Спектр генетических вариантов, ассоциированных с наследственным раком молочной железы и яичника, у пациенток из Республики Дагестан
Автор: Ибрагимбекова М.М., Мурачуев М.А., Янус Г.А., Буттаева Б.Н., Романько А.А., Ломакова А.Е., Белогубова Е.В., Преображенская Е.В., Семина М.В., Суспицын Е.Н., Соколенко А.П., Имянитов Е.Н.
Журнал: Сибирский онкологический журнал @siboncoj
Рубрика: Лабораторные и экспериментальные исследования
Статья в выпуске: 6 т.24, 2025 года.
Бесплатный доступ
Введение. Существенная доля пациенток с раком молочной железы (РМЖ) и раком яичников (РЯ) являются носителями мутаций в генах наследственных опухолевых синдромов. Наиболее часто наследственные формы РМЖ и РЯ связаны с дефектами генов BRCA1 и BRCA2. При этом спектр мутаций различается у представителей различных народов, отражая особенности генетического груза. Население Дагестана обладает уникальными генетическими характеристиками вследствие исторических и демографических факторов. Республика является одним из наиболее многонациональных регионов РФ, где живут представители многочисленных этнолингвистических групп (аварская, лезгинская, даргинская, лакская и др.), что позволяет предположить существование повторяющихся патогенных генетических вариантов, т.е. наличие «эффекта основателя», у представителей дагестанских народов. Цель исследовании – изучение молекулярной эпидемиологии семейного РМЖ/РЯ в Республике Дагестан. Материал и методы. В исследование включено 610 пациенток – представительниц различных народностей Республики Дагестан. Кодирующие последовательности генов BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, TP53, CHEK2, NBN, BRIP1, BARD1, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L были проанализированы методом таргетного высокопроизводительного секвенирования. Результаты. В исследованной группе наиболее частыми патогенными вариантами были BRCA1 c.66dup, c.115T>C [p.Cys39Arg], c.4709del, BRCA2 p.Gln3299Ter и c.5621_5624del. Среди других генов повторяющимся был только один патогенный аллель – CHEK2 c.817_818del [rs1474786480]. Идентифицировано несколько этноспецифических вариантов генов BRCA1 и BRCA2, доминирующих в тех или иных этнических группах Республики Дагестан: у пациенток лезгинского происхождения преобладал аллель BRCA1 с.66dup (7/12 (58 %) всех вариантов BRCA1/2 в данной этнической группе), у даргинок – BRCA1 c.4709del (4/12 (33 %)). У пациенток аварской группы выявлено несколько частых вариантов, все из которых относились к гену BRCA2: p.Gln3299Ter (8/21 (38 %) всех вариантов BRCA1/2 у аварцев), c.5621_5624del (5/21 (24 %)), p.Arg2659Lys (3/21 (14 %)). У лакцев также наблюдался founder-эффект в отношении гена BRCA2: все случаи мутаций BRCA1/2 представлены одним аллелем BRCA2 c.429del. Вариант BRCA1 p.Cys39Arg встречался у представительниц нескольких народностей: кумыков, аварцев, даргинцев. У пациенток табасаранского происхождения патогенные варианты не выявлены. Заключение. Разнообразие выявленных мутаций отражает длительные миграционные процессы и этническую уникальность дагестанских популяций.
