Спектр генетических вариантов, ассоциированных с наследственным раком молочной железы и яичника, у пациенток из Республики Дагестан
Автор: Ибрагимбекова М.М., Мурачуев М.А., Янус Г.А., Буттаева Б.Н., Романько А.А., Ломакова А.Е., Белогубова Е.В., Преображенская Е.В., Семина М.В., Суспицын Е.Н., Соколенко А.П., Имянитов Е.Н.
Журнал: Сибирский онкологический журнал @siboncoj
Рубрика: Лабораторные и экспериментальные исследования
Статья в выпуске: 6 т.24, 2025 года.
Бесплатный доступ
Введение. Существенная доля пациенток с раком молочной железы (РМЖ) и раком яичников (РЯ) являются носителями мутаций в генах наследственных опухолевых синдромов. Наиболее часто наследственные формы РМЖ и РЯ связаны с дефектами генов BRCA1 и BRCA2. При этом спектр мутаций различается у представителей различных народов, отражая особенности генетического груза. Население Дагестана обладает уникальными генетическими характеристиками вследствие исторических и демографических факторов. Республика является одним из наиболее многонациональных регионов РФ, где живут представители многочисленных этнолингвистических групп (аварская, лезгинская, даргинская, лакская и др.), что позволяет предположить существование повторяющихся патогенных генетических вариантов, т.е. наличие «эффекта основателя», у представителей дагестанских народов. Цель исследовании – изучение молекулярной эпидемиологии семейного РМЖ/РЯ в Республике Дагестан. Материал и методы. В исследование включено 610 пациенток – представительниц различных народностей Республики Дагестан. Кодирующие последовательности генов BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, TP53, CHEK2, NBN, BRIP1, BARD1, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L были проанализированы методом таргетного высокопроизводительного секвенирования. Результаты. В исследованной группе наиболее частыми патогенными вариантами были BRCA1 c.66dup, c.115T>C [p.Cys39Arg], c.4709del, BRCA2 p.Gln3299Ter и c.5621_5624del. Среди других генов повторяющимся был только один патогенный аллель – CHEK2 c.817_818del [rs1474786480]. Идентифицировано несколько этноспецифических вариантов генов BRCA1 и BRCA2, доминирующих в тех или иных этнических группах Республики Дагестан: у пациенток лезгинского происхождения преобладал аллель BRCA1 с.66dup (7/12 (58 %) всех вариантов BRCA1/2 в данной этнической группе), у даргинок – BRCA1 c.4709del (4/12 (33 %)). У пациенток аварской группы выявлено несколько частых вариантов, все из которых относились к гену BRCA2: p.Gln3299Ter (8/21 (38 %) всех вариантов BRCA1/2 у аварцев), c.5621_5624del (5/21 (24 %)), p.Arg2659Lys (3/21 (14 %)). У лакцев также наблюдался founder-эффект в отношении гена BRCA2: все случаи мутаций BRCA1/2 представлены одним аллелем BRCA2 c.429del. Вариант BRCA1 p.Cys39Arg встречался у представительниц нескольких народностей: кумыков, аварцев, даргинцев. У пациенток табасаранского происхождения патогенные варианты не выявлены. Заключение. Разнообразие выявленных мутаций отражает длительные миграционные процессы и этническую уникальность дагестанских популяций.
