Поиск генов-кандидатов Линч-подобного синдрома с применением метода полноэкзомного секвенирования
Автор: Янус Г.А., Суспицын Е.Н., Иевлева А.Г., Корнилов А.В., Липендина К.А., Ичетовкина А.А., Овсянникова Т.В., Навроцкая П.В., Вощинина А.Е., Лайдус Т.А., Ершова А.Н., Мартыненко Д.Е., Алексахина С.Н., Имянитов Е.Н.
Журнал: Сибирский онкологический журнал @siboncoj
Рубрика: Лабораторные и экспериментальные исследования
Статья в выпуске: 2 т.25, 2026 года.
Бесплатный доступ
Цель исследования – поиск новых генетических причин «Линч-подобного синдрома»: наследственного опухолевого синдрома, характеризующегося развитием неоплазм с микросателлитной нестабильностью (MSI-H) и не демонстрирующего мутаций в известных генах синдрома Линча. Материал и методы. В исследование вошло 18 случаев MSI-H рака толстой кишки (РТК), рака тела матки (РТМ) и рака желудка (РЖ) у молодых пациентов, без мутаций в генах MLH1, MSH2 (EPCAM), MSH6, PMS2. Проведено полноэкзомное секвенирование ДНК из образцов периферической крови пациентов. Результаты. Во всех случаях обнаружен хотя бы один патогенный или потенциально значимый/кандидатный генетический вариант (77 вариантов). У большинства пациентов наблюдалось сочетание нескольких потенциально значимых вариантов. Самой интересной находкой можно считать обнаружение сочетанного носительства мутации в гене EXO1 и варианта неясной клинической значимости (VUS) в гене FAN1 у молодой больной РТК. Дигенное наследование, вовлекающее эти два функционально связанных гена, было ранее предложено в качестве гипотетического механизма развития СССЛ. Был выявлен еще один случай предположительно дигенного наследования: сочетанное носительство двух VUS в генах TP63 и TP73. Обнаружен ряд VUS и патогенных/вероятно патогенных (P/LP) вариантов в кандидатных генах РТК: LRP1 (n=2), HECW1, PSME4, APCDD1, HIC1, CDK18, SMAD6, ZNRF3, WIF1, WNK2, RBBP8NL, MAP1LC3A. Предложен ряд новых кандидатных генов РТК: ST6GALNAC1, TGFB1I1, TGFB1, PTPRD, NUDCD2, WIF1, STAG3, NFATC2, HNF4G. Семнадцать из 77 потенциально значимых вариантов было представлено гетерозиготными VUS или P/LP вариантами в генах репарации: ABRAXAS1 (P/LP), FANCD2, BLM (P/LP), CHEK2 (гипоморфная мутация), RECQL4, BRIP1, ERCC2, ERCC3, XPC (P/LP), MUTYH (P/LP), UNG, REV3L, PARP1, PARP3, LIG1. Заключение. Полноэкзомный анализ позволил обнаружить потенциально значимые генетические варианты у исследованных пациентов. Верификация клинического значения кандидатных генов и вариантов будет возможна по мере дальнейшего накопления эпидемиологических данных.
