Полиморфизм эстеразных изоферментов в зрелых семенах редьки посевной (Raphanus sativus L.)

Автор: Рудакова А.С., Рудаков С.В., Артемьева А.М., Курина А.Б., Кочерина Н.В., Чесноков Ю.В.

Журнал: Сельскохозяйственная биология @agrobiology

Рубрика: Физиология, биохимия

Статья в выпуске: 5 т.55, 2020 года.

Бесплатный доступ

Существующие внутривидовые классификации делят образцы редьки посевной ( Raphanus sativus L.), проявляющие широкое разнообразие морфологических признаков, по географическому принципу в зависимости от региона происхождения (Европа, Китай, Япония). Вместе с тем известно, что в растениях комплекс ферментов, гидролизующих эфирные связи (эстеразный комплекс), имеет внутривидовую и тканевую специфичность. Ранее образцы из коллекций генетических ресурсов редьки посевной никогда не оценивались на наличие изоферментных форм эстераз в зрелых семенах этой культуры. Установление общей изменчивости изоферментных систем и выявление их генетического контроля позволяют вскрывать тонкие механизмы взаимоотношения организма с окружающей средой и гомеостаза, что особенно важно при длительном хранении образцов в генетических коллекциях семян. Существенное значение имеет и разработка эффективных биохимических маркеров для экспресс-оценки коллекционного, а также генетически и селекционно значимого материала. Проведение подобного рода работ позволяет восполнить пробел, существующий в отношении образцов генетических ресурсов редьки посевной. В настоящей работе мы впервые исследовали изоферментные формы эстераз в зрелых семенах редьки посевной и на основе полученных данных построили дендрограммы, определяющие филогенетические отношения образцов из мировой коллекции ВИР и соответствующие их ботаническому, агробиологическому и географическому положению. Была установлена средняя гетерозиготность изоферментных форм эстераз в изученных образцах и их дисперсия, указывающие на достоверность полученных результатов. Цель работы - оценить полиморфизм эстераз в зрелых семенах редьки, его зависимость от происхождения и агробиологической принадлежности образцов, а также возможность использования эстераз в качестве биохимических маркеров разнообразия вида Raphanus sativus L. Из коллекции Всероссийского института генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова (ВИР) были отобраны 49 образцов редьки, принадлежащие к трем подвидам, разделенным по географическому принципу, - редька китайская, японская и европейская. Эстеразные изоферменты разделяли методом нативного электрофореза в полиакриламидном геле. Для обнаружения изоферментов гель отмывали в реактиве на неспецифическую эстеразу. Полученные зимограммы сканировали (Epson Expression 10000XL, «GE Healthcare», США). Определяли гетерозиготность популяции Hl по каждому локусу, среднюю (общую) гетерозиготность Hобщ. , дисперсии гетерозиготности Var(Hl) по каждому локусу и дисперсию средней гетерозиготности внутри популяции Var(Hобщ.). Основными морфологическими и фенологическими маркерами для внутривидового деления R. sativus на разновидности и сортотипы были форма и окраска корнеплода и продолжительность вегетационного периода. По своему эстеразному составу все образцы подразделились на 7 зимотипов, отличающихся наличием или отсутствием тех или иных зон. Всего в эстеразном комплексе семян редьки было обнаружено 5 основных изоферментов с разной молекулярной массой, варьирующей от 45,3 кД до 35,0 кД. Все пять зон характеризовались высокой степенью полиморфизма среди представленных образцов. В зимотип № 1, представленный максимальным количеством эстераз (пять зон), входили 43 % от общего числа генотипов. Зимотип № 2 составляли 33 % образцов. Самые редкие зимотипы № 5 и № 7 (4 %) имели минимальное количество эстеразных ферментов - по две зоны, зимотипы № 2 и № 4 - по четыре зоны, представители зимотипов № 3 и № 6 - по три зоны. Количественное соотношение эстеразных зон в образцах сильно варьировало. Минимальное содержание было выявлено для зоны В5 (4,78 %), максимальное (67,44 %) - для зоны В1. Степень распространенности каждой зоны среди образцов составляла от 13 до 23 %. Самыми часто встречающимися среди всех эстеразных изоферментов были зона В3 (Mr = 39,7 кД) и В4 (Mr = 37,1 кД), они наблюдались у 23 % генотипов. Для 22 % представителей была характерна зона В2 (Mr = 42,9 кД). Зоны В1 (Mr=45,3 кД) и В5 (Mr = 35 кД) встречались реже - 19 и 13 %. Средняя гетерозиготность изоферментных форм эстераз изученных образцов редьки составила Hобщ. = 0,212, дисперсия для тех же образцов Var ( Hобщ. ) = 0,0007. Кластерный анализ эстеразных ферментов разделил изученный набор образцов редьки на европейские и азиатские подвиды и разновидности, а в совокупности с фенотипическими признаками позволил построить дендрограмму, соответствующую ботаническому, агробиологическому и географическому положению образцов. Следует отметить, что образцы редьки европейского подвида расположились в двух кластерах, причем образцы российского происхождения формировали отдельную группу в первом кластере, а образцы европейского происхождения входили в третий кластер, включающий также японские редьки европейского происхождения. Возможно, такое деление связано с особенностями селекции этих образцов. На основании полученных данных эстеразные ферменты рекомендуются в качестве биохимических маркеров в генетико-селекционных экспериментах.

