Ассоциации однонуклеотидных замен в генах-кандидатах с хозяйственно полезными признаками у кур (Gallus gallus domesticus L.) (обзор)

Ассоциации однонуклеотидных замен в генах-кандидатах с хозяйственно полезными признаками у кур (Gallus gallus domesticus L.) (обзор)

Автор: Коршунова Л.Г., Карапетян Р.В., Комарчев А.С., Куликов Е.И.

Журнал: Сельскохозяйственная биология @agrobiology

Рубрика: Обзоры, проблемы

Статья в выпуске: 2 т.58, 2023 года.

Бесплатный доступ

Хозяйственно полезные признаки кур, связанные с продуктивностью, относятся к полигенно наследуемым. С обнаружением многочисленных участков ДНК, характеризующихся однонуклеотидным полиморфизмом (SNP, single nucleotide polymorphism), и появлением современных геномных технологий стало возможным более детально оценивать результаты селекции в птицеводстве с целью последующего успешного прогнозирования селекционного эффекта (L. Wang с соавт., 2011; C.M. Seabury с соавт., 2017). В представленном обзоре обобщена информация о генах и SNP маркерах, используемых в отечественной селекции кур, описаны новые полиморфные аллельные варианты в генах, которые связаны с интегральными показателями продуктивности у кур из мирового генофонда. В настоящее время в России активно осуществляется генотипирование отечественных пород кур мясного, яичного и комбинированного направлений продуктивности. Проведен поиск полиморфных вариантов ключевых генов LCORL ( ligand dependent nuclear receptor corepressor-like ) и NCAPG ( non-SMC condensin I complex, subunit G ), которые влияют на показатели яйценоскости. Выявлены различия по SNPs среди кур разных направлений продуктивности (яичные-мясные и яичные-декоративные) (Т.А. Ларкина с соавт., 2021). Для гена NCAPG установлена достоверная связь аллелей rs14991030 с массой скорлупы, процентным соотношением массы яйца и скорлупы, с толщиной скорлупы (О.Ю. Баркова, М.Г. Смарагдов, 2016). У породы кур русская белая выявлены однонуклеотидные полиморфизмы гена дисферлина ( DYSF ), изучена их ассоциативная связь с хозяйственно ценными характеристиками (О.Ю. Баркова с соавт., 2021). Для безопасного разведения и селекции российских популяций и пород кур важно предотвратить распространение генетических заболеваний и обеспечить поддержание уровня гетерозиготности отечественного генофонда. В линии Б5 кур мясного кросса Смена 8 бройлерного типа при типировании SNP трех генов ( DMA , RACK1 и CD1B ), ответственных за повышенный титр IgY, в локусе Gga_rs15788237 обнаружена фиксация аллеля, определяющего меньший титр IgY, в локусе Gga_rs15788101 - фиксация неблагоприятного аллеля, в локусе Gga_rs16057130 - преобладание благоприятного аллеля. Изменения в локусах Gga_rs16057130 и Gga_rs15788101 у кур линии Б5 мясного кросса селекции СГЦ «Смена» (Московская обл.), скорее всего, связаны с отбором по признакам продуктивности бройлеров (А.М. Бородин с соавт., 2020). Значительная часть исследований геномов птицы посвящена анализу больших массивов данных по нескольким поколениям с целью поиска ассоциаций (GWAS, genome-wide association studies, метод полногеномного ассоциативного анализа) между SNPs и экономически значимыми признаками - скоростью роста, количественными и качественными показателями яйца, мяса и отложения жира (A. Wolc, 2014; S.K. Zhu с соавт., 2014; J.H. Ouyang с соавт., 2008). При полногеномном сканировании с SNP-чипом высокой плотности обнаружены кандидатные гены GRB14 и GALNT1 , однонуклеотидный полиморфизм которых имел статистически значимую связь с яйценоскостью и качественными показателями яйца, включая массу яйца, яичной скорлупы и желтка, толщину и прочность яичной скорлупы, высоту белка и число единиц Хау, определенными в возрасте кур 40 и 60 нед (W. Liu с соавт., 2011). В результате GWAS-анализа были выявлены гены-кандидаты ( ZAR1 , STARD13 , ACER1b , ACSBG2 и DHRS12 ), связанные с массой желтка яйца, фолликулов и яичников кур от начала яйцекладки до 72-недельного возраста. Наследуемость массы желтка, оцененная на основе SNP-анализа, характеризовалась как умеренная (h2 - 0,25-0,38), массы фолликула (h2 = 0,16) и яичника (h2 = 0,20) - как относительно низкая (C. Sun с соавт., 2015). Установлены два важных гена - MSX2 и DRD1 , которые связаны с эмбриональным развитием и развитием яичников и несут значимые SNPs, ассоциированные с качеством яиц (высотой яичного белка и единицей Хау). Три гена ( RHOA , SDF4 и TNFRSF4 ) идентифицированы как гены-кандидаты окраски яичной скорлупы (Z. Liu с соавт., 2018). Сообщалось (S.A. Azmal с соавт, 2019), что у китайской породы кур Jing Hong SNPs в гене RAPGEF6 связаны с интенсивностью яйцекладки на поздней стадии. В ряде исследований подтверждается представление об участии дофамина в регуляции яичной продуктивности у птиц. Показано достоверное влияние четырех SNPs (G+123A, T+198C, G+1065A, C+1107T) в гене рецептора дофамина ( DRD1 ) на возраст снесения первого яйца (он характеризует скорость полового созревания кур), массу первого яйца, выход кондиционных яиц (H. Xu с соавт., 2010). Показана ассоциация полиморфизмов гена VIP (рецептор вазоактивного кишечного пептида-1) с признаками инстинкта насиживания и яйценоскостью кур (M. Zhou с соавт., 2010). В исследовании (X. Li с соавт., 2019) обнаружены пять полиморфизмов промоторной области гена FSHR (ген рецептора фолликулостимулирующего гормона) и определена их связь с яйценоскостью кур за 43 нед жизни и с возрастом снесения первого яйца.