BRCA1, BRCA2, Дагестан, наследственный рак молочной железы и яичника, эффект основателя, этноспецифические генетические варианты
Короткий адрес: https://sciup.org/140313326
IDR: 140313326 | УДК: 618.19+618.11]-006.6:575.224.2(470.67) | DOI: 10.21294/1814-4861-2025-24-6-59-69
Текст научной статьи Спектр генетических вариантов, ассоциированных с наследственным раком молочной железы и яичника, у пациенток из Республики Дагестан
На долю семейного рака молочной железы (РМЖ) и рака яичников (РЯ) приходится порядка 4–8 % случаев РМЖ и 25–30 % случаев РЯ. Выявление моногенных разновидностей РМЖ и РЯ позволяет персонализировать терапию и спланировать проведение профилактических мероприятий у клинически здоровых родственников – носителей патогенных аллелей [1]. Семейный РМЖ/РЯ представлен рядом сходных аутосомно-доминантных состояний, для которых характерен «эффект основателя» (founder effect). В большинстве регионов мира в структуре мутаций, обусловливающих развитие семейного РМЖ/РЯ, преобладают повреждения генов BRCA1/2 , хотя известны примеры founder-повреждений в иных генах, распространенных среди отдельных этнических групп (например, гипоморфные мутации в гене TP53 : p.Arg337His у бразильцев португальского происхождения и p.Arg181Cys у израильских арабов) [2].
В популяциях, характеризующихся выраженным «эффектом основателя», включая и славянское население России, большинство случаев семейного РМЖ/РЯ ассоциировано всего лишь с несколькими мутациями в генах BRCA1/2 [3–5]. Это делает возможным осуществление «ступенчатого» алгоритма диагностики: проведение дешевых и доступных ПЦР-тестов на частые мутации с последующим NGS-анализом негативных случаев. Вместе с тем, многочисленные народности неславянского этнического происхождения, населяющие Российскую Федерацию, часто практически не охарактеризованы в отношении спектра и структуры мутаций в генах BRCA1/2 и иных генах наследственного рака.
В ранее проведенном исследовании больных РМЖ/РЯ, принадлежащих к ряду народностей Северного Кавказа, выявлено несколько относительно этноспецифических генетических дефектов. Так, обнаружены патогенные аллели BRCA1, характерные для карачаевцев (c.2907_2910del) и чеченцев (c.3629_3630del). Также выявлены этноспецифические варианты BRCA2 , в частности, «кабардино-балкарский» (c.7868A>G), три «кабардинских» (c.993_994del, c.6486_6489del, c.8437G>T), «ингушский» (c.5351dup) и «осетинский» (c.6341del) [6].
В ряду прочих регионов Северного Кавказа Дагестан отличается особенно комплексным этническим составом: выделяют по меньшей мере 26 коренных народностей, населяющих этот субъект Федерации. Наиболее многочисленны (~1 млн человек) говорящие на языках аваро-андийско-цезской ветви нахско-дагестанской языковой семьи аварцы и родственные им малочисленные народности андийской (андийцы, ахвахцы, багулалы, ботлихцы, годоберинцы, каратинцы, тиндалы и чамалалы) и цезской (дидойцы, гинухцы, гун-зибцы, бежтинцы и хваршины) языковой группы. На языках нахско-дагестанской группы говорят даргинцы и малочисленные народности кайтагов и кубачинцев (~0,5 млн); лезгиноязычные народы (~0,75 млн): лезгины, лакцы, табасараны, агулы, рутульцы и цахуры; чеченцы Дагестана (~0,1 млн). К коренным жителям Дагестана относятся также тюркоязычные кумыки (~0,5 млн) и караногайцы (~0,036 млн), а также азербайджанцы Дагестана (~0,13 млн) [7].
Столь сложный этногенез связан с географическими особенностями республики, ее сложным историческим развитием, особенностями региональной культуры и политико-экономического устройства [8]. Кроме того, на популяционно-генетическое разнообразие региона оказала влияние нехарактерная для других народностей Северного Кавказа культурная черта большинства этнических групп Дагестана – эндогамия: браки обычно заключались внутри родовых объединений, тухумов [9].
