Тестирование праймеров, сконструированных для детекции генов а-субъединицы бифенил-2,3-диоксигеназы бактерий, выделенных из загрязненных почв
Автор: Шумкова Е.С., Плотникова Е.Г.
Журнал: Вестник Пермского университета. Серия: Биология @vestnik-psu-bio
Рубрика: Генетика
Статья в выпуске: 3, 2013 года.
Бесплатный доступ
Проведены эксперименты по тестированию праймеров, сконструированных для скрининга генов bphAl (кодирующих а- субъединицы бифенил 2,3-диоксигеназы), на ДНК-матрице грам-положительных и грамотрицательных бактерий-деструкторов бифенила. Амплифицированы участки генов bphAl, соответствующие кластеру Риске бифенил 2,3-диоксигеназы. Для амплификации более протяженного участка гена bphAl, включающего фрагменты, кодирующие кластер Риске и активный центр фермента, прямые (forvard) праймеры были также использованы в комбинации с обратным (reverse) праймером, предложенным S. Iwai с соавторами [2010]. У исследуемых бактерий были выявлены bphAl гены, сходные с bphAl генами бактерий Rhodococcus sp. HA99 (AB272986) и R04 (DQ403247), существенно отличающиеся от известных генов, кодирующих а-субъединицы подсемейства бифенил/толуол диоксигеназ. Выявлена пара праймеров, оптимальная для скрининга генов bphAl, кодирующих а-субъедини-цы бифенил 2,3-диоксигеназ разных подсемейств.
Полихлорированные бифенилы (пхб), а-субъединица бифенил 2, а-subunit of biphenyl 2, 3-диоксигеназы, терии, вырожденные праймеры, тестирование праймеров, гены bphal
Короткий адрес: https://sciup.org/147204650
IDR: 147204650
Список литературы Тестирование праймеров, сконструированных для детекции генов а-субъединицы бифенил-2,3-диоксигеназы бактерий, выделенных из загрязненных почв
- Егорова Д.О. и др. Разложение хлорированных бифенилов и продуктов их биоконверсии штаммом Rhodococcus sp. В7а//Прикладная биохимия и микробиология. 2010. Т. 46, № 6. С. 644-650.
- Егорова Д.О. и др. Деструкция ароматических углеводородов штаммом Rhodococcus wratislaviensis KT112-7, выделенным из отходов соледобывающего предприятия//Прикладная биохимия и микробиология. 2013. Т. 49, № 3. С. 267-278.
- Плотникова Е.Г. и др. Особенности разложения 4-хлорбифенила и 4-хлорбензойной кислоты штаммом Rhodococcus ruber P25//Микробиология. 2012. Т. 81, № 2. С. 159-170.
- Шумкова Е.С. и др. Молекулярно-биологическая характеристика бактерий-деструкторов бифенила и идентификация генов а-субъединицы бифенил 2,3-диоксигеназы//Микробиология. 2014. № 1.
- Шумкова Е.С., Плотникова Е.Г. Олионуклеотидные праймеры для детекции генов, кодирующих большую субъединицу бифенил 2,3-диок-сигеназы, бактерий порядка Actinomycetales//Вестник Пермского университета. Серия: Биология. 2012. Вып. 1. С. 34-40.
- Ausbel F.M. et al. Short protocols in molecular biology. Third edition. N.Y.: John Wiley and Sons, 1995. 450 p.
- Gibson D.T., Parales R.E. Aromatic hydrocarbon dioxygenases in environmental biotechnology//Curr. Opin. Biotechnol. 2000. Vol. 11. P. 236-243.
- Iwai S. et al. Gene-targeted-metagenomics reveals extensive diversity of aromatic dioxygenase genes in the environment//ISME J. 2010. Vol. 4, № 2. P. 279-285.
- Pieper D.H. Aerobic degradation of polychlorinated biphenyls//Appl. Microbiol. Biotech. 2005. Vol. 67. P. 170-191.
- Ross G. The public health implications of polychlorinated biphenyls (PCBs) in the environment//Rev. Ecotox. Environ. Safety. 2004. Vol. 59. P. 275-291.
- Witzig R. et al. Assessment of toluene/biphenyl dioxygenase gene diversity in benzene-polluted soils: links between benzene biodegradation and genes similar to those encoding isopropylbenzene dioxygenases//Appl. Environ. Microbiol. 2006. Vol. 72, № 5. P. 3504-3514.