Еще

Ген, snp, однонуклеотидный полиморфизм, аллель, куры, мясная продуктивность, яичная продуктивность, полногеномные ассоциации, gwas

Короткий адрес: https://sciup.org/142238898

IDR: 142238898   |   DOI: 10.15389/agrobiology.2023.2.205rus

Список литературы Ассоциации однонуклеотидных замен в генах-кандидатах с хозяйственно полезными признаками у кур (Gallus gallus domesticus L.) (обзор)

  • Schmid M., Smith J., Burt D.W., Aken B.L., Antin P.B., Archibald A.L., Ashwell C., Blackshear P.J., Boschiero C., Brown C.T., Burgess S.C., Cheng H.H., Chow W., Coble D.J., Cooksey A., Crooijmans R.P., Damas J., Davis R.V., de Koning D.J., Delany M.E., Derrien T., Desta T.T., Dunn I.C., Dunn M., Ellegren H., Eory L., Erb I., Farre M., Fasold M., Fleming D., Flicek P., Fowler K.E., Fresard L., Froman D.P., Garceau V., Gardner P.P., Gheyas A.A., Griffin D.K., Groenen M.A., Haaf T., Hanotte O., Hart A., Hasler J., Hedges S.B., Hertel J., Howe K., Hubbard A., Hume D.A., Kaiser P., Kedra D., Kemp S.J., Klopp C., Kniel K.E., Kuo R., Lagarrigue S., Lamont S.J., Larkin D.M., Lawal R.A., Markland S.M., McCarthy F., McCormack H.A., McPherson M.C., Motegi A., Muljo S.A., Munsterberg A., Nag R., Nanda I., Neuberger M., Nitsche A., Notredame C., Noyes H., O'Connor R., O'Hare E.A., Oler A.J., Ommeh S.C., Pais H., Persia M., Pitel F., Preeyanon L., Prieto Barja P., Pritchett E.M., Rhoads D.D., Robinson C.M., Romanov M.N., Rothschild M., Roux P.F., Schmidt C.J., Schneider A.S., Schwartz M.G., Searle S.M., Skinner M.A., Smith C.A., Stadler P.F., Steeves T.E., Steinlein C., Sun L., Takata M., Ulitsky I., Wang Q., Wang Y., Warren W.C., Wood J.M., Wragg D., Zhou H. Third report on chicken genes and chromosomes 2015. Cytogenet. Genome Res., 2015, 145(2): 78-179 (doi: 10.1159/000430927).
  • Зиновьева Н.А., Багиров В.А., Гладырь Е.А., Осадчия О.Ю. Современные достижения и проблемы биотехнологии сельскохозяйственных животных. Аналитический обзор. Сельскохозяйственная биология, 2016, 51(2): 264-268 (doi: 10.15389/agrobiology.2016.2.264rus).
  • Aslam M.L., Bastiaansen J.W., Elferink M.G., Megens H.J., Crooijmans R.P., Blomberg le A., Fleischer R.C., Van Tassell C.P., Sonstegard T.S., Schroeder S.G., Groenen M.A., Long J.A. Whole genome SNP discovery and analysis of genetic diversity in Turkey (Meleagris gallopavo). BMC Genomics, 2012, 13: 391 (doi: 10.1186/1471-2164-13-391).
  • Веллер Д.И. Геномная селекция животных /Под ред. К.В. Племяшова. СПб, 2018.
  • Wang L., Jia P., Wolfinger R.D., Chen X., Zhao Z. Gene set analysis of genome-wide association studies: methodological issues and perspectives. Genomics, 2011, 98(1): 1-8 (doi: 10.1016/j.ygeno.2011.04.006).