Клинико-генетические работы по изучению наследственных заболеваний в Республике Дагестан скудны и часто ограничиваются описанием отдельных семейных случаев рецессивных заболеваний [10–15], имеются и случаи «эффекта основателя», затрагивающего определенные районы республики. Например, в ряде аварских сел Ботлихского района Дагестана исключительно высока частота мутации, ассоциированной с редким рецессивным нервно-мышечным заболеванием (дисферлинопа-тией) [13]. В некоторых случаях распространенность founder-аллеля выходит за пределы одной этнической группы: так, частый среди аварцев вариант в гене ARSB , ассоциированный с мукополисахаридозом VI типа, был выявлен и у одного лакского пациента [14]; распространенный в Центральной Азии вариант IVS1+1G>A (c.-23+1G>A) в гене GJB2 выявлялся как у аварских, так и у даргинских больных рецессивной нейросенсорной тугоухостью [15]. Таким образом, можно предполагать комплексную молекулярную эпидемиологию и в отношении аутосомно-доминантного семейного РМЖ/РЯ среди дагестанских больных, с отдельными региональными «очагами» распространенности founder-вариантов.
Целью исследования явилось углубленное изучение молекулярной эпидемиологии семейного РМЖ/РЯ в Республике Дагестан.
Материал и методы
В настоящее исследование включено 610 пациенток (табл. 1) с диагнозами РМЖ или РЯ, которые наблюдались в ГБУ РД «Республиканский онкологический центр» (г. Махачкала) в период с 2021 по 2025 г. Данные об этнической принадлежности и семейном онкологическом анамнезе получены из анкет пациенток. Экспрессионный подтип карцином молочной железы (рецептор-позитивный или рецептор-негативный) определялся в ходе стандартного иммуногистохимического анализа. В группу РЯ включали пациенток с верифициро-
|
Характеристика исследуемых групп РМЖ и РЯ Characteristics of the BC and OC groups |
Таблица 1/table 1 |
|
|
Параметр/Paremeter |
РМЖ (n=428)/BC (n=428) |
РЯ (n=182)/OC (n=182) |
|
Медианный возраст (диапазон)/Median age (range) 47 (22–83) |
56 (18–83) |
|
|
ЗНО1 у родственников первой линии/Cancer1 in first-degree relatives |
||
|
Да/Yes |
69 |
8 |
|
Нет/No |
261 |
41 |
|
Нет данных/No data |
98 |
133 |
|
Подтип/Subtype |
||
|
Люминальный/Luminal |
71 |
– |
|
Трижды негативный или ER-негативный/ |
||
|
Triple-negative or ER-negative |
||
|
Нет данных/No data |
219 |
– |
|
Этническая группа/Ethnic group |
||
|
Аварцы/Avars |
130 |
16 |
|
Даргинцы/Dargins |
77 |
10 |
|
Лезгины/Lezgins |
50 |
16 |
|
Кумыки/Kumyks |
75 |
6 |
|
Лакцы/Laks |
28 |
1 |
|
Табасараны/Tabasarans |
13 |
7 |
Другие или неуточненные/Other or non-specified 55 126
Notes: 1 – related to the spectrum of tumors associated with BRCA1 and BRCA2 mutations (breast, ovarian, pancreatic, prostate, or gastric cancers); created by the authors.
ванным диагнозом серозной карциномы высокой степени злокачественности.
Молекулярно-генетическое исследование проводили в лаборатории молекулярной онкологии НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова (г. Санкт-Петербург). В качестве источника ДНК использованы лейкоциты периферической крови (n=530) или гистологические образцы из архива ГБУ РД «Республиканское патологоанатомическое бюро» (г. Махачкала) (n=80). Пациентки, прошедшие очное обследование, дали информированное согласие на проведение генетического анализа. Нуклеиновые кислоты из лейкоцитов выделяли с помощью стандартной фенол-хлороформной очистки. Для экстракции ДНК из срезов парафиновых блоков использовали коммерческие наборы ExtractDNA FFPE (кат.: #BC103, Евроген). Молекулярногенетический анализ выполнялся методом таргет-ного высокопроизводительного секвенирования (NGS, next-generation sequencing). Во всех образцах были проанализированы кодирующие последовательности генов BRCA1 , BRCA2 , PALB2, ATM, TP53 . В 153 случаях дополнительно были проанализированы экзоны и экзон-интронные границы генов CHEK2, NBN, BRIP1, BARD1, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L.