BRCA1, BRCA2, Дагестан, наследственный рак молочной железы и яичника, эффект основателя, этноспецифические генетические варианты
Короткий адрес: https://sciup.org/140313326
IDR: 140313326 | УДК: 618.19+618.11]-006.6:575.224.2(470.67) | DOI: 10.21294/1814-4861-2025-24-6-59-69
Spectrum of pathogenic variants associated with hereditary breast and ovarian cancer in the Republic of Dagestan
Background. A significant proportion of patients with breast cancer (BC) and ovarian cancer (OC) are carriers of pathogenic variants in the genes of hereditary cancer syndromes. Most often, hereditary forms of BC and OC are associated with alterations in the BRCA1 and BRCA2 genes. At the same time, the spectrum of mutations varies among representatives of different ethnic groups, reflecting the features of the genetic load. The population of Dagestan has unique genetic landscape due to historical and demographic factors. The republic is one of the most multinational regions of the Russian Federation, where representatives of numerous ethnolinguistic groups live (Avars, Lezgins, Dargins, Laks, etc.), which suggests the existence of recurring pathogenic genetic variants, i.e., the presence of a “founder effect” among representatives of the Dagestan peoples. The aim of this work was an in-depth study of hereditary breast and ovarian cancer in the Republic of Dagestan. Material and Methods. The study included 610 patients representing various nationalities of the Republic of Dagestan. The coding sequences of BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, TP53, CHEK2, NBN, BRIP1, BARD1, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, and RAD54L were analyzed using targeted high-throughput sequencing. Results. The most frequent pathogenic variants in the study group were BRCA1 c.66dup, c.115T>C [p.Cys39Arg], c.4709del and BRCA2 p.Gln3299Ter and c.5621_5624del. Among other genes, only CHEK2 c.817_818del pathogenic allele was recurrent. Several ethnospecific variants of the BRCA1 and BRCA2 genes were identified, which were dominant in certain ethnic groups in the Republic of Dagestan. In patients of Lezgin origin, the BRCA1 c.66dup allele was predominant (7/12 (58 %) of all BRCA1/2 variants in this ethnic group), and in Dargins, BRCA1 c.4709del (4/12 (33 %)). Several recurrent variants were identified in Avars, all of which in the BRCA2 gene: p.Gln3299Ter (8/21 (38 %) of all BRCA1/2 variants in Avars), c.5621_5624del (5/21 (24 %)), p.Arg2659Lys (3/21 (14 %)). A founder effect was also observed in the Laks: all cases of BRCA1/2 mutations were represented by a single BRCA2 allele (c. 429del). The BRCA1 p.Cys39Arg variant was found in several ethnic groups: Kumyks, Avars, and Dargins. In patients of Tabasaran origin, pathogenic variants were not identified. Conclusion. The diversity of the identified mutations reflects the long-term migration processes and ethnic uniqueness of the Dagestan population.
Текст научной статьи Спектр генетических вариантов, ассоциированных с наследственным раком молочной железы и яичника, у пациенток из Республики Дагестан
На долю семейного рака молочной железы (РМЖ) и рака яичников (РЯ) приходится порядка 4–8 % случаев РМЖ и 25–30 % случаев РЯ. Выявление моногенных разновидностей РМЖ и РЯ позволяет персонализировать терапию и спланировать проведение профилактических мероприятий у клинически здоровых родственников – носителей патогенных аллелей [1]. Семейный РМЖ/РЯ представлен рядом сходных аутосомно-доминантных состояний, для которых характерен «эффект основателя» (founder effect). В большинстве регионов мира в структуре мутаций, обусловливающих развитие семейного РМЖ/РЯ, преобладают повреждения генов BRCA1/2 , хотя известны примеры founder-повреждений в иных генах, распространенных среди отдельных этнических групп (например, гипоморфные мутации в гене TP53 : p.Arg337His у бразильцев португальского происхождения и p.Arg181Cys у израильских арабов) [2].
В популяциях, характеризующихся выраженным «эффектом основателя», включая и славянское население России, большинство случаев семейного РМЖ/РЯ ассоциировано всего лишь с несколькими мутациями в генах BRCA1/2 [3–5]. Это делает возможным осуществление «ступенчатого» алгоритма диагностики: проведение дешевых и доступных ПЦР-тестов на частые мутации с последующим NGS-анализом негативных случаев. Вместе с тем, многочисленные народности неславянского этнического происхождения, населяющие Российскую Федерацию, часто практически не охарактеризованы в отношении спектра и структуры мутаций в генах BRCA1/2 и иных генах наследственного рака.
В ранее проведенном исследовании больных РМЖ/РЯ, принадлежащих к ряду народностей Северного Кавказа, выявлено несколько относительно этноспецифических генетических дефектов. Так, обнаружены патогенные аллели BRCA1, характерные для карачаевцев (c.2907_2910del) и чеченцев (c.3629_3630del). Также выявлены этноспецифические варианты BRCA2 , в частности, «кабардино-балкарский» (c.7868A>G), три «кабардинских» (c.993_994del, c.6486_6489del, c.8437G>T), «ингушский» (c.5351dup) и «осетинский» (c.6341del) [6].
