Трудности и перспективы диагностики наследственных синдромов РЯ и РМЖ в Российской Федерации на примере татарского этноса

Введение. Рак молочной железы (РМЖ) занимает 1 место в структуре злокачественных новообразований (ЗНО) у женщин (20,9% всех опухолей у женщин в Российской Федерации (РФ) в 2013 г.). Из всех случаев РМЖ от 5 до 10% являются наследственными, а из всех случаев рака яичников (РЯ) от 10 до 17% являются наследственными

Наследственный рак молочной железы, так же как и рак яичников, обусловлены мутациями генов BRCA1, BRCA2, CHEK2, TP53 и PTEN [8].

Однако оказалось, что спектр мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 исключительно широк. В настоящее время в мире известно более 1000 мутаций в генах BRCA1 и BRCA2. Это обстоятельно значительно затрудняет диагностику клинически важных мутаций BRCA1–2.

Распространенность мутаций генов BRCA1 и BRCA2 (founder-мутаций) значительно варьирует в зависимости от принадлежности к этническим группам и географическому региону. У некоторых народов они встречаются чаще чем у других, поэтому используется понятие «эффект основателя» (found-effect). Found effect передается из поколения в поколение, специфичен для некоторых этнических групп и используется для определения генетического родства народов.

Материалы и методы. Методом секвенирования нового поколения (NGS) были проанализированы гены у 24 четырех пациенток с наследственным РМЖ. В генетический анализ вошли как гены BRCA1 и BRC2, так и основные гены систем репараций: CHEK1, CHEK2, ATM, FANCI, FANCL, PALB2, RAD51B, RAD51C, RAD54L, RAD51D,, CHEK2, CDK12, FANCJ/ BRIP1, PPP2R2A, BARD1, XRCC3.

Критерии влечения были следующими: молодой возраст возникновения РМЖ (до 40 лет), отягощенный семейный анамнез (наличии одного и более РМЖ или РЯ у родственниц первой или второй линии родства), самоидентификация больных к татарскому этносу (не менее чем в двух поколениях в роду все родственники должны принадлежать к татарскому этносу). ДНК из лейкоцитов периферической крови выделялось с помощью набора NucleoSpin tussue kit (Macherey Nagel). Подготовка библиотек для секвенирования осуществлялась с помощью NimblGen SepCapEZ Choice (Roche). Секвенирование проводилось на приборе Illumina Miseq. Картирование прочтений на референсную последовательность генома человека (hg19) проводилось при помощи алгоритма BWA-MEM, качество выравнивания, обогащения и покрытия целевых регионов проверялось с помощью BAMQC и NGSrich.

Поиск нуклеотидных вариаций выполнялся GATKметодом UnifiedGenotyper. Полученный VCF-файл обрабатывался с помощью программы SnpSift (глубина прочтения > 10) и аннотировался с помощью SnpEff (анализ всех транскриптов), ANNOVAR (анализ частот аллелей в ExAC, 1000G и ESP6500, алгоритмы проверки функциональной значимости SIFT, PolyPhen2, MutationTaster, FATMM, CADD, DANN, Eigen) и Alamut Batch (влияние на сплайсинг, базы данных ClinVar, HGMD Professional).

Результаты. Полученные результаты секвенирования 24 пациенток с наследственным РМЖ можно разделить на три группы.

В первой группе (описанных в литературе патогенных мутаций) можно отнести выявление трех мутаций в гене BRCA1 и одной в гене BRCA2 (BRCA1 c.5161C>T, p.Q1721, BRCA1 c.5263_5264insC, p.Gln1756fs, BRCA1 c.181T>G, p.C61G, BRCA2 – c.468dupT, p.D156fs).

К второй группе патогенных мутаций по предсказательным программам можно отнести 2 мутации в гене BRCA2(BRCA2 c.3689C>T p.S1230F, BRCA2 c.5744C>T p.T1915I).

Третью группу результатов представляют патогенные мутации в генах систем репараций (FANCL c.1010T>C, p.Leu337Ser, PALB2 c.1099_1100insATTA, p.T367fs).

• № 4, Special Edition 1 – 2016 г. (21) • MALIGNANT TUMOURS 253