Необычная структура ДНК на границе Her2/neu ампликона

Ген HER2/neu амплифицирован в клетках опухолей при раке молочной железы в 25–30% случаев. Опухоли, содержащие амплифициро-ванный ген HER2/neu, как правило, агрессивны, предопределяют плохой прогноз заболевания. На сегодняшний день не известны ни механизмы внутрихромосомной амплификации фрагментов ДНК, ни точные границы ампликонов, содержащих ген HER2/neu.

Цель исследования – выявить границы фрагментов, которые амплифицируются совместно с геном HER2/neu, проанализировать структурные особенности ДНК на границе ампликонов.

Материал и методы. С помощью ПЦР в реальном времени с использованием TaqMan технологии проведен анализ границ амплифи-цируемых фрагментов ДНК в районах, окру- жающих ген HER2/neu. С использованием программы TwistFlex проведен анализ торсионной напряженности (флексибильности) ДНК вокруг гена HER2/neu.

Результаты. Проанализировано 156 образцов ДНК, выделенных из опухолей РМЖ, среди них обнаружено 54, содержащих увеличенную дозу гена HER2/neu. Анализ дозы генов в районах, окружающих HER2/neu, позволил выявить по крайней мере 4 типа ампликонов. В целом ряде случаев граница фрагмента ДНК, амплифи-цируемого совместно с HER2/neu, находилась в интроне гена ZNF1A3. На выявленной границе обнаружен сайт высокой флексибильности FlexZNF-2 в интроне, прилежащем к гену HER2/ neu. Более детальный анализ структуры сайта FlexZNF-2 длиной 1133 п.н. позволил выявить структуры ДНК, способные формировать шпилечные структуры. Внутри этого сайта обнаружены множественные повторы протяженностью от 11 до 34 нуклеотидов. Анализ длин фрагментов FlexZNF-2 в выборке из 100 образцов ДНК, выделенных из крови здоровых жителей г. Новосибирска, позволил выявить 3 варианта фрагмента FlexZNF-2, отличающихся количеством повторяющихся последовательностей.

Выводы. На границе ампликона, содержащего ген HER2/neu, обнаружена последовательность, способная формировать шпилечные структуры, обладающая высокой степенью торсионной напряженности и состоящая из повторяющих последовательностей. На основании полученных данных сделано предположение о том, что генетически предопределенная длина фрагмента FlexZNF-2 может обусловливать появление двуцепочечных разрывов ДНК внутри этого фрагмента в клетках опухоли при РМЖ и приводить к инициации амплификации фрагмента ДНК, содержащего ген HER2/neu.