Однородность профиля метилирования ДНК в тканях с доброкачественными пролиферативными процессами молочных желез и метастазами в регионарные лимфатические узлы

Цель исследования. Оценить особенности метилирования массива онкогенов и опухолесупрессорных генов в тканях с доброкаче- ственными пролиферативными процессами, РМЖ и в тканях регионарных лимфоузлов с метастазами.

Материал и методы. Обследовано 36 образцов ДНК, полученных от 24 женщин, больных РМЖ. Из них 19 были представлены образцами тканей с РМЖ, 6 – образцами тканей с доброкачественными пролиферативными процессами, 5 – образцами тканей регионарных лимфатических узлов с метастазами и 6 образцов условного контроля (гистологически нормальный эпителий, взятый у женщин с РМЖ). Операционный материал был получен в НИИ онкологии СО

РАМН в рамках интеграционного проекта СО РАМН «Молекулярно-генетические механизмы формирования и прогрессии рака молочной железы: разработка критериев риска, прогноза клинического течения и чувствительности к химиотерапии на основании выявления информативных маркеров опухоли и организма». По показаниям в предоперационном периоде больным проводилось по 2–4 курса неоадъювантной химиотерапии. Анализ профиля метилирования был выполнен с использованием метилочипа GoldenGate Cancer Panel I (Illumina, США), включающего 1505 CpG-динуклеотидов в 807 генах. Для формирования групп, сходных по профилю метилирования, был применен кластерный анализ. Для выявления дифференциально метилированных CpG-сайтов использовался t-критерий для независимых выборок с предварительной нормализацией данных. Дифференциально метилированные CpG-сайты классифицировали по биологическим функциям согласно базе данных Gene Ontology.

Результаты. При проведении кластерного анализа была выявлена группа образцов с высокой степенью сродства по профилю метилирования, в которой представленность тканей с доброкачественными пролиферативными процессами и метастазами была значимо выше, чем в остальной выборке (p<0,001). В вышеу- помянутую группу попали все ткани с доброкачественными пролиферативными процессами и метастазами (кроме одного), а также по одному образцу с РМЖ и условным контролем. Все остальные ткани с РМЖ и морфологически нормальным эпителием были распределены по всей выборке и показали относительно слабое сходство по профилю метилирования. При проведении анализа с использованием t-критерия был выявлен 261 CpG-сайт, уровень метилирования которых обусловливал четкое выделение кластера образцов с доброкачественными пролиферативными процессами и метастазами (FDR<0,01). Дифференциальное метилирование в исследуемом кластере наблюдалось в группах генов, ответственных за чувствительность к эстрадиолу, регулирующих овуляцию, циклазную активность, транспорт через ионные каналы и др.

Выводы. Полученные результаты демонстрируют высокое сродство образцов с доброкачественными пролиферативными процессами и метастазами по профилю метилирования ДНК, что, в свою очередь, может свидетельствовать о значительной роли и общности эпигенетических модификаций в раннем формировании клонов клеток с фенотипом доброкачественных пролиферативных процессов и метастазов.