Методология валидации in silico 3D-моделей фармакологически релевантных белков-мишеней

Яналиева Лаура Рифатовна; Васильев Павел Михайлович; Кочетков Андрей Николаевич; Yanalieva Laura R.; Vasilyev Pavel M.; Kochetkov Andrey N.

doi:10.15688/jvolsu11.2018.1.16

Научные статьи \ Прикладные науки. Медицина. Технология \ Mедицинские науки \ Фармакология. Общая терапия. Токсикология

Методология валидации in silico 3D-моделей фармакологически релевантных белков-мишеней

Яналиева Лаура Рифатовна Васильев Павел Михайлович Кочетков Андрей Николаевич

Журнал: Природные системы и ресурсы @ns-jvolsu

Рубрика: Краткие сообщения участников всероссийской конференции с международным участием «Исследование живых систем в постгеномную эру»

Статья в выпуске: 1 т.8, 2018 года.

Бесплатный доступ

В статье рассмотрены разработка методологии и результаты валидации in silico 3D-моделей фармакологически релевантных белков-мишеней на примере протеинкиназы C тета. С помощью базы данных IUPHAR/BPS найдена информация о 5 общепризнанных мировым научным сообществом референсных ингибиторах PRKCQ. Согласно полученным данным были отобраны 3 наиболее валидных модели PRKCQ (PDB-коды: 5F9E, 2JED, 4RA5), которые в дальнейшем можно использовать для поиска методом докинга ее новых ингибиторов.

3d-модели белки-мишени \ биомешени \ референсные ингибиторы \ докинг \ валидация \ протеинкиназа

Похожие статьи в разделе Фармакология. Общая терапия. Токсикология

Консенсусный прогноз in silico канцерогенной опасности мультитаргетных RAGE-ингибиторов

Васильев П.М., Спасов А.А., Кочетков А.Н., Бабков Д.А., Литвинов Р.А.

Оценка фармакокинетических свойств изоборнилфенолов in silico

Острикова О.И., Ваизова О.Е., Алиев О.И., Буравлев Е.В., Чукичева И.Ю., Кучин А.В.

Прогнозирование анксиолитического действия, опосредованного ГАМК а рецептором, методом молекулярного докинга

Гендугов Тембот Алимович, Глушко Александр Алексеевич, Чиряпкин Алексей Сергеевич, Чиряпкин Виталий Сергеевич

Консенсусная оценка in silico общей безопасности мультитаргетных RAGE-ингибиторов

Васильев П.М., Спасов А.А., Кочетков А.Н., Перфильев М.А., Королева А.Р., Голубева А.В., Мартынова Д.О., Бабков Д.А., Литвинов Р.А.

Search for new inhibitors of protein kinase signaling pathways using molecular dynamics and molecular docking methods

Glushko A.A., Kodonidi I.P., Frantsiyants E.M., Kaplieva I.V., Chiryapkin A.S., Sergienko E.V.

Drug repurposing approach: in-silico studies on natural antiviral analogues as therapeutic agents for COVID-19

Velayutham G., Nallathambi M., Govindasamy H., Gopalsamy R.G.

Короткий адрес: https://sciup.org/149129626

IDS: 149129626 | УДК: 615.015.11: | DOI: 10.15688/jvolsu11.2018.1.16

Methodology of validation of in silico 3D models of pharmacologically relevant proteins-targets

The article studies the development of methodology and results of validation of in silico 3D models of pharmacologically relevant target proteins on the example of protein kinase C theta. Using the IUPHAR / BPS database, information has been found about 5 reference inhibitors PRKCQ, recognized by the world scientific community. According to the received data, 3 most valid PRKCQ models (PDB-codes: 5F9E, 2JED, 4RA5) have been selected, which can later be used for docking of new inhibitors.

Список литературы Методология валидации in silico 3D-моделей фармакологически релевантных белков-мишеней

ChemAxon // ChemAxon Limited. - Electronic text data. - Mode of access: https://chemaxon.com/.
IUPHAR // Union of Basic and Clinical Pharmacology. - Electronic text data. - Mode of access: https://www.iuphar.org/.
MOPAC // Stewart Computational Chemistry. - Electronic text data. - Mode of access: http://openmopac.net/.
PDBe // Protein Data Bank in Europe. - Electronic text data. - Mode of access: http://www.ebi.ac.uk/pdbe/.
Trott, O. AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading / A. J. Olson, O. Trott // J. Comp. Chem. - 2010. - Vol. 31, Iss. 2. - P. 455-461.
UniProtKB // UniProt Consortium. - Electronic text data. - Mode of access: https://www.uniprot.org/.