Метаанализ геномных и интерактомных данных взаимодействия между хозяином и B. anthracis
Автор: Печковский Григорий Александрович, Абрамович Ална Владимировна, Котенева Елена Анатольевна
Журнал: Природные системы и ресурсы @ns-jvolsu
Статья в выпуске: 2 т.8, 2018 года.
Бесплатный доступ
Для получения омиксных данных используются разнообразные методики, на выходе этих экспериментов получаются разнородные по типу данные, которые, тем не менее, могут быть сведены к последовательностям (белков или генов) для их дальнейшего метаанализа. Предлагаемый алгоритм был реализован на языке python, и основан на использовании программы BLAST с запросом определенной сборки, последующего множественного выравнивания начальных и сгруппированных последовательностей. С помощью данного алгоритма были проанализированы последовательности белков B. аnthracis или H. sapiens из интерактома (IMEx IM-13779), полученные из базы данных Uniprot. В анализе использовались геномные данные 36 полных RefSeq геномов представителей B. cereus group ( B. anthracis, B. cereus, B thuringiensis, B. mycoides).
Мета-анализ, геном, интерактомные данные
Короткий адрес: https://sciup.org/149129635
IDR: 149129635 | УДК: 004:577.2:579.852.11 | DOI: 10.15688/jvolsu11.2018.2.12
A meta-analysis of genomic and interactomic interaction data between host and B. anthracis
A variety of techniques are used to obtain omix data, and the output of these experiments is heterogeneous in type data, which, however, can be reduced to sequences (proteins or genes) for their further meta-analysis. The proposed algorithm was implemented in Python, and it is based on the use of the program BLAST with the request of a certain assembly, the subsequent multiple alignment of the initial and grouped sequences. With the help of this algorithm, we analyzed the sequences of proteins of B. anthracis or H. sapiens from interactome (IMEx IM-13779) obtained from Uniprot database. Were used genomic data 36 RefSeq complete genomes of representatives of the B. cereus group (B. anthracis, B. cereus, B thuringiensis, B. mycoides) for this analysis.
Список литературы Метаанализ геномных и интерактомных данных взаимодействия между хозяином и B. anthracis
- Beyer, W. Anthrax in animals / W. Beyer, P. C. B. Turnbull // Molecular aspects of medicine. - 2009. - Vol. 30, № 6. - P. 481-489.
- The human-bacterial pathogen protein interaction networks of Bacillus anthracis, Francisella tularensis, and Yersinia pestis / M.D. Dyer, C. Neff, M. Dufford, et al. // PloS One. - 2010. - Vol. 5, № 8. - e12089.
- Transcriptional profiling of Bacillus anthracis during infection of host macrophages / N. H. Bergman, E. C. Anderson, E. E. Swenson [et al.] // Infection and immunity. - 2007. - Vol. 75, № 7. - P. 3434-3444.
