Филогенетическое разнообразие бактерий семейства Micrococcaceae, выделенных из биотопов с различным антропогенным воздействием

Micrococcaceae – семейство порядка Actinomycetales , включающее роды грамположи-тельных, облигатно и факультативно аэробных бактерий, имеющих широкое распространение в почвенных и водных экосистемах. Типовым для семейства является род Micrococcus , впервые описанный Cohn F. в 1872 г. Семейство Micro-coccaceae , предложенное E. Pribram [1929], было в дальнейшем изменено E. Stackebrandt с коллегами

• [1997]    на основе последовательностей гена 16S рРНК. Помимо типового рода Micrococcus , в семейство были включены роды Arthrobacter [Conn, Dimmick, 1947], Kocuria [Koch, Schumann, Stackebrandt, 1995], Nesterenkonia [Stackebrandt et al., 1995], Renibacterium [Sanders, Fryer, 1980], Rothia [Georg, Brown, 1967], Stomatococcus [Ber-gan, Kocur, 1982], Citricoccus [Altenburger et al., 2002], Acaricomes [Pukall et al., 2006], Zhihen-gliuella [Zhang et al., 2007], Yaniella [Li, Zhi, Euzéby, 2008], Sinomonas [Zhou et al., 2009], Auri-

  © Ястребова О. В., Плотникова Е. Г., 2020

tidibacter [Yassin et al., 2011] и Enteractinococcus [Cao et al., 2012]. В 2016 г. виды рода Arthrobacter были реклассифицированы в отдельные 5 родов семейства: Paenarthrobacter, Pseudoarthrobacter, Glutamicibacter, Paeniglutamicibacter, Pseudoglu-tamicibacter [Busse, 2016] .

Представители семейства Micrococcaceae встречаются в морских экосистемах, в тканях растений, на поверхности кожи млекопитающих, а также являются типичными обитателями почвенных экосистем. Бактерии данного семейства присутствуют как в загрязненных, так и в неподверженных антропогенному воздействию почвах, где представляют значимую часть культивируемых микроорганизмов. Среди представителей семейства Micrococcaceae описаны деструкторы устойчивых, токсичных органических соединений, в том числе полициклических ароматических углеводородов и фталатов [Hu, Yang, Wang, 2015; Vandera et al., 2015]. В семействе Micrococcaceae обнаружены галофильные виды, принадлежащие к родам Nesterenkonia и Kocuria, имеющие оптимум роста в средах с повышенным содержанием соли, а также галотолерантные бактерии рода Arthrobacter [Kushner, 1978; Hamedi, Mohammadipanah, Vento- sa, 2013].

Цель работы – филогенетическая характеристика бактерий семейства Micrococcaceae , выделенных из разных экотопов Пермского края.

Материалы и методы исследования

Из рабочей коллекции микроорганизмов Лаборатории молекулярной микробиологии и биотехнологии Института экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН отобран 41 штамм бактерий, идентифицированных ранее как представители семейства Micrococcaceae . Исследуемые штаммы были выделены из различающихся по физикохимическим условиям среды экотопов: образцов калийных солей (каменная соль, карналлит) из Верхнекамского месторождения калийно-магние-вых солей (ВКМС); техногенно-минеральных образований (ТМО); почв, грунтов и донных отложений, загрязненных отходами химических и соледобывающих производств (г. Березники, Соликамск, Пермский край), из почвы сельскохозяйственного использования (г. Оса, Пермский край), активного ила очистных сооружений г. Перми (табл. 1).

Таблица 1

Штаммы и источники выделения бактерий сем. Micrococcaceae

Источник выделения	Штамм
Калийные соли (ВКМС)
Каменная соль (глубина 239.7–239.8 м)	38-1
Карналлит (глубина 254.2–254.4 м)	43-1
Каменная соль (глубина 372.2–372.4 м)	69-6
Каменная соль (глубина 411.5-411.6 м)	72-1
	72-2
	72-4
Глина (мергель, глубина 326.9–327.0 м)	YKS63

Соледобывающие предприятия (г. Березники)

