Первый опыт изучения распространения куньих на Среднем Урале с применением генетического анализа ДНК из экскрементов

Автор: Монахов В.Г.

Журнал: Вестник Пермского университета. Серия: Биология @vestnik-psu-bio

Рубрика: Экология

Статья в выпуске: 4, 2014 года.

Бесплатный доступ

Дается обзор основных результатов исследований современного распространения промысловых видов куньих на Среднем Урале (Свердловская область). В работе применен новый для данного региона метод - распознавание видов с помощью ПЦР-анализа ДНК, выделенной из экскрементов животных. Результат исследования биопроб выявил их видовую принадлежность: американская норка 78%, выдра (8%), куница лесная (4%) и соболь (10%). Общая доля успешных определений оказалась равной 78.13%, что превышает результаты, полученные с использованием ранее предложенных методов.

Куницеобразные, распространение, свердловская область, генетический анализ

Короткий адрес: https://sciup.org/147204699

IDR: 147204699

Текст научной статьи Первый опыт изучения распространения куньих на Среднем Урале с применением генетического анализа ДНК из экскрементов

Изучению территориального распределения видов семейства куньих Mustelidae в последние годы не уделяется должного внимания, несмотря на их ценность как пушно-мехового ресурса. Проводимые на постоянной основе ежегодные учеты по белой тропе не решают проблему, поскольку реально зверьки по территории распределены неравномерно. Да и качество, и достоверность зимних учетов оставляют желать лучшего, хотя Министерство природных ресурсов РФ старается периодически вносить корректировки и улучшения в методику их проведения.

Планомерных исследований мустелид на Среднем Урале, с закрытием в начале 1990-х гг. научного отдела Уральского филиала ВНИИОЗ, практически не ведется. Остаются лишь поредевшие научные отделы двух заповедников, ведущие работы в рамках летописи природы. С 2012 г. нами проводятся изыскания по теме Куньи Среднего и Южного Урала: современный статус и взаимоотношения между видами в рамках программы Президиума РАН (Объединенный ученый совет по наукам о Земле), а ныне - программы фундаментальных исследований Президиума УрО РАН. С этой работой частично соприкасаются исследования по начавшемуся в 2013 г. проекту РФФИ-Урал по теме Биоценотическое и охотхозяйственное значение соболя, куницы и их гибрида кидуса на Урале.

Материал и методы исследования

Сбор биоматериала, проб экскрементов мусте-лид, проводился на реках Свердловской области, в шести административных районах, список которых приведен в табл. 1 и показан на рисунке, в 2012– 2014 гг. в летне-осенний сезон при прохождении по поймам и руслам естественных. Собирались также образцы, найденные в припойменных стациях. За три летних сезона собрано 133 образца. Большая часть из них (64) была отправлена на исследование видовой принадлежности в ЗАО Син-тол (Москва). Пробы за 2014 г. (57 экз.) еще не обработаны.

О возможности видовой идентификации куньих посредством анализа ДНК экскрементов на основе видоспецифичной ПЦР, а также с помощью частичного секвенирования митохондриальной ДНК сообщалось ранее [Murakami, 2002; Kurose, Masuda, Tatara, 2005; Рожнов и др., 2008; Fernandes et al., 2008;]. Однако при попытке воспроизведения данных методик были вскрыты их недостатки, выражавшиеся в длительности и трудоемкости процесса, наличии спорных случаев при идентификации вида, низком проценте успешных определений. Была предложена усовершенствованная по сравнению с описанной В.В. Рожновым с соавторами [2008] технология определения видо-

вой принадлежности экскрементов мелких куньих [Колобова и др. 2014].

Результаты исследования и их обсуждение

В 2011–2014 гг. нами получены сведения о численности мустелид (соболь Martes zibellina Linnaeus 1758, куница Martes martes Linnaeus 1758, колонок Mustela sibirica Pallas 1773, горностай Mustela erminea Linnaeus 1758, выдра Lutra lutra Linnaeus 1758), в Свердловской области за 1980–1990-е гг. и в 2000–2013 гг. Выявлены мно- сятилетия, а также оценены основные факторы, определяющие их численность и распространение в регионе [Monakhov, 2011a, 2011b, 2012]. Проведены экспедиционные работы в районах Свердловской области: Сысертском, Шалинском, Артемовском, Кировградском, Режевском и МО Екатеринбург с обследованием 28 рек и речек для оценки распространения околоводных хищников с предполагаемым обитанием европейской норки Mustela lutreola Linnaeus 1761 (табл. 1). Собраны 133 образца экскрементов, которые планируется исследовать на принадлежность к виду мустелид посредством анализа ДНК (табл. 1).

голетние тренды численности за последние три де-

Участки сбора биопроб видов Mustelidae в Свердловской области (2012–2014 гг.).

