Разработка набора реагентов для диагностики фитоплазмы Candidatus phytoplasma Solani - возбудителя почернения древесины методом ПЦР в реальном времени

Разработка набора реагентов для диагностики фитоплазмы Candidatus phytoplasma Solani - возбудителя почернения древесины методом ПЦР в реальном времени

Автор: Блинова С.А., Шварцев А.А., Сыксин С.В., Бондаренко Г.Н., Башкирова И.Г., Гориславец С.М., Рисованная В.И., Странишевская Е.П., Володин В.А., Алексеев Я.И.

Журнал: Сельскохозяйственная биология @agrobiology

Рубрика: Сельскохозяйственная энтомология, фитопатология

Статья в выпуске: 1 т.55, 2020 года.

Бесплатный доступ

Представители Candidatus Phytoplasma (фитоплазмы) служат возбудителями более 600 заболеваний растений. На виноградных насаждениях Европы наибольший ущерб приносят возбудитель золотистого пожелтения винограда Candidatus Phytoplasma vitis Marzorati et al., 2006 и возбудитель почернения древесины Candidatus Phytoplasma solani Qualino et al., 2013. Сходство симптомов различных фитоплазмозов винограда друг с другом, а также с вирусными и бактериальными заболеваниями делает их визуальное определение до вида невозможным. Широкое распространение и высокая вредоносность фитоплазмозов требуют расширения исследований их эпифитотиологии. Впервые в России нами разработана тест-система для выявления фитопатогена Candidatus Phytoplasma solani и проведено ее сравнение с уже существующими системами диагностики по основным характеристикам. Нашей целью была разработка и апробация набора реагентов для выявления фитоплазмы Candidatus Phytoplasma solani, вызывающей заболевание почернения древесины винограда, методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ)...

Еще

Фитоплазма, виноград, пцр в реальном времени, диагностика, пцр-рв тест-система, специфичность, чувствительность, воспроизводимость, повторяемость

Короткий адрес: https://sciup.org/142223783

IDR: 142223783   |   DOI: 10.15389/agrobiology.2020.1.194rus

Список литературы Разработка набора реагентов для диагностики фитоплазмы Candidatus phytoplasma Solani - возбудителя почернения древесины методом ПЦР в реальном времени