Подготовку и обогащение библиотек ДНК осуществляли с использованием наборов KAPA HyperPlus Kit (Roche) по протоколу производителя. Для обогащения библиотек применяли пользовательские биотинилированные зонды (НПК
«Синтол»). Протокол пробоподготовки включал стандартные этапы: ферментативную фрагментацию ДНК, репарацию концов и полиаденилирование, лигирование адаптеров, амплификацию библиотеки и два раунда гибридизации с зондами с последующим захватом гибридных комплексов с помощью стрептавидиновых магнитных частиц. Библиотеки секвенировали на платформах NextSeq 550 (Illumina) и GenoLab M (GeneMind) в режиме парных прочтений по 150 циклов в каждую сторону. Биоинформатическая обработка проводилась в соответствии с GATK Best Practice для детекции герминальных вариантов [https://gatk.broadinstitute. org/hc/en-us/articles/360035535932-Germline-short-variant-discovery-SNPs-Indels-]. Для поиска крупных делеций/инсерций экзонов (LGR, large gene rearrangements) использовали пользовательский алгоритм на основе GATK GermlineCNVCaller [ articles/30332042623131-GermlineCNVCaller]. LGR, выявленные путем биоинформатической обработки NGS-прочтений, верифицировали методом цифровой капельной ПЦР.
Аннотацию вариантов осуществляли с использованием ресурса Annovar [https://annovar. ]; для интерпретации патогенности редких миссенс-вариантов использовали также ресурс InterVar [http://wintervar. ] – инструмент для клинической интерпретации сиквенсных вариантов на основе рекомендаций ACMG/AMP 2015.
Таблица 2/table 2
Частота патогенных вариантов BRCA1 и BRCA2 в зависимости от клинических характеристик
Frequency of BRCA1 and BRCA2 pathogenic variants depending on clinical features
|
Параметр/Paremeter |
BRCA1 |
BRCA2 |
Всего/Total |
|
РМЖ/BC (n=428) |
18 (4,2 %) |
29 (6,8 %) |
47 (11,0 %) |
|
=40 лет/=40 years (n=107) |
9 (8,4 %) |
9 (8,4 %) |
18 (16,8 %) |
|
>40 лет/> 40 years (n=321) |
9 (2,8 %) |
20 (6,2 %) |
29 (9,0 %) |
|
=50 лет/ =50 years (n=244) |
10 (4,1 %) |
25 (10,2 %) |
35 (14,3 %) |
|
>50 лет/>50 years (n=184) |
8 (4,3 %) |
4 (2,1 %) |
12 (6,5 %) |
|
Отягощенный семейный онкологический анамнез/ Family history of cancer (n=69) |
2 (2,9 %) |
9 (13,0 %) |
11 (16,0 %) |
|
Семейный онкологический анамнез не отягощен/ No cancer family history (n=261) |
11 (4,2 %) |
14 (5,4 %) |
25 (9,6 %) |
|
ER-положительный/ER-positive (n=71) |
- |
4 (5,6 %) |
4 (5,6 %) |
|
ER-отрицательный/ER-negative (n=138) |
6 (4,3 %) |
7 (5,1 %) |
13 (9,4 %) |
|
РЯ/OC (n=182) |
20 (11,0 %) |
18 (9,9 %) |
38 (20,9 %) |
|
=40 лет/=40 years (n=14) |
3 (21,4 %) |
- |
3 (21,4 %) |
|
>40 лет/>40 years (n=168) |
17 (10,1 %) |
18 (10,7 %) |
35 (20,8 %) |
|
=50 лет/=50 years (n=58) |
12 (20,7 %) |
3 (5,2 %) |
15 (25,9 %) |
|
>50 лет/>50 years (n=124) |
8 (6,5 %) |
15 (12,1 %) |
23 (18,5 %) |
|
Отягощенный семейный онкологический анамнез/ Family history of cancer (n=8) |
2 (25,0 %) |
1 (12,5 %) |
3 (37,5 %) |
|
Семейный онкологический анамнез не отягощен/ No cancer family history (n=41) |
5 (12,2 %) |
3 (7,3 %) |
8 (19,5 %) |
|
Примечание: таблица составлена авторами. |
|||
|
Note: created by the authors. |
Статистический анализ проводили с использованием программного обеспечения SPSS Statistics 26: для сравнения частот патогенных аллелей в различных клинических группах применялся критерий χ2; для сравнения среднего возраста – t-критерий для независимых выборок.