ТМО, шламохранилище (глубина 0.5 м)	BO19
ТМО, шламохранилища (глубина 0.2 м)	ВО37
ТМО2, шламохранилище (глубина 0.2 м)	BO25
ТМО2, шламохранилище (глубина 0.4 м)	BO34-1
ТМО2, шламохранилище (глубина 0.3м)	BO21
Почва на расстоянии 500 м от солеотвала	B1
Почва на расстоянии 5 м от солеотвала	SN17 (ВКМ Ас-2065)
Почва на расстоянии 500 м от солеотвала	SMB11 (ВКМ Ас-2552)
	SMB145 (ВКМ Ас-2551)
	SF27 (ВКМ Ас-2063)
Донные отложения р. Зырянка, вблизи солеотвала	DF14 (ВКМ Ас-2064)
Почва/грунт на расстоянии 3‒10 м от солеотвала	B901 ВКМ Ac-2548
	B904 (ВКМ Ac-2549)
	B905 (ВКМ Ac-2550)
Донные отложения промышленных стоков, «Промканал»	PD13
Ризосферная почва бескильницы расставленной ( Puccinellia distans ), около солеотвала	PB8-1

Окончание табл. 1
Источник выделения	Штамм
Соледобывающие предприятия (г. Соликамск)
Ризосферная почва бескильницы расставленной ( Puccinellia distans ), 4 м от рассолосборника, около солеотвала	BR3-22(1)
	BR3-22(2)
	BR4-2
Ризосферная почва ежи сборной ( Dactylis glomerata ), около солеотва-ла (загрязнение дизельным топливом)	NDT16
	NDT18
	EDT13
Ризосферная почва мятлика лугового ( Poa pratensis ), 5‒10 м от со-леотвала	M56-102
	104
	ML 17
	М87-1
	М46-10
	M45-1N
Ризосферная почва мятлика лугового ( Poa pratensis ), 20 м от солеот-вала	72
	M55-2N
	M55-5N
ООПТ «Осинская лесная дача» (г. Оса)
Почва	WD25

Биологические очистные сооружения (г. Пермь)

Активный ил	SA7
	SA14

Для уточнения таксономического положения отобранных штаммов были проведены амплификация, секвенирование и филогенетический анализ гена 16S рРНК. Чистые культуры бактерий выращивали на агаризованной богатой среде Раймонда [Raymond, 1961] с добавлением 5 г/л триптона и 2.5 г/л дрожжевого экстракта в качестве ростовых субстратов.

Выделение ДНК из биомассы колоний, выросших на агаризованной среде, осуществляли методом щелочного лизиса. Единичная колония культуры помещалась в пробирку «эппендорф», содержащую 100 мкл 0.05N NaOH. Смесь инкубировали при температуре 95 ^о С 15 мин., затем охлаждали в течение 15 мин. при температуре 20°С и центрифугировали при 12 000 об/мин 2 мин. Для проведения амплификации генов 16S рРНК отбирали 1 мкл супернатанта лизата.

Амплификацию гена 16S рРНК проводили с использованием бактериальных праймеров 27F (5`-AGAGTTTGATC(A/C)TGGCTCAG-3`) и 1492R (5`-АСGG(C/T)TACCTTGTTACGACTT-3`) на приборе My Cycler “Bio-Rad Laboratories” (США) согласно описанию [Weisburg et al., 1991]. Определение нуклеотидных последовательностей проводили с применением набора реактивов Big Dye Terminator Cycle Sequencing Kit v. 3.1 на автоматическом секвенаторе Genetic Analyser 3500XL “Applied Biosystems” (США) согласно рекомендациям производителя.

Филогенетический анализ полученных нуклеотидных последовательностей 16S рДНК осуществляли с использованием программ CLUSTAL W , Sequence Scanner v

2.0. Поиск гомологичных последовательностей осуществляли при использовании баз данных GenBank и EzTaxon . Филогенетическое дерево строили с помощью программы MEGA7 c использованием метода «neighbor joining» [Kumar, 2016].

Результаты и их обсуждение

Штаммы бактерий, изолированные из различных экотопов Пермского края (табл. 1), были идентифицированы на основании анализа гена 16S рРНК, как представители класса Actinobacteria, порядка Micrococcales , семейства Micrococcaceae. Исследуемые штаммы были отнесены к родам: Ar-throbacter, Pseudoarthrobacter, Glutamicibacter, Micrococcus, Kocuria, Nesterenkonia, Rothia .

