Доместикация как частный случай эволюции: об универсальности принципов и механизмов (обзор)

Доместикация как частный случай эволюции: об универсальности принципов и механизмов (обзор)

Автор: Глазко В.И., Косовский Г.Ю., Глазко Т.Т.

Журнал: Сельскохозяйственная биология @agrobiology

Рубрика: Обзоры, проблемы

Статья в выпуске: 5 т.58, 2023 года.

Бесплатный доступ

Высокая скорость роста изменений состояния биосферы, в которой существенную роль выполняет превращение деятельности человека в геологическую силу (В.И. Вернадский, 1944), приводит к необходимости особого внимания к поискам механизмов управления генетическими потоками у доместицированных видов растений и животных как основы жизнеобеспечения современного человечества. Н.И. Вавилов отмечал, что доместикация представлять собой экспериментальную эволюцию, для управления которой необходимо историческое понимание эволюционного процесса (Н.И. Вавилов, 1987). Основной механизм естественного и искусственного отборов заключается в преимущественном воспроизводстве особей, наиболее приспособленных к предложенным условиям отбора, то есть имеющих репродуктивный успех и обеспечивающих сохранение потомства, что лежит в основе так называемого самоодомашнивания некоторых видов млекопитающих, включая человека (L. Raviv с соавт., 2023). Внутривидовая и межвидовая дифференциация и кооперация для выполнения задач воспроизводства популяций описана и у растений (R. Sharifi, C.M. Ryu, 2021), и у животных (A.M.M. Rodrigues с соавт., 2023; M.A. Zeder, 2012). На примере прокариот показано, что культивирование в разных условиях приводит к существенной дифференциации по характеристикам образования колоний (регуляция поведения) у потомства, причем эти изменения необратимы (невозможность «обратной» эволюции, так называемая дискриминация родственников) (O. Rendueles с соавт., 2015). У многоклеточных организмов существенный вклад в необратимость эволюции вносят симбионты - «кооперанты» на клеточном (E. Rosenberg с соавт., 2010) и геномном (M. Ramakrishnan с соавт., 2021) уровнях. У доместицированных растений и животных большая часть генома занята мобильными генетическими элементами - транспозонами (ТЕ) и продуктами их рекомбинаций (D. Almojil с соавт., 2021). Автономные TE - это потомки экзогенных вирусов и источники основных компонент сетей регуляции профилей генной экспрессии, влияющих на последствия гибридизации, стресс-реактивность (K. Mukherjee, L.L. Moroz, 2023). Обнаруживается определенное сходство ТЕ по участию в основных биологических процессах у растений и животных, несмотря на существенные различия в доминировании вариантов ТЕ, их вовлеченности в организацию архитектоники интерфазного ядра, участии в формировании мотивов для факторов регуляции транскрипции (Y. Qiu, C. Köhler, 2020). Следует отметить, что ранние этапы эволюции основаны на дифференциации и кооперации протобиополимеров (РНК, белки, липиды, углеводы) (Y. Shi и соавт., 2023), прокариот и эукариот (J. Brueckner, W.F. Martin, 2020; C. Al Jewari, S.L. Baldauf, 2023). Наколенные данные свидетельствуют о том, что дифференциация и кооперация - универсальные механизмы эволюционного процесса. В эволюции многоклеточных организмов ключевую роль играют мутуалистические взаимоотношения между такими организмами, микробиотами, вирусами и их потомками. Это обстоятельство необходимо учитывать при поиске методов управления генетическими потоками у доместицированных человеком видов для их сохранения и улучшения.

Еще

Репродуктивный успех, мутуализм, доместикация, транспозоны, микробиота, генная экспрессия, регуляторные сети

Короткий адрес: https://sciup.org/142239853

IDR: 142239853   |   DOI: 10.15389/agrobiology.2023.5.821rus

Список литературы Доместикация как частный случай эволюции: об универсальности принципов и механизмов (обзор)