Результаты
Частоты патогенных вариантов у пациенток с РМЖ и РЯ и клинические характеристики
У больных РМЖ частота мутаций BRCA1 составила 18/428 (4,2 %), BRCA2 – 29/428 (6,8 %) (табл. 2). У пациенток с манифестацией заболевания до 50 лет частота мутаций BRCA2 была достоверно выше, чем у больных старше 50 лет (χ2=10,82, p=0,001). Для BRCA1 статистически значимые различия в частоте патогенных вариантов наблюдались у пациенток моложе и старше 40 лет (χ2=6,3, p=0,012). Отягощенный семейный онкологический анамнез ассоциировался только с носительством патогенных аллелей гена BRCA2 (χ2=4,96, p=0,03), но не BRCA1 . Мутации гена BRCA2 одинаково часто выявлялись у пациенток с эстроген-позитивными и эстроген-негативными карциномами. Напротив, все выявленные случаи BRCA1-ассоциированного РМЖ с доступными данными иммуногистохимического анализа были эстроген-негативными.
-
У больных РЯ частота мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 была сопоставимой: выявлено 20 патогенных аллелей BRCA1 (11 %) и 18 (9,9 %) –
BRCA2 . Однако их распределение у больных RЯ различных возрастных групп отличалось от РМЖ. В частности, у больных РЯ – носителей мутаций BRCA1 продемонстрирована ассоциация с более молодым возрастом манифестации заболевания (12/58 [20,7 %] vs 8/124 [6,5 %] до 50 лет и старше 50 лет соответственно; χ2=8,19, p=0,004). У носителей BRCA2 корреляций с более молодым возрастом не выявлено; у пациенток старше 50 лет частота мутаций была выше, однако этот результат был статистически недостоверным (χ2=2,13, p=0,14) (табл. 2). Средний возраст пациенток с РЯ – носителей патогенных вариантов BRCA1 был достоверно ниже возраста начала заболевания у пациенток с мутациями BRCA2 (49,5 ± 9,4 vs 57,6 ± 8,4 для BRCA1 и BRCA2 соответственно; t-критерий для независимых выборок, p=0,007).
Патогенные варианты PALB2 и ATM обнаружены у 4 пациенток с РМЖ (0,9 %); еще один вариант PALB2 был выявлен у больной РЯ. Повторяющиеся варианты не обнаружены. Анализ кодирующих последовательностей других известных РМЖ-ассоциированных генов у 153 пациенток с РМЖ (n=86) и РЯ (n=67) позволил выявить еще 8 носителей патогенных аллелей: CHEK2 (n=4), RAD51D (n=2), BARD1 (n=1), NBN (n=1).