В ряду прочих регионов Северного Кавказа Дагестан отличается особенно комплексным этническим составом: выделяют по меньшей мере 26 коренных народностей, населяющих этот субъект Федерации. Наиболее многочисленны (~1 млн человек) говорящие на языках аваро-андийско-цезской ветви нахско-дагестанской языковой семьи аварцы и родственные им малочисленные народности андийской (андийцы, ахвахцы, багулалы, ботлихцы, годоберинцы, каратинцы, тиндалы и чамалалы) и цезской (дидойцы, гинухцы, гун-зибцы, бежтинцы и хваршины) языковой группы. На языках нахско-дагестанской группы говорят даргинцы и малочисленные народности кайтагов и кубачинцев (~0,5 млн); лезгиноязычные народы (~0,75 млн): лезгины, лакцы, табасараны, агулы, рутульцы и цахуры; чеченцы Дагестана (~0,1 млн). К коренным жителям Дагестана относятся также тюркоязычные кумыки (~0,5 млн) и караногайцы (~0,036 млн), а также азербайджанцы Дагестана (~0,13 млн) [7].
Столь сложный этногенез связан с географическими особенностями республики, ее сложным историческим развитием, особенностями региональной культуры и политико-экономического устройства [8]. Кроме того, на популяционно-генетическое разнообразие региона оказала влияние нехарактерная для других народностей Северного Кавказа культурная черта большинства этнических групп Дагестана – эндогамия: браки обычно заключались внутри родовых объединений, тухумов [9].
Клинико-генетические работы по изучению наследственных заболеваний в Республике Дагестан скудны и часто ограничиваются описанием отдельных семейных случаев рецессивных заболеваний [10–15], имеются и случаи «эффекта основателя», затрагивающего определенные районы республики. Например, в ряде аварских сел Ботлихского района Дагестана исключительно высока частота мутации, ассоциированной с редким рецессивным нервно-мышечным заболеванием (дисферлинопа-тией) [13]. В некоторых случаях распространенность founder-аллеля выходит за пределы одной этнической группы: так, частый среди аварцев вариант в гене ARSB , ассоциированный с мукополисахаридозом VI типа, был выявлен и у одного лакского пациента [14]; распространенный в Центральной Азии вариант IVS1+1G>A (c.-23+1G>A) в гене GJB2 выявлялся как у аварских, так и у даргинских больных рецессивной нейросенсорной тугоухостью [15]. Таким образом, можно предполагать комплексную молекулярную эпидемиологию и в отношении аутосомно-доминантного семейного РМЖ/РЯ среди дагестанских больных, с отдельными региональными «очагами» распространенности founder-вариантов.
Целью исследования явилось углубленное изучение молекулярной эпидемиологии семейного РМЖ/РЯ в Республике Дагестан.
Материал и методы
В настоящее исследование включено 610 пациенток (табл. 1) с диагнозами РМЖ или РЯ, которые наблюдались в ГБУ РД «Республиканский онкологический центр» (г. Махачкала) в период с 2021 по 2025 г. Данные об этнической принадлежности и семейном онкологическом анамнезе получены из анкет пациенток. Экспрессионный подтип карцином молочной железы (рецептор-позитивный или рецептор-негативный) определялся в ходе стандартного иммуногистохимического анализа. В группу РЯ включали пациенток с верифициро-
|
Характеристика исследуемых групп РМЖ и РЯ Characteristics of the BC and OC groups |
Таблица 1/table 1 |
|
|
Параметр/Paremeter |
РМЖ (n=428)/BC (n=428) |
РЯ (n=182)/OC (n=182) |
|
Медианный возраст (диапазон)/Median age (range) 47 (22–83) |
56 (18–83) |
|
|
ЗНО1 у родственников первой линии/Cancer1 in first-degree relatives |
||
|
Да/Yes |
69 |
8 |
|
Нет/No |
261 |
41 |
|
Нет данных/No data |
98 |
133 |
|
Подтип/Subtype |
||
|
Люминальный/Luminal |
71 |
– |
|
Трижды негативный или ER-негативный/ |
||
|
Triple-negative or ER-negative |
||
|
Нет данных/No data |
219 |
– |
|
Этническая группа/Ethnic group |
||
|
Аварцы/Avars |
130 |
16 |
|
Даргинцы/Dargins |
77 |
10 |
|
Лезгины/Lezgins |
50 |
16 |
|
Кумыки/Kumyks |
75 |
6 |
|
Лакцы/Laks |
28 |
1 |
|
Табасараны/Tabasarans |
13 |
7 |
Другие или неуточненные/Other or non-specified 55 126
Notes: 1 – related to the spectrum of tumors associated with BRCA1 and BRCA2 mutations (breast, ovarian, pancreatic, prostate, or gastric cancers); created by the authors.