  • Вавилов Н.И. Теоретические основы селекции. М., 1987.
  • Ревенкова А.И. Николай Иванович Вавилов: 1887-1943. М., 1962.
  • Глазко В.И., Иваницкая Л., Чешко В. Антропоцен. Философия биотехнологии. Стабильная адаптивная стратегия Homo sapiens, эволюционный риск и эволюционная семантика. М., 2018.
  • Вернадский В.И. Несколько слов о ноосфере. Успехи современной биологии, 1944, 18(2): 113-120.
  • Guo Z., Zhang L., Li Y. Increased dependence of humans on ecosystem services and biodiversity. PLoS ONE, 2010, 5(10): e13113 (doi: 10.1371/journal.pone.0013113).
  • FAO, IFAD, UNICEF, WFP, WHO. The state of food security and nutrition in the world 2020. Transforming food systems for affordable healthy diets. FAO, Rome, 2020 (doi: 10.4060/ca9692en).
  • Andersson L., Purugganan M. Molecular genetic variation of animals and plants under domesti-cation. PNAS USA, 2022, 119(30): e2122150119 (doi: 10.1073/pnas.2122150119).
  • Barnosky A.D. Megafauna biomass tradeoff as a driver of Quaternary and future extinctions. PNAS USA, 2008, 105(Suppl 1): 11543-11548 (doi: 10.1073/pnas.0801918105).
  • Sandom C., Faurby S., Sandel B., Svenning J.C. Global late Quaternary megafauna extinctions linked to humans, not climate change. Proc. Biol. Sci., 2014, 281(1787): 20133254 (doi: 10.1098/rspb.2013.3254).
  • Zeder M.A. Core questions in domestication research. PNAS USA, 2015, 112(11): 3191-3198 (doi: 10.1073/pnas.1501711112).
  • Bar-On Y.M., Phillips R., Milo R. The biomass distribution on Earth. PNAS USA, 2018, 115(25): 6506-6511 (doi: 10.1073/pnas.1711842115).
  • FAO. The state of the world’s animal genetic resources for food and agriculture /B. Rischkowsky, D. Pilling (eds.). FAO, Rome, 2007.
  • Hazell P., Wood S. Drivers of change in global agriculture. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci., 2008, 363(1491): 495-515 (doi: 10.1098/rstb.2007.2166).
  • Дарвин Ч. Изменения домашних животных и культурных растений. Т. 4. М.-Л., 1951. 15. Purugganan M.D. What is domestication? Trends Ecol. Evol., 2022, 37(8): 663-671 (doi: 10.1016/j.tree.2022.04.006).
  • Johnsson M., Henriksen R., Wright D. The neural crest cell hypothesis: no unified explanation for domestication. Genetics, 2021, 219(1): iyab097 (doi: 10.1093/genetics/iyab097).
  • Zeder M.A. Pathways to animal domestication. In: Biodiversity in agriculture: domestication, evolution, and sustainability. Cambridge University Press, Cambridge, 2012: 227-259 (doi: 10.1017/CBO9781139019514.013).
  • Kruska D.C. On the evolutionary significance of encephalization in some eutherian mammals: effects of adaptive radiation, domestication, and feralization. Brain Behav. Evol., 2005, 65(2): 73-108 (doi: 10.1159/000082979).
  • Li L.F., Olsen K.M. To have and to hold: selection for seed and fruit retention during crop domestication. Curr. Top. Dev. Biol., 2016, 119: 63-109 (doi: 10.1016/bs.ctdb.2016.02.002).
  • Mueller N.G., Horton E.T., Belcher M.E., Kistler L. The taming of the weed: developmental plasticity facilitated plant domestication. PLoS ONE, 2023, 8(4): e0284136 (doi: 10.1371/journal.pone.0284136).
  • Whitt S.R., Wilson L.M., Tenaillon M.I., Gaut B.S., Buckler E.S. Genetic diversity and selection in the maize starch pathway. PNAS USA, 2002, 99(20): 12959-12962 (doi: 10.1073/pnas.202476999).
  • Purugganan M.D. Evolutionary insights into the nature of plant domestication. Curr. Biol., 2019, 29(14): R705-R714 (doi: 10.1016/j.cub.2019.05.053).