Наследственный колоректальный рак, генетическая предрасположенность, синдром Линча, репарация ДНК, сигнальные каскады
Короткий адрес: https://sciup.org/140314624
IDR: 140314624 | УДК: 616.34-006.6:575.1:577.21 | DOI: 10.21294/1814-4861-2026-25-2-55-66
Whole-exome analysis of Lynch-like syndrome cases
Aim: to identify new genetic causes of Lynch-like syndrome (LL S), a hereditary tumor syndrome characterized by the development of neoplasms with high microsatellite instability (MSI-H) and the absence of mutations in known Lynch syndrome genes. Material and Methods. The study included 18 cases of MSI-H colorectal cancer (CRC), endometrial cancer (EC), and gastric cancer (GC) in young patients without mutations in the MLH1, MSH2 (EPCAM), MSH6, and PMS2 genes. Whole-exome sequencing was performed on DNA from patients’ peripheral blood samples. Results. At least one pathogenic or potentially significant/candidate genetic variant was detected in all cases (77 variants total). Most patients carried a combination of several potentially significant variants. The most significant finding was the identification of a FAN1 gene variant of uncertain significance (VUS) co-occurring with an EXO1 gene mutation in a young patient with MSI-H CRC. Digenic inheritance involving these two functionally related genes had been previously proposed as a hypothetical mechanism for LL S. Another case of presumed digenic inheritance was identified: co-occurrence of two VUS in the TP63 and TP73 genes, both predicted to be functionally significant by bioinformatics tools. A number of VUS and pathogenic/ likely pathogenic (P/LP) variants were found in candidate CRC genes: LRP1 (n=2), HECW1, PSME4, APCDD1, HIC1, CDK18, SMAD6, ZNRF3, WIF1, WNK2, RBBP8NL, MAP1LC3A. Several new candidate CRC genes are proposed: ST6GALNAC1, TGFB1I1, TGFB1, PTPRD, NUDCD2, WIF1, STAG3, NFATC2, HNF4G. Seventeen out of 77 potentially significant variants were heterozygous VUS or P/ LP variants in DNA repair genes: ABRAXAS1 (P/LP), FANCD2, BLM (P/LP), CHEK2 (hypomorphic mutation), RECQL4, BRIP1, ERCC2, ERCC3, XPC (P/LP), MUTYH (P/LP), UNG, REV3L, PARP1, PARP3, LIG1. Conclusion. Whole-exome sequencing enabled the detection of potentially significant genetic variants in the studied patients. Verification of the clinical significance of the candidate genes and variants will be possible as epidemiological data continues to accumulate.
Текст научной статьи Поиск генов-кандидатов Линч-подобного синдрома с применением метода полноэкзомного секвенирования
В самом крупном на данный момент метаанализе среди опухолей толстой кишки с dMMR 253/628 (40,29 %) пришлось на метилирование промотора MLH1 , 205/628 (32,64 %) – на случаи СЛ (наследственные мутации в генах MMR), 119/628 (18,95 %) – на случаи биаллельных соматических мутаций в генах MMR [8]. Среди 51/628 (0,81 %) «необъясненных» dMMR РТК в 10 случаях наблюдался ложно-позитивный анализ ИГХ, в 1 случае – биаллельная мутация в гене MUTYH . Оставшиеся 40 случаев представляли трудности при интерпретации результатов поиска соматических биаллельных мутаций в генах MMR [8]. Таким образом, ожидаемая встречаемость ЛПС оказывается достаточно низкой [3, 8–10].
В части случаев ЛПС, вероятно, возникает как случайное и редкое приобретение MSI-H/dMMR фенотипа опухолью, развившейся в рамках известных опухолевых синдромов, не связанных с дефектами системы MMR: семейного аденоматозного полипоза, MUTYH -ассоциированного полипоза и т.д. [11]. Возможно, некоторые синдромы, напрямую не связанные с генами системы MMR, характеризуются большей частотой MSI-H неоплазм, чем другие. Так, при ультраредком заболевании – наследственном неполипозном РТК, ассоциированным с геном RPS20 , 3/14 (21 %) опухолей характеризовались MSI-H [12].
Однако приоритетной задачей исследователей ЛПС остается обнаружение пока неизвестных генов, дефекты которых вызывают преимущественно MSI-H РТК. Первые кандидатные гены ЛПС, такие как PMS1 или EXO1, были предложены еще в 1990-е гг., но статус этих локусов до сих пор остается неопределенным [13, 14]. По-видимому, связанный с ними онкологический риск либо очень низок, либо для его реализации требуются какие-то дополнительные факторы. В ряде исследований было показано, что носительство патогенных вариантов в генах репарации ДНК (участвующих в гомологичной рекомбинации, анемии Фанкони, RecQ-хеликаз, эксцизионной репарации нуклеотидов и др.) ассоциируется с определенным повышением риска развития ЛПС [15–18].
Цель исследования – поиск новых генетических причин ЛПС: наследственного опухолевого синдрома, характеризующегося развитием неоплазм с микросателлитной нестабильностью (MSI-H) и не демонстрирующего мутаций в известных генах синдрома Линча.