  • Матяшова Г.Н., Заец В.Г. Исследование метода ПЦР в режиме "реального времени" для обнаружения и идентификации возбудителей фитоплазмозов винограда. Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Агрономия и животноводство, 2015, 4: 7-14.
  • Рисованная В.И., Гориславец С.М., Володин В.А. Тестирование латентной стадии фитоплазменной инфекции винограда. Магарач. Виноградарство и виноделие, 2013, 4: 6-8.
  • Doi Y., Teranaka M., Yora K., Asuyama H. Mycoplasma- or PLT group-like microorganisms found in the phloem elements of plants infected with mulberry dwarf, potato witches' broom, aster yellows, or Paulownia witches' broom. Annals Phytopathological Society, 1967, 33(4): 259-266 ( ). DOI: 10.3186/jjphytopath.33.259
  • Duduk B., Bertaccini A. Phytoplasma classification: taxonomy based on 16S ribosomal gene, is it enough? Phytopathogenic Mollicutes, 2011, 1(1): 3-13 ( ). DOI: 10.5958/j.2249-4669.1.1.001
  • Deng S., Hiruki C. Amplification of 16S rRNA genes from culturable and nonculturable Mollicutes. Journal of Microbiological Methods, 1991, 14(1): 53-61 ( DOI: 10.1016/0167-7012(91)90007-D)
  • Lee I.M., Davis R.E., Hiruki C. Genetic interrelatedness among clover proliferation mycoplasma-like organisms (MLOs) and other MLOs investigated by nucleic acid hybridization and restriction fragment length polymorphism analyses. Applied and Environmental Microbiology, 1991, 57(12): 3565-3569.
  • Duduk B., Perić P., Marčić D., Drobnjaković T., Picciau L., Alma A., Bertaccini A. Phytoplasmas in carrots: disease and potential vectors in Serbia. Bulletin of Insectology, 2008, 61(2): 327-331.
  • The IRPCM Phytoplasma/Spiroplasma Working Team - Phytoplasma taxonomy group. ‘Candidatus Phytoplasma', a taxon for the wall-less, non-helical prokaryotes that colonize plant phloem and insects. Internation Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2004, 54(4): 1243-1255 ( ).
  • DOI: 10.1099/ijs.0.02854-0
  • Davies D.L., Lee I.-M. Cluster-specific polymerase chain reaction amplification of 16S rDNA sequences for detection and identification of mycoplasmalike organisms. Phytopathology, 1993, 83(7): 1008-1011 ( ).
  • DOI: 10.1094/Phyto-83-1008
  • Lee I.-M., Gundersen-Rindal D.E., Davis R.E., Bartoszyk I.M. Revised classification scheme of phytoplasmas based on RFLP analyses of 16S rRNA and ribosomal protein gene sequences. Internation Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 1998, 48(4): 1153-1169 ( ).
  • DOI: 10.1099/00207713-48-4-1153
  • Матяшова Г.Н., Заец В.Г. Исследование метода ПЦР в режиме реального времени для обнаружения и идентификации возбудителей фитоплазмозов винограда. Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Агрономия и животноводство, 2015, 4: 7-14.
  • PM 7/133 (1) Generic detection of phytoplasmas. EPPO Bulletin, 2018, 48(3): 414-424 ( ).
  • DOI: 10.1111/epp.12541
  • Hren M., Boben L., Rotter A., Kralj P., Gruden K., Ravnikar M. Real-time PCR detection systems for Flavescence dorée and Bois noir phytoplasmas in grapevine: comparison with conventional PCR detection and application in diagnostics. Plant Pathology, 2007, 56(5): 785-796 ( ).
  • DOI: 10.1111/j.1365-3059.2007.01688.x
  • Li W., Hartung J.S., Levy L. Quantitative real-time PCR for detection and identification of Candidatus Liberibacter species associated with citrus huanglongbing. Journal of Microbiological Methods, 2006, 66(1): 104-115 ( ).
  • DOI: 10.1016/j.mimet.2005.10.018
  • PM 7/079 (2) Grapevine flavescence dorée phytoplasma EPPO Bulletin, 2016, 46(1): 78-93 ( ).
  • DOI: 10.1111/epp.12280
  • Angelini E., Bianchi G.L., Filippin L., Morassutti C., Borgo M. A new TaqMan method for the identification of phytoplasmas associated with grapevine yellows by real-time PCR assay. Journal of Microbiological Methods, 2007, 68(3): 613-622 ( ).
  • DOI: 10.1016/j.mimet.2006.11.015
  • Berger J., Via J.D., Baric S. Development of a TaqMan allelic discrimination assay for the distinction of two major subtypes of the grapevine yellows phytoplasma Bois noir. European Journal of Plant Pathology, 2009, 124(3): 521-526 ( ).
