Оценка материнской изменчивости российских локальных пород овец на основе анализа полиморфизма гена цитохрома B

Исследование полиморфизма митохондриальной ДНК (мтДНК) - это один из эффективных современных подходов к оценке генетического разнообразия сельскохозяйственных животных. У овец ( Ovis aries ) секвенирование мтДНК служит наиболее эффективным подходом для определения гаплогрупп мтДНК. Несмотря на то, что за рубежом он широко применяется, системного и всестороннего исследования российских пород овец с его помощью до сих пор не проводили. В настоящей работе впервые установлена принадлежность овец 25 российских пород к гаплогруппам и показаны гаплотипические связи между грубошерстными, тонкорунными и полутонкорунными породами на основе анализа полиморфизма последовательностей митохондриального гена CytB . Дана характеристика материнской изменчивости локальных пород овец в сравнении с трансграничными. Нашей целью было изучение генетического разнообразия и определение гаплотипической изменчивости и гаплогрупповой принадлежности российских локальных пород овец на основе последовательностей гена СytB . Исследования 25 российских пород овец проводили в 2020-2021 годах. Образцы ткани (ушной выщип) были взяты из биоколлекции «Банк генетического материала домашних и диких видов животных и птицы» (зарегистрирован Минобрнауки РФ № 498808), созданной и поддерживаемой в ФГБНУ ФИЦ животноводства - ВИЖ им. академика Л.К. Эрнста. Итоговая выборка для исследования включала девять тонкорунных пород: забайкальскую ( n = 3), дагестанскую горную ( n = 4), грозненскую ( n = 5), кулундинскую ( n = 5), манычского мериноса ( n = 5), сальскую ( n =5), советского мериноса ( n = 3), ставропольскую ( n = 5) и волгоградскую ( n = 5); пять полутонкорунных пород: горноалтайскую ( n = 5), куйбышевскую ( n = 1), северокавказскую ( n = 5), русскую длинношерстную ( n = 3) и цигайскую ( n = 2); одиннадцать грубошерстных пород: романовскую ( n = 3), андийскую черную ( n = 5), буубей ( n = 5), каракульскую ( n = 3), карачаевскую ( n = 5), кучугуровскую ( n = 3), лезгинскую ( n = 5), тушинскую ( n = 5), тувинскую короткожирнохвостую ( n = 4), эдильбаевскую ( n = 5) и калмыцкую ( n = 5). Полные последовательности гена CytB изучаемых пород овец определяли с использованием технологии секвенирования следующего поколения (next generation sequencing, NGS). Для этого были амплифицированы три перекрывающихся фрагмента мтДНК (область перекрытия более 290 п.н.) длиной 6500, 5700 и 6700 п.н. Полученные продукты полимеразной цепной реакции (ПЦР) использовали для подготовки библиотек, которые затем секвенировали методом парных концевых прочтений по 300 п.н. на приборе MiSeq («Illumina, Inc.», США). Последовательность гена СytB была восстановлена из полной последовательности мтДНК после ее выравнивания, выполненного с использованием MUSCLE алгоритма в программном обеспечении MEGA 7.0.26. Все изучаемые породы характеризовались высоким гаплотипическим (HD = 0,400-1,000) и нуклеотидным разнообразием (p = 0,00058-0,00760). В общей сложности идентифицировали 82 гаплотипа, при этом тувинская порода овец была представлена только одним. Анализ результатов AMOVA показал, что генетическое разнообразие в основном определяло внутрипородные различия (90,55 %). Были выявлены четыре гаплогруппы овец, включая A, B, C и D, что объясняется широким ареалом исследуемых животных. Наиболее распространенными среди локальных российских пород овец оказались гаплогруппы В ( n = 64) и А ( n = 34), характерные для овец европейского и азиатского происхождения. Всего 7 животных было отнесено к гаплогруппе С, а гаплогруппа D оказалась представлена одним животным. Полученные результаты внесут важный вклад в более глубокое понимание процессов миграции и расселения домашних овец на территории Евразии.