Материал и методы
В исследование вошли образцы крови от 18 больных MSI-H неоплазмами, поступившие в лабораторию молекулярной онкологии НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова с марта 2021 по январь 2025 г. с целью диагностики синдрома Линча, у которых в результате таргетного секвенирования нового поколения не выявлены наследственные мутации в генах MMR. Все пациенты, включенные в исследование, были моложе 50 лет и/или страдали первично-множественными опухолями. ДНК выделялась из лимфоцитов периферической крови соль-хлороформным методом. На первом этапе диагностики мутации в генах синдрома Линча были исключены при помощи таргетного секвенирования: до 2023 г. панель включала гены APC, ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, CDK12, FLCN, MEN1, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NF1, NTHL1, PALB2, PIK3CA, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, RB1, TP53, VHL (5 образцов), позже в состав панели были включены гены FANCL, PPP2R2A, RET, BRIP1, CHEK1, CHEK2, STK11, NF2, TSC1, TSC2, CDH1, BRAT1, FANCD2, DICER1, SDHB, SDHC, SDHD, ATRX, SMARCB1, SMARCA4 (13 образцов). В 3/18 (17 %) случаях у пациентов были выявлены VUS в генах MMR, а также APC , не поддающиеся интерпретации.
В выборке преобладали пациенты мужского пола – 12/18 (67 %). Средний возраст больных составил 45,4 года, медианный – 44 года (диапазон: 32–51 год). У 3/18 (17 %) пациентов наблюдались первично-множественные опухоли (РТМ, рак маточной трубы; РТК, РТМ; два РТК и РТМ), среди прочих пациентов у 13/15 (87 %) наблюдался РТК, по одному случаю РТМ и РЖ. В 9/15 (60 %) случаев РТК был представлен правосторонними карциномами ободочной кишки. В 4/18 (22 %) случаев отмечалась семейная история РТК/РТМ/ РЖ. Характеристики каждого пациента представлены в таблице S1 «Клинические характеристики случаев Линч-подобного синдрома» в дополнениях к электронной версии статьи.
Всем пациентам проводилось секвенирование экзома. На этапе пробоподготовки и экзомного обогащения использовались коммерческие наборы Nextera Exome Enrichment Kit (Illumina, USA); ДНК-библиотеки готовили по протоколам производителя. Секвенирование было выполнено на платформе NextSeq2000 (Illumina, США) по 150 циклов в каждую сторону со средней глубиной 219.3X (медиана 189.1X, 117.9X-459.4X). Варианты, демонстрировавшие субоптимальное качество прочтения, были проверены ПЦР/секвенированием по Сенгеру по протоколам, опубликованным ранее (подробности доступны по запросу) [19]. Алгоритм анализа включал выравнивание полученных фрагментов (alignment) на эталонный геном версии GRCh37 (hg19) с использованием программного обеспечения BWA 0.7.12, идентификацию вариантов с помощью инструмента HaplotypeCaller (GATK 3.3.0), фильтрацию по качеству с помощью инструментов bcftools 1.2 и аннотацию вариантов с использованием SnpEff4.1. Рассматривались варианты из списка кандидатных генов, составленного по литературным данным, а также известных ге-нов/антионкогенов (список доступен по запросу), демонстрирующие частоту менее 0,5 % в любой субпопуляции базы данных GnomAD, априорно патогенные и/или предположительно влияющие на функцию белка по данным биоинформатических предсказательных алгоритмов (миссенс варианты с CADD score>20) или нарушающие сплайсинг (p>0.2 Splice AI). Окончательная оценка значимости вариантов проводилась по критериям ACMG 2015, использовались агрегатор биоинформати-ческих инструментов Franklin by Genoox (Qiagen) , базы данных ClinVar, gnomAD, Ruseq, а также данные литературы. В рамках настоящего сообщения обозначения «па-тогенные/вероятно патогенные варианты», P/LP, а также «варианты неясной клинической значимости», VUS, используются в отношении влияния на функцию соответствующих белков. Проведена биоинформатическая обработка данных с целью поиска крупных геномных перестроек (large genomic rearrangements/copy number variations, LGR/CNV) при помощи инструментов manta v.1.6.0 и ClinCNV v.1.18.3.
Результаты
Всего было выявлено 77 потенциально значимых генетических вариантов (патогенные/вероятно патогенные варианты, P/LP, а также варианты неясной клинической значимости, VUS) в известных генах РТК и в генах-кандидатах. Все варианты выявлены в гетерозиготном состоянии. CNV, затрагивающие гены наследственного РТК, обнаружены не были. Полный перечень выявленных вариантов см. в таблице S2 «Потенциально значимые наследственные генетические варианты» в дополнениях к электронной версии статьи; наиболее значимые находки приведены в таблице. В среднем на один случай приходилось 4,28 варианта (от 1 до 9). Из них 28/77 (36 %) вариантов были априорно значимыми для функции соответствующего белка либо представляли собой VUS с высокими показателями функциональной значимости по результатам био- информатических предсказательных алгоритмов.