ванным диагнозом серозной карциномы высокой степени злокачественности.
Молекулярно-генетическое исследование проводили в лаборатории молекулярной онкологии НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова (г. Санкт-Петербург). В качестве источника ДНК использованы лейкоциты периферической крови (n=530) или гистологические образцы из архива ГБУ РД «Республиканское патологоанатомическое бюро» (г. Махачкала) (n=80). Пациентки, прошедшие очное обследование, дали информированное согласие на проведение генетического анализа. Нуклеиновые кислоты из лейкоцитов выделяли с помощью стандартной фенол-хлороформной очистки. Для экстракции ДНК из срезов парафиновых блоков использовали коммерческие наборы ExtractDNA FFPE (кат.: #BC103, Евроген). Молекулярногенетический анализ выполнялся методом таргет-ного высокопроизводительного секвенирования (NGS, next-generation sequencing). Во всех образцах были проанализированы кодирующие последовательности генов BRCA1 , BRCA2 , PALB2, ATM, TP53 . В 153 случаях дополнительно были проанализированы экзоны и экзон-интронные границы генов CHEK2, NBN, BRIP1, BARD1, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L.
Подготовку и обогащение библиотек ДНК осуществляли с использованием наборов KAPA HyperPlus Kit (Roche) по протоколу производителя. Для обогащения библиотек применяли пользовательские биотинилированные зонды (НПК
«Синтол»). Протокол пробоподготовки включал стандартные этапы: ферментативную фрагментацию ДНК, репарацию концов и полиаденилирование, лигирование адаптеров, амплификацию библиотеки и два раунда гибридизации с зондами с последующим захватом гибридных комплексов с помощью стрептавидиновых магнитных частиц. Библиотеки секвенировали на платформах NextSeq 550 (Illumina) и GenoLab M (GeneMind) в режиме парных прочтений по 150 циклов в каждую сторону. Биоинформатическая обработка проводилась в соответствии с GATK Best Practice для детекции герминальных вариантов [https://gatk.broadinstitute. org/hc/en-us/articles/360035535932-Germline-short-variant-discovery-SNPs-Indels-]. Для поиска крупных делеций/инсерций экзонов (LGR, large gene rearrangements) использовали пользовательский алгоритм на основе GATK GermlineCNVCaller [ articles/30332042623131-GermlineCNVCaller]. LGR, выявленные путем биоинформатической обработки NGS-прочтений, верифицировали методом цифровой капельной ПЦР.
Аннотацию вариантов осуществляли с использованием ресурса Annovar [https://annovar. ]; для интерпретации патогенности редких миссенс-вариантов использовали также ресурс InterVar [http://wintervar. ] – инструмент для клинической интерпретации сиквенсных вариантов на основе рекомендаций ACMG/AMP 2015.