  • Hazzouri K.M., Flowers J.M., Visser H.J., Khierallah H.S.M., Rosas U., Pham G.M., Meyer R.S., Johansen C.K., Fresquez Z.A., Masmoudi K., Haider N., El Kadri N., Idagh-dour Y., Malek J.A., Thirkhill D., Markhand G.S., Krueger R.R., Zaid A., Purugganan M.D. Whole genome re-sequencing of date palms yields insights into diversification of a fruit tree crop. Nat. Commun., 2015, 6: 8824 (doi: 10.1038/ncomms9824).
  • Singh R., Low E.T., Ooi L.C., Ong-Abdullah M., Nookiah R., Ting N.C., Marjuni M., Chan P.L., Ithnin M., Manaf M.A., Nagappan J., Chan K.L., Rosli R., Halim M.A., Azizi N., Budiman M.A., Lakey N., Bacher B., Van Brunt A., Wang C., Hogan M., He D., MacDon-ald J.D., Smith S.W., Ordway J.M., Martienssen R.A., Sambanthamurthi R. The oil palm VI-RESCENS gene controls fruit colour and encodes a R2R3-MYB. Nat. Commun., 2014, 5: 4106 (doi: 10.1038/ncomms5106).
  • Allan A.C., Hellens R.P., Laing W.A. MYB transcription factors that colour our fruit. Trends Plant Sci., 2008, 13(3): 99-102 (doi: 10.1016/j.tplants.2007.11.012).
  • Ottoni C., Flink L.G., Evin A., Geörg C., De Cupere B., Van Neer W., Bartosiewicz L., Linder-holm A., Barnett R., Peters J., Decorte R., Waelkens M., Vanderheyden N., Ricaut F.X., Cakirlar C., Cevik O., Hoelzel A.R., Mashkour M., Karimlu A.F., Seno S.S., Daujat J., Brock F., Pinhasi R., Hongo H., Perez-Enciso M., Rasmussen M., Frantz L., Megens H.J., Crooijmans R., Groenen M., Arbuckle B., Benecke N., Vidarsdottir U.S., Burger J., Cucchi T., Dobney K., Larson G. Pig domestication and human-mediated dispersal in western Eurasia revealed through ancient DNA and geometric morphometrics. Mol. Biol. Evol., 2013, 30(4): 824-832 (doi: 10.1093/molbev/mss261).
  • Lee G.A., Crawford G.W., Liu L., Sasaki Y., Chen X. Archaeological soybean (Glycine max) in East Asia: does size matter? PLoS ONE, 2011, 6(11): e26720 (doi: 10.1371/journal.pone.0026720).
  • Глазко В.И. Генные и геномные подписи доместикации. Сельскохозяйственная биология, 2018, 53(4): 659-672 (doi: 10.15389/agrobiology.2018.4.659rus).
  • Glazko G.V., Koonin E.V., Rogozin I.B. Molecular dating: ape bones agree with chicken entrails. Trends Genet., 2005, 21(2): 89-92 (doi: 10.1016/j.tig.2004.12.006).
  • Wang L., Zhou S., Lyu T., Shi L., Dong Y., He S., Zhang H. Comparative genome analysis reveals the genomic basis of semi-aquatic adaptation in American mink (Neovison vison). Animals (Basel), 2022, 12(18): 2385 (doi: 10.3390/ani12182385).
  • Valipour S., Karimi K., Do D.N., Barrett D., Sargolzaei M., Plastow G., Wang Z., Miar Y. Genome-wide detection of selection signatures for pelt quality traits and coat color using whole-genome sequencing data in American Mink. Genes (Basel), 2022, 13(11): 1939 (doi: 10.3390/genes13111939).
  • Cai Z., Villumsen T.M., Asp T., Guldbrandtsen B., Sahana G., Lund M.S. SNP markers associ-ated with body size and pelt length in American mink (Neovison vison). BMC Genet., 2018, 19(1): 103 (doi: 10.1186/s12863-018-0688-6).
  • Martínez-Ainsworth N.E., Tenaillon M.I. Superheroes and masterminds of plant domestication. Comptes Rendus Biologies, 2016, 339(7-8): 268-273 (doi: 10.1016/j.crvi.2016.05.005).
  • Raviv L., Jacobson S.L., Plotnik J.M., Bowman J., Lynch V., Benítez-Burraco A. Elephants as an animal model for self-domestication. PNAS USA., 2023, 120(15): e2208607120 (doi: 10.1073/pnas.2208607120).
