Линии короновируса SARS-COV-2 российского происхождения: генетическая характеристика и корреляции с клиническими параметрами, тяжестью коронавирусной инфекции

Линии короновируса SARS-COV-2 российского происхождения: генетическая характеристика и корреляции с клиническими параметрами, тяжестью коронавирусной инфекции

Автор: Глотов О.С., Чернов А.Н., Коробейников А.И., Калинин Р.С., Цай В.В., Анисенкова А.Ю., Уразов С.П., Лапидус А.Л., Мосенко С.В., Щербак С.Г.

Журнал: Сибирский журнал клинической и экспериментальной медицины @cardiotomsk

Рубрика: Экспериментальные исследования

Статья в выпуске: 4 т.36, 2021 года.

Бесплатный доступ

Во время пандемии COVID-19 актуальным является выявление новых белковых и генных мишеней коронавируса (SARS-CoV-2) и организма человека, которые могут оказаться маркерами тяжести и исхода заболевания.Цель: провести генетический анализ образцов РНК SARS-CoV-2 и установить корреляции генетических показателей и характера SNP с клиническими данными и степенью тяжести инфекции COVID-19.Материал и методы. В исследование включены образцы вирусной РНК, выделенной от 56 пациентов с инфекцией COVID-19, находившихся на лечении в ГБУЗ «Городская больница № 40» Санкт-Петербурга в период с 18.04.2020 по 31.01.2021 г. Пациентам проводили объективный осмотр с оценкой параметров гемодинамики, дыхательной системы, оценку по шкале NEWS (National Early Warning Score), компьютерную томографию (КТ) органов грудной клетки, лабораторные исследования: клинический анализ крови, определение уровней ферретина, С-реактивного белка (СРБ), интерлейкина-6 (ИЛ-6), лактатдегидрогеназы (ЛДГ), Д-димера, креатинина, глюкозы. У всех пациентов был положительный тест на РНК SARS-CoV-2, выполненный методом полимеразной цепной реакции (ПЦР). SNP (Single Nucleotide Polymorphism) в вирусной РНК идентифицировали через создание библиотек кДНК таргетным секвенированием (MiSeq Illumina). Биоинформационный анализ генома вируса был проведен при помощи вычислительной цепочки viralrecon v2, с последующей аннотацией вариантов утилитам Pangolin и Nextstrain. Визуализация собранных геномов была проведена с помощью программы Integrative Genomics Viewer (IGV). Статистическую обработку данных (описательная статистика, графический анализ взаимосвязей данных из разных таблиц) выполняли с помощью прибора GraphPad на платформе Prism 8.01.Результаты. Проведен сравнительный анализ частот SNP в геноме вируса в образцах у погибших и выписанных пациентов. Идентифицированы SNP, ассоциированные с риском летального исхода (OR > 1), нейтральные SNP (OR = 1) и протективные SNP (OR function show_abstract() { $('#abstract1').hide(); $('#abstract2').show(); $('#abstract_expand').hide(); }

Еще

Sars-cov-2, инфекция covid-19, гены, snp, степень тяжести, клинические симптомы, биохимические маркеры, корреляции

Короткий адрес: https://sciup.org/149139361

IDR: 149139361   |   DOI: 10.29001/2073-8552-2021-36-4-132-143

Список литературы Линии короновируса SARS-COV-2 российского происхождения: генетическая характеристика и корреляции с клиническими параметрами, тяжестью коронавирусной инфекции