  • Seabury C.M., Oldeschulte D.L., Saatchi M., Beever J.E., Decker J.E., Halley Y.A., Bhattarai E.K., Molaei M., Freetly H.C., Hansen S.L., Yampara-Iquise H., Johnson K.A., Kerley M.S., Kim J., Loy D.D., Marques E., Neibergs H.L., Schnabel R.D., Shike D.W., Spangler M.L., Weaber R.L., Garrick D.J., Taylor J.F. Genome-wide association study for feed efficiency and growth traits in U.S. beef cattle. BMC Genomics, 2017, 18(1): 386 (doi: 10.1186/s12864-017-3754-y).
  • Алексеев Я.И., Малюченко О.П., Коновалова Н.В., Ефимов Д.Н., Емануйлова Ж.В., Огнева О.А., Фисинин В.И. Анализ генетического разнообразия исходных линий мясного кросса бройлерного типа Смена 8. Известия ТСХА, 2018, 2: 136-144 (doi: 10.26897/0021-342X-2018-2-137-145).
  • Ефимов Д.Н., Емануйлова Ж.В., Журавлева Е.В., Егорова А.В., Фисинин В.И. Селекция птицы исходных линий породы плимутрок (Gallus gallus L.) с использованием маркерных генов К и k. Сельскохозяйственная биология, 2018, 53(6): 1162-1168 (doi: 10.15389/agrobiology.2018.6.1162rus).
  • Куликов Е.И., Карапетян Р.В., Коршунова Л.Г., Комарчев А.С., Мартынова В.Н., Кравченко А.К. Влияние однонуклеотидной замены rs317093289 в гене рецептора фолликулостимулирующего гормона на продуктивность исходной линии породы плимутрок бройлерного кросса Смена 9. Птицеводство, 2022, (11): 4-8 (doi: 10.33845/0033-3239-2022-71-11-4-8).
  • Ларкина Т.А., Романов М.Н., Баркова О.Ю., Пегливанян Г.К., Митрофанова О.В., Дементьева Н.В., Станишевская О.И., Вахрамеев А.Б., Макарова А.В., Щербаков Ю.С., Позовникова М.В., Гриффин Д.К. Генетическая изменчивость локуса NCAPG-LCORL у кур локальных пород на основе данных SNP-генотипирования. В кн.: Материалы 3-й Международной научно-практической конференции «Молекулярно-генетические технологии анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных» /Под ред. С.В. Позябина, И.И. Кочиша, М.Н. Романова. М., 2021: 133-146.
  • Ларкина Т.А., Сазанова А.Л., Фомичев К.А., Баркова О.Ю., Сазанов А.А., Малевски Т., Ящак К. Изучение экспрессии генов-кандидатов массы абдоминального жира у домашней курицы (Gallus gallus). Генетика, 2011, 47(8): 1140-1144.
  • Баркова О.Ю., Смарагдов М.Г. Анализ ассоциации однонуклеотидной замены в межгенном районе хромосомы 4 с признаками, определяющими качество яйца домашней курицы. Генетика, 2013, 49(7): 856-861 (doi: 10.7868/S0016675813070023).
  • Баркова О.Ю., Смарагдов М.Г. Ассоциация несинонимичной замены в гене конденсина NCAPG с признаками яйца кур-несушек. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2016, 20(1): 34-38 (doi: 10.18699/VJ16.111).
  • Дементьева Н.В., Романов М.Н., Кудинов А.А., Митрофанова О.В., Станишевская О.И., Терлецкий В.П., Федорова Е.С., Никиткина Е.В., Племяшов К.В. Изучение структуры генофондной популяции русской белой породы кур методом геномного SNP-сканирования. Сельскохозяйственная биология, 2017, 52(6): 1166-1174 (doi: 10.15389/agrobiology.2017.6.1166rus).
  • Дементьева Н.В., Митрофанова О.В., Тыщенко В.И., Терлецкий В.П., Яковлев А.Ф. Скорость роста и продуктивность бройлерного кросса кур с разными полиморфными типами гена миостатина. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2016, 20(1): 39-43 (doi: 10.18699/VJ16.154).
  • Баркова О.Ю., Смарагдов М.Г. Влияние гена NCAPG на признаки яйца домашней курицы. Теоретические и прикладные аспекты современной науки, 2015, 7-1: 82-87.
  • Баркова О.Ю. Ассоциация однонуклеотидной замены SNP2-1 с признаками качества яйца у кур-несушек. Птицеводство, 2019, 7-8: 14-18 (doi: 10.33845/0033-3239-2019-68-7-8-14-18).
  • Баркова О.Ю., Крутикова А.А., Дементьева Н.В. Анализ полиморфизма гена дисферлина у генофондных пород кур. Сельскохозяйственная биология, 2021, 56(4): 641-650 (doi: 10.15389/agrobiology.2021.4.641rus).
  • Kramer J., Visscher A.H., Wagenaar J.A., Cornelissen J.B., Jeurissen S.H. Comparison of natural resistance in seven genetic groups of meat-type chicken. British Poultry Science, 2003, 44(4): 577-585 (doi: 10.1080/00071660310001616174).