Бактерии рода Arthrobacter

Девять штаммов бактерий рода Arthrobacter были изолированы из образцов почвы и донных отложений водоемов, отобранных в районе разработок ВКМС (табл. 1, 2). Восемь штаммов были близкородственны виду А. crystallopoietes (сходство с типовым штаммом вида по генам 16S рРНК составляло 99.7–99.89%) (табл. 2).

Штамм M56-102 наиболее близок виду A. echini (сходство по генам 16S рРНК – 98.05%) (табл. 2).

На дендрограмме, показывающей филогенетические отношения исследуемых бактерий родов Arthro-bacter, Glutamicibacter и Pseudoarthrobacter, показано, что данные штаммы разделяются на четыре кластера, имеющих отдельные ветви. Восемь штаммов рода Arthrobacter группируются с типовым штаммом вым штаммом вида A. echini, (рис. 1).

вида A. сrystallopoietes , а штамм M56-102 – с типо-

Таблица 2

Результаты филогенетического анализа штаммов рода Arthrobacter

Штамм	Типовой штамм ближайшего родственного вида, номер в базе данных GenBank	Количество сравниваемых нуклеотидов	Сходство генов 16S рРНК, %
B1	Arthrobacter crystallopoietes DSM 20117 T (Х80738)	512	99.61
SMB11 B901 B904 B905 SMB145	Arthrobacter crystallopoietes DSM 20117 T (Х80738)	1400	99.70
SF27	Arthrobacter crystallopoietes DSM 20117 T (Х80738)	1400	99.85
DF14	Arthrobacter crystallopoietes DSM 20117 T (Х80738)	940	99.89
M56-102	Arthrobacter echini AM23 T (NR 148833)	871	99.00

Ранее было установлено, что выделенные штаммы Arthrobacter spp. обладают широкой субстратной специфичностью и способны к росту на моно- и поли-ароматических углеводородах, а также фталатах при культивировании в присутствии 3%-ного NaCl. Все штаммы использовали орто -фталат ( орто -ФК) и дибутилфталат (ДБФ), протокатеховую кислоту, а также нафталин в качестве единственного источника углерода и энергии; два штамма (SF27 и DF14) растут также на фенантрене [Плотникова и др., 2011; Гагар-ских, Корсакова, 2014].

Бактерии рода Pseudoarthrobacter

Четыре штамма, изолированных из шламохра-нилища соледобывающего предприятия (штаммы BO21, BO19, BO34-1) и из донных отложений промышленных стоков г. Березники (штамм PD13), ранее были идентифицированы как представители рода Arthrobacter, однако согласно новой классификации, основанной на данных хемо-таксономических характеристик и филогенетическом анализе [Busse, 2016], были отнесены к новому роду Pseudoarthrobacter (табл. 3).

Таблица 3

Результаты филогенетического анализа штаммов рода Pseudoarthrobacter

Штамм	Типовой штамм ближайшего родственного вида и номер в базе данных GenBank	Количество сравниваемых нуклеотидов	Сходство генов 16S рРНК, %
PD13	Pseudoarthrobacter siccitolerans 4J27 (NR108849)	850	99,03
BO21	Pseudoarthrobacter oxydans DSM 20119 T	1388	99,20
BO19	Pseudoarthrobacter oxydans DSM 20119 T (Х83408)	1233	100
BO34-1	Pseudoarthrobacter oxydans DSM 20119 T (Х83408)	1401	100

Штаммы BO21, BO19 BO34-1 были близкородственны штамму P. oxydans DSM 20119 ^T (сходство по гену 16S рРНК 99,20–100%), штамм PD13 показал сходство на уровне 99,03% с типовым штаммом вида P. siccitolerans . Филогенетический анализ, основанный на сравнении нуклеотидных последовательностей гена 16S рРНК, показал, что исследуемые бактерии рода Pseudoarthrobacter находятся в одном кластере со штаммами видов P. oxydans, P. phe-nantrenivorans и P. siccitolerans (рис. 1).

Как было показано ранее, выделенные штаммы рода Pseudoarthrobacter способны к утилизации ароматических субстратов, в частности орто- ФК, ДБФ, нафталина, салицилата, бензоата [Корсакова, Пьянкова, Плотникова, 2013; Гагарских, Корсакова, 2014; Гагарских, Ястребова, 2017].