  • DOI: 10.1007/s10658-008-9424-9
  • Единый перечень карантинных объектов Евразийского экономического союза. С изменениями и дополнениями от 30 марта 2018 г. (изменения от 2 мая 2018 г. - Решение Совета Евразийской экономической комиссии от 30 марта 2018 г. N 25). Режим доступа: https://vniikr.ru/edinyij-perechen-karantinnyix-obektov-evrazijskogo-ekonomicheskogo-soyuza. Дата обращения: 14.04.2019.
  • Choueiri E., Jreijiri F., El Zammar S., Verdin E., Salar P., Danet J.L., Bové J., Garnier M. First report of grapevine "Bois Noir" disease and a new phytoplasma infecting solanaceous plants in Lebanon. Plant Disease, 2002, 86(6): 697-697 ( ).
  • DOI: 10.1094/PDIS.2002.86.6.697A
  • Franova J. Difficulties with conventional phytoplasma diagnostic using PCR/PFLP analysis. Bulletin of Insectology, 2011, 64(Suppl.): S287-S288.
  • Galetto L., Bosco D., Merzachi C. Universal and group-specific real-time PCR diagnosis of flavescence dorée (16Sr-V), bois noir (16Sr-XII) and apple proliferation (16Sr-X) phytoplasmas from field-collected plant hosts and insect vectors. Annals of Applied Biology, 2005, 147(2): 191-201 ( ).
  • DOI: 10.1111/j.1744-7348.2005.00030.x
  • Plavec J., Križanac I., Budinšćak Ž., Škorić D., Music M.S. A case study of FD and BN phytoplasma variability in Croatia: multigene sequence analysis approach. European Journal of Plant Pathology, 2015, 142(3): 591-601 ( ).
  • DOI: 10.1007/s10658-015-0637-4
  • Богоутдинов Д.З., Кастальева Т.Б., Гирсова Н.В. Фитоплазменные болезни - серьезная опасность для растениеводства России. Обзор. Таврический вестник аграрной науки, 2018, 2(14): 15-34 ( ).
  • DOI: 10.25637/TVAN.2018.02.02
  • European and Mediterranean Plant Protection Organization. Режим доступа: https://www.eppo.int. Дата обращения: 11.02.2019.
  • Doyle J.J., Doyle J.L. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 1990, 12: 13-15.
  • Алексеев Я.И., Белов Ю.В., Варламов Д.А., Коновалов С.В., Курочкин В.Е., Маракушин Н.Ф., Петров А.И., Петряков А.О., Румянцев Д.А., Скоблилов Е.Ю., Соколов В.Н., Фесенко В.А., Чернышев А.В. Приборы для диагностики биологических объектов на основе метода полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ). Научное приборостроение, 2006, 16(3): 132-136.
  • National Center for Biotechnology Information. Режим доступа: http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Дата обращения: 16.01.2019.
  • Аляпкина Ю.С., Моисеева М.В., Ксенофонтова О.В., Алексеев Я.И. Разработка и валидация набора для мультиплексного ПЦР-РВ анализа регуляторных элементов (промотора SsuAra и терминатора E9) для обнаружения генетически модифицированных (ГМ) линий рапса, сои, картофеля и других растений. Известия ТСХА, 2008, 3: 5-16 ( ).
  • DOI: 10.26897/0021-342X-2018-3-5-16
  • Pelletier C., Salar P., Gillet J., Cloquemin G., Very P., Foissac X., Malembic-Maher S. Triplex real-time PCR assay for sensitive and simultaneous detection of grapevine phytoplasmas of the 16SrV and 16SrXII-A groups with an endogenous analytical control. Vitis, 2009, 48(2): 87-95.
  • Quaglino F., Zhao Y., Casati P., Bulgari D., Bianco P.A., Wei W., Davis R.E. ‘Candidatus Phytoplasma solani', a novel taxon associated with stolbur- and bois noir- related diseases of plants. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63: 2879-2894 ( ).
  • DOI: 10.1099/ijs.0.044750-0
  • Yu X.M., Ai C.X., Wang J., Fu L., An M., Wang H.R., Sun Q.R. First report of a 16SrXII-A subgroup phytoplasma associated with Artemisia scoparia witches'-broom disease in China. Plant Disease, 2016, 100(7): 1494 ( ).
  • DOI: 10.1094/PDIS-11-15-1251-PDN
  • Girsova N.V., Bottner K.D., Mozhaeva K.A., Kastalyeava T.B., Owens R.A., Lee I.M. Molecular detection and identification of Group 16SrI and 16SrXII phytoplasmas associated with diseased potatoes in Russia. Plant Disease, 2008, 92(4): 654 ( ).
  • DOI: 10.1094/PDIS-92-4-0654A
Еще
Статья научная
QR-код для установки приложения SciUp Наведите камеру и скачайте бесплатное приложение SciUp