Применение многомерных методов для разделения сортов риса по реакции на изменение условий среды

Автор: Харитонов Е.М., Гончарова Ю.К., Очкас Н.А., Шелег В.А., Болянова С.В.

Журнал: Сельскохозяйственная биология @agrobiology

Рубрика: Анализ и отбор генотипов

Статья в выпуске: 1 т.52, 2017 года.

Бесплатный доступ

Большую часть посевных площадей под рисом в настоящее время занимает ограниченное число сортов. Для расширения их генетического разнообразия необходимо повысить эффективность оценки и отбора уникальных генотипов, определения экологической адресности каждого сорта. Кроме того, сложившаяся система не предусматривает детального изучения образцов, передаваемых на конкурсное сортоиспытание. Изучение продуктивности созданных сортов проводят на одном фоне минерального питания, что приводит к браковке высокопродуктивных образцов, для которых он не оптимален. В настоящей работе на основе синтеза ранее предложенных методов мы разработали систему оценки селекционного материала, включающую контрастные сроки посева, различные фоны минерального питания, стрессовые фоны. В многофакторном лизиметрическом опыте с 19 вариантами исследовали продуктивность 24 сортов риса ( Oryza sativa L.) российской селекции. Растения выращивали на оптимальном (N120P60K60) и повышенном (N240P120K120) фонах минерального питания; при разреженном (200 растений на 1 м2) и загущенном (300 растений на 1 м2) посеве; контрастных сроках сева (15 апреля, 15 мая, 15 июня); засолении (создавалось искусственно в фазу кущения посредством внесения в почву NaCl до концентрации 0,35 %), недостатке поливной воды (полив прекращали в фазу выметывания). Обработку данных проводили с использованием кластерного и дискриминантного анализов. Применение многомерных методов для обработки результатов повысило информативность данных. Сорта были кластеризованы на группы с наиболее близкими характеристиками при воздействии различных факторов; выделены условия среды, которые позволяют максимально точно дифференцировать образцы с минимальными затратами на проведение эксперимента. Установлено, что стандартные условия выращивания в меньшей степени дифференцируют образцы. Корректно сравнить образцы позволяют условия среды, благоприятные для реализации потенциала продуктивности. Создание стресса на фоне других благоприятных факторов расширяет варьирование признаков и увеличивает дисперсию в опыте, что делает разделение сортов на группы более достоверным. В рамках модуля дискриминантного анализа «пошаговый анализ назад» решается задача максимального сокращения числа вариантов опыта (или изучаемых признаков) при сохранении точности выделения характерных представителей кластера. Установлено, что даже два выделенных варианта опыта (высокий фон минерального питания и недостаток влаги) обеспечивают верную классификацию 88 % образцов, что приемлемо для генетических исследований, где необходимо отобрать наиболее характерных представителей группы. В наших экспериментах при сокращении числа вариантов до двух образцы первой и третьей групп из четырех, выделившихся по разной реакции на изучаемые факторы окружающей среды, были классифицированы правильно, и только три сорта из второй группы попали в другой кластер. Дискриминантный анализ также показывает расстояние каждого сорта от центроида группы. Образцы с минимальным расстоянием от него - наиболее характерные представители группы, которые могут использоваться как источники генов по изучаемому признаку, контрастные формы при подборе пар для гибридизации или молекулярном маркировании и локализации генов количественных признаков (QTL). У риса максимальный вклад в разделение групп сортов по реакции на условия среды вносили варианты с ранним посевом, загущением, повышенным фоном минерального питания, недостатком влаги. Модель идеального сорта кластеризовалась с сортом Курчанка. Сорта первой группы были близки к модельному сорту по реакции на условия среды. Несмотря на высокую продуктивность представителей третьего класса (сорт Курчанка и модельный сорт), дисперсия в этой группе более чем в 3 раза превышала таковую в других. Следовательно, представители этой группы характеризовались меньшей стабильностью, чем образцы первого и второго кластеров.