Таблица 2/table 2
Частота патогенных вариантов BRCA1 и BRCA2 в зависимости от клинических характеристик
Frequency of BRCA1 and BRCA2 pathogenic variants depending on clinical features
|
Параметр/Paremeter |
BRCA1 |
BRCA2 |
Всего/Total |
|
РМЖ/BC (n=428) |
18 (4,2 %) |
29 (6,8 %) |
47 (11,0 %) |
|
=40 лет/=40 years (n=107) |
9 (8,4 %) |
9 (8,4 %) |
18 (16,8 %) |
|
>40 лет/> 40 years (n=321) |
9 (2,8 %) |
20 (6,2 %) |
29 (9,0 %) |
|
=50 лет/ =50 years (n=244) |
10 (4,1 %) |
25 (10,2 %) |
35 (14,3 %) |
|
>50 лет/>50 years (n=184) |
8 (4,3 %) |
4 (2,1 %) |
12 (6,5 %) |
|
Отягощенный семейный онкологический анамнез/ Family history of cancer (n=69) |
2 (2,9 %) |
9 (13,0 %) |
11 (16,0 %) |
|
Семейный онкологический анамнез не отягощен/ No cancer family history (n=261) |
11 (4,2 %) |
14 (5,4 %) |
25 (9,6 %) |
|
ER-положительный/ER-positive (n=71) |
- |
4 (5,6 %) |
4 (5,6 %) |
|
ER-отрицательный/ER-negative (n=138) |
6 (4,3 %) |
7 (5,1 %) |
13 (9,4 %) |
|
РЯ/OC (n=182) |
20 (11,0 %) |
18 (9,9 %) |
38 (20,9 %) |
|
=40 лет/=40 years (n=14) |
3 (21,4 %) |
- |
3 (21,4 %) |
|
>40 лет/>40 years (n=168) |
17 (10,1 %) |
18 (10,7 %) |
35 (20,8 %) |
|
=50 лет/=50 years (n=58) |
12 (20,7 %) |
3 (5,2 %) |
15 (25,9 %) |
|
>50 лет/>50 years (n=124) |
8 (6,5 %) |
15 (12,1 %) |
23 (18,5 %) |
|
Отягощенный семейный онкологический анамнез/ Family history of cancer (n=8) |
2 (25,0 %) |
1 (12,5 %) |
3 (37,5 %) |
|
Семейный онкологический анамнез не отягощен/ No cancer family history (n=41) |
5 (12,2 %) |
3 (7,3 %) |
8 (19,5 %) |
|
Примечание: таблица составлена авторами. |
|||
|
Note: created by the authors. |
Статистический анализ проводили с использованием программного обеспечения SPSS Statistics 26: для сравнения частот патогенных аллелей в различных клинических группах применялся критерий χ2; для сравнения среднего возраста – t-критерий для независимых выборок.
Результаты
Частоты патогенных вариантов у пациенток с РМЖ и РЯ и клинические характеристики
У больных РМЖ частота мутаций BRCA1 составила 18/428 (4,2 %), BRCA2 – 29/428 (6,8 %) (табл. 2). У пациенток с манифестацией заболевания до 50 лет частота мутаций BRCA2 была достоверно выше, чем у больных старше 50 лет (χ2=10,82, p=0,001). Для BRCA1 статистически значимые различия в частоте патогенных вариантов наблюдались у пациенток моложе и старше 40 лет (χ2=6,3, p=0,012). Отягощенный семейный онкологический анамнез ассоциировался только с носительством патогенных аллелей гена BRCA2 (χ2=4,96, p=0,03), но не BRCA1 . Мутации гена BRCA2 одинаково часто выявлялись у пациенток с эстроген-позитивными и эстроген-негативными карциномами. Напротив, все выявленные случаи BRCA1-ассоциированного РМЖ с доступными данными иммуногистохимического анализа были эстроген-негативными.
-
У больных РЯ частота мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 была сопоставимой: выявлено 20 патогенных аллелей BRCA1 (11 %) и 18 (9,9 %) –
BRCA2 . Однако их распределение у больных RЯ различных возрастных групп отличалось от РМЖ. В частности, у больных РЯ – носителей мутаций BRCA1 продемонстрирована ассоциация с более молодым возрастом манифестации заболевания (12/58 [20,7 %] vs 8/124 [6,5 %] до 50 лет и старше 50 лет соответственно; χ2=8,19, p=0,004). У носителей BRCA2 корреляций с более молодым возрастом не выявлено; у пациенток старше 50 лет частота мутаций была выше, однако этот результат был статистически недостоверным (χ2=2,13, p=0,14) (табл. 2). Средний возраст пациенток с РЯ – носителей патогенных вариантов BRCA1 был достоверно ниже возраста начала заболевания у пациенток с мутациями BRCA2 (49,5 ± 9,4 vs 57,6 ± 8,4 для BRCA1 и BRCA2 соответственно; t-критерий для независимых выборок, p=0,007).
Патогенные варианты PALB2 и ATM обнаружены у 4 пациенток с РМЖ (0,9 %); еще один вариант PALB2 был выявлен у больной РЯ. Повторяющиеся варианты не обнаружены. Анализ кодирующих последовательностей других известных РМЖ-ассоциированных генов у 153 пациенток с РМЖ (n=86) и РЯ (n=67) позволил выявить еще 8 носителей патогенных аллелей: CHEK2 (n=4), RAD51D (n=2), BARD1 (n=1), NBN (n=1).
