Компенсация различия электрофоретической подвижности флуоресцентно-меченых фрагментов ДНК при генетических анализах
Автор: Белов Дмитрий Анатольевич, Белов Ю.В.
Журнал: Научное приборостроение @nauchnoe-priborostroenie
Рубрика: Приборостроение физико-химической биологии
Статья в выпуске: 2 т.26, 2016 года.
Бесплатный доступ
В статье предложен способ компенсации различия электрофоретической подвижности флуоресцентно-меченых фрагментов ДНК при определении нуклеотидной последовательности. Определены неравномерности исходной последовательности пиков. Выполнена оптимизация компенсирующих параметров для каждого цветового канала. Оценены результаты компенсации различия электрофоретической подвижности флуоресцентно-меченых фрагментов ДНК, при этом показано, что погрешности определения временнόго положения пиков значительно уменьшаются и имеют случайный характер. На конкретном примере выполнена оптимизация параметров временнόго сдвига пиков для каждого цветового канала и построены уточненные графики в диапазоне до 300 нуклеотидов. С целью расширения диапазона применимости предложенного способа можно использовать калибровку и линеаризацию горизонтальной оси. Предложенный способ обеспечивает надежное определение пропущенных и "лишних" пиков.
Днк, генетический анализатор, флуоресцентная детекция
Короткий адрес: https://sciup.org/14265016
IDR: 14265016
Список литературы Компенсация различия электрофоретической подвижности флуоресцентно-меченых фрагментов ДНК при генетических анализах
- Будилов А. Методы расшифровки нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК. URL: http://molbiol.ru/protocol/13_03.html.
- Tu O., Mnott T., Marsh M. et al. The influence of fluorescent dye structure on the electrophoretic mobility of end-labeled DNA//Nucleic Acids Research. 1998. Vol. 26, no. 11. P. 2797-2802.
- Ju J., Glazer1 A.N.,. Mathies R.A. Cassette labeling for facile construction of energy transfer fluorescent primers//Nucleic Acids Research. 1996, Vol. 24, no. 6. P. 1144-1148.
- Лунина Н.Л. Система обработки нуклеотидных последовательностей HEID. URL: http://www.impb.ru/pdf/NL_1984_1r.pdf.
- Флуоресцентные красители. ЗАО "Синтол". URL: http://www.syntol.ru/infoflu.htm.
- Алексеев Я.И., Белов Д.А., Белов Ю.В., Курочкин В.Е. Исследование погрешностей оцифровки пиков генетического анализатора//Научное приборостроение. 2014. Т. 24, № 2. С. 79-85. URL: http://213.170.69.26/mag/2014/full2/Art10.pdf.
- Леонтьев И.А. Обработка данных в задачах электрофореза//Научное приборостроение. 2003. Т. 13, № 2. С. 96-99.
- Леонтьев И.А. Обсчет пиков в задачах электрофореза//Научное приборостроение. 2004. Т. 14, № 1. С. 94-96.
- Алексеев Я.И., Белов Ю.В., Малюченко О.П. и др. Генетический анализатор для фрагментного анализа ДНК//Научное приборостроение. 2012. Т. 22, № 4. С. 86-92. URL: http://213.170.69.26/mag/2012/full4/Art12.pdf.
- URL: http://www6.appliedbiosystems.com/support/software/genescan_sizestandards/GS1200LIZ_Size_Standard_ Definition_import_instructions.pdf.