  • Gleeson B.T., Wilson L.A.B. Shared reproductive disruption, not neural crest or tameness, explains the domestication syndrome. Proc. Biol. Sci., 2023, 290(1995): 20222464 (doi: 10.1098/rspb.2022.2464).
  • Brooks J., Yamamoto S. The founder sociality hypothesis. Ecol. Evol., 2021, 11(21): 14392-14404 (doi: 10.1002/ece3.8143).
  • Rodrigues A.M.M., Gardner A. Reproductive value and the evolution of altruism. Trends Ecol. Evol., 2022, 37(4): 346-358 (doi: 10.1016/j.tree.2021.11.007).
  • Ropars J., Giraud T. Convergence in domesticated fungi used for cheese and dry-cured meat maturation: beneficial traits, genomic mechanisms, and degeneration. Curr. Opin. Microbiol., 2022, 70: 102236 (doi: 10.1016/j.mib.2022.102236).
  • Colino-Rabanal V.J., Rodríguez-Díaz R., Blanco-Villegas M.J., Peris S.J., Lizana M. Human and ecological determinants of the spatial structure of local breed diversity. Sci. Rep., 2018, 8: 6452 (doi: 10.1038/s41598-018-24641-3).
  • El-Maarouf-Bouteau H. The seed and the metabolism regulation. Biology (Basel), 2022, 11(2): 168 (doi: 10.3390/biology11020168).
  • Mayer C. Order and complexity in the RNA world. Life (Basel), 2023, 13(3): 603 (doi: 10.3390/life13030603).
  • Shi Y., Yu C., Ma W. Towards an RNA/peptides world by the direct RNA template mechanism: the emergence of membrane-stabilizing peptides in RNA-based protocells. Life (Basel), 2023, 13(2): 523 (doi: 10.3390/life13020523).
  • Brueckner J., Martin W.F. Bacterial genes outnumber archaeal genes in eukaryotic genomes. Genome Biol. Evol., 2020, 12(4): 282-292 (doi: 10.1093/gbe/evaa047).
  • Méheust R., Bhattacharya D., Pathmanathan J.S., McInerney J.O., Lopez P., Bapteste E. For-mation of chimeric genes with essential functions at the origin of eukaryotes. BMC Biol., 2018, 16(1): 30 (doi: 10.1186/s12915-018-0500-0).
  • Al Jewari C., Baldauf S.L. An excavate root for the eukaryote tree of life. Sci. Adv., 2023, 9(17): eade4973 (doi: 10.1126/sciadv.ade4973).
  • La Fortezza M., Rendueles O., Keller H., Velicer G.J. Hidden paths to endless forms most wonderful: ecology latently shapes evolution of multicellular development in predatory bacteria. Commun. Biol., 2022, 5(1): 977 (doi: 10.1038/s42003-022-03912-w).
  • Rendueles O., Zee P.C., Dinkelacker I., Amherd M., Wielgoss S., Velicer G.J. Rapid and wide-spread de novo evolution of kin discrimination. PNAS USA, 2015, 112(29): 9076-9081 (doi: 10.1073/pnas.1502251112).
  • Geraldes A., Ferrand N., Nachman M.W. Contrasting patterns of introgression at X-linked loci across the hybrid zone between subspecies of the European rabbit (Oryctolagus cuniculus). Genet-ics, 2006, 173: 919-933 (doi: 10.1534/genetics.105.054106).
  • Alves J.M., Carneiro M., Day J.P., Welch J.J., Duckworth J.A., Cox T.E., Letnic M., Strive T., Ferrand N., Jiggins F.M. A single introduction of wild rabbits triggered the biological invasion of Australia. PNAS USA, 2022, 119(35): e2122734119 (doi: 10.1073/pnas.2122734119).
  • Adavoudi R., Pilot M. Consequences of hybridization in mammals: a systematic review. Genes (Basel), 2021, 13(1): 50 (doi: 10.3390/genes13010050).
  • Singh A., At V., Gupta K., Sharma S., Kumar S. Long non-coding RNA and microRNA land-scape of two major domesticated cotton species. Comput. Struct. Biotechnol. J., 2023, 21: 3032-3044 (doi: 10.1016/j.csbj.2023.05.011).
  • Jin S., Han Z., Hu Y., Si Z., Dai F., He L., Cheng Y., Li Y., Zhao T., Fang L., Zhang T. Structural variation (SV)-based pan-genome and GWAS reveal the impacts of SVs on the speci-ation and diversification of allotetraploid cottons. Mol. Plant., 2023, 16(4): 678-693 (doi: 10.1016/j.molp.2023.02.004).
