Генетическое разнообразие локусов SNP в популяциях дуба черешчатого юга лесостепной зоны России
Автор: Деген Б., Янбаев Ю.А., Янбаев Р.Ю., Бахтина С.Ю., Тагирова А.А.
Журнал: Вестник Пермского университета. Серия: Биология @vestnik-psu-bio
Рубрика: Генетика
Статья в выпуске: 3, 2020 года.
Бесплатный доступ
В популяциях дуба черешчатого (Quercus robur L.) южной части лесостепной зоны России исследован уровень генетического разнообразия 79 локусов SNP, разработанных по технологии секвенирования ДНК нового поколения ddRAD. Несмотря на существенное сокращение площадей дубрав территории в агрикультурный период, в популяциях из Липецкой, Орловской и Пензенской обл. сохранился относительно высокий и сравнительно близкий уровень генетического разнообразия (наблюдаемая гетерозиготность Ho = 0.319-0.344, ожидаемая гетерозиготность He = 0.317- 0.342, аллельное разнообразие иа = 1.537-1.561). Наблюдаемое распределение генотипов соответствует частотам, ожидаемым по правилу Харди-Вайнбернга, коэффициент инбридинга варьируется от F = -0.019 до F = +0.011. Генетические расстояния Грегориуса между орловской и пензенской выборками (do = 0.138), географически наиболее удаленными друг от друга, оказались статистически достоверными. Полученные результаты обсуждаются в связи с динамикой площадей дубрав в историческом прошлом и с проблемами сохранения генофонда локальных популяций.
Дуб черешчатый, генофонд, популяция, однонуклеотидный полиморфизм
Короткий адрес: https://sciup.org/147229654
IDR: 147229654 | DOI: 10.17072/1994-9952-2020-3-198-203
Список литературы Генетическое разнообразие локусов SNP в популяциях дуба черешчатого юга лесостепной зоны России
- Кожаринов А.В., Борисов П.В. Распространение дубовых лесов на территории Восточной Европы за последние 13 тысяч лет // Лесоведение. 2012. № 5. С. 22-28.
- Нейштадт М.И. История лесов и палеогеография СССР в голоцене. М.: Изд-во АН СССР, 1957. 403 с.
- Cемериков Л. Ф. Популяционная структура древесных растений (на примере дуба Европейской части СССР и Кавказа). М.: Наука, 1986. 140 с.
- Царалунга В.В., Фурменкова Е.С., Крюкова А.А. Внешние признаки патологии дуба черешчато-го. Воронеж, 2015. 231 с.
- Aguilar R. et al. Genetic consequences of habitat fragmentation in plant populations: susceptible signals in plant traits and methodological approaches // Molecular Ecology. 2008. Vol. 17, № 24. P. 5177-5188.
- Blanc-Jolivet С. et al. Development of new SNPs loci on Quercus robur and Quercus petraea for genetic studies covering the whole species' distribution range // Conservation Genetics Resources. Published online: 04 March 2020. doi.org/10.1007/s12686-020-01141-z.
- Bushbom J., Yanbaev Y., Degen B. Efficient longdistance gene flow into an isolated relict oak stand // Journal of Heredity. 2011. Vol. 102, № 4. P. 464-472.
- Dumolin S., Demesure B., Petit R.J. Inheritance of chloroplast and mitochondrial genomes in pedunculate oak investigated with an efficient PCR method // Theoretical and Applied Genetics. 1995. Vol. 91. P. 1253-1256.
- Fallon S.M. Genetic data and the listing of species under the U.S. Endangered Species Act // Conservation Biology. 2007. Vol. 21, № 5. P. 11861195.
- Gregorius H.R. A unique genetic distance // Biomet-rical Journal. 1984. Vol. 26, № 1. P. 13-18.
- Gregorius H.R. The relationship between the concepts of genetic diversity and differentiation // Theoretical and Applied Genetics. 1987. Vol. 74. P. 397-401.
- Leroy T. et al. Adaptive introgression as a driver of local adaptation to climate in European white oaks // New Phytologist. 2019. doi:10.1111/nph.16095.
- Peterson B.K. et al. Double Digest RADseq: An inexpensive method for de novo SNP discovery and genotyping in model and non-model species // Plos One. 2012. Vol. 7, № 5. doi.org. 10.1371/journal.pone.0037 135.
- Pohjanmies T. et al. Fragmentation-related patterns of genetic differentiation in pedunculate oak (Quercus robur) at two hierarchical scales // Silva Fen-nica. 2015. Vol. 50, № 2. dx.doi.org/10.14214/sf.1510.
- Willing E.-M., Dreyer C., van Oosterhout C. Estimates of genetic differentiation measured by FST do not necessarily require large sample sizes when using many SNP markers // Plos One, 2012. Vol. 7, № 8. doi: 10.1371/journal.pone.0042649.
