Идентификация Pseudomonas cichorii (Swingle 1925) Stapp 1928 в гидропонном производстве салата
Автор: Тешич Светлана, Пакина Елена Николаевна, Игнатов Александр Николаевич
Журнал: Овощи России @vegetables
Рубрика: Защита растений
Статья в выпуске: 3 (59), 2021 года.
Бесплатный доступ
Актуальность. Салат посевной, латук посевной или салат латук (лат. Latucasativa) -вид однолетних травянистых растений рода Латук семейства Астровые (Asteraceae). В качестве овощной культуры возделывается повсеместно в мире, особое развитие в последние годы получило выращивание салата в защищенном грунте при гидропонной технологии выращивания. Одним из распространенных патогенов салата является Pseudomonas cichorii - возбудитель бактериозов нескольких важных культурных растений. В связи с этим, изучение встречаемости этого патогена является актуальным. Материал и методика. Исследование проводили на базе департамента Агробиотехнологии АТИ РУДН. Образцы были предоставлены коммерческой компанией -производителем салата, выращиваемого на проточной гидропонной линии в условиях минимального заражения микроорганизмами. Изучение фитопатогенных бактерий включает ряд этапов: выделение бактерий на полу-селективные питательные среды и получение чистой культуры бактерий; постановка теста на патогенность (вирулентность); изучение фенотипических свойств бактерий; определение таксономического положения выделенных штаммов молекулярными методами. Все исследования проводили св соответствии со стандартными методиками идентификации фитопатогенных бактерий. Результаты. В результате работы получено подтверждение распространения вида Pseudomonas cichorii (Swingle 1925) Stapp 1928 в гидропонной культуре салата в РФ. Хотя, согласно базе данных ЕОКЗР, P. cichorii был впервые описан в России в 1965 году на основании микробиологических методов идентификации, выделенные изоляты бактерии недоступны в коллекциях для подтверждения данного вывода современными диагностическими методами. Двенадцать изолятов P. cichorii были изучены по комплексу биохимических признаков и четыре изолята (01, 04, 06 и 12), показавшие наибольшую агрессивность при проведении инокуляции растений-хозяев и табака, были использованы для секвенирования ДНК фрагмента гена 16S рРНК. Полученные фрагменты ДНК показали высокое сходство (99-100%) с последовательностями P. cichorii из Генбанка. Оценка вирулентности выделенных изолятов на ряде культурных растений, и однородность их биохимических признаков показали, что они представляют группу бактерий, специализированных на салате.
Салат, бактериоз, гидропоника, пцр
Короткий адрес: https://sciup.org/140257588
IDR: 140257588 | DOI: 10.18619/2072-9146-2021-3-110-115
Список литературы Идентификация Pseudomonas cichorii (Swingle 1925) Stapp 1928 в гидропонном производстве салата
- Koike, Steven T. Vegetable diseases: a color handbook. Burlington, MA: Academic Press, 2007. 448 p. ISBN 978-0-12-373675-7, 978-0-12-373675-8).
- Bradbury J.F. Pseudomonas cichorii. [Descriptions of Fungi and Bacteria]. In: IMI Descriptions of Fungi and Bacteria. 1981. Wallingford, UK: CAB International. Sheet 695. https://doi.org/10.1079/DFB/20056400695
- Anzai Kim H., Park J.Y., Wakabayashi H. et al. Phylogenetic affiliation of the pseudomonads based on 16S rRNA sequence". Int J Syst Evol Microbiol. 2000;5(4):1563–89. https://doi.org/10.1099/00207713-50-4-1563. PMID 10939664.
- Trantas E.A., Sarris P.F., Mpalantinaki E.E., Pentari M.G., Ververidis F.N., Goumas D.E. A new genomovar of Pseudomonas cichorii, a causal agent of tomato pith necrosis. European Journal of Plant Pathology. 2013;137(3):477-493. https://doi.org/10.1007/s10658-013-0258-8
- European and Mediterranean Plant Protection Organization (EPPO) Global database, 2020. [Available: https://gd.eppo.int.].
- Schaad N.W., Jones J.B., Chun W. Laboratory guide for the identification of plant pathogenic bacteria. Laboratory guide for the identification of plant pathogenic bacteria, 2001. Ed. 3:xii + 373 pp.; 24 ref
- Ryu E. On the Gram-differentiation of bacteria by the simplest method. J. Jpn. Soc. Vet. Sci. 1938;(17):31.
- Clinical Microbiology Procedures Handbook, 3rd edition. 2010. ASM. Washington, D.C.
- Lane D.L., Pace B., Olsen G.J., Stahl D.A., Sogin M.L., Pace N.R.. Rapid determination of 16S ribosomal RNA sequences for phylogenetic analyses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985;(82):6955-6959.
- Eden P.A., Schmidt T.M., Blakemore R.P., Pace N.R. Phylogenetic analysis of Aquaspirillum magnetotacticum using polymerase chain reaction-amplified 16S rRNA-specific DNA. International Journal of Systematic Bacteriology. 1991;41(2):324–325. https://doi.org/10.1099/00207713-41-2-324
- Hall T.A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. In: Nucleic acids symposium series. 1999;41(41):95-98.
- Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., and Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution. 2018;(35):1547-1549
- Lelliott R.A., Stead D.E. Methods for the diagnosis of bacterial diseases of plants. Oxford, UK: Blackwell Scientific Publications, 1987. 216 pp.
- Saitou N. and Nei M. The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution. 1987;(4):406-425.
- Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap. Evolution 1987;(39):783-791.
- Tamura K., Nei M., and Kumar S. Prospects for inferring very large phylogenies by using the neighbor-joining method. Proceedings of the National Academy of Sciences (USA) 2004;(101):11030-11035.