  • Ramakrishnan M., Satish L., Kalendar R., Narayanan M., Kandasamy S., Sharma A., Emamver-dian A., Wei Q., Zhou M. The dynamism of transposon methylation for plant development and stress adaptation. Int. J. Mol. Sci., 2021, 22(21): 11387 (doi: 10.3390/ijms222111387).
  • Almojil D., Bourgeois Y., Falis M., Hariyani I., Wilcox J., Boissinot S. The Structural, functional and evolutionary impact of transposable elements in eukaryotes. Genes (Basel), 2021, 12(6): 918 (doi: 10.3390/genes12060918).
  • Глазко В.И., Косовский Г.Ю., Глазко Т.Т. Геномные источники разнообразия как драй-веры доместикации. Сельскохозяйственная биология, 2022, 57(5): 832-851 (doi: 10.15389/agrobiology.2022.5.832rus).
  • Kumar R.P., Senthilkumar R., Singh V., Mishra R.K. Repeat performance: how do genome packaging and regulation depend on simple sequence repeats? Bioessays, 2010, 32(2): 165-174 (doi: 10.1002/bies.200900111).
  • Jordan I.K., Rogozin I.B., Glazko G.V., Koonin E.V. Origin of a substantial fraction of human regulatory sequences from transposable elements. Trends Genet., 2003, 19(2): 68-72 (doi: 10.1016/s0168-9525(02)00006-9).
  • Choudhary M.N., Friedman R.Z., Wang J.T., Jang H.S., Zhuo X., Wang T. Co-opted transpos-ons help perpetuate conserved higher-order chromosomal structures. Genome Biol., 2020, 21(1): 16 (doi: 10.1186/s13059-019-1916-8).
  • Bellefroid M., Rodari A., Galais M., Krijger P.H.L., Tjalsma S.J.D., Nestola L., Plant E., Vos E.S.M., Cristinelli S., Van Driessche B., Vanhulle C., Ait-Ammar A., Burny A., Ciuffi A., de Laat W., Van Lint C. Role of the cellular factor CTCF in the regulation of bovine leukemia virus latency and three-dimensional chromatin organization. Nucleic Acids Res., 2022, 50(6): 3190-3202 (doi: 10.1093/nar/gkac107).
  • Avramova Z., Tikhonov A., Chen M., Bennetzen J.L. Matrix attachment regions and structural colinearity in the genomes of two grass species. Nucleic Acids Res., 1998, 26(3): 761-767 (doi: 10.1093/nar/26.3.761).
  • Argentin J., Bolser D., Kersey P.J., Flicek P. Comparative analysis of repeat content in plant genomes, large and small. Front. Plant Sci., 2023, 14: 1103035 (doi: 10.3389/fpls.2023.1103035).
  • Davidson E., Levin M. Gene regulatory networks. PNAS USA, 2005, 102(14): 4935 (doi: 10.1073/pnas.0502024102).
  • Chuong E.B., Elde N.C., Feschotte C. Regulatory activities of transposable elements: from con-flicts to benefits. Nat. Rev. Genet., 2017, 18(2): 71-86 (doi: 10.1038/nrg.2016.139).
  • Bourque G., Leong B., Vega V.B., Chen X., Lee Y.L., Srinivasan K.G., Chew J.L., Ruan Y., Wei C.L., Ng H.H., Liu E.T. Evolution of the mammalian transcription factor binding repertoire via transposable elements. Genome Res., 2008, 18(11): 1752-1762 (doi: 10.1101/gr.080663.108).
  • Zattera M.L., Bruschi D.P. Transposable elements as a source of novel repetitive DNA in the eukaryote genome. Cells, 2022, 11(21): 3373 (doi: 10.3390/cells11213373).
  • Papolu P.K., Ramakrishnan M., Mullasseri S., Kalendar R., Wei Q., Zou L.H., Ahmad Z., Vinod K.K., Yang P., Zhou M. Retrotransposons: how the continuous evolutionary front shapes plant genomes for response to heat stress. Front. Plant. Sci., 2022, 13: 1064847 (doi: 10.3389/fpls.2022.1064847).
