Развитие микробиологической лаборатории Пироговского центра

За последние двадцать лет микробиологическая диагностика совершила огромный скачок от ручных методик до полностью автоматизированных этапов. И этот процесс развивается и совершенствуется непрерывно. МБЛ Пироговского Центра всегда шла в ногу со временем, предвосхищая требования клиницистов.

С 2003 г. первой заведующей бактериологического отдела КДЛ ЦКДК была Мелкумян Алина Рантиковна, которая внедрила автоматические методы диагностики, на тот момент являющиеся передовыми и востребованными в нашем Центре, особенно для врачей отделений реанимации и интенсивной терапии. Было закуплено два автоматических бактериологических гемокультиватора, один из которых стоял непосредственно в ОАР №2 Клиники гнойно-септической хирургии, что способствовало быстрой диагностике сепсиса, а также пациентов с инфекционным эндокардитом (далее — ИЭ). Основоположник гнойно-септической кардиохирургии академик РАН Ю.Л. Шевченко из оперативного лечения больных ИЭ выделил целое научное направление. Юрий Леонидович экспериментально обосновал и использовал в диагностике ИЭ разность напряженности бактериемии артериальной и венозной крови пациента. Совместная работа команд Ю.Л. Шевченко и бактериологов помогла достичь значимых результатов в диагностике и лечении пациентов с ангиогенным сепсисом с локализацией септического очага в сердце. Автоматический бактериологический анализатор для идентификации и определения чувствительности микроорганизмов позволял не только проводить высококачественные исследования с актуальной интерпретацией результатов, но также встроенная программа анализатора позволяла проводить электронную регистрацию анализов и распечатку результатов исследования на бланках. На автоматиче- ский этап был поставлен также процесс приготовления питательных сред.

С приходом заведующей Наталии Николаевны Ла-шенковой в 2008 г. продолжилось совершенствование микробиологических исследований: начал проводиться строгий санитарно-бактериологический контроль внутрибольничной среды, введена оценка чувствительности микроорганизмов к дезинфицирующим средствам и кожным антисептикам. Был осуществлен переход на одноразовую лабораторную посуду, в т.ч. транспортные среды (Рис. 1). Огромная роль стала отводиться научным исследованиям и клиническим испытаниям с международным участием. Также регулярно проходили обучающие мастер-классы в рамках научно-практической конференции с международным участием «Стратегия контроля антибиотикорезистентности в стационаре: проблемы и перспективы». Внедрение в стационаре стратегии контроля антимикробной терапии (СКАТ) потребовало дальнейшего усиления и модернизации бактериологической лаборатории.

Отбор проб для микробиологических исследований проводится во всех подразделениях Пироговского Центра в соответствии со стандартными операционными процедурами, которые разработаны совместно с главными медицинскими сестрами при непосредственном участии начальника эпидемиологической службы и главного врача стационара. Работа МБЛ построена таким образом, чтобы минимизировать потери времени от момента отбора пробы и до посева на питательные среды. ПЦР-от-дел МБЛ проводит исследование и по воскресеньям, что позволяет выдавать необходимые результаты день в день для реанимационных отделений стационара.

Внутренний контроль качества (ВКК) дисков с антибиотиками и питательных сред в МБЛ с 2018 г.

Рис. 1. Процесс посева биологического материала на твердые и жидкие питательные среды.

проводится на анализаторе определения антибиотико-чувствительности бактерий дискодиффузионным методом с автоматическим построением калибровочных графиков и сохранением результатов, с использованием сертифицированных эталонных штаммов микроорганизмов (Рис. 2). Внедрение в работу сертифицированных готовых питательных сред позволило сократить расход средств и времени на проведение ВКК. МБЛ имеет большую рабочую коллекцию микроорганизмов, ежегодно пополняющуюся, которая используется для написания научных статей, участия в крупных российских проектах, а также проведения клинических испытаний новых медицинских изделий. МБЛ участвует в программах внешней оценки качества не только Российской федеральной системы (ФСВОК), но также и международной — NEQAS, что ежегодно подтверждается сертификатами (Рис. 3).

