Использование пулированной днк для определения частот встречаемости онкологически значимых мутаций среди жителей г. Новосибирска

Наследственная предрасположенность к раку молочной железы/раку яичников обусловлена мутациями в генах BRCA1, BRCA2, NST1, Chek2, p53, а также мутациями в генах, кодирующих белки, связывающиеся с белком BRCA1 (BARD1, BRIP1). По данным ряда авторов, среди жителей России наиболее часто встречаются мутации 5382insC в гене BRCA1 и 1100delC в гене Chek2.

Цель исследования – определить частоты встречаемости мутаций 5382insC в гене BRCA1 и 1100delC в гене Chek2 среди жителей г. Новосибирска.

Методы. Предложена схема выявления редких мутаций в масштабных выборках с использованием пулированной ДНК, т. е. смеси нескольких образцов ДНК. Образцы ДНК смешивали в пулы (по 16 образцов в одном пуле), в каждом пуле определяли наличие мутаций 5382insC в гене BRCA1 и 1100delC в гене Chek2 с помощью аллель-специфичной ПЦР в реальном времени с анализом результатов по флюоресценции с использованием техно- логии «дуплекс-скорпион». При выявлении пула, содержащего мутацию, составляющие пула дополнительно анализировали на наличие мутаций с помощью аллель-специфичной ПЦР или прямого секвенирования. Образцы ДНК собраны при проведении популяционного исследования Институтом терапии СО РАМН (г. Новосибирск).

Результаты. Проанализировано 7914 образцов геномной ДНК, выявлено 20 образцов, содержащих мутацию 5382insC в гене BRCA1, и 34 образца, содержащих мутацию 1100delC в гене Chek2.

Выводы. Продемонстрирована возможность использования пулированной ДНК для анализа частот встречаемости мутаций в масштабных выборках. Обнаружено, что частота встречаемости мутации 5382insC в гене BRCA1 среди жителей г. Новосибирска составляет 0,2%, а мутации 1100delC в гене Chek2 – 0,4%. Таким образом, на 1000 жителей г.Новосибирска 6 человек являются носителями онкологически значимых мутаций.

СИБИРСКИЙ ОНКОЛОГИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ. 2009. Приложение № 2