Бактерии рода Glutamicibacter

Девять штаммов, выделенных из образцов почв района солеразработок: почвы вблизи солеотвала

(штаммы SN17, PB8-1, NDT16, NDT18, EDT13), шламохранилища (штамм BO25), рассолосборника (штаммы BR3-22(1), BR3-22(2), BR4-2), были ранее отнесены к роду Arthrobacter [Плотникова и др. 2011; Гагарских, Корсакова 2014]. Однако на основании новой классификации, предложенной Busse [Busse, 2016], штаммы были реклассифицированы как представители рода Glutamicibacter .

Штаммы SN17 и PB8-1 показали наибольшее сходство с типовым штаммом вида G. arilaitensis (100%-ное сходство по гену 16S рРНК), штаммы BO25, BR4-2, NDT16, NDT18 и EDT13 близкородственны G. nicotianae DSM 20123T (сходство -98,85–99,25%), штаммы BR3-22(1) и BR3-22(1) наиболее близки G. halophytocola KLBMPT (сходство 99,00 -99,41%) (табл. 4). В то же время, на дендрограмме (рис. 1), показывающей филогенетические отношения исследуемых бактерий (ген 16S рРНК), видно, что штаммы BR3-22(1), BR3-22(2), EDT13, NDT16, NDT18, BR4-2, BO25 рас- полагаются на одной ветви (составляют один кластер) со штаммом вида G. halophytocola. Штаммы

PB8-1, SN17 хорошо кластеризуются с типовым штаммом вида G. arilaitensis (рис. 1).

BR3-!2(H BR3-22P)

fflt/tommiKria-hofo^ytocdaKLEMP 5180' (JX993762)

EDT13

64 --МОП 6

BR4-2

MDT18

ВО25

---- Gi utamicibac ter п/го &№ DS M 2 0123¹ (N R 0 2619 0)

iPB8-l

;i\ii7

G/ cftom/riboc ter onto tenss R e ll 7 (N R 0 7 4 6 03)

G/ иtomtritoc terbergere/ Cal06' (NR 025612)

13/vtom/ri tor ter pro top tom? toe DSM 20183' (NR 026195)

*■ throb Deter gtosery/so// DCV811 (KF212463)

■ ^throbDctergtob/Vbrmrs J CM 1332' (NR 112192) ’sectoorthrobartersc^n/rormpsALL1 (NR 025084) iA-throbDCtero/ytoeKV-eSl1 (NR 041545)

A-throbDCterpDJcer?3 DSM 2 0 545' (NR 0 2 6191)

ВС21

0034-1

PD13

’sevd od г thro be c ter p b его nttosr? г того/? 5Sphe3'(NR 0 7 47 70) ’sevdoorttoobDcteroxytoosDSM 201 "19¹ (NR 026236)

’seydoDrttoobDctorricritoterms 4J2 7 (NR 108849)

М 56-102

-A-thrabD/rterechYm AM231 (NR 148833)

62 '---jArthrabDCterp/tiocDDVDeTpl¹ (NR 13 39 69) ^toroborter raseos C№9O' (NR 028925)

thro batter koreensis CAI 5-8' (NR 0 2 5 665)

SMB11, Bl

0905, B901,. 0904

SMB145

A-thrabc c tore/уз totopo fetesDSM20117 (NR 026189)

кипу

Рис. 1 . Дендрограмма, отображающая филогенетическое положение штаммов родов Arthrobacter , Pseudoarthrobacter и Glutamicibacter

Таблица 4

Результаты филогенетического анализа штаммов рода Glutamicibacter

Штамм	Типовой штамм ближайшего родственного вида и номер в базе данных GenBank	Количество сравниваемых нуклеотидов	Сходство генов 16S рРНК, %
SN17	Glutamicibacter arilaitensis Re117 T (NR_074608)	823	100
PB8-1		856
NDT16	Glutamicibacter nicotianae DSM 20123 T (NR_026190)	873	98.85
NDT18		916
BR4-2	Glutamicibacter nicotianae DSM 20123 T (NR_026190)	847	99.00
BO25	Glutamicibacter nicotianae DSM20123 T (NR_026190)	823	99.10
EDT13	Glutamicibacter nicotianae DSM 20123 T (NR_026190)	1340	99.25
BR3-22(1)	Glutamicibacter halophytocola KLBMP T (JX993762)	850	99.00
BR3-22(2)	Glutamicibacter halophytocola KLBMP T (JX993762)	848	99.41