  • Niu X., Chen L., Kato A., Ito H. Regulatory mechanism of a heat-activated retrotransposon by DDR complex in Arabidopsis thaliana. Front. Plant Sci., 2022, 13: 1048957 (doi: 10.3389/fpls.2022.1048957).
  • Le Q.H., Wright S., Yu Z., Bureau T. Transposon diversity in Arabidopsis thaliana. PNAS USA, 2000, 97(13): 7376-7381 (doi: 10.1073/pnas.97.13.7376).
  • Bennetzen J.L. Transposable elements, gene creation and genome rearrangement in flowering plants. Curr. Opin. Genet. Dev., 2005, 15(6): 621-627 (doi: 10.1016/j.gde.2005.09.010).
  • Zhou S., Wei F., Nguyen J., Bechner M., Potamousis K., Goldstein S., Pape L., Mehan M.R., Churas C., Pasternak S., Forrest D.K., Wise R., Ware D., Wing R.A., Waterman M.S., Livny M., Schwartz D.C. A single molecule scaffold for the maize genome. PLoS Genet., 2009, 5(11): e1000711 (doi: 10.1371/journal.pgen.1000711).
  • Cheng C., An L., Li F., Ahmad W., Aslam M., Ul Haq M.Z., Yan Y., Ahmad R.M. Wide-range portrayal of AP2/ERF transcription factor family in maize (Zea mays L.) development and stress responses. Genes (Basel), 2023, 14(1): 194 (doi: 10.3390/genes14010194).
  • Xiong R., Chu Z., Peng X., Cui G., Li W., Dong L. Transcript-wide identification and expression pattern analysis to comprehend the roles of AP2/ERF genes under development and abiotic stress in Trichosanthes kirilowii. BMC Plant Biol., 2023, 23(1): 354 (doi: 10.1186/s12870-023-04362-0).
  • Deneweth Jю, Van de Peer Yю, Vermeirssen V. Nearby transposable elements impact plant stress gene regulatory networks: a meta-analysis in A. thaliana and S. lycopersicum. BMC Genomics, 2022, 23(1): 18 (doi: 10.1186/s12864-021-08215-8).
  • Bariah I., Gribun L., Kashkush K. Transposable elements are associated with genome-specific gene expression in bread wheat. Front. Plant Sci., 2023, 13: 1072232 (doi: 10.3389/fpls.2022.1072232).
  • Voronova A., Rendón-Anaya M., Ingvarsson P., Kalendar R., Ruņģis D. Comparative study of pine reference genomes reveals transposable element interconnected gene networks. Genes (Basel), 2020, 11(10): 1216 (doi: 10.3390/genes11101216).
  • Voronova A. Retrotransposon expression in response to in vitro inoculation with two fungal path-ogens of Scots pine (Pinus sylvestris L.). BMC Res. Notes, 2019, 12(1): 243 (doi: 10.1186/s13104-019-4275-3).
  • Yang T., Wang D., Tian G., Sun L., Yang M., Yin X., Xiao J., Sheng Y., Zhu D., He H., Zhou Y. Chromatin remodeling complexes regulate genome architecture in Arabidopsis. The Plant Cell, 2022, 34(7): 2638-2651 (doi: 10.1093/plcell/koac117).
  • Mukherjee K., Moroz L.L. Transposon-derived transcription factors across metazoans. Front. Cell. Dev. Biol., 2023, 11: 1113046 (doi: 10.3389/fcell.2023.1113046).
  • Dunn-Fletcher C.E., Muglia L.M., Pavlicev M., Wolf G., Sun M.A., Hu Y.C., Huffman E., Tumukuntala S., Thiele K., Mukherjee A., Zoubovsky S., Zhang X., Swaggart K.A., Lamm K.Y.B., Jones H., Macfarlan T.S., Muglia L.J. Anthropoid primate-specific retroviral element THE1B controls expression of CRH in placenta and alters gestation length. PLoS Biol., 2018, 16(9): e2006337 (doi: 10.1371/journal.pbio.2006337).
  • Batista R.A., Moreno-Romero J., Qiu Y., van Boven J., Santos-González J., Figueiredo D.D., Köhler C. The MADS-box transcription factor PHERES1 controls imprinting in the endosperm by binding to domesticated transposons. eLife, 2019, 8: e50541 (doi: 10.7554/eLife.50541).
  • Qiu Y., Köhler C. Mobility connects: transposable elements wire new transcriptional networks by transferring transcription factor binding motifs. Biochem. Soc. Trans., 2020, 48(3): 1005-1017 (doi: 10.1042/BST20190937).
