Частота гаплотипов по гену ТР53В крови и опухоли больных раком молочной железы

(n=294) и образцов опухолевой ткани (n=50) больных РМЖ, получавших комбинированное лечение в клинике НИИ онкологии СО РАМН, была прогенотипирована на исследуемые полиморфизмы с помощью стандартных методик ПЦР и ПЦР-ПДРФ. Для подсчета частоты гаплотипов и меры неравновесия по сцеплению (LD, linkage disequilibrium) использовали программы HaploView v.4.1 (Barrett J.C. et al., 2005) и SNPAlyze v.7.0. Распределение гаплотипов оценивали с помощью теста «математической перестановки» (permutations test) на основе 10000 повторений. Значения p<0,05 рассматривали как статистически значимые.

Результаты. В опухолевой ткани по сравнению с лейкоцитами крови больных РМЖ было отмечено значимое увеличение частоты гаплотипа GA16пн (0,043 против 0,007; p=0,02), что может указывать на вклад данной струк- туры гена ТР53 в развитие РМЖ. В качестве показателей меры неравновесия по сцеплению использовали критерии D' и r2. Показано, что в опухолевой ткани по сравнению с лейкоцитами крови больных РМЖ по двум полиморфизмам rs1042522-rs17878362 и rs1042522-rs1625895 отмечается ослабление степени сцепления (D'=0,49 и 0,50; r2=0,22 и 0,20 против D'=0,79 и 0,92; r2=0,24 и 0,28; p<0,05). Вероятно, причиной наблюдаемого могут служить мутации в гене ТР53, часто встречающиеся при данном онкологическом заболевании и “разрывающие” сцепленные группы генетических маркеров.

Выводы. Показана высокая частота гаплотипа GA16пн гена ТР53 в опухолевой ткани РМЖ по сравнению с лейкоцитами крови. В опухоли больных РМЖ показатели неравновесия по сцеплению между полиморфизмами rs1042522-rs17878362 и rs1042522-rs1625895 были ниже, чем в лейкоцитах крови.