Исследуемые штаммы Glutamicibacter spp. , как было установлено ранее, способны к деструкции фталатов ( орто- ФК, ДБФ), бензоата, а штаммы SN17,

BO25 – к разложению нафталина и салицилата [Плотникова и др., 2011; Корсакова, Пьянкова, Плотникова, 2013; Гагарских, Корсакова, 2014].

Бактерии рода Micrococcus

Восемь штаммов бактерий рода Micrococcus выделены из разных биотопов района солеразработок: шесть штаммов – из образцов калийных солей, отобранных с глубины 254.2–411.6 м; штамм

BO37 – из образца ТМО шламохранилища, а штамм 104 – из ризосферной почвы мятлика лугового (табл. 1). Все штаммы, согласно анализу генов 16S рРНК, близкородственны Micrococcus lu-teus ATCC 4698 ^T на уровне 99.13–100% (табл. 5, рис. 2).

Таблица 5

Результаты филогенетического анализа штаммов рода Micrococcus

Штамм	Типовой штамм ближайшего родственного вида и номер в базе данных GenBank	Количество сравниваемых нуклеотидов	Сходство генов 16S рРНК, %
69-6	Micrococcus luteus NCTC 2665 T (CP001628)	814	99.13
38-1	Micrococcus luteus NCTC 2665 T (CP001628)	1383	99.57
43-1	Micrococcus luteus NCTC 2665 T (CP001628)	1237	99.59
YKS63	Micrococcus luteus NCTC 2665 T (CP001628)	752	99.73
72-1	Micrococcus luteus NCTC 2665 T (CP001628)	739	100
72-4		784
ВО37		500
104		886

BO37

YKS63

38-1

43-1

94 69-6

72-1, 72-4

Micrococcus luteus ATCC 4698T (CP 035298)

Micrococcus aloeverae AE-6T (NR 134088)

Micrococcus yunnanensis YIM 65004T (NR 116578)

Micrococcus lylae DSM 20315T (NR 026200)

Micrococcus endophyticus YIM 56238T (NR 044365)

Citricoccus nitrophenolicus PNP1T (NR 117546)

Micrococcus terreus V3M1T (NR 116649)

59                                Micrococcus cohnii WS4601T (NR 117194)

Micrococcus antarcticus T2T (NR 025285.1)

Micrococcus flavus LW4T (NR 043881)

Рис. 2. Дендрограмма, отображающая филогенетическое положение штаммов рода Micrococcus

Установлено, что все исследуемые штаммы рода Micrococcus способны к утилизации бензоата, а штаммы YKS63, 43-1 и 72-1 растут также на орто- ФК, но не способны к деструкции полиарома-тических углеводородов [неопубликованные данные].

Бактерии рода Kocuria

Штаммы рода Kocuria были выделены из ризосферы мятлика лугового, произрастающего на за- соленной почве (5 штаммов), один штамм ‒ из глубинной породы каменной соли и один штамм ‒ из почвы агроэкосистемы (табл. 1). Выделенные штаммы близкородственны (по гену 16S рРНК) c типовыми штаммами трех видов рода Kocuria: K. arsenatis, K. rosea, K. polaris (табл. 6, рис. 3).

Филогенетический анализ, основанный на сравнении нуклеотидных последовательностей гена 16S рРНК, показал, что исследуемые бактерии рода Kocuria разделяются на 3 кластера: штамм ML17 находится в одном кластере с видами K. ar- senatis и K. rhizophila, штамм M45-1N – на одной ветви со штаммом K. polaris, а штаммы М46-10, 72 и 72-2 – в кластере с видом K. rosea (рис. 3). Штамм M87-1 представлен на отдельной ветви, имеет небольшой процент сходства (98.94%) с типовым штаммом вида Kocuria arsenatis, в дальнейшем может представлять интерес для описания нового таксона (вида) рода Kocuria.