  • Cheema M.A., Qureshi M.A., Havenstein G.B. A comparison of the immune response of a 2001 commercial broiler with a 1957 randombred broiler strain when fed representative 1957 and 2001 broiler diets. Poultry Science, 2003, 82(10): 1519-1529 (doi: 10.1093/ps/82.10.1519).
  • van der Most P.J., de Jong B., Parmentier H.K., Verhulst S. Trade-off between growth and immune function: a meta-analysis of selection experiments. Functional Ecology, 2011, 25(1): 74-80 (doi: 10.1111/j.1365-2435.2010.01800.x).
  • Бородин А.М., Алексеев Я.И., Герасимов К.Е., Коновалова Н.В., Терентьева Е.В., Ефимов Д.Н., Емануйлова Ж.В., Тучемский Л.И., Комаров А.А., Фисинин В.И. Селекция продуктивности кур влияет на гены иммунной системы. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 24(7): 755-760 (doi: 10.18699/VJ20.670).
  • Qanbari S., Rubin C.J., Maqbool K., Weigend S., Weigend A., Geibel J., Kerje S., Wurmser C., Peterson A.T., Brisbin I.L. Jr., Preisinger R., Fries R., Simianer H., Andersson L. Genetics of adaptation in modern chicken. PLoS Genetics, 2019, 15(4): e1007989 (doi: 10.1371/journal.pgen.1007989).
  • Wolc A. Understanding genomic selection in poultry breeding. World’s Poultry Science Journal, 2014, 70(2): 309-314 (doi: 10.1017/S0043933914000324).
  • Zhu S.K., Tian Y.D., Zhang S., Chen Q.X., Wang Q.Y., Han R.L., Kang X.T. Adjacent SNPs in the transcriptional regulatory region of the FADS2 gene associated with fatty acid and growth traits in chickens. Genetics and Molecular Research, 2014, 13(2): 3329-3336 (doi: 10.4238/2014.April.29.11).
  • Ouyang J.H., Xie L., Nie Q., Luo C., Liang Y., Zeng H., Zhang X. Single nucleotide polymorphism (SNP) at the GHR gene and its associations with chicken growth and fat deposition traits. British Poultry Science, 2008, 49(2): 87-95 (doi: 10.1080/00071660801938817).
  • Liu R., Sun Y., Zhao G., Wang F., Wu D., Zheng M., Chen J., Zhang L., Hu Y., Wen J. Genome-wide association study identifies Loci and candidate genes for body composition and meat quality traits in Beijing-You chickens. PLoS ONE, 2013, 8(4): e61172 (doi: 10.1371/journal.pone.0061172).
  • Pampouille E., Berri C., Boitard S., Hennequet-Antier C., Beauclercq S.A., Godet E., Praud C., Jego Y., Le Bihan-Duval E. Mapping QTL for white striping in relation to breast muscle yield and meat quality traits in broiler chickens. BMC Genomics, 2018, 19(1): 202 (doi: 10.1186/s12864-018-4598-9).
  • Shah T.M., Patel N.V., Patel A.B., Upadhyay M.R., Mohapatra A., Singh K.M., Deshpande S.D., Joshi C.G. A genome-wide approach to screen for genetic variants in broilers (Gallus gallus) with divergent feed conversion ratio. Molecular Genetics and Genomics: MGG, 2016, 291(4): 1715-1725 (doi: 10.1007/s00438-016-1213-0).
  • Jin S., Lee S.H., Lee D.H., Manjula P., Lee S.H., Lee J.H. Genetic association of DEGS1, ELOVL6, FABP3, FABP4, FASN and SCD genes with fatty acid composition in breast and thigh muscles of Korean native chicken. Anim. Genet., 2020, 51(2): 344-345 (doi: 10.1111/age.12908).
  • Groenen M.A., Megens H.J., Zare Y., Warren W.C., Hillier L.W., Crooijmans R.P., Vereijken A., Okimoto R., Muir W.M., Cheng H.H. The development and characterization of a 60K SNP chip for chicken. BMC Genomics, 2011, 12(1): 274 (doi: 10.1186/1471-2164-12-274).
  • Kranis A., Gheyas A.A., Boschiero C., Turner F., Yu L., Smith S., Talbot R., Pirani A., Brew F., Kaiser P., Hocking P.M., Fife M., Salmon N., Fulton J., Strom T.M., Haberer G., Weigend S., Preisinger R., Gholami M., Qanbari S., Simianer H., Watson K.A., Woolliams J.A., Burt D.W. Development of a high density 600K SNP genotyping array for chicken. BMC Genomics, 2013, 14: 59 (doi: 10.1186/1471-2164-14-59).
  • Liu Z., Sun C., Yan Y., Li G., Li X.C., Wu G., Yang N. Design and evaluation of a custom 50K Infinium SNP array for egg-type chickens. Poultry Science, 2021, 100(5): 101044 (doi: 10.1016/j.psj.2021.101044).
  • Liu Z., Sun C., Yan Y., Li G., Wu G., Liu A., Yang N. Genome-wide association analysis of age-dependent egg weights in chickens. Front. Genet., 2018, 9: 128 (doi: 10.3389/fgene.2018.00128).
