladRGM.pdf.
- Исаев А.А. Экологическая климатология. M.: Науч. мир, 2001. 456 с.
- Попов Г.В. Леса Башкирии. Уфа, 1980. 144 с.
- Пришнивская Я.В., Красильников В.П., Боронникова С.В. Mолекулярно-генетическая идентификация популяций Pinus sylvestris L. на востоке Русской равнины на основании полиморфизма ISSR-маркеров // Вестник Пермского университета. Сер. Биология. 2016. Вып. 2. С. 171-176.
- Царалунга В.В., Фурменкова Е.С., Крюкова А.А. Внешние признаки патологии дуба черешчатого. Воронеж, 2Gi5. 231 с.
- Albert M. et al. Quantifying the effect of persistent dryer climates on forest productivity and implications for forest planning: a case study in northern Germany // Forest Ecosystems. 2Gi8. Vol. 5 (33). DOl: https://doi.org/iG.ii86/s4G663-Gi8-Gi52-G.
- Bushbom J., Yanbaev Yu., Degen B. Efficient long-distance gene flow into an isolated relict oak stand // Journal of Heredity. 2011. Vol. 102, № 4. P. 464-472.
- Degen B. GDA-NT 2G2i a computer program for population genetic data analysis and assignment // Conservation Genetics Resources. 2G22. DOl: iG.iGG7/si2686-G22-Gi283-2.
- Degen B. et al. Applying targeted genotyping by sequencing with a new set of nuclear and plastid SNP and indel loci for Quercus robur and Quercus petraea // Conservation Genetics Resources. 2021. Vol. 13 (4). P. 345-347.
- Dumolin S., Demesure B., Petit R.J. Inheritance of chloroplast and mitochondrial genomes in pedunculate oak investigated with an efficient PCR method // Theoretical and Applied Genetics. 1995. Vol. 91. P. 1253 -1256.
- Gregorius H.R. A unique genetic distance // Biometrical Journal. 1984. Vol. 26, № 1. P. 13-18.
- Kopelman N.M. et al. Clumpak: a program for identifying clustering modes and packaging population structure inferences across K // Molecular Ecology Resources. 2015. Vol. 15. P. 1179-1191.
- Leroy T. et al. Adaptive introgression as a driver of local adaptation to climate in European white oaks // New Phytologist. 2019. doi:10.1111/nph.16095.
- Peterson B.K. et al. Double Digest RADseq: An inexpensive method for de novo SNP discovery and genotyping in model and non-model species // Plos One. 2012. Vol. 7, № 5. https://doi.org. 10.1371/journal.pone.0037 135.
- Pritchard J.K., Stephens M., Donnelly P. Inference of population structure using multilocus genotype data // Genetics. 2000. Vol. 155. P. 945-959.