Еще

Raphanus sativus l, морфологические признаки, фенологические признаки, семена, эстеразы, изоформы, зимотипы, полиморфизм, биохимические маркеры, кластеризация

Короткий адрес: https://sciup.org/142229438

IDR: 142229438   |   DOI: 10.15389/agrobiology.2020.5.956rus

Список литературы Полиморфизм эстеразных изоферментов в зрелых семенах редьки посевной (Raphanus sativus L.)

  • Синская Е.Н. Редис и редька (Raphanus sativus L.). Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции, 1928, 19(3): 448-534.
  • Синская Е.Н. К генезису культурных форм рода Raphanus L. Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции, 1931, 26(2): 3-58.
  • Сазонова Л.В. Внутривидовая классификация корнеплодных форм Raphanus sativus L. Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции, 1971, 45(1): 42-75.
  • Шебалина М.А., Сазонова Л. В. Культурная Флора СССР. Т. 18. Корнеплодные растения (семейство Капустные — репа, турнепс, брюква, редька, редис) /Под ред. В.Т. Красочкина, B.И. Буренина. Л., 1985.
  • Tsuro M., Suwabe K., Kubo N., Matsumoto S., Hirai M. Mapping of QTLs controlling root shape and red pigmentation in radish, Raphanus sativus L. Breeding Science, 2008, 58(1): 55-61 (doi: 10.1270/jsbbs.58.55).
  • Mun J.H., Chung H., Chung W.H., Oh M., Jeong Y.M., Kim N., Ahn B.O., Park B.S., Park S., Lim K.B., Hwang Y.J., Yu H.J. Construction of a reference genetic map of Raphanus sativus based on genotyping by whole-genome resequencing. Theoretical and Applied Genetics, 2015, 128(2): 259-272 (doi: 10.1007/s00122-014-2426-4).
  • Xu L., Wang L., Gong Y., Dai W., Wang Y., Zhu X., Wen T., Liu L. Genetic linkage map construction and QTL mapping of cadmium accumulation in radish (Raphanus sativus L.). Theoretical and Applied Genetics, 2012, 125(4): 659-670 (doi: 10.1007/s00122-012-1858-y).
  • Hashida T., Nakatsuji R., Budahn H., Schrader O., Peterka H., Fujimura T., Kubo N., Hirai M. Construction of a chromosome-assigned, sequence-tagged linkage map for the radish, Raphanus sativus L. and QTL analysis of morphological traits. Breeding Science, 2013, 63(2): 218-226 (doi: 10.1270/jsbbs.63.218).
  • Yu X., Choi S.R., Dhandapani V., Rameneni J.J., Li X., Pang W., Lee J.Y., Lim Y.P. Quantitative trait loci for morphological traits and their association with functional genes in Raphanus sativus. Frontiers in Plant Science, 2016, 7: 255 (doi: 10.3389/fpls.2016.00255).
  • Kitashiba H., Li F, Hirakawa H., Kawanabe T, Zou Z., Hasegawa Y., Tonosaki K., Shirasawa S., Fukushima A., Yokoi S., Takahata Y., Kakizaki T., Ishida M., Okamoto S., Sakamoto K., Shirasawa K., Tabata S., Nishio T. Draft sequences of the radish (Raphanus sativus L.) genome. DNA Research, 2014, 21(5): 481-490 (doi: 10.1093/dnares/dsu014).
  • Mitsui Y., Shimomura M., Komatsu K., Namiki N., Shibata-Hatta M., Imai M., Katayose Y., Mukai Y., Kanamori H., Kurita K., Kagami T., Wakatsuki A., Ohyanagi H., Ikawa H., Minaka N., Nakagawa K., Shiwa Y., Sasaki T. The radish genome and comprehensive gene expression profile of tuberous root formation and development. Scientific Reports, 2015, 5: 10835 (doi: 10.1038/srep10835).