Номера соответствуют приведенным в табл. 1

Таблица 1

Результаты обследования рек Свердловской обл. на присутствие видов Mustelidae в 2012-2014 гг.

Районы, реки

Обитание мустелид (по следам)

Сбор биопроб экскрементов

2012      2013      2014

2012      2013     2014

1. Артемовский район

р. Бобровка

+

+

+

+

р. Бродовка

+

+

-

+

р. Грязнушка

+

-

2. Кировград (Висимский заповедник)

3. Режевской район

р.Сычевка

+

+

+

р. Рассоха

+

+

-

+

р. Арамашка

+

+

Окончание табл. 1

Районы, реки

Обитание мустелид (по следам)

Сбор биопроб экскрементов

2012      2013      2014

2012      2013     2014

4. Шалинский район

р. Чусовая (у Староуткинска)

+

+

р. Дарья

+

+

р. Ольховка

+

+

р. Мартьяниха (у с.Чусовое)

-

-

р. Кашка

+

+

р. Токовая

+

+

р. Талая

+

+

5. Сысертский район

р. Черная

1 + 1

1                          1 + 1

6. Нижнесергинский район

р. Лакташ

+

+

р. Ирмиз

+

+

р. Ирмизенок

+

+

р. Ключевая

+

+

7. Верхотурский район

р. Калачик

+

+

р. Мостовая

+

+

8. Пригородный район

р. Еква

+

+

р. Межевая Утка

-

-

р. Ельничный Лог

-

-

9. Екатеринбург

р. Шиловка

+

-

р. Патрушиха

+

-

Исследование собранных за два года образцов завершено в декабре 2013 г., его результаты приводятся в табл. 2. Всего по результатам определения (номинально) зафиксировано наличие в про- бах образцов, принадлежащих четырем видам: кунице лесной, соболю, выдре, норке американской Neovison vison Schreber 1777.

Таблица 2

Результаты видовой идентификации образцов экскрементов мустелид Свердловской области

Год сбора

Исследовано

Определено

Не определено

Mm

Mz

Ll

Nv

2012

8

1

1

1

4

1

2013 (1)

23

1

4

3

12

3

2013 (2)

33

0

0

0

23

10

Всего

64

2

5

4

39

14

Латинскими буквами обозначены виды: Mm – куница лесная, Mz – соболь, Ll – выдра, Nv – норка американская.

Основной причиной неопределения вида является невозможность выделения ДНК из образца, обусловленная, прежде всего, качеством взятой пробы. Часто пробы подвержены воздействию разных природных факторов, и на момент взятия часть их оказывается непригодна для генетических анализов, что не удается выявить сразу.

По результатам генетического анализа пробы 2012–2013 гг. принадлежали, в основном, американской норке - 78% от числа положительных результатов анализа (табл. 2), выдре (8%), кунице лесной (4%) и соболю (10%). Общая доля успешных определений оказалась равной 78.13%, что надо признать довольно успешным результатом по сравнению, например, с методом, описанным В.В.

Рожновым с соавторами [Рожнов и др., 2008].

Необходимо сделать уточнение о соболе и кунице. Районы сбора биопроб не входят в ареал вида M. zibellina , а все и целиком расположены на территории, населенной исключительно лесной куницей M. martes . И хотя в последние годы неоднократно отмечались случаи выхода соболей далеко за пределы области распространения вида [Монахов, 2010], мы не склонны полностью доверять результатам анализов. Дело в другом. Известно [Murakami, Asano, Ohtaishi, 2004; Li et al., 2010], что соболь генетически очень близок к кунице в целом, и по исследуемому участку ДНК в частности. Особенно это характерно для Урала, где ареалы двух видов налегают друг на друга [Monakhov 2005;

Рожнов и др., 2008]. В данном случае разница составляла 1 нуклеотид, и ее нельзя признать достоверной. Поэтому все случаи определений видовой принадлежности образцов соболю надо относить к кунице лесной.

В таблице 3 представлено территориальное распределение исследованных образцов с установленной видовой принадлежностью.

Таблица 3 Результаты обследования рек Свердловской обл. на присутствие мустелид в 2012 и 2013 гг.

Кроме задач выявления хорологического распределения видов мустелид по территории Свердловской области мы пытаемся решить и другую важную проблему, касающуюся обитания на Среднем Урале европейской норки. Известно, что в последние десятилетия область обитания этого вида значительно сократилась. С 1994 г. европейская норка числится в красном списке (IUCN Red List) Международного союза охраны природы (МСОП) в категории «endangered», а с 2011 г. категория была повышена до «critically endangered» - «в критическом состоянии или на грани исчезновения». Она занесена также в Красные книги или взята под охрану в 32 субъектах Российской Федерации.

