Моделирование и анализ виртуального растяжения эластичного и пластичного кристаллов дигалогенфенолов

Автор: Решетникова Регина Викторовна, Матвейчук Юрий Васильевич, Барташевич Екатерина Владимировна

Журнал: Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия: Химия @vestnik-susu-chemistry

Рубрика: Физическая химия

Статья в выпуске: 3 т.14, 2022 года.

Бесплатный доступ

С целью проверки устойчивости результатов моделирования растягивающих деформаций молекулярных кристаллов проведен тест на виртуальное растяжение пластичного 3,4-дихлорфенола, эластичного 4-бром-3-хлорфенола. Моделирование всех рассматриваемых кристаллических структур было проведено методами теории функционала плотности с учетом периодических граничных условий и локализованных базисных наборов. Подтверждено, что предложенный нами ранее виртуальный тест на растяжение молекулярных кристаллов позволяет объяснять и предсказывать их механические свойства по характерному поведению изменений энергии кристаллической ячейки и ее объема в зависимости от растягивающих деформаций. В данной работе растягивающие деформации кристаллической ячейки 3,4-дихлорфенола проводили с разным шагом в 1 и в 3 % от величин параметров ячейки. Это позволило нам установить, что тренды изменения кристаллической структуры и рассматриваемых свойств мало зависят от величины шага растяжения в изученных пределах. Были обнаружены лишь небольшие отличия в энергии кристаллической ячейки на 15 % растяжения, которые позже нивелировались. Для изученных структур кристаллов выявлено, что четыре водородные связи O-H…O прочнее удерживают сформировавшиеся синтоны из четырех молекул, чем межстопочные взаимодействия Cl…Cl или Br…Br, которые способны к переключению или разрыву в процессе деформации. При этом оказалось, что взаимодействие галогенов I типа как для эластичного, так и для пластичного кристалла теряется в ходе растяжения, при этом вместо одного ван-дер-ваальсового взаимодействия формируются две галогенные связи Cl…Br и Сl…Cl, соответственно. В зависимости от растягивающих деформаций на начальном этапе растяжений обнаруживаются сходные изменения в поведении структуры, энергии кристаллической ячейки и ее объема как для пластичного 3,4-дихлорфенола, так и для эластичного 4-бром-3-хлорфенола. Тем не менее пластичный 3,4-дихлорфенол отличается более медленными изменениями в структуре и коротким периодом замедления роста энергии кристаллической ячейки с появлением межстопочных зазоров. Для эластичного кристалла этот период значительно более протяженный и сопровождается осцилляциями в изменении энергии. Таким образом, замена атома Cl на Br в 4-м положении фенольного цикла приводит к тому, что при определенном проценте растягивающих деформаций формируются достаточно большие полости, что способствует существенным изменениям в структуре без значительных затрат энергии.

Еще

Виртуальный тест на растяжение, молекулярные кристаллы, квантово-химические расчеты с периодическими граничными условиями, механические свойства, водородные связи, галогенные связи

Короткий адрес: https://sciup.org/147238626

IDR: 147238626   |   DOI: 10.14529/chem220313

Список литературы Моделирование и анализ виртуального растяжения эластичного и пластичного кристаллов дигалогенфенолов

