Филогенетическое разнообразие бактерий в каменной соли Верхнекамского месторождения (Пермский край)
Автор: Пьянкова А.А., Белоглазова Ю.А., Корсакова Е.С., Бачурин Б.А., Плотникова Е.Г.
Журнал: Вестник Пермского университета. Серия: Биология @vestnik-psu-bio
Рубрика: Микробиология
Статья в выпуске: 4, 2021 года.
Бесплатный доступ
С использованием молекулярно-генетических методов получены новые данные о филогенетическом разнообразии бактерий в галогенных отложениях Верхнекамского месторождения солей (Пермский край). Анализ генов 16S рРНК, обнаруженных в тотальной ДНК образца каменной соли (глубина отбора 239.7-239.8 м), позволил установить присутствие бактерий, принадлежащих классам Actinobacteria (близкородственных родам Rhodococcus, Demequina), Gammaproteobacteria (родам Pseudomonas, Serratia, Shigella), Betaproteobacteria (роду Ralstonia) и Alphaproteobacteria (роду Phyllobacterium). Кроме того, выявлены два филотипа класса Alphaproteobacteria (клон 66ВА (GenBank MH410136) и клон 12ВА (GenBank MH410128), проявляющие низкий уровень сходства по генам 16S рРНК (98.46%) с ближайшими типовыми штаммами рода Mesorhizobium ( M. alhagi CCNWXJ12-2T) и рода Chelativorans ( C. multitrophicus DSM9103T), которые могут представлять новые таксономические единицы.
Верхнекамское месторождение солей, некультивируемые бактерии, клонирование, секвенирование, ген 16s ррнк
Короткий адрес: https://sciup.org/147236785
IDR: 147236785 | DOI: 10.17072/1994-9952-2021-4-256-262
Список литературы Филогенетическое разнообразие бактерий в каменной соли Верхнекамского месторождения (Пермский край)
- Барях А.А., Асанов В.А., Паньков И.Л. Физико-механические свойства соляных пород Верхнекамского калийного месторождения: учеб. пособие. Пермь, 2008. 199 с.
- Бачурин Б.А., Одинцова Т.А., Хохрякова Е.С. Углеводородные маркеры органического вещества солей Верхнекамского месторождения // Проблемы минералогии, петрографии и металлогении. Научные чтения памяти П.Н. Чирвинского. 2016. № 19. С. 315-323.
- Корсакова Е.С. и др. Разнообразие бактерий семейства Halomonadaceae района разработок Верхнекамского месторождения солей // Микробиология. 2013. Т. 82, № 2. С. 247-250.
- Кудряшов А.И. Верхнекамское месторождение солей. Пермь, 2001. 429 с.
- Практикум по агрохимии: учеб. пособие / под ред. В.Г. Минеева и др. М.: Изд-во МГУ, 2001. 689 с.
- Равин Н.В. и др. Метагеномика как инструмент изучения «некультивируемых» микроорганизмов // Генетика. 2015. Т. 51, № 5. С. 519-528.
- Alain K., Querellou J. Cultivating the uncultured: limits, advances and future challenges // Extremophiles: Life Under Extreme Conditions. 2009. Vol. 13, № 4. P. 583-594.
- Ausbel F.M. et al. Short protocols in molecular biology. Third edition. N.Y.: John Wiley and Sons, 1995. 450 p.
- Doronina N.V. et al. Chelativorans multitrophicus gen. nov., sp. nov. and Chelativorans oligotrophicus sp. nov., aerobic EDTA-degrading bacteria // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010. Vol. 60 (Pt 5). P. 1044-1051.
- Fierer N. et al. Assessment of soil microbial community structure by use of taxon-specific quantitative PCR assays // Applied and Environmental Microbiology. 2005. Vol. 71, № 7. P. 4117-4120.
- Hamada M. et al. Draft genome sequences of eight type strains of the genus Demequina // Genome An-nounc. 2015. Vol. 3, № 2. P. e00281-15.
- Jaakkola S.T. et al. Buried alive: microbes from ancient halite // Trends Microbiol. 2016. Vol. 24, № 2. P. 148-160.
- Lane D.J. 16S/23S rRNA sequencing. In: Nucleic acid techniques in bacterial systematics / Eds. E. Stackebrandt, M. Goodfellow. N.Y.: John Wiley and Sons, 1991. P. 115-175.
- Larouche J.R. et al. Microbial biogeography of arctic streams: exploring influences of lithology and habitat // Front Microbiol. 2012. Vol. 3. P. 309.
- Margesin R., Schinner F. Potential of halotolerant and halophilic microorganisms for biotechnology // Extremophiles. 2001. Vol. 5, № 2. P. 73-83.
- Ramirez-Bahena M.H. et al. Pseudomonas edaphica sp. nov., isolated from rhizospheric soil of Cistus ladanifer L. in Spain // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2019. Vol. 69. P. 3141-3147.
- Zhou M. et al. Draft genome sequence of Mesorhizobium alhagi CCNWXJ12-2T, a novel salt-resistant species isolated from the desert of northwestern China // J. Bacteriol. 2012. Vol. 194, № 5. P. 1261-1262.