Спектр патогенных вариантов у больных РМЖ и РЯ
Всего выявлено 98 случаев носительства патогенных вариантов исследованных генов (табл. 3). Повторяющиеся варианты (обнаруженные два и
Таблица 3/table 3
Спектр патогенных вариантов, выявленных у представителей различных этносов Дагестана Pathogenic variants observed in different ethnic groups of dagestan
|
Народность Дагестана/ Ethnic group of Dagestan |
Патогенный вариант/Pathogenic variant |
dbSNP ID |
Число носителей/ Number of carriers |
|
BRCA2 c.9895C>T [p.Gln3299Ter] |
rs1555289997 |
8 |
|
|
BRCA2 c.5621_5624del |
rs80359526 |
5 |
|
|
BRCA2 c.7976G>A [p.Arg2659Lys] |
rs80359027 |
3 |
|
|
BRCA1 c.80G>T [p.Cys27Phe] |
rs1064793052 |
2 |
|
|
Аварцы/ |
BRCA1 c.115T>C [p.Cys39Arg] |
rs80357164 |
1 |
|
Avars (n=146) |
BRCA2 c.3847_3848del |
rs80359405 |
1 |
|
BRCA2 c.7558C>T [p.Arg2520Ter] |
rs80358981 |
1 |
|
|
PALB2 c.2255_2258dup |
– |
1 |
|
|
RAD51D c.363del |
rs730881935 |
1 |
|
|
BRCA1 c.4709del |
– |
4 |
|
|
BRCA1 c.115T>C [p.Cys39Arg] |
rs80357164 |
1 |
|
|
BRCA1 c.4096+1G>A |
rs80358178 |
1 |
|
|
BRCA2 c.1796_1800del |
rs276174813 |
1 |
|
|
Даргинцы/ |
BRCA2 c.3545_3546del |
rs80359388 |
1 |
|
Dargins (n=87) |
BRCA2 c.7806-1G>C |
rs81002860 |
1 |
|
BRCA2 c.9413dup |
rs876659435 |
1 |
|
|
BRCA2 exon 1 dup |
– |
1 |
|
|
BRCA2 c.7977-1G>C |
rs81002874 |
1 |
|
|
PALB2 c.2718G>A [p.Trp906Ter] |
rs180177122 |
1 |
|
|
BRCA1 c.66dup |
rs80357783 |
7 |
|
|
BRCA2 c.7558C>T [p.Arg2520Ter] |
rs80358981 |
2 |
|
|
BRCA1 c.1462dup |
rs80357599 |
1 |
|
|
BRCA1 c.4165_4166del |
rs80357572 |
1 |
|
|
Lezgyns (n=66) |
BRCA2 c.8395del |
rs80359709 |
1 |
|
PALB2 c.2587-1G>A |
rs761214886 |
1 |
|
|
PALB2 c.3285dup |
– |
1 |
|
|
BRCA1 c.115T>C [p.Cys39Arg] |
rs80357164 |
2 |
|
|
BRCA2 c.9895C>T [p.Gln3299Ter] |
rs1555289997 |
2 |
|
|
BRCA1 c.191G>A [p.Cys64Tyr] |
rs55851803 |
1 |
|
|
Кумыки/ |
BRCA1 c.4709del |
– |
1 |
|
Kumyks (n=81) |
BRCA1 c.66dup |
rs80357783 |
1 |
|
BRCA2 c.7806-1G>C |
rs81002860 |
1 |
|
|
ATM c.5609dup |
– |
1 |
|
|
BARD1 c.2300_2301del |
rs750413473 |
1 |
|
|
BRCA2 c.429del |
rs587781945 |
3 |
|
|
Лакцы/Laks (n=29) |
RAD51D c.898C>T [p.Arg300Ter] |
rs750621215 |
1 |
|
BRCA1 c.115T>C [p.Cys39Arg] |
rs80357164 |
3 |
|
|
BRCA2 c.9895C>T [p.Gln3299Ter] |
rs1555289997 |
3 |
|
|
BRCA1 c.3629_3630del |
rs80357589 |
2 |
|
|
BRCA2 c.5586del |
– |
2 |
|
|
BRCA2 c.5621_5624del |
rs80359526 |
2 |
|
|
BRCA1 c.53T>C [p.Met18Thr] |
rs80356929 |
1 |
|
|
BRCA1 c.80G>T [p.Cys27Phe] |
rs1064793052 |
1 |
|
|
BRCA1 c.1016dup |
rs80357569 |
1 |
|
|
BRCA1 c.1462dup |
rs80357599 |
1 |
|
|
BRCA1 c.2158G>T [p.Glu720Ter] |
rs80356875 |
1 |
|
|
BRCA1 c.3604del |
rs886040150 |
1 |
|
|
Без уточнения |
BRCA1 c.4165_4166del |
rs80357572 |
1 |
|
этнической принадлежности/ |
BRCA1 c.4327C>T [p.Arg1443Ter] |
rs41293455 |
1 |
|
Non-specified (n=181) |
BRCA1 c.5073A>T |
rs80356853 |
1 |
|
BRCA1 exon 24 del |
– |
1 |
|
|
BRCA2 c.1381G>T [p.Glu461Ter] |
rs587782159 |
1 |
|
|
BRCA2 c.1813del |
rs80359306 |
2 |
|
|
BRCA2 c.2808_2811del |
rs80359351 |
1 |
|
|
BRCA2 c.7806-1G>C |
rs81002860 |
1 |
|
|
BRCA2 c.8140C>T [p.Gln2714Ter] |
rs80359058 |
1 |
|
|
BRCA2 c.8269G>T [p.Glu2757Ter] |
– |
1 |
|
|
CHEK2 c.817_818del |
rs1474786480 |
2 |
|
|
