Методология валидации in silico 3D-моделей фармакологически релевантных белков-мишеней
Автор: Яналиева Лаура Рифатовна, Васильев Павел Михайлович, Кочетков Андрей Николаевич
Журнал: Природные системы и ресурсы @ns-jvolsu
Статья в выпуске: 1 т.8, 2018 года.
Бесплатный доступ
В статье рассмотрены разработка методологии и результаты валидации in silico 3D-моделей фармакологически релевантных белков-мишеней на примере протеинкиназы C тета. С помощью базы данных IUPHAR/BPS найдена информация о 5 общепризнанных мировым научным сообществом референсных ингибиторах PRKCQ. Согласно полученным данным были отобраны 3 наиболее валидных модели PRKCQ (PDB-коды: 5F9E, 2JED, 4RA5), которые в дальнейшем можно использовать для поиска методом докинга ее новых ингибиторов.
3d-модели белки-мишени, биомешени, референсные ингибиторы, докинг, валидация, протеинкиназа
Короткий адрес: https://sciup.org/149129626
IDR: 149129626 | DOI: 10.15688/jvolsu11.2018.1.16
Список литературы Методология валидации in silico 3D-моделей фармакологически релевантных белков-мишеней
- ChemAxon // ChemAxon Limited. - Electronic text data. - Mode of access: https://chemaxon.com/.
- IUPHAR // Union of Basic and Clinical Pharmacology. - Electronic text data. - Mode of access: https://www.iuphar.org/.
- MOPAC // Stewart Computational Chemistry. - Electronic text data. - Mode of access: http://openmopac.net/.
- PDBe // Protein Data Bank in Europe. - Electronic text data. - Mode of access: http://www.ebi.ac.uk/pdbe/.
- Trott, O. AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading / A. J. Olson, O. Trott // J. Comp. Chem. - 2010. - Vol. 31, Iss. 2. - P. 455-461.
- UniProtKB // UniProt Consortium. - Electronic text data. - Mode of access: https://www.uniprot.org/.