Наиболее интересной находкой можно считать обнаружение сочетанного гетерозиготного носительства мутации c.2212-1G>C в гене EXO1 , вероятно, нарушающей сплайсинг, и VUS c.1909G>A (p.Asp637Asn) в гене FAN1 у 46-летней больной с левосторонним РТК и выраженным семейным онкологическим анамнезом. EXO1 – экзонуклеаза, устраняющая выявленные MMR, неправильно спаренные нуклеотиды в растущей цепи ДНК. Это давний кандидатный ген СЛ, но убедительных эпидемиологических свидетельств его значимости нет. FAN1 также является нуклеазой, вовлеченной в системы гомологичной рекомбинации и MMR; это фактически отвергнутый кандидатный ген РТК. Однако функции этих генов частично перекрываются, и была предложена гипотеза, подтвержденная на уровне экспериментов на клеточных линиях, что сочетанное повреждение этих генов может привести к MSI-H фенотипу [20]. Наше наблюдение – первый случай подтверждения данной гипотезы в рамках онкологического заболевания у человека. Надо отметить, что в том же образце также обнаружен VUS в гене-кандидате HECW1 – участнике сигнального каскада WNT, предположительно ассоциированном с высоким риском РТК (вероятно, на фоне полипоза толстой кишки) [21]. Кроме того, можно упомянуть гетерозиготное носительство гипоморфной мутации c.599T>C (p.Ile200Thr) в гене CHEK2 .
Другой случай возможного дигенного наследования – сочетание в образце MG2963 (48-летний больной с правосторонним РТК) двух VUS с выраженными биоинформатическими признаками влияния на функцию соответствующих белков в генах TP63 и TP73 . В раннем исследовании на животных моделях было показано, что гетерозиготная мутация в каждом из этих гомологов «стража генома» TP53 не приводит к онкологической предрасположенности, но сочетанное гетерозиготное повреждение обоих генов ассоциировано с развитием множественных опухолей различного гистогене-тического происхождения [22]. В данном образце также обнаружен целый ряд потенциально значимых вариантов в генах репарации ДНК: FANCD2 c.1278+1delG; ERCC2 c.671A>G (p.Glu224Gly); REV3L c.1724T>C (p.Ile575Thr); UNG c.655C>T (p.Arg219Cys) и PARP1 c.2173_2175dupAGC.
В случае MG3950 (34-летний больной РТК) найден VUS c.1159G>A (p.Gly387Arg) в канди-датном гене APCDD1 – негативном регуляторе сигнального пути WNT. Также обнаружен VUS в менее «перспективном» кандидатном гене CDK18 , гипоморфная мутация в гене CHEK2 , а также активирующий вариант в гене альдегидегидрогеназы (известно, что ацетальдегид – канцероген, вызывающий двухцепочечные разрывы ДНК) [23–25]. В случае первично-множественного РТМ и рака маточной трубы у пациентки 51 года (MG1962)
|
Наиболее значимые наследственные генетические варианты The most significant hereditary genetic variants |
Таблица/Table |
|||
|
N |
Генетические варианты/Genetic variants |
Пол/ Gender |
Возраст/ Age |
Рак, другие опухоли, локализация/ Cancer type, other tumors, location |
|
MG1962 |