  • Reported Cases and Deaths by Country or Territory. URL: https://www. worldometers.info/coronavirus/#countries_
  • Nguyen T.T., Pathirana P.N., Nguyen T., Nguyen Q.V.H., Bhatti A., Nguyen D.C. et al. Genomic mutations and changes in protein secondary structure and solvent accessibility of SARS-CoV-2 (COVID-19 virus). Sci. Rep. 2021;11(1):3487. DOI: 10.1038/s41598-021-83105-3.
  • Yin C. Genotyping coronavirus SARS-CoV-2: Methods and implications. Genomics. 2020;112(5):3588-3596. DOI: 10.1016/j.ygeno.2020.04.016.
  • Toovey O.T.R., Harvey K.N., Bird P.W., Tang J.W.W. Introduction of Brazilian SARS-CoV-2 484K.V2 related variants into the UK. J. Infect. 2021;82(5):e23-e24. DOI: 10.1016/jjinf.2021.01.025.
  • World Health Organization. SARS-CoV-2 Variants. URL: https://www. who.int/csr/don/31-december-2020-sars-cov2-variants/en/
  • Zhang W., Davis B.D., Chen S.S., Sincuir Martinez J.M., Plummer J.T., Vail E. Emergence of a novel SARS-CoV-2 variant in southern California. JAMA. 2021;325(13):1324-1326. DOI: 10.1001/jama.2021.1612.
  • Sabino E.C., Buss L.F., Carvalho M.P.S., Prete C.A. Jr., Crispim M.A.E., Fraiji N.A. et al. Resurgence of COVID-19 in Manaus, Brazil, despite high seroprevalence. Lancet. 2021;397(10273):452-455. DOI: 10.1016/ S0140-6736(21)00183-5.
  • PANGO lineages. URL: https://cov-lineages.org/lineage_designation.html
  • Carr E., Bendayan R., Bean D., Stammers M., Wang W., Zhang H. et al. Evaluation and improvement of the National Early Warning Score (NEWS2) for COVID-19: A multi-hospital study. BMC Med. 2021;19(1):23. DOI: 10.1186/s12916-020-01893-3_
  • Gene JET RNA Purification Kit. URL: https://www.thermofisher.com/or-der/catalog/product/K0731
  • Illumina DNA Prep with Enrichment. Reference Guide. URL: https://sup-port.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documenta-tion/chemistry_documentation/illumina_prep/illumina-dna-prep-with-en-richment-reference-1000000048041-06.pdf
  • Patel H., Varona S., Monzón S., Espinosa-Carrasco J., Heuer M.L., Gabernet G. et al. nf-core/viralrecon: nf-core/viralrecon. Zenodo. 2021. DOI: 10.5281/zenodo.514625.
  • Медицинская статистика. URL: https://medstatistic.ru/calculators/cal-codds.html
  • Abe K., Kabe Y., Uchiyama S., Iwasaki Y.W., Ishizu H., Uwamino Y. et al. Pro108Ser mutant of SARS-CoV-2 3CLpro reduces the enzymatic activity and ameliorates COVID-19 severity in Japan. medRxiv. 2020; 11(24):20235952. DOI: 10.1101/2020.11.24.20235952.
  • Caccuri F., Zani A., Messali S., Giovanetti M., Bugatti A., Campisi G. et al. A persistently replicating SARS-CoV-2 variant derived from an asymptomatic individual. J. Transl. Med. 2020;18(1):362. DOI: 10.1186/ s12967-020-02535-1.
  • Wang R., Chen J., Gao K., Hozumi Y., Yin C., Wei G.W. Analysis of SARS-CoV-2 mutations in the United States suggests presence of four substrains and novel variants. Commun. Biol. 2021;4(1):228. DOI: 10.1038/s42003-021-01754-6.
  • Korber B., Fischer W.M., Gnanakaran S., Yoon H., Theiler J., Abfalterer W. et al. Tracking changes in SARS-CoV-2 spike: Evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus. Cell. 2020;182(4):812-827.e19.
  • Shcherbak S.G., Anisenkova A.Y., Mosenko S.V., Glotov O.S., Chernov A.N., Apalko S.V. et al. Basic predictive risk factors for cytokine storms in COVID-19 patients. Front. Immunol. 2021;12:745515. DOI: 10.3389/fimmu.2021.745515.
  • Myrstad M., Ihle-Hansen H., Tveita A.A., Andersen E.L., Nygârd S., Tveit A. et al. National Early Warning Score 2 (NEWS2) on admission predicts severe disease and in-hospital mortality from Covid-19 - a prospective cohort study. Scand. J. Trauma Resusc. Emerg. Med. 2020;28(1):66. DOI: 10.1186/s13049-020-00764-3.
  • King C.S., Sahjwani D., Brown A.W., Feroz S., Cameron P., Osborn E. et al. Outcomes of mechanically ventilated patients with COVID-19 associated respiratory failure. PLoS One. 2020;15(11):e0242651. DOI: 10.1371/journal.pone.0242651.
  • Caricchio R., Gallucci M., Dass C., Zhang X., Gallucci S., Fleece D. et al. Preliminary predictive criteria for COVID-19 cytokine storm. Ann. Rheum. Dis. 2020;0:1-8. DOI: 10.1136/annrheumdis-2020-218323.
  • Yilmaz A., Sabirli R., Seyit M., Ozen M., Oskay A., Cakmak V. et al. Association between laboratory parameters and CT severity in patients infected with Covid-19: A retrospective, observational study. Am. J. Emerg. Med. 2021;42:110-114. DOI: 10.1016/j.ajem.2021.01.040.
Еще
Статья научная
QR-код для установки приложения SciUp Наведите камеру и скачайте бесплатное приложение SciUp