Биомаркеры резистентности к анти-EGFR терапии у пациентов с левосторонним колоректальным раком: ретроспективный NGS анализ

Введение: на сегодняшний день для определения кандидатов для получения анти-EGFR терапии моноклональными антителами при колоректальном раке (КРР) используется анализ мутаций в генах KRAS, NRAS, BRAF p. V600, а также микросателлитной нестабильности (MSI) и амплификации HER2 (ERBB2). Недавние результаты исследований PRESSING и PARADIGM демонстрируют, что негативная гиперселекция пациентов по результатам анализа широкого спектра генов позволяет лучше прогнозировать эффективность анти-EGFR терапии. Цель исследования: ретроспективная оценка встречаемости альтераций, ассоциированных с резистентностью, в образцах пациентов, получавших анти-EGFR терапию при левостороннем раке толстой кишки с диким типом генов RAS и BRAF. Материалы и методы: в исследование были включены пациенты с морфологически подтвержденным левосторонним КРР, получившие анти-EGFR терапию в первой линии лечения в связи с отсутствием альтераций в генах KRAS/NRAS/BRAF V600 по результатам рутинной ПЦР диагностики, выполненной в различных лабораториях. FFPE образцы были проанализированы с использованием тест-системы Соло-тест Драйвер (38 генов + MSI) на основе секвенирования нового поколения (NGS). Для KRAS/NRAS/BRAF V600-положительных по результатам NGS образцов было выполнено повторное ПЦР-тестирование. Результаты: в рамках исследования было проанализировано 111 образцов с использованием NGS. Альтерации в покрываемых панелью генах были выявлены у 96 (86,5%) пациентов. Всего было выявлено 172 соматических альтераций в 17 генах. Диапазон частот альтернативного аллеля (ЧАА) среди обнаруженных вариантов составил 1,3–93,0%. По результатам NGS-анализа у 29 (26,1%) пациентов были выявлены онкогенные варианты в генах KRAS (n = 24), NRAS (n = 3) или вариант BRAF p. V600E (n = 4). Повторное ПЦР-тестирование было проведено для 16 (51,6%) RAS/BRAF p. V600E-положительных пациентов (100% конкордантность между ПЦР и NGS). Среди RAS/BRAF V600E-отрицательных образцов в 10 (12,3%) образцах были выявлены другие альтерации (ERBB2 амплификация, n = 3; PIK3CA, n = 2; MSI, n = 1; BRAF мутация II класса, n = 1; ERBB3, n = 1). Среди всех проанализированных образцов в 11 (10%) образцах было выявлено более 1 мутации потенциальной резистентности. Мутации BRAF II/III класса встретились в 4 образцах. Мутации PIK3CA были выявлены у 17 (15,3%) пациентов, среди них в 5 образцах были выявлены варианты в 21 экзоне. Выводы: описанные результаты демонстрируют высокую долю ложноотрицательных результатов по результатам рутинного ПЦР, что приводит к избыточному назначению таргетной терапии (~ 26% случаев). Расширение спектра иагностируемых альтераций имеет потенциал для определения дополнительных 9 % пациентов, опухоли которых могут быть резистентны к анти-EGFR терапии.