Известные гены РТК и наиболее подтвержденные гены-кандидаты: VUS LRP1 c.12709T>C (p.Trp4237Arg). Менее подтвержденные гены-кандидаты: VUS ERCC3 c.2294G>A (p.Arg765Gln); P/LP ABRAXAS1 c.1082G>A (p.Arg361Gln). Потенциальные гены-кандидаты: VUS TGFB1 c.399G>A (p.Met133Ile); P/LP TGFB1I1 c.1357C>T (p.Gln453*)/ Known CRC genes and most confirmed candidate genes: VUS LRP1 c.12709T>C (p.Trp4237Arg). Less confirmed candidate genes: VUS ERCC3 c.2294G>A (p.Arg765Gln); P/LP ABRAXAS1 c.1082G>A (p.Arg361Gln). Potential candidate genes: VUS TGFB1 c.399G>A (p.Met133Ile); P/LP TGFB1I1 c.1357C>T (p.Gln453*) |
Ж/F |
51 |
Рак эндометрия (MSI-H), рак маточной трубы (MSI-H)/ Endometrial cancer (MSI-H), fallopian tube cancer (MSI-H) |
|
MG2400 |
Известные гены РТК и наиболее подтвержденные гены-кандидаты: VUS/LB MSH6 c.3259C>G (p.Pro1087Ala). Потенциальные гены-кандидаты: VUS (выраженные биоинформатические признаки влияния на функцию белка) HNF4G c.1087A>G (p.Lys363Glu)/ Known CRC genes and most confirmed candidate genes: VUS/LB MSH6 c.3259C>G (p.Pro1087Ala). Potential candidate genes: VUS (expressed bioinformatic markers of influence on protein function) HNF4G c.1087A>G (p.Lys363Glu) |
М/M |
32 |
РТК (правосторонний)/ CRC (right-sided) |
|
MG2448 |
Менее подтвержденные гены-кандидаты: VUS LIG1 c.1915A>G (p.Thr639Ala); VUS ZNRF3 c.1271T>C (p.Leu424Pro); VUS WIF1 c.1093A>C (p.Lys365Gln)/ Less confirmed candidate genes: VUS LIG1 c.1915A>G (p.Thr639Ala); VUS ZNRF3 c.1271T>C (p.Leu424Pro); VUS WIF1 c.1093A>C (p.Lys365Gln) |
Ж/F |
40 |
РТК (MSI-H)/ CRC (MSI-H) |
|
MG2963 |
Менее подтвержденные гены-кандидаты: VUS/LP (выраженные биоинформатические признаки нарушения сплайсинга) FANCD2 c.1278+1delG; VUS ERCC2 c.671A>G (p.Glu224Gly); VUS REV3L c.1724T>C (p.Ile575Thr); VUS (выраженные биоинформатические признаки влияния на функцию белка) UNG c.655C>T (p.Arg219Cys). Потенциальные гены-кандидаты: VUS PARP1 c.2173_2175dupAGC (p.Ser725dup); VUS/LP (выраженные биоинформатические признаки влияния на функцию белка) TP63 c.1744G>A (p.Asp582Asn) и VUS/ LP (выраженные биоинформатические признаки влияния на функцию белка) TP73 c.1166A>G (p.Tyr389Cys)/ Less confirmed candidate genes: VUS/LP (expressed bioinformatics signs of splicing disorder) FANCD2 c.1278+1delG; VUS ERCC2 c.671A>G (p.Glu224Gly); VUS REV3L c.1724T>C (p.Ile575Thr); VUS (expressed bioinformatic markers of influence on protein function) UNG c.655C>T (p.Arg219Cys). Potential candidate genes: VUS PARP1 c.2173_2175dupAGC (p.Ser725dup); VUS/LP (expressed bioinformatic markers of influence on protein function) TP63 c.1744G>A (p.Asp582Asn) and VUS/LP (expressed bioinformatic markers of influence on protein function) |
М/M |
48 |
РТК (правосторонний)/ CRC (right-sided) |
|
MG3071 |
Известные гены РТК и наиболее подтвержденные гены-кандидаты: P/LP MUTYH (моноаллельная: низкий риск) c.548G>A (p.Gly183Asp); VUS (выраженные биоинформатические признаки влияния на функцию белка) HIC1 c.112A>G (p.Asn38Asp). Потенциальные гены-кандидаты: SMO c.2314C>T (p.Arg772Cys)/ Known CRC genes and most confirmed candidate genes: P/LP MU-TYH (single-allele: low risk) c.548G>A (p.Gly183Asp); VUS (expressed bioinformatic markers of influence on protein function) HIC1 c.112A>G (p.Asn38Asp). Potential candidate genes: SMO c.2314C>T (p.Arg772Cys) |
М/M |