Таблица 6

Результаты филогенетического анализа штаммов рода Kocuria

Штамм	Типовой штамм ближайшего родственного вида и номер в базе данных GenBank	Количество сравниваемых нуклеотидов	Сходство генов 16S рРНК, %
WD25	Kocuria arsenatis CM1E1 T (KM874399)	918	99,78
М87-1	Kocuria arsenatis CM1E1 T (KM874399)	941	98,94
ML17	Kocuria arsenatis CM1E1 T (KM874399)	895	100
M45-1N	Kocuria polaris CMS 76or T (AJ278868)	743	99,70
М46-10	Kocuria rosea DSM 20447 T (X87756)	892	99,66
72-2	Kocuria rosea DSM 20447 T (X87756)	721	99,77
72	Kocuria rosea DSM 20447 T (X87756)	860	100

Как показано ранее, штаммы Kocuria sp. WD25 и ML17 обладают широкой субстратной специфичностью и способны к деструкции ряда моно- и полиароматических углеводородов: фенантрена, нафталина, бензоата, а также орто -ФК и ДБФ [Юдин, Ястребова, Плотникова, 2019].

Бактерии рода Nesterenkonia

Два штамма M55-5N и M55-2N рода Nesteren-konia были выделены из ризосферы мятлика лугового, произрастающего на засоленной почве (табл. 1). На основании анализа гена 16S рРНК штаммы отнесены к виду N. halotolerans со сходством 100% с типовым штаммом вида. На дендрограмме данные штаммы находятся в одном кластере с типовым штаммом вида N. halotolerans (рис. 4).

Показано, что исследуемые штаммы рода Nesterenkonia не обладают деградативной активностью в отношении моно- и полиароматических углеводородов и фталатов [неопубликованные данные].

Бактерии рода Rothia

Два штамма рода Rothia были выделены из образца активного ила биологических очистных сооружений предприятия ОАО «Сибур-Химпром» (г. Пермь).

Как показал филогенетический анализ, исследуемые штаммы SA7 и SA14 находятся в одном кластере с типовым штаммом вида R. amarae (рис. 5). Сходство по генам 16S рРНК составляет 99.88% (штамм SA7) и 100% (штамм SA14).

Установлено, что выделенные штаммы Rothia sp. SA7 и SA14 растут на бензоате и ортоФК, но не способны к росту на сложных эфирах фталевой кислоты [Ястребова, Юдин, Плотникова, 2019].

Заключение

В результате проведенной работы были исследованы бактерии семейства Micrococcaceae (порядок Actinomycetales ), выделенные из различных биотопов Пермского края. Показано филогенетическое разнообразие и широкое распространение представителей семейства Micrococcaceae : штаммы были выделены из образцов почв и ризосферы растений, образцов шламов, активного ила очистных сооружений, а также соленосной толщи Верхнекамского месторождения (породы карналлита и каменной соли). Наибольшее разнообразие видов бактерий семейства Micrococcaceae было выявлено в почве и ризосфере растений, произрастающих вблизи солеотвалов. На основании анализа гена 16S рРНК исследуемые штаммы семейства Micrococcaceae были отнесены к семи родам: Arthrobacter (9 штаммов), Pseudoarthrobacter (4 штамма), Glutamicibacter (9 штаммов), Micrococcus (8 штаммов), Kocuria (7 штаммов), Nesterenkonia (2 штамма), Rothia (2 штамма). Среди исследованных бактерий сем. Micrococcaceae наибольшей субстратной специфичностью по отношению к моно- и полиароматическим углеводородам и фталатам обладали штаммы родов Arthro-bacter и Glutamicibacter.

Полученные данные расширяют наши представления о бактериях семейства Micrococcaceae – представителях микрофлоры экосистем с повышенным засолением среды и высокой промышленной нагрузкой. Штаммы бактерий данного семейства являются перспективными для разработки на их основе биотехнологий очистки загрязненных почв и промышленных стоков.

