Повышение разрешающей способности генетических анализаторов при определении температуры плавления ДНК
Автор: Белов Дмитрий Анатольевич, Корнева Н.А., Альдекеева А.С., Белов Ю.В., Киселев И.Г.
Журнал: Научное приборостроение @nauchnoe-priborostroenie
Рубрика: Приборостроение физико-химической биологии
Статья в выпуске: 2 т.26, 2016 года.
Бесплатный доступ
В статье предложена усовершенствованная модель сигналов кривой плавления ДНК и методика оптимизации ее параметров на основе одного из наиболее эффективных способов обработки сигналов - способа аппроксимации с помощью сигмоидальной функции (СФ). Основным результатом применения СФ является определение величины температуры плавления ДНК T m. При использовании предлагаемой методики аппроксимируется непосредственно кривая плавления, построение производной кривой плавления не требуется. Результаты применения СФ представлены в графическом виде. Показана возможность полной автоматизации вычислений для определения температуры плавления ДНК.
Пцр в реальном времени, температура плавления днк, сигмоидальная функция
Короткий адрес: https://sciup.org/14265015
IDR: 14265015
Список литературы Повышение разрешающей способности генетических анализаторов при определении температуры плавления ДНК
- Веденов А.А., Дыхне А.М., Франк-Каменецкий М.Д. Переход спираль-клубок в ДНК//Успехи физических наук. 1971. Т. 105, № 11. С. 479-519. Doi: DOI: 10.3367/UFNr.0105.197111d.0479
- ДНК плавление. URL: http://humbio.ru/humbio/dnastructure/0002a247.htm.
- Диагностика. Новейшие технологии в генодиагностике. Полимеразная цепная реакция в реальном времени. URL: http://menshealth.ua/article.php?id=genodiag& type=701.
- Епринцев А.Т., Попов В.Н., Федорин Д.Н. Идентификация и исследование экспрессии генов Учебно-методическое пособие для вузов. Издательско-полиграфический центр Воронежского государственного университета, 2008. URL: http://window.edu.ru/catalog/pdf2txt/497/65497/36874.
- Календарь Р.Н., Сиволап Ю.М. Полимеразная цепная реакция с произвольными праймерами//Биополимеры и клетка. 1996. Т. 11, № 3-4. С. 55-65. URL: http://www.biopolymers.org.ua/pdf/ru/11/3/055/biopolym.cell-1995-11-3-055-ru.pdf.
- Сиволап Ю.М., Календарь Р.Н., Чеботарь С.В. Генетический полиморфизм злаковых растений при помощи ПЦР с произвольными праймерами//Цитология и генетика. 1994. Т. 28, № 6. С. 54-61. URL: http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/genomedynamics/Pdfs/zyt.pdf.
- Вычисление температуры плавления. URL: https://ru.wikipedia.org/wiki/Гибритизация_ДНК.
- Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю. и др. ПЦР в "реальном времени". М.: БИОМ. Лаборатория знаний, 2009. 223 с. URL: http://nashol.com/2014072579193/pcr-v-realnom-vremeni-rebrikov-d-v-samatov-g-a-trofimov-d-u-2009.html.
- Rutledge R.G., Stewart D. A kinetic-based sigmoidal model for the polymerase chain reaction and its application to high-capacity absolute quantitative real-time PCR. URL: http://www.biomedcentral.com/1472-6750/8/47.
- Белов Ю.В., Петров А.И., Лавров В.В., Курочкин В.Е. Особенности количественных измерений содержания нуклеиновых кислот методом полимеразной цепной реакции в реальном времени//Научное приборостроение. 2011. Т. 21, № 1. С. 44-49. URL: http://213.170.69.26/mag/2011/full/Art4.pdf.
- Белов Ю.В., Петров А.И., Лавров В.В., Курочкин В.Е. Оптимизация параметров сигмоидальной функции при моделировании сигналов ПЦР в реальном времени//Научное приборостроение. 2011. Т. 21, № 3. С. 130-134. URL: http://213.170.69.26/mag/2011/full3/Art15.pdf.
- Альдекеева А.C., Корнева Н.А., Руденко Е.Д., Клюева Н.З. Экспрессия мРНК NAP-22 в почках крыс со спонтанной гипертензией (линия SHR) и нормотензивных крыc (линия WKY) в раннем постнатальном онтогенезе в условиях нормального поступления экзогенного кальция и его дефицита//Артериальная гипертензия. 2014. Т. 20, № 5. С. 401-405. URL: http://htn.almazovcentre.ru/jour/article/view/73.
- Homo sapiens brain abundant membrane attached signal protein 1 (BASP1), transcript variant 2, mRNA. ORIGIN. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001271606.
- Protocol for mRNA amplification and target preparation. Based on Wang E. et al.//Nature Biotechnology. April, 2000. Last edited by Max Diehn, June, 2001. URL: http://cmgm.stanford.edu/pbrown/protocols/ampprotocol_3.html.
