Исследование последовательностей фрагментов внеклеточных ДНК крови здоровых доноров и онкологических больных

«Биосилика». Препараты внеклеточных ДНК крови обрабатывали эндонуклеазами рестрикции (Bsp143I и EcoRI) и клонировали, в клетках E. Сoli штамма XL-Blue с использованием вектора pBlueScript II KS(-). Последовательности вставок внеклеточных ДНК были определены методом автоматического секвенирования (секвенатор ABI PRIZM 3110) и идентифицированы при помощи возможностей, предоставляемых серверами BLAT и BLAST.

Результаты. Как в норме, так и при патологии не обнаружено пропорциональной зависимости между количеством представленных фрагментов внДНК и размером хромосомы источника. При этом среди проанализированных последовательностей фрагментов внДНК крови больных раком предстательной железы наиболее представлены фрагменты 7 хромосомы, а среди фрагментов внДНК крови больных раком молочной железы – фрагменты 1, 6, 8 и 11 хромосомы. Согласно литературным данным исследованные фрагменты вышеперечисленных хромосом, относятся к участкам ДНК, изменения в которых ассоциированы с развитием и течением данных заболеваний. Кроме того, в составе внДНК крови онкологических больных обнаруживаются фрагменты генов, ассоциированных с исследуемыми злокачественными новообразованиями (в крови больных раком молочной были обнаружены фрагменты генов GSTA1, ANKRD6, ZNF217, DKFZp566C0424, а в крови больных раком предстательной железы – фрагменты генов ADAM12, CYP1B4 и CDH4).

Выводы. Полученные данные демонстрируют, что секвенирование внеклеточной ДНК крови может быть использовано для поиска новых диагностических ДНК маркеров онкологических заболеваний.

СИБИРСКИЙ ОНКОЛОГИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ. 2009. Приложение № 1