Программный конвейер предсказания влияния мутаций на стабильность пространственных структур белков с использованием методов оценки изменения свободной энергии и искусственного интеллекта
Автор: Вензель А.С., Иванисенко Т.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
Журнал: Проблемы информатики @problem-info
Рубрика: Прикладные информационные технологии. Биоинформатика
Статья в выпуске: 4 (65), 2024 года.
Бесплатный доступ
В данной работе был разработан программный конвейер для предсказания влияния мутаций на стабильность пространственной структуры белка. В конвейере применяются комбинированный подход, использующий современные методы искусственного интеллекта для предсказания структуры белка, и классические алгоритмы оценки изменения свободной энергии. Конвейер включает в себя предсказание структуры белка с помощью модели ESM3 и последующий расчет изменения свободной энергии мутантных форм с помощью pyRosctta. Такой подход позволяет преодолеть ограничения существующих методов, объединяя преимущества глубокого обучения и интерпретируемость энергетических расчетов. Разработанный инструмент может найти применение в задачах структурной биоинформатики, биотехнологии и медицины, особенно в условиях ограниченного количества экспериментально определенных структур белков.
Предсказание структуры белка, стабильность структуры белка, молекулярное моделирование
Короткий адрес: https://sciup.org/143184148
IDR: 143184148 | DOI: 10.24412/2073-0667-2024-4-6-16