CHEK2 c.444+1G>A |
rs121908698 |
1 |
|
|
CHEK2 c.592+3A>T |
rs587782849 |
1 |
|
|
NBN c.2140C>T [p.Arg714Ter] |
rs730881864 |
1 |
|
|
Примечание: таблица составлена авторами. |
Note: created by the authors.
более раза в изучаемой выборке) составили 67/98 (68 %); при этом рекуррентные аллели преобладали как среди мутаций BRCA1 (76 % всех вариантов), так и BRCA2 (76 %). Наиболее распространенными патогенными вариантами BRCA1 являлись аллели с.66dup, c.115T>C [p.Cys39Arg], c.4709del; BRCA2 – p.Gln3299Ter, c.5621_5624del. Среди других генов повторяющимся был только один патогенный вариант – CHEK2 c.817_818del [rs1474786480]. Для некоторых вариантов была продемонстрирована выраженная этническая специфичность. В частности, у пациенток лезгинского происхождения преобладал аллель BRCA1 с.66dup (7/12 (58 %) всех вариантов BRCA1/2 в данной этнической группе), у даргинок – BRCA1 c.4709del (4/12 (33 %)). У пациенток аварской группы выявлено несколько частых вариантов, все они относились к гену BRCA2 : p.Gln3299Ter (8/21 (38 %) всех вариантов BRCA1/2 у аварцев), c.5621_5624del (5/21 (24 %)), p.Arg2659Lys (3/21 (14 %)). У лакцев также наблюдался founder-эффект в отношении гена BRCA2 : все случаи мутаций BRCA1/2 были представлены одним аллелем BRCA2 c.429del. Один из относительно частых вариантов BRCA1 , p.Cys39Arg, встречался у представительниц нескольких народностей: кумыков, аварцев, даргинцев. У пациенток табасаранского происхождения патогенные варианты не выявлены.
Обсуждение
Настоящее исследование представляет собой первый систематический анализ спектра патогенных аллелей генов BRCA1 и BRCA2 у представительниц наиболее многочисленных этнических групп Дагестана. В результате тестирования случаев РМЖ и РЯ мы выявили несколько этноспе-цифических founder-аллелей. Для гена BRCA1 это «лезгинский» (c.66dup) и «даргинский» (c.4709del) аллели. Вариант BRCA1 c.66dup встречается у пациенток из Северной Европы (Нидерланды, Бельгия), а также в Пакистане, но, учитывая, что население этих стран не имеет генетического или этнолингвистического родства с лезгинами, можно предположить независимое происхождение этой мутации в изучаемой группе [16]. «Даргинский» вариант ранее не описан в литературе и отсутствует в популяционных базах данных. В аварской выборке, напротив, отмечен выраженный founder-эффект для патогенных аллелей гена BRCA2: доминирующими аллелями являются c.5621_5624del, p.Arg2659Lys и p.Gln3299Ter, в совокупности составляющие 70 % всех выявленных в этой группе патогенных вариантов. Транкирующий вариант p.Gln3299Ter ранее описан у чеченских пациенток [6]. Кроме того, в ходе работы дважды обнаружен аллель BRCA1 c.3629_3630del, также известный как «чеченский» founder-вариант [6]. Эти наблюдения, по-видимому, отражают определенное родство народов, говорящих на языках нахско- дагестанской семьи. У пациенток лакской группы также выявлен повторяющийся вариант BRCA2 c.429del, обнаруженный у трех из четырех пациенток – носительниц РМЖ/РЯ-ассоциированных вариантов. У кумыков в спектре повреждений преобладают варианты BRCA1, в частности ги-поморфные миссенс-варианты в RING-домене – p.Cys39Arg и p.Cys64Tyr. У пациенток-табасаранок (лезгиноязычный этнос) патогенные варианты не