  • Liu W., Li D., Liu J., Chen S., Qu L., Zheng J., Xu G., Yang N. A genome-wide SNP scan reveals novel loci for egg production and quality traits in white leghorn and brown-egg dwarf layers. PLoS ONE, 2011, 6(12): e28600 (doi: 10.1371/journal.pone.0028600).
  • Sun C., Lu J., Yi G., Yuan J., Duan Z., Qu L., Xu G., Wang K., Yang N. Promising loci and genes for yolk and ovary weight in chickens revealed by a genome-wide association study. PLoS ONE, 2015, 10(9): e0137145 (doi: 10.1371/journal.pone.0137145).
  • Bain M.M., Nys Y., Dunn I.C. Increasing persistency in lay and stabilising egg quality in longer laying cycles. What are the challenges? British Poultry Science, 2016, 57(3): 330-338 (doi: 10.1080/00071668.2016.1161727).
  • Schreiweis M.A., Hester P.Y., Settar P., Moody D.E. Identification of quantitative trait loci associated with egg quality, egg production, and body weight in an F2 resource population of chickens. Anim. Genet., 2006, 37(2): 106-112 (doi: 10.1111/j.1365-2052.2005.01394.x).
  • Tuiskula-Haavisto M., Honkatukia M., Preisinger R., Schmutz M., de Koning D.J., Wei W.H., Vilkki J. Quantitative trait loci affecting eggshell traits in an F(2) population. Anim. Genet., 2011, 42(3): 293-299 (doi: 10.1111/j.1365-2052.2010.02131.x).
  • Tuiskula-Haavisto M., Honkatukia M., Vilkki J., de Koning D.J., Schulman N.F., Maki-Tanila A. Mapping of quantitative trait loci affecting quality and production traits in egg layers. Poultry Science, 2002, 81(7): 919-927 (doi: 10.1093/ps/81.7.919).
  • Liu Z., Sun C., Yan Y., Li G., Shi F., Wu G., Liu A., Yang N. Genetic variations for egg quality of chickens at late laying period revealed by genome-wide association study. Scientific Reports, 2018, 8(1): 10832 (doi: 10.1038/s41598-018-29162-7).
  • Qin N., Liu Q., Zhang Y.Y., Fan X.C., Xu X.X., Lv Z.C., Wei M.L., Jing Y., Mu F., Xu R.F. Association of novel polymorphisms of forkhead box L2 and growth differentiation factor-9 genes with egg production traits in local Chinese Dagu hens. Poultry Science, 2015, 94(1): 88-95 (doi: 10.3382/ps/peu023).
  • Jing Y., Shan X., Mu F., Qin N., Zhu H., Liu D., Yuan S., Xu R. Associations of the novel polymorphisms of periostin and platelet-derived growth factor receptor-like genes with egg production traits in local Chinese Dagu hens. Anim. Biotechnol., 2016, 27(3): 208-216 (doi: 10.1080/10495398.2016.1169191).
  • Azmal S.A., Bhuiyan A.A., Omar A.I., Ma S., Sun C., Han Z., Zhang M., Zhao S., Li S. Novel polymorphisms in RAPGEF6 gene associated with egg-laying rate in Chinese Jing Hong chicken using genome-wide SNP scan. Genes (Basel), 2019, 10(5): 384 (doi: 10.3390/genes10050384).
  • Reddy I.J., David C.G., Raju S.S. Effect of suppression of plasma prolactin on luteinizing hormone concentration, intersequence pause days and egg production in domestic hen. Domestic Animal Endocrinology, 2007, 33(2): 167-175 (doi: 10.1016/j.domaniend.2006.05.002).
  • Ben-Jonathan N., Hnasko R. Dopamine as a prolactin (PRL) inhibitor. Endocrine Reviews, 2001, 22(6): 724-763 (doi: 10.1210/edrv.22.6.0451).
  • Reymond M.J., Porter J.C. Involvement of hypothalamic dopamine in the regulation of prolactin secretion. Horm. Res., 1985, 22(3): 142-152 (doi: 10.1159/000180088).
  • Xu M., Proudman J.A., Pitts G.R., Wong E.A., Foster D.N., el Halawani M.E. Vasoactive intestinal peptide stimulates prolactin mRNA expression in turkey pituitary cells: effects of dopaminergic drugs. Proceedings of the Society for Experimental Biology and Medicine. Society for Experimental Biology and Medicine, 1996, 212(1): 52-62 (doi: 10.3181/00379727-212-43991).
  • Youngren O.M., Pitts G.R., Phillips R.E., el Halawani M.E. The stimulatory and inhibitory effects of dopamine on prolactin secretion in the turkey. General and Comparative Endocrinology, 1995, 98(1): 111-117 (doi: 10.1006/gcen.1995.1049).
  • Youngren O.M., Chaiseha Y., El Halawani M.E. Regulation of prolactin secretion by dopamine and vasoactive intestinal peptide at the level of the pituitary in the turkey. Neuroendocrinology, 1998, 68(5): 319-325 (doi: 10.1159/000054380).