41 |
РТК (левосторонний)/ CRC (left-sided) |
|
Окончание таблицы/End of the Table |
||||
|
N |
Генетические варианты/Genetic variants |
Пол/ Gender |
Возраст/ Age |
Рак, другие опухоли, локализация/ Cancer type, other tumors, location |
|
MG4921 |
Известные гены РТК и наиболее подтвержденные гены-кандидаты: VUS/LB PMS2 c.86G>C (p.Gly29Ala); P/LP CFTR c.3485G>T (p.Arg1162Leu). Потенциальные гены-кандидаты: VUS (выраженные биоинформатические признаки влияния на функцию белка) PRPF8 c.4514A>C (p.Lys1505Thr); VUS PTPRD c.5108G>C (p.Ser1703Thr)/ Known CRC genes and most confirmed candidate genes: VUS/LB PMS2 c.86G>C (p.Gly29Ala); P/LP CFTR c.3485G>T (p.Arg1162Leu). Potential candidate genes: VUS (expressed bioinformatic markers of influence on protein function) PRPF8 c.4514A>C (p.Lys1505Thr); VUS PTPRD c.5108G>C (p.Ser1703Thr) |
Ж/F |
41 |
Рак эндометрия/ Endometrial cancer |
|
MG5032 |
Менее подтвержденные гены-кандидаты: P/LP FRK c.528dupT (p.Leu177fs).Потенциальные гены-кандидаты: P/LP NUDCD2 c.277_278delAA (p.Lys93fs)/ Less confirmed candidate genes: P/LP FRK c.528dupT (p.Leu177fs). Potential candidate genes: P/LP NUDCD2 c.277_278delAA (p.Lys93fs) |
Ж/F |
42 |
РТК (правосторонний)/ CRC (right-sided) |
|
MG5036 |
Менее подтвержденные гены-кандидаты: VUS BRIP1 c.1567A>G (p.Thr523Ala); VUS/LP (выраженные биоинформатические признаки нарушения сплайсинга) RBBP8NL (GWAS) c.1876G>T (p.Ala626Ser); P/LP SLC5A9 c.1550delG (p.Gly517fs)/ Less confirmed candidate genes: VUS BRIP1 c.1567A>G (p.Thr523Ala); VUS/LP (expressed bioinformatics signs of splicing disorder) RBBP8NL (GWAS) c.1876G>T (p.Ala626Ser); P/LP SLC5A9 c.1550delG (p.Gly517fs) |
Ж/F |
39 |
РТК (правосторонний), аденома желчного протока/ CRC (right-sided), bile duct adenoma |
|
MG5197 |
Известные гены РТК и наиболее подтвержденные гены-кандидаты: VUS HECW1 (ген-кандидат, ожидается высокий риск) c.1803C>G (p.Ser601Arg). Менее подтвержденные гены-кандидаты: VUS (выраженные биоинформатические признаки нарушения сплайсинга) UVSSA c.551-5G>A; P/LP (гипоморфный SNP) CHEK2 c.599T>C (p.Ile200Thr); VUS CLIP1 c.407G>A (p.Gly136Asp); VUS/LP (выраженные биоинформатические признаки нарушения сплайсинга) EXO1 c.2212-1G>C и VUS FAN1 c.1909G>A (p.Asp637Asn)/ Known CRC genes and most confirmed candidate genes: VUS HECW1 (Candidate gene, high risk expected) c.1803C>G (p.Ser601Arg). Less confirmed candidate genes: VUS (expressed bioinformatics signs of splicing disorder) UVSSA c.551-5G>A; P/LP (hypomorphic SNP) CHEK2 c.599T>C (p.Ile200Thr); VUS CLIP1 c.407G>A (p.Gly136Asp); VUS/LP (expressed bioinformatics signs of splicing disorder) EXO1 c.2212-1G>C и VUS FAN1 c.1909G>A (p.Asp637Asn) |
Ж/F |
46 |
РТК (левосторонний)/ CRC (left-sided) |
РТК (правосторонний)/ CRC (right-sided)
MG5325 Менее подтвержденные гены-кандидаты: VUS (выраженные био- М/M 48 информатические признаки нарушения сплайсинга) MAP1LC3A
(GWAS) c.52+5G>C/
Less confirmed candidate genes: VUS (expressed bioinformatics signs of splicing disorder) MAP1LC3A (GWAS) c.52+5G>C
Примечание: таблица составлена авторами.
Note: created by the authors.