выявлены, что, однако, может быть связано с малочисленностью исследованной группы. Стоит отметить, что в отличие от некоторых других народностей, проживающих на Северном Кавказе, для представителей дагестанских этносов не характерна циркуляция частых «славянских» аллелей BRCA1 [17]. Вклад крупных перестроек (LGR, large gene rearrangement) в спектр мутаций также относительно низок: обнаружено всего два случая носительства этих повреждений, по одному в каждом из генов BRCA1 и BRCA2.
В данной работе идентифицировано 12 случаев носительства патогенных вариантов других известных РМЖ-ассоциированных генов, среди которых повторяющимся был только один вариант CHEK2 c.817_818del. Еще один вариант CHEK2 , выявленный в данном исследовании, c.592+3A>T, по нашим наблюдениям, распространен у разных народов Северного Кавказа (данные не опубликованы). Частота патогенных аллелей PALB2 в группе РМЖ составила 0,7 %, что сравнимо с исследованием распространенности мутаций в этом гене у представительниц славянского этноса [18].
Ограничением настоящего исследования является отсутствие точных данных об этнической принадлежности значительной части пациенток с РЯ, что обусловлено особенностями формирования выборки: большинство образцов были получены из архива Республиканского патологоанатомического бюро без полных клинико-демографических данных. Кроме того, интерпретацию полученных результатов осложняет вариабельная пенетрантность мутаций в различных доменах генов BRCA1/2 в отношении рисков развития РМЖ и РЯ [19, 20]. Это может влиять на наблюдаемый спектр мутаций в зависимости от численного состава исследуемых групп, клинических характеристик включенных пациенток и пропорционального соотношения РМЖ и РЯ в каждой этнической группе. Тем не менее самые частые аллели, персистенция которых наблюдается в Дагестане, в нашем исследовании встречались как у пациенток с РМЖ, так и с РЯ, без заметного преобладания в той или иной группе.
Этническая специфика спектра патогенных аллелей генов предрасположенности к РМЖ/ РЯ может определять особенности клинических проявлений заболевания. Многочисленные исследования демонстрируют четкую связь между генетическим статусом и молекулярнобиологическими характеристиками опухолей. Так, известно, что BRCA1-ассоциированные карциномы молочной железы в подавляющем большинстве являются трижды негативными, в то время как для носителей патогенных аллелей BRCA2, ATM, PALB2, CHEK2 характерно преобладание рецептор-позитивных новообразований [18, 20–22]. Существенные различия отмечены и в отношении орган-специфических рисков. Например, кумулятивный риск развития РЯ к 80 годам для носителей BRCA1 более чем вдвое превышает аналогичный показатель для BRCA2. Для РМЖ кумулятивные риски сопоставимы (60–70 %), однако для BRCA1 пик заболеваемости приходится на более молодой возраст (медиана возраста на 5–8 лет меньше) [23, 24]. Результаты настоящего исследования согласуются с этими наблюдениями и демонстрируют довольно убедительную возрастную стратификацию частоты выявления патогенных вариантов. В группе РМЖ значимые различия в частоте мутаций BRCA1 проявлялись у пациенток до 40 лет и старше 40 лет, а BRCA2 – до 50 и старше 50 лет. У больных РЯ наблюдалась сильная ассоциация