Спектр патогенных вариантов у больных РМЖ и РЯ
Всего выявлено 98 случаев носительства патогенных вариантов исследованных генов (табл. 3). Повторяющиеся варианты (обнаруженные два и
Таблица 3/table 3
Спектр патогенных вариантов, выявленных у представителей различных этносов Дагестана Pathogenic variants observed in different ethnic groups of dagestan
|
Народность Дагестана/ Ethnic group of Dagestan |
Патогенный вариант/Pathogenic variant |
dbSNP ID |
Число носителей/ Number of carriers |
|
BRCA2 c.9895C>T [p.Gln3299Ter] |
rs1555289997 |
8 |
|
|
BRCA2 c.5621_5624del |
rs80359526 |
5 |
|
|
BRCA2 c.7976G>A [p.Arg2659Lys] |
rs80359027 |
3 |
|
|
BRCA1 c.80G>T [p.Cys27Phe] |
rs1064793052 |
2 |
|
|
Аварцы/ |
BRCA1 c.115T>C [p.Cys39Arg] |
rs80357164 |
1 |
|
Avars (n=146) |
BRCA2 c.3847_3848del |
rs80359405 |
1 |
|
BRCA2 c.7558C>T [p.Arg2520Ter] |
rs80358981 |
1 |
|
|
PALB2 c.2255_2258dup |
– |
1 |
|
|
RAD51D c.363del |
rs730881935 |
1 |
|
|
BRCA1 c.4709del |
– |
4 |
|
|
BRCA1 c.115T>C [p.Cys39Arg] |
rs80357164 |
1 |
|
|
BRCA1 c.4096+1G>A |
rs80358178 |
1 |
|
|
BRCA2 c.1796_1800del |
rs276174813 |
1 |
|
|
Даргинцы/ |
BRCA2 c.3545_3546del |
rs80359388 |
1 |
|
Dargins (n=87) |
BRCA2 c.7806-1G>C |
rs81002860 |
1 |
|
BRCA2 c.9413dup |
rs876659435 |
1 |
|
|
BRCA2 exon 1 dup |
– |
1 |
|
|
BRCA2 c.7977-1G>C |
rs81002874 |
1 |
|
|
PALB2 c.2718G>A [p.Trp906Ter] |
rs180177122 |
1 |
|
|
BRCA1 c.66dup |
rs80357783 |
7 |
|
|
BRCA2 c.7558C>T [p.Arg2520Ter] |
rs80358981 |
2 |
|
|
BRCA1 c.1462dup |
rs80357599 |
1 |
|
|
BRCA1 c.4165_4166del |
rs80357572 |
1 |
|
|
Lezgyns (n=66) |
BRCA2 c.8395del |
rs80359709 |
1 |
|
PALB2 c.2587-1G>A |
rs761214886 |
1 |
|
|
PALB2 c.3285dup |
– |
1 |
|
|
BRCA1 c.115T>C [p.Cys39Arg] |
rs80357164 |
2 |
|
|
BRCA2 c.9895C>T [p.Gln3299Ter] |
rs1555289997 |
2 |
|
|
BRCA1 c.191G>A [p.Cys64Tyr] |
rs55851803 |
1 |
|
|
Кумыки/ |
BRCA1 c.4709del |
– |
1 |
|
Kumyks (n=81) |
BRCA1 c.66dup |
rs80357783 |
1 |
|
BRCA2 c.7806-1G>C |
rs81002860 |
1 |
|
|
ATM c.5609dup |
– |
1 |
|
|
BARD1 c.2300_2301del |
rs750413473 |
1 |
|
|
BRCA2 c.429del |
rs587781945 |
3 |
|
|
Лакцы/Laks (n=29) |
RAD51D c.898C>T [p.Arg300Ter] |
rs750621215 |
1 |
|
BRCA1 c.115T>C [p.Cys39Arg] |
rs80357164 |
3 |
|
|
BRCA2 c.9895C>T [p.Gln3299Ter] |
rs1555289997 |
3 |
|
|
BRCA1 c.3629_3630del |
rs80357589 |
2 |
|
|
BRCA2 c.5586del |
– |
2 |
|
|