  • Xu H., Shen X., Zhou M., Fang M., Zeng H., Nie Q., Zhang X. The genetic effects of the dopamine D1 receptor gene on chicken egg production and broodiness traits. BMC Genet., 2010, 11: 17 (doi: 10.1186/1471-2156-11-17).
  • Zhou M., Du Y., Nie Q., Liang Y., Luo C., Zeng H., Zhang X. Associations between polymorphisms in the chicken VIP gene, egg production and broody traits. British Poultry Science, 2010, 51(2): 195-203 (doi: 10.1080/00071661003745786).
  • Ruwanpura S.M., McLachlan R.I., Stanton P.G., Meachem S.J. Follicle-stimulating hormone affects spermatogonial survival by regulating the intrinsic apoptotic pathway in adult rats. Biology of Reproduction, 2008, 78(4): 705-713 (doi: 10.1095/biolreprod.107.065912).
  • Plant T.M. Hypothalamic control of the pituitary-gonadal axis in higher primates: key advances over the last two decades. Journal of Neuroendocrinology, 2008, 20(6): 719-726 (doi: 10.1111/j.1365-2826.2008.01708.x).
  • George J.W., Dille E.A., Heckert L.L. Current concepts of follicle-stimulating hormone receptor gene regulation. Biology of Reproduction, 2011, 84(1): 7-17 (doi: 10.1095/biolreprod.110.085043).
  • Wicker T., Robertson J.S., Schulze S.R., Feltus F.A., Magrini V., Morrison J.A., Mardis E.R., Wilson R.K., Peterson D.G., Paterson A.H., Ivarie R. The repetitive landscape of the chicken genome. Genome Research, 2005, 15(1): 126-136 (doi: 10.1101/gr.2438004).
  • Li X., Lu Y., Liu X., Xie X., Wang K., Yu D. Identification of chicken FSHR gene promoter and the correlations between polymorphisms and egg production in Chinese native hens. Reprod. Dom. Anim., 2019, 54(4): 702-711 (doi: 10.1111/rda.13412).
  • Wang Z.P., Liu R.F., Wang A.R., Li J.Y., Deng X.M. Expression and activity analysis reveal that heme oxygenase (decycling) 1 is associated with blue egg formation. Poultry Science, 2011, 90(4): 836-841 (doi: 10.3382/ps.2010-01143).
  • Wang X.L., Zheng J.X., Ning Z.H., Qu L.J., Xu G.Y., Yang N. Laying performance and egg quality of blue-shelled layers as affected by different housing systems. Poultry Science, 2009, 88(7): 1485-1492 (doi: 10.3382/ps.2008-00417).
  • Liu T., Qu H., Luo C., Shu D., Wang J., Lund M.S., Su G. Accuracy of genomic prediction for growth and carcass traits in Chinese triple-yellow chickens. BMC Genet., 2014, 15: 110 (doi: 10.1186/s12863-014-0110-y).
  • Xu H.P., Zeng H., Zhang D.X., Jia X.L., Luo C.L., Fang M.X., Nie Q.H., Zhang X.Q. Polymorphisms associated with egg number at 300 days of age in chickens. Genetics and Molecular Research, 2011, 10(4): 2279-2289 (doi: 10.4238/2011.October.3.5).
  • Williams S.M., Price S.E., Siegel P.B. Heterosis of growth and reproductive traits in fowl. Poultry Science, 2002, 81(8): 1109-1112 (doi: 10.1093/ps/81.8.1109).
  • Andersson L., Georges M. Domestic-animal genomics: deciphering the genetics of complex traits. Nat. Rev. Genet., 2004, 5(3): 202-212 (doi: 10.1038/nrg1294).
  • Soller M., Weigend S., Romanov M.N., Dekkers J.C., Lamont S.J. Strategies to assess structural variation in the chicken genome and its associations with biodiversity and biological performance. Poultry Science, 2006, 85(12): 2061-2078 (doi: 10.1093/ps/85.12.2061).
  • Abasht B., Dekkers J.C., Lamont S.J. Review of quantitative trait loci identified in the chicken. Poultry Science, 2006, 85(12): 2079-2096 (doi: 10.1093/ps/85.12.2079).
  • Hu Z.L., Fritz E.R., Reecy J.M. AnimalQTLdb: a livestock QTL database tool set for positional QTL information mining and beyond. Nucleic Acids Research, 2007, 35(Database issue): 604-609 (doi: 10.1093/nar/gkl946).
  • Korstanje R., Paigen B. From QTL to gene: the harvest begins. Nat. Genet., 2002, 31(3): 235-236 (doi: 10.1038/ng0702-235).
  • Borevitz J.O., Chory J. Genomics tools for QTL analysis and gene discovery. Curr. Opin. Plant Biol., 2004, 7(2): 132-136 (doi: 10.1016/j.pbi.2004.01.011).