На протяжении долгого времени продолжается плодотворное сотрудничество с Лабораторией Молекулярных Механизмов антибиотикорезистентности ФБУН ЦНИИ Эпидемиологи Роспотребнадзора в рамках изучения молекулярно-генетических механизмов устойчивости к антибактериальным препаратам, геномной организации, а также геномной эпидемиологии условнопатогенных бактерий с целью изучения эпидемиологических источников и путей распространения высоковирулентных штаммов микроорганизмов, с последующим анализом полученных данных и ежегодной совместной публикацией статей в иностранных научных журналах. С 2019 г. МБЛ активно сотрудничает с НИИ антимикробной химиотерапии СГМА, Смоленска, а именно в крупных российских

Рис. 2.

Проведение внутреннего контроля качества дисков с антибиотиками.

СВИДЕТЕЛЬСТВО

'ФСВОК,

Д»р«*орАСШ1 .ццкк.

♦I ЬУ «НМХЦ им. ИЛ Нирое wa. Манирш Р.кхии приняла) учат* ^ кех пжнах свглттпгх реысж>» программы мсжиабиреториык

■ Выем**ше РНК MRS4'oV-2 метилом ПНР». «Вмяе-тснос ДНК Popdlome мгш (В11Ч) мепиом ПНР*.

■ Илппифинаяня мекроорг»по1мо|ь Чумгаиттлмеоеп. к аягиб««ап<кам (клиническая мнкре>6и<х»о1мя.

Рис. 3. Свидетельство об участии в Федеральной системе внешней оценки качества.

проектах «Мониторинг распространённости и антибио-тикорезистентности возбудителей инфекций в многопрофильных стационарах (МАРАФОН)» и «Эпиднадзор за устойчивостью к противомикробным препаратам в Центральной Азии и Европе (CАESAR)».

Благодаря большой поддержке руководства Пироговского Центра в бактериологической лаборатории с 2017 г. начал меняться и обновляться парк бактериологических анализаторов: появление времяпролетной масс-спектрометрии позволило в течение 20 минут проводить идентификацию выросших колоний микроорганизмов, а с появлением в 2020 г. анализатора скрининга биологических жидкостей человека сократилось культуральное исследование мочи до 4,5 часов — 1 суток, что позволило лечащим врачам назначать своевременно этиотропную терапию (Рис. 4).

С 2019 г. в бактериологической лаборатории, с приходом новой заведующей Петровой Людмилы Викторовны и после получения санитарно-эпидемиологического заключения на проведение молекулярно-генетических исследований, проводятся исследования на выявление

Рис. 4. Парк анализаторов микробиологической лаборатории.

Рис. 5. Этап выделения нуклеиновых кислот.

генов резистентности к гликопептидным и бета-лак-тамным антибиотикам, что позволяет проводить более полноценную и качественную разработку протоколов антибактериальной терапии, а также проводить скрининг пациентов высокого риска развития инфекционных осложнений (Рис. 5, 6).

Для этих же целей было внедрено фенотипическое выявление типов карбапенемаз с помощью современных панелей для автоматического бактериологического анализатора, в которых помимо этого есть возможность определения чувствительности к новым антибактериальным препаратам с получением ответа в виде минимальной ингибирующей концентрации.

Результатом внедрения СКАТ, а также модернизации МБЛ является уменьшение распространённости и уровня устойчивости к антибиотикам микроорганизмов группы ESKAPE — возбудителей нозокомиальных инфекций, обладающих наиболее высоким потенциалом антибио-тикорезистентности, а также сокращение количества и продолжительности курсов антимикробной терапии (АМТ) у пациентов в ОРИТ; сокращение длительности госпитализации и уровня летальности от инфекций (в т.ч. инфекций кровотока); снижение уровня потребления антибиотиков в стационаре; сокращение расходов стационара на антимикробные препараты (АМП) и лечение инфекций.

В 2022 г. Л.В. Петрова прошла обучение у ведущих микологов страны на базе НИЛ микологического мониторинга и биологии грибов (референс-лаборатория) в Санкт-Петербурге, что позволило внедрить в практику люминесцентную микроскопию отделяемого нижних дыхательных путей и прочих биологических материалов, а также усовершенствовать культуральную диагностику патогенных грибов (Рис. 7).