BRCA2 c.5621_5624del |
rs80359526 |
2 |
|
|
BRCA1 c.53T>C [p.Met18Thr] |
rs80356929 |
1 |
|
|
BRCA1 c.80G>T [p.Cys27Phe] |
rs1064793052 |
1 |
|
|
BRCA1 c.1016dup |
rs80357569 |
1 |
|
|
BRCA1 c.1462dup |
rs80357599 |
1 |
|
|
BRCA1 c.2158G>T [p.Glu720Ter] |
rs80356875 |
1 |
|
|
BRCA1 c.3604del |
rs886040150 |
1 |
|
|
Без уточнения |
BRCA1 c.4165_4166del |
rs80357572 |
1 |
|
этнической принадлежности/ |
BRCA1 c.4327C>T [p.Arg1443Ter] |
rs41293455 |
1 |
|
Non-specified (n=181) |
BRCA1 c.5073A>T |
rs80356853 |
1 |
|
BRCA1 exon 24 del |
– |
1 |
|
|
BRCA2 c.1381G>T [p.Glu461Ter] |
rs587782159 |
1 |
|
|
BRCA2 c.1813del |
rs80359306 |
2 |
|
|
BRCA2 c.2808_2811del |
rs80359351 |
1 |
|
|
BRCA2 c.7806-1G>C |
rs81002860 |
1 |
|
|
BRCA2 c.8140C>T [p.Gln2714Ter] |
rs80359058 |
1 |
|
|
BRCA2 c.8269G>T [p.Glu2757Ter] |
– |
1 |
|
|
CHEK2 c.817_818del |
rs1474786480 |
2 |
|
|
CHEK2 c.444+1G>A |
rs121908698 |
1 |
|
|
CHEK2 c.592+3A>T |
rs587782849 |
1 |
|
|
NBN c.2140C>T [p.Arg714Ter] |
rs730881864 |
1 |
|
|
Примечание: таблица составлена авторами. |
Note: created by the authors.
более раза в изучаемой выборке) составили 67/98 (68 %); при этом рекуррентные аллели преобладали как среди мутаций BRCA1 (76 % всех вариантов), так и BRCA2 (76 %). Наиболее распространенными патогенными вариантами BRCA1 являлись аллели с.66dup, c.115T>C [p.Cys39Arg], c.4709del; BRCA2 – p.Gln3299Ter, c.5621_5624del. Среди других генов повторяющимся был только один патогенный вариант – CHEK2 c.817_818del [rs1474786480]. Для некоторых вариантов была продемонстрирована выраженная этническая специфичность. В частности, у пациенток лезгинского происхождения преобладал аллель BRCA1 с.66dup (7/12 (58 %) всех вариантов BRCA1/2 в данной этнической группе), у даргинок – BRCA1 c.4709del (4/12 (33 %)). У пациенток аварской группы выявлено несколько частых вариантов, все они относились к гену BRCA2 : p.Gln3299Ter (8/21 (38 %) всех вариантов BRCA1/2 у аварцев), c.5621_5624del (5/21 (24 %)), p.Arg2659Lys (3/21 (14 %)). У лакцев также наблюдался founder-эффект в отношении гена BRCA2 : все случаи мутаций BRCA1/2 были представлены одним аллелем BRCA2 c.429del. Один из относительно частых вариантов BRCA1 , p.Cys39Arg, встречался у представительниц нескольких народностей: кумыков, аварцев, даргинцев. У пациенток табасаранского происхождения патогенные варианты не выявлены.