  • Kadarmideen H.N., von Rohr P., Janss L.L. From genetical genomics to systems genetics: potential applications in quantitative genomics and animal breeding. Mamm. Genome, 2006, 17(6): 548-564 (doi: 10.1007/s00335-005-0169-x).
  • Beyer A., Bandyopadhyay S., Ideker T. Integrating physical and genetic maps: from genomes to interaction networks. Nat. Rev. Genet., 2007, 8(9): 699-710 (doi: 10.1038/nrg2144).
  • Ou J.T., Tang S.Q., Sun D.X., Zhang Y. Polymorphisms of three neuroendocrine-correlated genes associated with growth and reproductive traits in the chicken. Poultry Science, 2009, 88(4): 722-727 (doi: 10.3382/ps.2008-00497).
  • Deeb N., Lamont S.J. Genetic architecture of growth and body composition in unique chicken populations. Journal of Heredity, 2002, 93(2): 107-118 (doi: 10.1093/jhered/93.2.107).
  • McMurtry J.P., Francis G.L., Upton Z. Insulin-like growth factors in poultry. Domestic Animal Endocrinology, 1997, 14(4): 199-229 (doi: 10.1016/s0739-7240(97)00019-2).
  • Duclos M.J., Beccavin C., Simon J. Genetic models for the study of insulin-like growth factors (IGF) and muscle development in birds compared to mammals. Domestic Animal Endocrinology, 1999, 17(2-3): 231-243 (doi: 10.1016/s0739-7240(99)00040-5).
  • Florini J.R., Ewton D.Z., Coolican S.A. Growth hormone and the insulin-like growth factor system in myogenesis. Endocrine Reviews, 1996, 17(5): 481-517 (doi: 10.1210/edrv-17-5-481).
  • Goddard C., Wilkie R.S., Dunn I.C. The relationship between insulin-like growth factor-1, growth hormone, thyroid hormones and insulin in chickens selected for growth. Domestic Animal Endocrinology, 1988, 5(2): 165-176 (doi: 10.1016/0739-7240(88)90017-3).
  • Scanes C.G., Dunnington E.A., Buonomo F.C., Donoghue D.J., Siegel P.B. Plasma concentrations of insulin like growth factors (IGF-)I and IGF-II in dwarf and normal chickens of high and low weight selected lines. Growth, Development, and Aging: GDA, 1989, 53(4): 151-157.
  • Ballard F.J., Johnson R.J., Owens P.C., Francis G.L., Upton F.M., McMurtry J.P., Wallace J.C. Chicken insulin-like growth factor-I: amino acid sequence, radioimmunoassay, and plasma levels between strains and during growth. General and Comparative Endocrinology, 1990, 79(3): 459-468 (doi: 10.1016/0016-6480(90)90076-x).
  • Tesseraud S., Pym R.A., Le Bihan-Duval E., Duclos M.J. Response of broilers selected on carcass quality to dietary protein supply: live performance, muscle development, and circulating insulin-like growth factors (IGF-I and -II). Poultry Science, 2003, 82(6): 1011-1016 (doi: 10.1093/ps/82.6.1011).
  • Amills M., Jimenez N., Villalba D., Tor M., Molina E., Cubilo D., Marcos C., Francesch A., Sanchez A., Estany J. Identification of three single nucleotide polymorphisms in the chicken insulin-like growth factor 1 and 2 genes and their associations with growth and feeding traits. Poultry Science, 2003, 82(10): 1485-1493 (doi: 10.1093/ps/82.10.1485).
  • Sewalem A., Morrice D.M., Law A., Windsor D., Haley C.S., Ikeobi C.O., Burt D.W., Hocking P.M. Mapping of quantitative trait loci for body weight at three, six, and nine weeks of age in a broiler layer cross. Poultry Science, 2002, 81(12): 1775-1781 (doi: 10.1093/ps/81.12.1775).
  • Ikeobi C.O., Woolliams J.A., Morrice D.R., Law A., Windsor D., Burt D.W., Hocking P.M. Quantitative trait loci affecting fatness in the chicken. Anim. Genet., 2002, 33(6): 428-435 (doi: 10.1046/j.1365-2052.2002.00911.x).
  • Zhou H., Mitchell A.D., McMurtry J.P., Ashwell C.M., Lamont S.J. Insulin-like growth factor-I gene polymorphism associations with growth, body composition, skeleton integrity, and metabolic traits in chickens. Poultry Science, 2005, 84(2): 212-219 (doi: 10.1093/ps/84.2.212).
  • Lee J.H. Special issue: poultry genetics, breeding and biotechnology. Genes (Basel), 2021, 12(11): 1744 (doi: 10.3390/genes12111744).
  • Jansen S., Baulain U., Habig C., Ramzan F., Schauer J., Schmitt A.O., Scholz A.M., Sharifi A.R., Weigend A., Weigend S. Identification and functional annotation of genes related to bone stability in laying hens using random forests. Genes (Basel), 2021, 12(5): 702 (doi: 10.3390/genes12050702).