На базе МБЛ в 2020 г. проводилось клинико-лабораторное испытание медицинского изделия «Экспресс-тест для определения карбапенемаз KPC, OXA, VIM, IMP и NDM в бактериальной колонии из культуры» для по-

Рис. 6. Кабинет экстракции нуклеиновых кислот (верх). Кабинет амплификации нуклеиновых кислот (низ).

Рис. 7. Истинный мицелий грибов. Люминесценстная микроскопия х100. Окраска калюкофлуор белый.

лучения регистрационного удостоверения (Рис. 8). В настоящее время также проходит испытание другой набор с подобным механизмом действия.

Информационные технологии в Пироговском Центре внедрены во все отделения, в том числе и МБЛ. В медицинской информационной системе (МИС) происходит создание заявки и направления на микробиологическое исследование, а в лабораторной информационной системе (ЛИС) отражен ход всех этапов исследования. Это позволило исключить бумажное ведение учетноотчетных форм, что минимизирует ошибки «человеческого фактора», а также, что немаловажно, исключает контактную передачу внутрибольничных патогенов. Результаты исследований амбулаторные пациенты отслеживают в своем личном кабинете на сайте Пироговского Центра.

В 2021 г. произошел переход на локальную систему мониторинга антибиотикорезистентности с использованием онлайн-платформы AMRcloud для обеспечения доказательной базы реестра по активности АМП и эпидемиологии антимикробной резистентности (АМР).

Сотрудники МБЛ ежегодно принимают участие с докладами на ведущих российских конференциях с международным участием: научно-практическая конференция «Стратегия контроля антибиотикорезистентности в стационаре: проблемы и перспективы» Пироговский Центр; Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Эпидемиологическая безопасность медицинской деятельности в условиях пандемии COVID-19» Национальная ассоциация специалистов по контролю инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (НАСКИ); Конгресс с международным участием «Молекулярная диагностика и биобезопасность», Конгресс с международным участием «Контроль и профилактика инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи»; Всероссийский конгресс по медицинской микробиологии, клинической микологии и иммунологии (Кашкинские чтения); международный конгресс МАКМАХ по антимикробной терапии и клинической микробиологии и другие местные и региональные конференции. В 2021 г. вышло руководство под редакцией члена-корр. РАН Р.С. Козлова «Мониторинг антибиотико-резистентности с использованием платформы AMRcloud. Практическое руководство», в авторский коллектив которого вошли сотрудники Пироговского Центра: Гусаров В.Г., Замятин М.Н. и Петрова Л.В. (Рис. 9).

Врачи и лаборанты МБЛ являются членами Федерации лабораторной медицины, активно участвуют в дистанционных обучающих программах и своевременно проходят обучение не только по совершенствованию своей основной специализации, но также с интересом изучают смежные дисциплины, которые находят применение в текущей деятельности МБЛ.

В настоящее время штат МБЛ представлен четырьмя врачами-бактериологами (все с высшей категорией) и пятью фельдшерами-лаборантами (Рис. 10). Все сотрудники лаборатории имеют сертификаты и удостоверения по

Рис. 8. Испытание медицинского изделия «Экспресс-тест для определения карбапенемаз KPC, OXA, VIM, IMP и NDM.

Рис. 9. Обложка практического руководства под редакцией члена-корр. РАН Р.С. Козлова.

Рис. 10. Штат микробиологической лаборатории.

работе не только по бактериологической диагностике, но и по молекулярно-биологическим методам исследования, что позволяет обеспечить полную взаимозаменяемость во всех разделах микробиологического исследования.

С 2021 г. на базе МБЛ в Пироговском Центре начал функционировать референс-центр системного мониторинга распространения антимикробной резистентности по профилю «хирургия», руководителем которого является главный врач стационара Гусаров Виталий Геннадьевич.

Таким образом, плодотворная и насыщенная история развития МБЛ наглядно демонстрирует, что для непрерывной, своевременной и качественной работы необходимо не только современное оборудование и реагенты, а также высококвалифицированные сотрудники, которые хотят развиваться и учиться, а также с любовью относятся к своему труду.

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов (The authors declare no conflict of interest).