Обсуждение
Настоящее исследование представляет собой первый систематический анализ спектра патогенных аллелей генов BRCA1 и BRCA2 у представительниц наиболее многочисленных этнических групп Дагестана. В результате тестирования случаев РМЖ и РЯ мы выявили несколько этноспе-цифических founder-аллелей. Для гена BRCA1 это «лезгинский» (c.66dup) и «даргинский» (c.4709del) аллели. Вариант BRCA1 c.66dup встречается у пациенток из Северной Европы (Нидерланды, Бельгия), а также в Пакистане, но, учитывая, что население этих стран не имеет генетического или этнолингвистического родства с лезгинами, можно предположить независимое происхождение этой мутации в изучаемой группе [16]. «Даргинский» вариант ранее не описан в литературе и отсутствует в популяционных базах данных. В аварской выборке, напротив, отмечен выраженный founder-эффект для патогенных аллелей гена BRCA2: доминирующими аллелями являются c.5621_5624del, p.Arg2659Lys и p.Gln3299Ter, в совокупности составляющие 70 % всех выявленных в этой группе патогенных вариантов. Транкирующий вариант p.Gln3299Ter ранее описан у чеченских пациенток [6]. Кроме того, в ходе работы дважды обнаружен аллель BRCA1 c.3629_3630del, также известный как «чеченский» founder-вариант [6]. Эти наблюдения, по-видимому, отражают определенное родство народов, говорящих на языках нахско- дагестанской семьи. У пациенток лакской группы также выявлен повторяющийся вариант BRCA2 c.429del, обнаруженный у трех из четырех пациенток – носительниц РМЖ/РЯ-ассоциированных вариантов. У кумыков в спектре повреждений преобладают варианты BRCA1, в частности ги-поморфные миссенс-варианты в RING-домене – p.Cys39Arg и p.Cys64Tyr. У пациенток-табасаранок (лезгиноязычный этнос) патогенные варианты не выявлены, что, однако, может быть связано с малочисленностью исследованной группы. Стоит отметить, что в отличие от некоторых других народностей, проживающих на Северном Кавказе, для представителей дагестанских этносов не характерна циркуляция частых «славянских» аллелей BRCA1 [17]. Вклад крупных перестроек (LGR, large gene rearrangement) в спектр мутаций также относительно низок: обнаружено всего два случая носительства этих повреждений, по одному в каждом из генов BRCA1 и BRCA2.
В данной работе идентифицировано 12 случаев носительства патогенных вариантов других известных РМЖ-ассоциированных генов, среди которых повторяющимся был только один вариант CHEK2 c.817_818del. Еще один вариант CHEK2 , выявленный в данном исследовании, c.592+3A>T, по нашим наблюдениям, распространен у разных народов Северного Кавказа (данные не опубликованы). Частота патогенных аллелей PALB2 в группе РМЖ составила 0,7 %, что сравнимо с исследованием распространенности мутаций в этом гене у представительниц славянского этноса [18].
Ограничением настоящего исследования является отсутствие точных данных об этнической принадлежности значительной части пациенток с РЯ, что обусловлено особенностями формирования выборки: большинство образцов были получены из архива Республиканского патологоанатомического бюро без полных клинико-демографических данных. Кроме того, интерпретацию полученных результатов осложняет вариабельная пенетрантность мутаций в различных доменах генов BRCA1/2 в отношении рисков развития РМЖ и РЯ [19, 20]. Это может влиять на наблюдаемый спектр мутаций в зависимости от численного состава исследуемых групп, клинических характеристик включенных пациенток и пропорционального соотношения РМЖ и РЯ в каждой этнической группе. Тем не менее самые частые аллели, персистенция которых наблюдается в Дагестане, в нашем исследовании встречались как у пациенток с РМЖ, так и с РЯ, без заметного преобладания в той или иной группе.
Этническая специфика спектра патогенных аллелей генов предрасположенности к РМЖ/ РЯ может определять особенности клинических проявлений заболевания. Многочисленные исследования демонстрируют четкую связь между генетическим статусом и молекулярнобиологическими характеристиками опухолей. Так, известно, что BRCA1-ассоциированные карциномы молочной железы в подавляющем большинстве являются трижды негативными, в то время как для носителей патогенных аллелей BRCA2, ATM, PALB2, CHEK2 характерно преобладание рецептор-позитивных новообразований [18, 20–22]. Существенные различия отмечены и в отношении орган-специфических рисков. Например, кумулятивный риск развития РЯ к 80 годам для носителей BRCA1 более чем вдвое превышает аналогичный показатель для BRCA2. Для РМЖ кумулятивные риски сопоставимы (60–70 %), однако для BRCA1 пик заболеваемости приходится на более молодой возраст (медиана возраста на 5–8 лет меньше) [23, 24]. Результаты настоящего исследования согласуются с этими наблюдениями и демонстрируют довольно убедительную возрастную стратификацию частоты выявления патогенных вариантов. В группе РМЖ значимые различия в частоте мутаций BRCA1 проявлялись у пациенток до 40 лет и старше 40 лет, а BRCA2 – до 50 и старше 50 лет. У больных РЯ наблюдалась сильная ассоциация