Скрининг гена альфа-субъединицы бензоат диоксигеназы в бактериальных ассоциациях, полученных в результате селекции на (хлор)ароматических соединениях
Автор: Егорова Дарья Олеговна, Пьянкова Анна Александровна
Журнал: Вестник Пермского университета. Серия: Биология @vestnik-psu-bio
Рубрика: Генетика
Статья в выпуске: 4, 2019 года.
Бесплатный доступ
Показано, что в тотальной ДНК шести бактериальных ассоциаций, полученных в результате накопительного культивирования в присутствии бифенила/хлорированных бифенилов, обнаружены фрагменты гена benA, кодирующего альфа-субъединицу бензоат диоксигеназы. В результате филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей амплифицированных фрагментов гена benA установлено, что большинство изученных фрагментов формируют кластеры с гомологичными генами представителей отдела/филума Proteobacteria, уровень сходства при этом составил 100%. Уровень сходства с benA-генами известных грамотрицательных штаммов-деструкторов составил 79.5-89.7%. В ассоциации CHN4 выявлен ген benA, формирующий единый кластер с геном benA штаммов рода Rhodococcus, и на 96% схожий с гомологичным геном штамма-деструктора R. jostii RHA1.
Полихлорированные бифенилы, бактериальные ассоциации, бензоат диоксигеназа, ген
Короткий адрес: https://sciup.org/147227113
IDR: 147227113 | DOI: 10.17072/1994-9952-2019-4-464-470
Список литературы Скрининг гена альфа-субъединицы бензоат диоксигеназы в бактериальных ассоциациях, полученных в результате селекции на (хлор)ароматических соединениях
- Назарова Э.А., Кирьянова Т.Д., Егорова Д.О. Разнообразие гена бензоат диоксигеназы в бактериальных ассоциациях, сформировавшихся под давлением хлорорганического загрязнения // Экологическая генетика. 2019. Т. 17, № 3. С. 13-22. DOI: 10.17816/ecogen17313-22
- Abd El-Mawla A.M., Beerhues L. Benzoic acid biosynthesis in cell cultures of Hypericum androsaemum // Planta. 2002. Vol. 214. P.727. DOI: 10.1007/s004250100657
- Baggi G. et al. Co-metabolism of di- and trichlorobenzoates in a 2-chlorobenzoate-degrading bacterial culture: Effect of the position and number of halo-substituents // International Biodeterioration and Biodegradation. 2008. Vol. 62, № 1. P. 57-64. DOI: 10.1016/j.ibiod.2007.12.002
- Field J.A., Sierra-Alvarez R. Microbial transformation of chlorinated benzoates // Reviews in Environmental Science and BioTechnology. 2008a. Vol. 7. P. 191-210. DOI: 10.1007/s11157-0089133-z
- Field J.A., Sierra-Alvarez R. Microbial transformation and degradation of polychlorinated biphenyls // Environmental Pollution. 2008b. Vol. 155, № 1. P. 1-12.
- Haddad S., Eby D.M., Neidle E.L. Cloning and expression of the benzoate dioxygenase genes from Rhodococcus sp. strain 19070. // Applied Environmental Microbiology. 2001. Vol. 67. P. 2507-2514.
- Kahlon R.S. Pseudomonas: Molekular and Applied Biology. Springer International Publishing Switzerland, 2016. 519 p.
- DOI: 10.1007/978-3-319-31198-2_4
- Kimura N. et al. Pseudomonas furukawaii sp. nov., a polychlorinated biphenyl-degrading bacterium isolated from biphenyl-contaminated soil in Japan // International Journal Systematic Evolution Microbiology. 2018. Vol. 68, № 5. P. 1429-1435
- Kitagawa W. et al. Cloning and characterization of benzoate catabolic genes in the gram-positive polychlorinated biphenyl degrader Rhodococcus sp. strain RHA1 // Journal of Bacteriology. 2001. Vol. 183. P. 6598-6606.
- Parales R.E., Resnick S.M. Aromatic Ring Hydroxylating Dioxygenases // Pseudomonas / J.L. Ramos, R.C. Levesque, eds. Boston: Springer, 2006. P. 287-340.
- DOI: 10.1007/2F0-387-28881-3_9
- Pieper D.H. Aerobic degradation of polychlorinated biphenyls. // Applied Microbiology Biotechnology. 2005. Vol. 67, № 2. P. 170-191.
- DOI: 10.1007/s00253-004-1810-4
- Solyanikova I.P. et al. Pecularities of the degradation of benzoate and its chloro- and hydraxysubstituted analogs by Actinobacteria. // International Biodeterioration and Biodegradation. 2015. Vol. 100. P. 155-164.
- DOI: 10.1016/j.ibiod.2015.02.028
- Suenaga H. et al. Insights into the genomic plasticity of Pseudomonas putida KF715, a strain with unique biphenyl-utilizing activity and genome instability properties // Environmenmental Microbiology Reports. 2017. Vol. 9, № 5. P. 589-598.
