Dynmicrobiotcch: программный модуль для автоматической реконструкции фреймовых динамических моделей генных сетей микроорганизмов
Автор: Лашин С.А., Казанцев Ф.В., Лахова Т.Н., Матушкин Ю.Г.
Журнал: Проблемы информатики @problem-info
Рубрика: Прикладные информационные технологии. Биоинформатика
Статья в выпуске: 4 (65), 2024 года.
Бесплатный доступ
Современные генетические технологии используются в промышленной биотехнологии для конструирования микробиологических штаммов-продуцентов с целевыми характеристиками на основе тесной интеграции экспериментальных и информационно-компьютерных подходов. Все большая доступность геномных данных и методов их функциональной аннотации требует разработки новых методов системной биологии, в частности, методов реконструкции генных сетей и метаболических путей, контролирующих целевые процессы и характеристики микроорганизмов, на основе информации о секвенированных геномах, а также методов построения математических моделей этих сетей и путей. В данной работе представлен программный модуль DyiiMicrobiotcch для автоматической реконструкции фреймовых математических моделей на основе метода обобщенного химико-кинетического моделирования. Входными данными для модуля являются аннотация и разметка генома, выходными - сгенерированная модель в виде системы обыкновенных дифференциальных уравнений, записанная в формате SBML.
Обобщенный химико-кинетический метод моделирования, дифференциальные уравнения, геннные сети
Короткий адрес: https://sciup.org/143184147
IDR: 143184147 | DOI: 10.24412/2073-0667-2024-4-56-68