Гены и белки холодового шока у Vibrio cholerae различных серогрупп
Автор: Водопьянов С.О., Герасименко А.А., Водопьянов А.С., Горох А.М., Писанов Р.В., Кругликов В.Д.
Журнал: Вестник Пермского университета. Серия: Биология @vestnik-psu-bio
Рубрика: Микробиология
Статья в выпуске: 2, 2023 года.
Бесплатный доступ
Исследовано 553 полногеномных сиквенса штаммов Vibrio cholerae O1, О139 и неО1/неО139 серогрупп на наличие генов холодового шока cspA, cspV и csh1. Гены cspA и cspV присутствовали практически у всех изученных штаммов. Ген csh1 присутствовал у 99 штаммов Vibrio cholerae серогруппы О1 из 449 изученных и у 21 штамма холерных вибрионов неО1/неО139 из 86, взятых в исследование. Обнаружено отсутствие гена csh1 у всех штаммов серогруппы O139 и штаммов О1 серогруппы с генами ctxAB и tcpA. На основании изучения нуклеотидного состава выявлено 13 различных вариантов гена csh1, обусловливающих структурные различия белка холодового шока Csh1. Два основных типа белка Csh1 были представлены референстипом (68 геномов) и мажорным типом (35 геномов), 11 минорных вариантов включали единичные геномы. По данным базы данных NCBI за рубежом циркулируют преимущественно представители минорных типов белка Csh1. Референс тип Csh1 в основном выявляли у штаммов серогруппы О1, при этом если до 2000 г. идентифицировали 10 штаммов с протеином Csh1 референс-типа, то в период 2001-2022 гг. их число составило уже 55. Предполагается, что новый ген холодового шока csh1 дает вибрионам селективное преимущество путем обеспечения выживания при низких температурах водоемов.
Секвенирование, ген холодового шока csh1, протеины csh1, стресс
Короткий адрес: https://sciup.org/147241918
IDR: 147241918 | DOI: 10.17072/1994-9952-2023-2-166-171
Список литературы Гены и белки холодового шока у Vibrio cholerae различных серогрупп
- Бородина О.В. и др. Изучение встречаемости гена холодового шока csh1 у штаммов Vibrio cholerae, циркулирующих на территории Российской Федерации // Бактериология. 2021. Т. 6, № 3. С. 22-23.
- Герасименко А.А., Водопьянов А.С., Писанов Р.В. Типирование штаммов SARS-COV-2 с помощью новой компьютерной программы «CovAnalyzer» // Российская наука в современном мире: сб. статей XXXVII междунар. науч.-практ. конф. М., 2021. С. 19-22.
- Заднова С.П. и др. Сравнительная устойчивость типичных и генетически измененных штаммов Vibrio cholerae биовара El Tor к действию неблагоприятных факторов внешней среды // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014. № 2. С. 11-17.
- Монахова Е.В., Архангельская И.В. Холерные вибрионы неО1/неО139 серогрупп в этиологии острых кишечных инфекций: современная ситуация в России и в мире // Проблемы особо опасных инфекций. 2016. № 2. С. 14-23.
- Москвитина Э.А. и др. Холера в начале XXI века. Прогноз на глобальном уровне // Проблемы особо опасных инфекций. 2012. № 1. С. 11-16.
- Носков А.К. и др. Результаты мониторинга холеры на административных территориях России в период с 2013 по 2019 год // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021. № 2. С. 163-175.
- Титова С.В. и др. Анализ динамики выделения и биологических свойств штаммов V. cholerae О1 El Tor, изолированных из водных объектов на территории Ростовской области в 2003-2014 гг. // Здоровье населения и среда обитания. 2015. № 2. С. 39-41.
- Bankevich A. et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing // Journal of computational biology. 2012. Vol. 19, № 5. P. 455-477.
- Barria C., Malecki M., Arraiano C.M. Bacterial adaptation to cold // Microbiology. 2013. Vol. 159, № Pt_12. P. 2437-2443.
- Cardoza E., Singh H.C Group-Mediated Antibiotic Stress Mimics the Cold Shock Response // Current Microbiology. 2021. Vol. 78, № 9. P. 3372-3380.
- Carroll J.W. et al. Response and tolerance of toxigenic Vibrio cholerae O1 to cold temperatures // Antonie Van Leeuwenhoek. 2001. Vol. 79, № 3. P. 377-384.
- Datta P.P., Bhadra R.K. Cold shock response and major cold shock proteins of Vibrio cholerae // Applied and Environmental Microbiology. 2003. Vol. 69, № 11. P. 6361-6369.
- Didelot X., Parkhill J. A scalable analytical approach from bacterial genomes to epidemiology // Philosophical Transactions of the Royal Society B. 2022. Vol. 377, № 1861. P. 20210246.