  • Jeong Y.M., Kim N., Ahn B.O., Oh M., Chung W.H., Chung H., Jeong S., Lim K.B., Hwang Y.J., Kim G.B., Baek S., Choi S.B., Hyung D.J., Lee S.W., Sohn S.H., Kwon S.J., Jin M., Seol Y.J., Chae W.B., Choi K.J., Park B.S., Yu H.J., Mun J.H. Elucidating the triplicated ancestral genome structure of radish based on chromosome-level comparison with the Brassica genomes. Theoretical and Applied Genetics, 2016, 129(7): 1357-1372 (doi: 10.1007/s00122-016-2708-0).
  • Ivy N.A., Biswas M.S., Rasul G., Hossain T., Mian M.A.K. Variations of genotypes of radish at molecular level using isozyme analysis for the identification of self-incompatible lines. Global Journal of Biotechnology & Biochemistry, 2010, 5(1): 19-26.
  • Cruz S.M., Nery M.C., Pinho E.V, Luiz M. Molecular characterization of radish cultivars. Revista Ciencia Agronómica, 2014, 45(4): 815-822 (doi: 10.1590/S1806-66902014000400020).
  • Рудакова А.С., Рудаков С.В., Артемьева А.М., Курина А.Б., Кочерина Н.В., Чесно-ков Ю.В. Изучение полиморфизма эстеразного состава зрелых семян образцов редиса (Raphanus sativus L.) коллекции ВИР. Овощи России, 2017, 5(38): 3-8 (doi: 10.18619/20729146-2017-5-3-8).
  • Рудакова А.С., Рудаков С.В., Давыдова Н.В., Мирская Г.В., Журавлева Е.В., Чесно-ков Ю.В. Изоферментный анализ эстераз в зрелых семенах гексаплоидной мягкой пшеницы (Triticum aestivum L.). Сельскохозяйственная биология, 2016, 51(3): 327-334 (doi: 10.15389/agrobiology.2016.3.327rus).
  • Рудакова А.С., Рудаков С.В., Артемьева А.М., Фатеев Д.А., Кочерина Н.В., Чесноков Ю.В. QTL картирование изоферментных форм эстераз зрелых семян у Brassica rapa L. Сельскохозяйственная биология, 2019, 54(3): 469-480 (doi: 10.15389/agrobiology.2019.3.469rus).
  • Nakagahra M., Okuno K., Vaughan D. Rice genetic resources: history, conservation, investigative characterization and use in Japan. In: Oryza: from molecule to plant /T. Sasaki, G. Moore (eds.). Springer, Dordrecht, 1997: 69-77 (doi: 10.1007/978-94-011-5794-0_7).
  • Alexandre F., Morvan, O., Gaffe J., Mareck A., Jauneau A., Dauchel H., Balange A.P., Morvan C. Pectin methylesterase pattern in flax seedlings during their development. Plant Physiology and Biochemistry, 1997, 35(6): 427-436.
  • Timonen S., Sen R. Heterogeneity of fungal and plant enzyme expression in intact Scots pine— Suillus bovinus and —Paxillus involutus mycorrhizospheres developed in natural forest humus. New Phytologist, 1998, 138(2): 355-366 (doi: 10.1046/j.1469-8137.1998.00103.x).
  • Muarlidharan J., John E., Channamma L., Theerthaprasad D. Changes in esterases in response to blast infection in fingermillet seedlings. Phytochemistry, 1996, 43(6): 1151-1155 (doi: 10.1016/S0031-9422(96)00478-5).
  • Pappas A.C., Paplomatas E.J. Pyriculria leaf spot: a new disease of ornamental plants of the family Marantaceae. Plant Desease, 1998, 82(5): 465-469 (doi: 10.1094/PDIS.1998.82.5.465).
  • Parker D.M., Koller W. Cutinase and other lipolytic esterases protect bean leaves from infection by Rhizoctonia solani. Molecular Plant-Microbe Interactions, 1998, 11(6): 514-522 (doi: 10.1094/MPMI.1998.11.6.514).