В нескольких случаях в образцах присутствовали VUS в генах СЛ, обнаруженные ранее: один из них – c.3259C>G (p.Pro1087Ala) в гене MSH6 (MG2400, 32-летний больной с правосторонним РТК). Надо отметить, что в том же образце был выявлен VUS c.1087A>G (p.Lys363Glu) в гене HNF4G , плохо охарактеризованном факторе транскрипции с онкогенными свойствами и тканеспецифичной высокой экспрессией в тканях толстой и тонкой кишки [32]. В случае РТМ (MG4921, 41 год) присутствовала замена c.86G>C (p.Gly29Ala) PMS2 : вариант скорее доброкачественный, так как обладает слишком высокой частотой (MAF до
0,007 у евреев-ашкеназов) для патогенной мутации. Кроме того, ранее вариант наблюдался в компаунд-гетерозиготном состоянии с известной патогенной мутацией в PMS2 у пациента без признаков конститутивной недостаточности MMR [33]. Помимо данного варианта, в этом случае были обнаружены VUS в двух «раковых генах», субъединице сплай-сосомы PRPF8 и фосфатазе PTPRD , негативном регуляторе каскада PI3K/AKT/mTOR. В случае правостороннего РТК у 48-летнего пациента без сведений о наличии полипов (MG3441) обнаружен VUS c.440A>C (p.Asp147Ala) в гене APC .
Наконец, можно отметить, что в исследованной когорте 8/77 (10 %) потенциально значимых вариантов приходится на гены гомологичной рекомбинации и ответа на повреждения ДНК ABRAXAS1 (P/LP), FANCD2 , BLM (P/LP), CHEK2 (гипоморф-ная мутация), RECQL4 и BRIP1 ; а еще 9/77 (12 %) вариантов локализовалось в генах эксцизионной репарации нуклеотидов и эксцизионной репарации оснований ДНК, а также транслезионного синтеза ДНК: ERCC2, ERCC3, XPC (P/LP), MUTYH (P/LP, моноаллельное повреждение, ассоциировано с небольшим увеличением риска РТК), UNG, REV3L, PARP1, PARP3, LIG1 .
Обсуждение
Хотя ЛПС имеет достаточно длительную историю изучения, до сих пор не вполне ясно, существует ли данный феномен как самостоятельное биологическое явление. Возможно, что в категорию ЛПС объединяются опухоли с разными механизмами возникновения предрасположенности к колоректальному раку, в которых случайно возникает MSI-H. Действительно, нами, как и другими исследовательскими группами, в когорте пациентов с признаками наследственной предрасположенности к раку было зарегистрировано относительно высокое количество моноаллельных вариантов в генах различных систем репарации [13–18]. Однако известно, что подобные варианты обнаруживают в когортах больных полипозом толстой кишки и больных с «семейным колоректальным раком типа Х»: они неспецифичны для ЛПС, выступая, по-видимому, «универсальными» низкопенетрантными факторами онкологического риска [34–36]. В последние годы появилось несколько сообщений, придающих новый импульс исследованиям старых кандидатных генов ЛПС [20, 37]. В одном из них рассматриваются два, как прежде полагали, исключенных кандидатных гена наследственного РТК: EXO1 и FAN1 – возможно, сочетанные повреждения этих генов, чьи функции частично переплетены, могут обусловливать дигенное наследование ЛПС [20]. Однако пока это оставалось исключительно теоретической гипотезой, основанной на функциональных экспериментах и изучении соматических мутаций в опухолях. Наше наблюдение – единичный случай сочетанного носительства мутации в сплайс-сайте EXO1 и потенциально значимого VUS в FAN1 – не доказывает, разумеется, упомянутого предположения, однако демонстрирует целесообразность систематической проверки этой гипотезы. Интересен и другой случай возможного дигенного наследования: сочетания миссенс-вариантов с признаками функционального значения в генах TP63 и TP73. Мы обнаружили целый ряд VUS, в том числе с признаками функциональной значимости, в перспективных генах-кандидатах: два случая VUS в гене LRP1, VUS в гене HIC1, MAP1LC3A и т.д. Мы также обнаружили потенциально значимые варианты в генах, участвующих в процессах, реле- вантных для колоректального канцерогенеза: WNT, TGF-beta, mTOR сигналинге, сегрегации хромосом. Таким образом, мы выявили новые кандидатные гены ЛПС/наследственного РТК: ST6GALNAC1, TGFB1I1, TGFB1, PTPRD, NUDCD2, WIF1, STAG3, NFATC2, HNF4G.