  • Sharifi R., Ryu C.M. Social networking in crop plants: wired and wireless cross-plant communi-cations. Plant Cell Environ., 2021, 44(4): 1095-1110 (doi: 10.1111/pce.13966).
  • Rosenberg E., Sharon G., Atad I., Zilber-Rosenberg I. The evolution of animals and plants via symbiosis with microorganisms. Environ. Microbiol. Rep., 2010, 2(4): 500-506 (doi: 10.1111/j.1758-2229.2010.00177.x).
  • Guerrero R., Margulis L., Berlanga M. Symbiogenesis: the holobiont as a unit of evolution. Int. Microbiol., 2013, 16(3): 133-143 (doi: 10.2436/20.1501.01.188).
  • Feng L., Dong T., Jiang P., Yang Z., Dong A., Xie S.Q., Griffin C.H., Wu R. An ECO-EVO-DEVO genetic network model of stress response. Hortic. Res., 2022, 9: uhac135 (doi: 10.1093/hr/uhac135).
  • Christmas M.J., Kaplow I.M., Genereux D.P., Dong M.X., Hughes G.M., Li X., Sullivan P.F., Hindle A.G., Andrews G., Armstrong J.C., Bianchi M., Breit A.M., Diekhans M., Fanter C., Foley N.M., Goodman D.B., Goodman L., Keough K.C., Kirilenko B., Kowalczyk A., Law-less C., Lind A.L., Meadows J.R.S., Moreira L.R., Redlich R.W., Ryan L., Swofford R., Valen-zuela A., Wagner F., Wallerman O., Brown A.R., Damas J., Fan K., Gatesy J., Grimshaw J., Johnson J., Kozyrev S.V., Lawler A.J., Marinescu V.D., Morrill K.M., Osmanski A., Paulat N.S., Phan B.N., Reilly S.K., Schäffer D.E., Steiner C., Supple M.A., Wilder A.P., Wirthlin M.E., Xue J.R., Zoonomia Consortium, Birren B.W., Gazal S., Hubley R.M., Koepfli K.P., Marques-Bonet T., Meyer W.K., Nweeia M., Sabeti P.C., Shapiro B., Smit A.F.A., Springer M.S., Teel-ing E.C., Weng Z., Hiller M., Levesque D.L., Lewin H.A., Murphy W.J., Navarro A., Paten B., Pollard K.S., Ray D.A., Ruf I., Ryder O.A., Pfenning A.R., Lindblad-Toh K., Karlsson E.K. Evolutionary constraint and innovation across hundreds of placental mammals. Science, 2023, 380(6643): eabn3943 (doi: 10.1126/science.abn3943).
  • Davenport K.M., Massa A.T., Bhattarai S., McKay S.D., Mousel M.R., Herndon M.K., White S.N., Cockett N.E., Smith T.P.L., Murdoch B.M. Characterizing genetic regulatory ele-ments in ovine tissues. Front. Genet., 2021, 12: 628849 (doi: 10.3389/fgene.2021.628849).
  • Xiang R., Berg I.V.D., MacLeod I.M., Hayes B.J., Prowse-Wilkins C.P., Wang M., Bolormaa S., Liu Z., Rochfort S.J., Reich C.M., Mason B.A., Vander Jagt C.J., Daetwyler H.D., Lund M.S., Chamberlain A.J., Goddard M.E. Quantifying the contribution of sequence variants with regula-tory and evolutionary significance to 34 bovine complex traits. PNAS USA, 2019, 116(39): 19398-19408 (doi: 10.1073/pnas.1904159116).
  • Naval-Sanchez M., Nguyen Q., McWilliam S., Porto-Neto L.R., Tellam R., Vuocolo T., Re-verter A., Perez-Enciso M., Brauning R., Clarke S., McCulloch A., Zamani W., Naderi S., Re-zaei H.R., Pompanon F., Taberlet P., Worley K.C., Gibbs R.A., Muzny D.M., Jhangiani S.N., Cockett N., Daetwyler H., Kijas J. Sheep genome functional annotation reveals proximal regula-tory elements contributed to the evolution of modern breeds. Nat. Commun., 2018, 9(1): 859 (doi: 10.1038/s41467-017-02809-1).
  • Albert F.W., Kruglyak L. The role of regulatory variation in complex traits and disease. Nat. Rev. Genet., 2015, 16(4): 197-212 (doi: 10.1038/nrg3891).
Еще
Статья обзорная
QR-код для установки приложения SciUp Наведите камеру и скачайте бесплатное приложение SciUp