Методика обработки данных при плавлении продуктов полимеразной цепной реакции в реальном времени
Автор: Белов Дмитрий Анатольевич, Белов Ю.В., Манойлов В.В.
Журнал: Научное приборостроение @nauchnoe-priborostroenie
Рубрика: Приборостроение физико-химической биологии
Статья в выпуске: 3 т.26, 2016 года.
Бесплатный доступ
В статье изложены результаты разработки методики обработки данных для получения высокого разрешения при плавлении продуктов полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени. В работе использован способ аппроксимации производной кривой плавления ДНК с помощью производной сигмоидальной функции (СФ) с одновременной компенсацией дрейфа нулевой линии и фильтрацией шума. Предлагаемая методика позволяет уменьшить шаг дискретности измерения температуры плавления Tm для экспериментальной кривой плавления с шагом 1 ºС до величины 0.1 ºС и менее, а также уменьшить влияние на погрешность измерения температуры плавления Tm шумов и дрейфа нулевой линии.
Пцр в реальном времени, кривая плавления, температура плавления днк, сигмоидальная функция
Короткий адрес: https://sciup.org/14265027
IDR: 14265027
Список литературы Методика обработки данных при плавлении продуктов полимеразной цепной реакции в реальном времени
- Алексеев Я.И., Белов Ю.В., Варламов Д.А. и др. Приборы для диагностики биологических объектов на основе метода полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ)//Научное приборостроение. 2006. Т. 16, № 3. С. 132-136. URL: http://213.170.69.26/mag/2006/full3/Art14.pdf.
- Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю. и др. ПЦР в "реальном времени". М.: БИОМ. Лаборатория знаний, 2009. 223 с. URL: http://nashol.com/2014072579193/pcr-v-realnom-vremeni-rebrikov-d-v-samatov-g-a-trofimov-d-u-2009.html.
- Календарь Р.Н., Сиволап Ю.М. Полимеразная цепная реакция с произвольными праймерами//Биополимеры и клетка. 1996. Т. 11, № 3-4. С. 55-65. URL: http://www.biopolymers.org.ua/pdf/ru/11/3/055/biopolym.cell-1995-11-3-055-ru.pdf.
- Белов Ю.В., Петров А.И., Лавров В.В., Курочкин В.Е. Особенности количественных измерений содержания нуклеиновых кислот методом полимеразной цепной реакции в реальном времени//Научное приборостроение. 2011. Т. 21, № 1. С. 44-49. URL: http://213.170.69.26/mag/2011/full/Art4.pdf.
- Веденов А.А., Дыхне А.М., Франк-Каменецкий М.Д. Переход спираль -клубок в ДНК//Успехи физических наук. 1971. Т. 105, № 3. С. 479-519.
- ДНК плавление. URL: http://humbio.ru/humbio/dnastructure/0002a247.htm.
- Белов Д.А., Корнева Н.А., Альдекеева А.C., Белов Ю.В., Киселев И.Г. Повышение разрешающей способности генетических анализаторов при определении температуры плавления ДНК//Научное приборостроение. 2016. Т. 26, № 2. С. 17-22. URL: http://213.170.69.26/mag/2016/abst2.php#abst2.
- Introduction to High Resolution Melt Analysis. Application Guide. URL: http://www.kapabiosystems. com.