  • Hohenberg P., Kohn W. Inhomogeneous Electron Gas. Phys. Rev. 1964;136:B864-B871. DOI: 10.1103/PhysRev.136.B864.
  • Kohn W., Sham J.L. Self-Consistent Equations Including Exchange and Correlation Effects. Phys. Rev. 1965;140:A1133-A1138. DOI: 10.1103/PhysRev.140.A1133.
  • Mattar V.T., Gavilan-Arriazu E.M., Rodriguez S.A. Study of Electrochemical Mechanisms Using Computational Simulations: Application to Phenol Butylated Hydroxyanisole. Journal of Chemical Education. 2022;99 (2):1044-1052. DOI: 10.1021/acs.jchemed.1c01230.
  • Ngake T., Nqayi S., Gulumian M., Cronje S., Harris R.A. Recent developments in computational and experimental studies of physicochemical properties of Au and Ag nanostructures on cellular uptake and nanostructure toxicity. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects. 2022;1866(8):130170. DOI: 10.1016/j.bbagen.2022.130170.
  • Gupta P., Rather S.A., Saha B.K., Panda T. Mechanical Flexibility of Molecular Crystals Achieved by Exchanging Hydrogen Bonding Synthons. Cryst. Growth Des. 2020;20:2847-2852. DOI: 10.1021/acs.cgd.9b01530.
  • Cook M.J., Wilson M.R. Calculation of Helical Twisting Power for Liquid Crystal Chiral Dopants. J. Chem. Phys. 2000;112 (3):1560-1564. DOI: 10.1063/1.480703.
  • Earl D.J., Wilson M.R. Predictions of Molecular Chirality and Helical Twisting Powers: A Theoretical Study. J. Chem. Phys. 2003;119 (19):10280-10288. DOI: 10.1063/1.1617980.
  • Wilson M.R., Earl D.J. Calculating the Helical Twisting Power of Chiral Dopants. J. Mater. Chem. 2001;11 (11):2672-2677. DOI: 10.1039/b103520g.
  • Quevillon M. J., Whitmer J. K. Charge Transport and Phase Behavior of Imidazolium-based Ionic Liquid Crystals from Fully Atomistic Simulations. Materials (Basel). 2018;11 (1):64. DOI: 10.3390/ma11010064.
  • Matveychuk Y.V, Bartashevich E.V., Skalyova K.K., Tsirelson V.G. Quantum electronic pressure and crystal compressibility for magnesium diboride under simulated compression. Materials Today Communications. 2021;26:101952. DOI: 10.1016/j.mtcomm.2020.101952.
  • Bartashevich E.V., Sobalev S.A., Matveychuk Y.V., Tsirelson V.G. Simulation of the Compressibility of Isostructural Halogen Containing Crystals on Macro- and Microlevels. Journal of Structural Chemistry. 2021;62 (10):1607-1620. DOI: 10.1134/S0022476621100164.
  • Bartashevich E.V., Sobalev S.A., Matveychuk Y.V., Tsirelson V.G. Variations of Quantum Electronic Pressure Under the External Compression in Crystals with Halogen Bonds Assembled in Cl3-, Br3-, I3-synthons. Acta Crystallographica Section B: Structural Science, Crystal Engineering and Materials. 2020;76:514-523. DOI: 10.1107/S2052520620006113.
  • Masunov A.E., Wiratmo M., Dyakov A.A., Matveychuk Y.V. Virtual Tensile Test for Brittle, Plastic, and Elastic Polymorphs of 4-Bromophenyl 4-Bromobenzoate. Cryst. Growth Des. 2020;20:6093-6100. DOI: 10.1021/acs.cgd.0c00798.
  • Desiraju G.R., Ho P.S., Kloo L., Legon A.C. Definition of the halogen bond. Pure Appl. Chem. 2013;85 (8): 1711-1713. DOI: 10.1351/PAC-REC-12-05-10.
  • Metrangolo P., Resnati G. Halogen bonding: A paradigm in supramolecular chemistry. Chem. Eur. 2001;7:2511-2519. DOI: 10.1002/1521-3765(20010618)7:12<2511::AID-CHEM25110-3.0.CO;2-T.
  • Metrangolo P., Neukirch H., Pilati T., Resnati G. Halogen bonding based recognition processes: A world parallel to hydrogen bonding. Acc. Chem. Res. 2005;38 (5): 386-395. DOI: 10.1021/ar0400995.
  • Dovesi R., Erba A., Orlando R., Zicovich-Wilson C.M. Quantum-mechanical Condensed Matter Simulations with CRYSTAL. WIREs Comput. Mol. Sci. 2018;8: e1360. DOI: 10.1002/wcms.1360.
  • Dovesi R. CRYSTAL17 User's Manual. University of Torino: Torino. 2017. 461 p.
  • Cambridge Crystallographic Data Center. 2020. deposit@ccdc.cam.ac.uk; http://www.ccdc.cam.ac.uk
  • Brandenburg J.G., Grimme S. Dispersion Corrected Hartree-Fock and Density Functional Theory for Organic Crystal Structure Prediction. Top. Curr. Chem. 2014;345:1-23. DOI: 10.1007/128_2013_488.
  • Sure R., Grimme S. Corrected Small Basis Set Hartree-Fock Method for Large Systems. J. Comput. Chem. 2013;34:1672-1685. DOI: 10.1002/jcc.23317.
  • Grimme S., Antony J., Ehrlich S., Krieg H. A Consistent and Accurate Ab Initio Parametriza-tion of Density Functional Dispersion Correction (DFT-D) for the 94 Elements H-Pu. J. Chem. Phys. 2010;132:154104. DOI: 10.1063/1.3382344.
  • Kruse H., Grimme S. A Geometrical Correction for the Inter- and Intra-Molecular Basis Set Superposition Error in Hartree-Fock and Density Functional Theory Calculations for Large Systems. J. Chem. Phys. 2012;136:154101. DOI: 10.1063/1.3700154.
  • Brandenburg J.G., Alessio M., Civalleri B., Peintinger M.F. Geometrical Correction for the Inter- and Intramolecular Basis Set Superposition Error in Periodic Density Functional Theory Calculations. J. Phys. Chem. A. 2013;117:9282-9292. DOI: 10.1021/jp406658y.
  • Mukherjee A., Desiraju G.R. Halogen Bonds in Some Dihalogenated Phenols: Applications to Crystal Engineering. IUCrJ. 2013;1:49-60. DOI: 10.1107/S2052252513025657.
Еще
Статья научная