Kocuria rosea DSM 20447^T (MN840035)

M46-10

72-2

Kocuria salina Hv14b^T (NR 159199)

M45-1N

60 Kocuria polaris CMS 76or^T (KX959605) Kocuria himachalensis JCM 13326^T (LC113906)

Paenarthrobacter nitroguajacolicus G2-1^T (MK424299)

Kocuria aegyptia YIM 70003^T (NR 043511)

Kocuria dechangensis NEAU-ST5-33^T (NR 137239)

Kocuria oceani FXJ8.095^T (NR 156033)

Kocuria flava HO-9041^T (CP013254)

Kocuria sediminis FCS-11^T(NR 118222)

Kocuria turfanensis HO-9042^T (MN826469)

78 Kocuria turfanensis HO-9042^T (CP014480)

Kocuria subflava YIM 13062^T(NR 144586)

100 Kocuria assamensis S9-65^T (KT989850)

Kocuria palustris TAGA27^T (NR 026451)

Kocuria halotolerans YIM 90716^T (NR 044025)

Kocuria koreensis P31^T (NR 116745)

Kocuria uropygioeca 257^T (NR 157676)

85 Kocuria uropygialis 36^T (NR 157675)

Kocuria marina KMM 3905^T (NR 025723)

Kocuria indica NIO-1021^T (NR 133767)

Kocuria pelophila RS-2-3^T (NR 151938)

89 Kocuria carniphila CCM 132^T (NR 027193)

Kocuria atrinae P30^T (KT989856)

Kocuria gwangalliensis SJ2^T (NR 116266)

70     M87-1

Kocuria tytonicola 489^T (MG 547560)

78      Kocuria salsicia 104^T (NR 117299)

Kocuria varians ATCC 15306^T (NR 114674)

WD25

ML17

Kocuria arsenatis CM1E1^T (NR 148610)

Kocuria rhizophila DSM 11926^T(KJ476722)

0.002

Рис. 3. Дендрограмма, отображающая филогенетическое положение штаммов рода Kocuria

M55-5N

Nesterenkonia halotolerans YIM70084^T(NR 029073)

M55-2N

Nesterenkonia sandarakina YIM 70009^T(NR 029119)

Nesterenkonia jeotgali JG-241^T (NR 043279)

Nesterenkonia lutea YIM 70081^T(NR 029120)

85 Nesterenkonia luteus YIM 70081^T(AY588278)

Nesterenkonia aurantiaca CK5^T (NR 148812)

Citricoccus lacusdiani JXJ CY21^Т (KT318581)

Nesterenkonia halobia DSM 20541^Т (NR 026197)

100 Nesterenkonia halophile YIM 70179^Т (NR 043205)

Nesterenkonia xinjiangensis YIM70097^Т (NR 029075)

Nesterenkonia suensis Sua-BAC020^Т (NR 116866)

Nesterenkonia aethiopica DSM 17733^Т (NR 042989)

Nesterenkonia lacusekhoensis EL-30^Т (NR 028928)

Nesterenkonia cremea 10C^Т (NR 156955)

Nesterenkonia flava CAAS 251^T (NR 044353)

Nesterenkonia alba CAAS 252^Т (NR 044527)

Nesterenkonia massiliensis NP1^Т (NR 144709)

100     Nesterenkonia rhizosphaerae EGI 80099^Т (NR 134096)

0.005

Рис. 4 . Дендрограмма, отображающая филогенетическое положение штаммов рода Nesterenkonia

SA7

0.1

8С

SA14

Rothia amarae J18 ^T (NR 029045)

Rothia aerolata CCM 8669 ^T (MT760050)

Rothia kristinae DSM 20032 ^Т (NR 026199)

8f L Kocuria subflava YIM 13062 ^Т (NR 144586)

Rothia terrae L-143 ^T (NR 043968)

БЕ

Rothia nasimurium CCUG 35957 ^Т (NR 025310)

Rothia marina JSM 078151 ^Т (FJ425908)

99 Rothia endophytica YIM 67072 ^Т (NR 109752)

Rothia mucilaginosa DSM 20746 ^Т (NR 044873)

Rothia dentocariosa ATCC 17931 ^Т (NR 074568)

Rothia aeria A1-17B ^Т (AP017895)

Рис. 5 . Дендрограмма, отображающая филогенетическое положение штаммов рода Rothia

Работа выполнена в рамках государственного задания, номер госрегистрации темы: АААА-А19-119112290008-4, и при финансовой поддержке РФФИ и Министерства образования и науки Пермского края в рамках научного проекта19-44-590011 р_а.