В недавней нашей публикации были описаны изменения ареала вида в последние 80 лет [Монахов, 2013]. Достоверных данных, свидетельствующих об обитании европейской норки за Уралом, в последние 20 лет нет. Одним из последних свидетельств обитания европейской норки является нахождение в 1994 г. сотрудником института экологии растений и животных Н.Г. Ерохиным почти полного скелета зверька на р. Ивдель в 8 км выше г. Ивдель.

Поэтому наши ожидания от проводимой в настоящее время работы связаны еще и с возможным прояснением судьбы европейской норки как вида на Среднем Урале. На данный момент, проведенное исследование может свидетельствовать лишь о том, что на исследованной нами территории области зверек не обнаружен. Однако в дальнейшем, с расширением площади поисков, вероятность обна- ружения остаточных мест присутствия зверька в пределах конкретного региона, Свердловской области, будет расти. Известно, что в настоящее время европейская норка обитает к западу от Свердловской области – на территории Башкортостана, Удмуртии, Пермского края. Поэтому поиск у западных границ области в обозначенном аспекте может быть более результативным.

Заключение

В результате проведенных работ получены сведения о численности мустелид в Свердловской области за 1980–2013 гг., выявлены многолетние тренды роста численности за последние три десятилетия, а также оценены основные факторы, определяющие их численность и распространение в регионе. Применение анализа ДНК из экскрементов позволило подтвердить распространение куницы, норки американской, выдры в центральной части области и предварительно отрицать обитание здесь норки европейской.

Работа выполнена в рамках проекта Программы фундаментальных исследований УрО РАН (проект 12-П-45-2002 Куньи Среднего и Южного Урала: современный статус и взаимоотношения между видами) и при частичной поддержке РФФИ и администрации Свердловской области (проект 13-04-96046 Биоценотическое и охотхозяйственное значение соболя, куницы и их гибрида кидуса на Урале).

Автор благодарит О.С. Колобову за проведение лабораторных анализов по определению видов куньих.

Список литературы Первый опыт изучения распространения куньих на Среднем Урале с применением генетического анализа ДНК из экскрементов

  • Колобова О.С. и др. Изучение видового состава куньих на исследуемых территориях по анализу митохондриальной ДНК из экскрементов животных//Вавиловский журнал генетики и селекции, 2014. (в печати.)
  • Монахов В.Г. О случаях добычи соболей за пределами ареала на юге Свердловской области зимой 2009/2010 гг.//Зоологический журнал. 2010. Т. 89, № 11. С. 1394-1397.
  • Монахов В.Г. Европейская норка в Зауралье: реальность или миф?//Тобольск научный -2013: материалы X Всерос. науч.-практ. конф. Тобольск, 2013. С. 143-146.
  • Рожнов В.В. и др. Использование молекулярно-генетических методов для видовой идентификации куньих по продуктам их жизнедеятельности//Экология. 2008. № 1. С. 73-76.
  • Fernandes C.A. et al. Species-specific mitochondrial DNA markers for identification of non-invasive samples from sympatric carnivores in the Iberian Peninsula//Conserv. Genet. 2008(9). P. 681-690.
  • Kurose N., Masuda R., Tatara M. Fecal DNA Analysis for Identifying Species and Sex of Sympatric Carnivores: A Noninvasive Method for Conservation on the Tsushima Islands, Japan//Journal of Heredity. 2005. Vol. 96(6). P. 688-697.
  • Li B. et al. A PCR-RFLP-based method to distinguish sable (Martes zibellina) and pine marten (Martes martes)//Acta Theriol. 2010. Vol. 56(3). P. 283-288.
  • Monakhov V. G. fiber den gegenwartigen Zustand der Populationen von Arten der Gattung Martes in der Transgressionszone der Areale im Mittelural//Beitraege zur Jagd-und Wildforschung, 2005 (30). S. 331-335.
  • Monakhov V. G. Changes of Martes species numbers in the Middle Urals over 20 years. Martes Working Group Newsletter. 2011a. 18. P. 37-40.
  • Monakhov V.G. Sable and marten population increase: Is it possible to raise game quotas? Martes Working Group Newsletter. 2011b. 18. P. 41-42.
  • Monakhov V. G. Martes and other mustelids in Southern and Middle Urals. Martes Working Group Newsletter. 2012. 19. P. 42-45.
  • Murakami T. Species identification of Mustelids by сomparing partial sequences on mitochondrial DNA from fecal samples//J. Vet. Med. Sci. 2002. Vol. 64 (4). P. 321-323.
  • Murakami T., Asano M., Ohtaishi N. Mitochondrial DNA variation in the Japanese marten Martes melampus and Japanese sable Martes zibellina//Japan. Journ. of Veterin. Research. 2004. Vol. 51(3-4). P. 135-142.
Еще
Статья научная