Еще

Рис, многомерные методы, оценка селекционного материала, кластерный анализ, дискриминантный анализ

Короткий адрес: https://sciup.org/142214006

IDR: 142214006   |   DOI: 10.15389/agrobiology.2017.1.152rus

Список литературы Применение многомерных методов для разделения сортов риса по реакции на изменение условий среды

  • Драгавцев В.А. Итоги и задачи использования мирового генофонда ВИР для селекции сельскохозяйственных культур. Мат. науч.-прак. конф. «Современные проблемы генетики количественных признаков растений». СПб, 1997: 57.
  • Драгавцев В.А. Эколого-генетическая организация количественных признаков растений и теория селекционных индексов. В сб.: Экологическая генетика культурных растений. Краснодар, 2011: 31-50.
  • Гончарова Ю.К., Харитонов Е.М. Генетические основы повышения продуктивности риса. Краснодар, 2015.
  • Гончарова Ю.К. Методика ускоренного районирования сортов риса. Мат. Межд. науч.-прак. конф. «Проблемы ресурсосберегающего производства и переработки экологически чистой сельскохозяйственной продукции». Краснодар, 2006: 49-50.
  • Харитонов Е.М., Бушман Н.Ю., Туманян Н.Г., Очкас Н.А., Верещагина С.А., Гончарова Ю.К. Совершенствование системы сортоиспытания риса. Труды Кубанского государственного аграрного университета, 2015, 54(3): 328-333.
  • Xu Y., Crouch J.H. Marker-assisted selection in plant breeding: from publication practice. Crop Sci., 2008, 48: 391-407 ( ) DOI: 10.2135/cropsci2007.04.0191
  • Рariasca-Tanaka J., Satoh K., Rose T., Mauleon R., Wissuwa M. Stress response versus stress tolerance: a transcriptome analysis of two Rice lines contrast in tolerance to phosphorus deficiency. Rice, 2009, 2: 167-185.
  • Peng S., Ismail A.M. Physiological basis of yield and environmental adaptation in rice. In: Physiology and biotechnology integration for plant breeding/H.T. Nguyen, A. Blum (eds.). Marcel Dekker, NY, 2004: 83-140.
  • Гончарова Ю.К., Харитонов Е.М. Генетический контроль признаков, связанных с усвоением фосфора у сортов риса (Oryza sativa L.). Вавиловский журнал генетики и селекции, 2015, 19(2): 197-204.
  • Гончарова Ю.К. О взаимосвязи между эффективностью работы фотосинтетического аппарата, адаптивностью и стабильностью урожайности у различных сортов риса. Сельскохозяйственная биология, 2006, 5: 92-103.
  • Ye G., Smith K.F. Marker-assisted gene pyramiding for cultivar development. Plant Breed. Rev., 2010, 33: 234 ( ) DOI: 10.1002/9780470535486.ch5
  • Vinod K.K., Heuer S. Approaches towards nitrogen-and phosphorus-efficient rice. AoB Рlants, 2012, 2012: pls028 ( ) DOI: 10.1093/aobpla/pls028
  • Lea P.J., Miflin B.J. Nitrogen assimilation and its relevance to crop improvement. Annual Plant Reviews, 2011, 42: 1-40 ( ) DOI: 10.1002/9781444328608.ch1
  • Goncharova J.K., Kharitonov E.M. Rice tolerance to the impact of high temperatures. Agricultural Research Updates, 2015, 9: 1-37.
  • Воробьёв Н.В. Формирование элементов структуры урожая риса в зависимости от температуры и уровня минерального питания. Сельскохозяйственная биология, 1988, 6: 17-20.
  • Wei D., Cui K., Ye G., Pan J., Xiang J., Huang J., Nie L. QTL mapping for nitrogen-use efficiency and nitrogen-deficiency tolerance traits in rice. Plant Soil, 2012, 359: 281-295 ( ) DOI: 10.1007/s11104-012-1142-6
  • Ismail M., Heuer S., Thomson M.J., Wissuwa M. Genetic and genomic approaches to develop rice germplasm for problem soils. Plant. Mol. Biol., 2007, 65(4): 547-570 ( ) DOI: 10.1007/s11103-007-9215-2
  • Krishnan P., Rao A., Surya V. Effects of genotype and environment on seed yield and quality of rice. J. Agr. Sci., 2005, 143: 283-292 ( ) DOI: 10.1017/S0021859605005496
  • Moradi F., Ismail A.M. Responses of photosynthesis, chlorophyll fluorescence and ROS scavenging system to salt stress during seedling and reproductive stages in rice. Ann. Bot., 2007, 99: 1161-1173 ( ) DOI: 10.1093/aob/mcm052
  • Pessarakli M., Szabolcs I. Soil salinity and sodicity as particular plant/crop stress factors. In: Handbook of plant and crop stress/M. Pessarakli (ed.). Marcel Dekker, NY, 2006: 1-16.