  • Aung U.T., McDonald M.D. Changes in esterase activity associated with peanut (Arachis hypogea L.) seed deterioration. Seed Science and Technology, 1995, 23(1): 101-111.
  • Miura G.A., Broomfield C.A., Lawson M.A., Worthley E.G. Widespread occurrence of cholin-esterase activity in plants. Physiologia Plantarum, 1982, 56(1): 28-32 (doi: 10.1111/j.1399-3054.1982.tb04895.x).
  • Feng P.C.C., Ruff T.G., Rangwala S.H., Rao S.R. Engineering plant resistance to thiazopyr herbicide via expression of a novel esterase deactivation enzyme. Pesticide Biochemistry and Physiology, 1997, 59(2): 89-103 (doi: 10.1006/pest.1997.2312).
  • Maier R. Blei und seine Auswirkung auf Aktivitot und multiple Formen der Alpha-Naphtyl-Easterase in bleichteten und verdunkelten pflanzen. Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft, 1978, 91(1): 339-350.
  • Cachot J., Romana L.A., Galgani F. In vivo esterase activity in protoplasts as a bioassay of environmental quality. Aquatic Botany, 1994, 48(3-4): 297-312 (doi: 10.1016/0304-3770(94)90022-1).
  • Krasnuk M., Witham F.H., Jung G.A. Hydrolytic enzyme differences in cold-tolerant and cold-sensitive alfalfa. Agronomy Journal, 1978, 70(4): 597-605 (doi: 10.2134/agronj1978.00021962007000040019x).
  • Taskakorie A., Clerc M., Thi A.T.P., da Silva J.V. Evidence of esterase activity in cotton leaves: effect of drought on this activity. Comptes rendus del'Academie des Sciences. Serie III. Sciences de la Vie, 2013, 301(6): 343-346.
  • Davis B.J. Disc electrophoresis. II. Method and application to human serum proteins. Annals of the New York Academy of Sciences, 1964, 121(2): 404-427 (doi: 10.1111/j.1749-6632.1964.tb14213.x).
  • Bradford M.M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein dye binding. Analytical Biochemistry, 1976, 72(1-2): 248254 (doi: 10.1016/0003-2697(76)90527-3).
  • Meon S. Protein, esterase and peroxidase patterns of Phytophtora isolates from cocoa in Malaysia. Journal of Islamic Academy of Sciences, 1988, 1(2): 154-158.
  • Nei M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics, 1978, 89(3): 583-590.
  • Lefevre F., Charrie A. Isozyme diversity within African Manihot germplasm. Euphytica, 1992, 66(1): 73-80 (doi: 10.1007/BF00023510).
  • Вейр Б. Анализ генетических данных. М., 1995.
  • Сазонова Л.В., Власова Э.А. Методические указания по изучению и поддержанию мировой коллекции корнеплодов. Л., 1989.
  • IBPGR. Descriptors for Brassica and Raphanus. International Board for Plant Genetic Resources, Rome, Italy, 1990.
  • Шаяхметов И.Ф., Ахмадиева А.А., Леонова С.А., Никонов В.И. Использование молеку-лярно-множественных форм белков в изучении полиморфизма сортов пшеницы (Triticum L.). Вестник Башкирского университета, 2012, 17(1): 89-93.
  • Курина А.Б., Корнюхин Д.Л., Артемьева А.М. Генетическое разнообразие и биохимическая ценность корнеплодных овощных растений семейства Капустные (Brassicaceae Burnett). Вестник Новосибирского государственного аграрного университета, 2018, 4(49):81-92 (doi: 10.31677/2072-6724-2018-49-4-81-92).
Еще
Статья научная