Оценка количества ДНК разных групп микроорганизмов в генетических горизонтах темно-серой почвы
Автор: Железова А.Д., Кутовая О.В., Дмитренко В.Н., Тхакахова А.К., Хохлов С.Ф.
Журнал: Бюллетень Почвенного института им. В.В. Докучаева @byulleten-esoil
Статья в выпуске: 78, 2015 года.
Бесплатный доступ
Молекулярно-биологическими методами проведено исследование структуры микробного сообщества в профиле темно-серой почвы Luvic Retic Greyzemic Phaeozem (Loamic), Московская область, Каширский район. Микроорганизмы играют ведущую роль в преобразовании органического вещества почвы, их основная масса сосредоточена в верхней части профиля. В связи с этим большинство почвенных микробиологических исследований проводится для верхних горизонтов. Однако изучение микробного сообщества нижней части профиля представляет не только теоретический, но и практический интерес в связи с возрастающей интенсивностью эрозионных процессов. Методом количественной полимеразной цепной реакции в реальном времени оценено количество ДНК бактерий, архей и микромицетов в горизонтах исследуемой почвы. Исследован материал кротовины, находившейся на глубине 80 см. Наибольшее количество ДНК бактерий и архей выявлено в верхнем гумусово-аккумулятивном горизонте (9.6 × 10 8 и 9 × 10 7 копий/г почвы соответственно). С увеличением глубины наблюдалось плавное снижение количества ДНК бактерий и архей, что связано с изменением физико-химических условий в почве. ДНК микромицетов распределялись по профилю равномерно (5.0-9.4 × 10 7 копий/г почвы). Показатели содержания ДНК разных групп микроорганизмов в материале кротовины были близки к нижним минеральным горизонтам. Это может быть объяснено инфильтрацией воды через кротовину с элюированием микроорганизмов в период переувлажнения почв. Определяющими факторами, влияющими на количество ДНК микроорганизмов, являются элементарные почвенные процессы: биогенно-аккумулятивный в верхних горизонтах, глинисто-иллювиальный и гумусово-иллювиальный в нижних горизонтах темно-серой почвы.
Пцр (полимеразная цепная реакция), профильное распределение микроорганизмов, бактерии, археи, микромицеты
Короткий адрес: https://sciup.org/14313614
IDR: 14313614
Список литературы Оценка количества ДНК разных групп микроорганизмов в генетических горизонтах темно-серой почвы
- Андронов Е.Е., Петрова С.Н., Пинаев А.Г., Першина Е.В., Рахимгалиева С.Ж., Ахмеденов К.М., Горобец А.В., Сергалиев Н.Х. Изучение структуры микробного сообщества почв разной степени засоленности с использованием T-RFLP и ПЦР с детекцией в реальном времени//Почвоведение. 2012. № 2. С. 173-183.
- Андронов Е.Е., Пинаев А.Г., Першина Е.В., Чижевская Е.П. Выделение ДНК из образцов почвы (методические указания). СПб.: ВНИИСХМ РАСХН, 2011. 27 с.
- Базыкина Г.С. Гидрологическая деградация автоморфных почв в агроландшафтах//Бюл. Почв. ин-та им. В.В. Докучаева. 2012. Вып. 70. С. 43-55.
- Василенко Е.С., Кутовая О.В., Тхакахова А.К., Мартынов А.С. Изменение численности микроорганизмов в зависимости от величины агрегатов миграционно-мицелярного чернозема//Бюл. Почв. ин-та им. В.В. Докучаева. 2014. Вып. 73. С. 85-97.
- Добровольский Г.В. Разнообразие генезиса и функций лесных почв//Почвоведение. 1993. № 9. С. 5-12.
- Единый государственный реестр почвенных ресурсов России. Версия 1.0. Коллективная монография. М.: Почв. ин-т им. В.В. Докучаева, 2014. 768 с.
- Классификация и диагностика почв России. Смоленск: Ойкумена, 2004. 342 с.
- Манучарова Н.А. Молекулярно-биологические аспекты исследований в экологии и микробиологии. М. Изд-во Моск. ун-та, 2010. 47 с.
- Полянская Л.М., Гейдебрехт В.В., Степанов A.Л., Звягинцев Д.Г. Распределение численности и биомассы микроорганизмов по профилям зональных типов почв//Почвоведение. 1995. № 3. С. 322-328.
- Урусевская И.С., Соколова Т.А., Шоба С.А., Багнавец О.С., Куйбышева И.П. Морфологические и генетические особенности профиля светло-серой лесной почвы на покровных суглинках//Почвоведение. 1987. № 4. С. 5-16.
- Agnelli A., Ascher J., Corti G., Ceccherini M.T., Nannipieri P. Distribution of microbial communities in a forest soil profile investigated by microbial biomass, soil respiration and DGGE of total and extracellular DNA//Soil Biol. Biochem. 2004. P. 859-868.
- Baldrian P., Vetrovsky T., Cajthaml T., Dobiasova P., Petrankova M., Snajdr J., Eichlerova I. Estimation of fungal biomass in forest litter and soil//Fungal ecology. 2013. P. 1-11.
- Fierer N., Schimela J.P., Holden P.A. Variations in microbial community composition through two soil depth profiles//Soil Biol. Biochem. 2003. P. 167-176.
- Gangneux C., Akpa-Vinceslas M., Sauvage H., Desaire S., Houot S., Laval K. Fungal. bacterial and plant dsDNA contributions to soil total DNA extracted from silty soils under different farming practices: Relationships with chloroform-labile carbon//Soil Biol. Biochem. 2011. P. 431-437
- IUSS Working Group WRB. World Reference Base for Soil Resources 2014. International soil classification system for naming soils and creating legends for soil maps. World Soil Resources Reports No. 106. FAO, Rome. 2014. 181 p.