  • Seki M., Okamoto M., Matsui A., Kim J.-M., Kurihara Y., Ishida J., Morosawa T., Kawashima M., Kim To T., Shinozaki K. Microarray analysis for studying the abiotic stress responses in plants. In: Molecular techniques in crop improvement/S. Mohan Jain, D.S. Brar (eds.). Springer Netherlands, 2009: 333-355 ( ) DOI: 10.1007/978-90-481-2967-6_14
  • Senadheera P., Singh R.K., Frans J.M. Differentially expressed membrane transporters in rice roots may contribute to cultivar dependent salt tolerance. J. Exp. Bot., 2009, 60(9): 2553-2563 ( ) DOI: 10.1093/jxb/erp099
  • Thomson M.J., Ocampo M., Egdane J., Rahman M.A., Sajise A.G., Adorada D.L., Tumimbang-Raiz E., Blumwald E., Seraj Z.I., Singh R.K., Gregorio G.B., Ismail A.M. Characterizing the saltol quantitative trait locus for salinity rolerance in Rice. Rice, 2010, 3: 148-160.
  • Turan S., Cornish K., Kumar S. Salinity tolerance in plants. Breeding and genetic engineering. Aust. J. Crop. Sci, 2012, 6(9): 1337-1348.
  • Wang D.L., Zhu J., Li Z.K., Paterson A.H. Mapping QTLs with epistatic effects and QTL ½ environment interactions by mixed linear model approaches. Theor. Appl. Genet., 1999, 99: 1255-1264 ( ) DOI: 10.1007/s001220051331
  • Cho Y.I., Jiang W., Chin J.-H., Piao Z., Cho Y.G., McCouch S.R., Koh H.J. Identification of QTLs associated with physiological nitrogen use efficiency in rice. Mol. Cells, 2007, 23(1): 72-79.
  • Sexcion F.H., Egdane J.A., Ismail A.M., Sese M.L. Morpho-physiological traits associated with tolerans of salinity during seedling stage in rice (Oryza sativa L.). Phillippine Journal of Crop Science, 2009, 34: 27-37.
  • Pessarakli M., Szabolcs I. Soil salinity and sodicity as particular plant/crop stress factors. In: Handbook of plant and crop stress/M. Pessarakli (ed.). Marcel Dekker, NY, 2006: 1-16.
  • Синская Е.Н. Анализ сортовых популяций подсолнечника по реакции на длину дня. Краткий отчет о научно-исследовательской работе за 1957 год. Краснодар, 1958: 124-128.
  • Синская Е.Н. Исследования биологии развития и физиологии растений масличных и эфиромасличных культур. В сб: Масличные и эфиромасличные культуры. М., 1963: 229-250.
  • Драгавцев В.А. Основные методы оценки наследственности количественных признаков у растений. В сб.: Методы исследований с зернобобовыми культурами. Орел, 1971: 77-92.
  • Литун П.П. Взаимодействие генотип-среда в генетических и селекционных исследованиях и способы его изучения. В сб. науч. тр.: Проблемы отбора и оценки селекционного материала. Киев, 1980: 63-99.
  • Gomez K.A., Gomez A.A. Statistical procedures for agricultural research. John Wiley & Sons, NY, 1984.
  • Zelditch M., Swiderski D., Sheets H. Geometric morphometrics for biologists. Academic Press, 2012.
  • Ефимов В.М., Ковалева В.Ю. Многомерный анализ биологических данных. СПб, 2008.
  • Щеглов С.Н. Математические методы в биологии. Реализация с использованием пакета Statistica 5.5. Методические указания. Краснодар, 2004.
  • Боровиков В.П. Статистика: искусство анализа данных на компьютере. СПб, 2001.
  • Пузаченко Ю.Г. Математические методы в экологических и географических исследованиях. M., 2004.
  • Тюрин В.В., Морев И.А., Волчков В.А. Дискриминантный анализ в селекционно-генетических исследованиях. Краснодар, 2002.
  • Дмитриев Е.А. Математическая статистика в почвоведении. М., 2009.
  • Иванюкевич Г.А. Статистический анализ экологических данных. Практикум решения задач с помощью пакета программ Statistica. СПб, 2010.
  • Кирюшин Б.Д. Методика научной агрохимии. Ч. 2. Постановка опытов и статистико-агрохимическая оценка их результатов. М., 2005.
  • Кулаичев А.П. Методы и средства комплексного анализа данных. М., 2006.
  • Харитонов Е.М., Гончарова Ю.К., Иванов А.Н. Применение кластерного анализа для разделения сортов по реакции на изменение условий среды. Вестник РАСХН, 2014, 6: 32-35.
  • Харитонов Е.М., Гончарова Ю.К., Иванов А.Н. Совершенствование методов оценки селекционного материала. Доклады РАСХН, 2014, 4: 8-10.
  • Шеуджен А.Х., Бондарева Т.Н. Агрохимия. Ч. 2. Методика агрохимических исследований. Краснодар, 2015.
Еще
Статья научная