  • Smith D.P., Northcutt J.K., Steinberg E.L. Meat quality and sensory attributes of a conventional and a Label Rouge-type broiler strain obtained at retail. Poultry Science, 2012, 91(6): 1489-1495 (doi: 10.3382/ps.2011-01891).
  • Qiao M., Fletcher D.L., Smith D.P., Northcutt J.K. The effect of broiler breast meat color on pH, moisture, water-holding capacity, and emulsification capacity. Poultry Science, 2001, 80(5): 676-680 (doi: 10.1093/ps/80.5.676).
  • John K.A., Maalouf J., Barsness C.B., Yuan K., Cogswell M.E., Gunn J.P. Do lower calorie or lower fat foods have more sodium than their regular counterparts? Nutrients, 2016, 8(8): 511 (doi: 10.3390/nu8080511).
  • Allen C.D., Fletcher D.L., Northcutt J.K., Russell S.M. The relationship of broiler breast color to meat quality and shelf-life. Poultry Science, 1998, 77(2): 361-366 (doi: 10.1093/ps/77.2.361).
  • Magalhaes A.F.B., Schenkel F.S., Garcia D.A., Gordo D.G.M., Tonussi R.L., Espigolan R., Silva R.M.O., Braz C.U., Fernandes Junior G.A., Baldi F., Carvalheiro R., Boligon A.A., de Oliveira H.N., Chardulo L.A.L., de Albuquerque L.G. Genomic selection for meat quality traits in Nelore cattle. Meat Science, 2019, 148: 32-37 (doi: 10.1016/j.meatsci.2018.09.010).
  • Mir N.A., Rafiq A., Kumar F., Singh V., Shukla V. Determinants of broiler chicken meat quality and factors affecting them: a review. J. Food Sci. Technol., 2017, 54(10): 2997-3009 (doi: 10.1007/s13197-017-2789-z).
  • Cho K.H., Kim M.J., Jeon G.J., Chung H.Y. Association of genetic variants for FABP3 gene with back fat thickness and intramuscular fat content in pig. Molecular Biology Reports, 2011, 38(3): 2161-2166 (doi: 10.1007/s11033-010-0344-3).
  • Shu J.T., Zhang M., Shan Y.J., Xu W.J., Chen K.W., Li H.F. Analysis of the genetic effects of CAPN1 gene polymorphisms on chicken meat tenderness. Genetics and Molecular Research, 2015, 14(1): 1393-1403 (doi: 10.4238/2015.February.13.18).
  • Yang Y., Xiong D., Yao L., Zhao C. An SNP in exon 11 of chicken 5'-AMP-activated protein kinase gamma 3 subunit gene was associated with meat water holding capacity. Anim. Biotechnol., 2016, 27(1): 13-16 (doi: 10.1080/10495398.2015.1069300).
  • Zappaterra M., Sami D., Davoli R. Association between the splice mutation g.8283C>A of the PHKG1 gene and meat quality traits in Large White pigs. Meat Sciebce, 2019, 148: 38-40 (doi: 10.1016/j.meatsci.2018.10.003).
  • Liu Y., Liu Y., Ma T., Long H., Niu L., Zhang X., Lei Y., Wang L., Chen Y., Wang Q., Zheng Z., Xu X. A splicing mutation in PHKG1 decreased its expression in skeletal muscle and caused PSE meat in Duroc ½ Luchuan crossbred pigs. Anim. Genet., 2019, 50(4): 395-398 (doi: 10.1111/age.12807).
  • Liu Y., Liu X., Zheng Z., Ma T., Liu Y., Long H., Cheng H., Fang M., Gong J., Li X., Zhao S., Xu X. Genome-wide analysis of expression QTL (eQTL) and allele-specific expression (ASE) in pig muscle identifies candidate genes for meat quality traits. Genet. Sel. Evol,. 2020, 52(1): 59 (doi: 10.1186/s12711-020-00579-x).
  • Xiong X., Liu X., Zhu X., Tan Y., Wang Z., Xu J., Tu X., Rao Y., Duan J., Zhao W., Zhou M. A mutation in PHKG1 causes high drip loss and low meat quality in Chinese Ningdu yellow chickens. Poultry Science, 2022, 101(1): 101556 (doi: 10.1016/j.psj.2021.101556).
  • Cho S., Manjula P., Kim M., Cho E., Lee D., Lee S.H., Lee J.H., Seo D. Comparison of selection signatures between Korean native and commercial chickens using 600K SNP array data. Genes (Basel), 2021, 12(6): 824 (doi: 10.3390/genes12060824).
  • Cha J., Choo H., Srikanth K., Lee S.H., Son J.W., Park M.R., Kim N., Jang G.W., Park J.E. Genome-wide association study identifies 12 loci associated with body weight at age 8 weeks in Korean native chickens. Genes (Basel), 2021, 12(8): 1170 (doi: 10.3390/genes12081170).
Еще
Статья обзорная
QR-код для установки приложения SciUp Наведите камеру и скачайте бесплатное приложение SciUp