Выбор подхода при идентификации почвенных коккоидных зеленых микроводорослей (Trebouxiophyceae, Chlorophyta)
Автор: Темралеева А.Д., Москаленко С.В., Портная Е.А.
Журнал: Бюллетень Почвенного института им. В.В. Докучаева @byulleten-esoil
Статья в выпуске: 93, 2018 года.
Бесплатный доступ
Описываются морфологический и молекулярно-генетический подходы, использованные при идентификации зеленых микроводорослей класса Trebouxiophyceae из коллекции ACSSI. В бурой полупустынной и каштановой почвах были обнаружены водоросли Muriella terrestris, в погребенной лугово-каштановой почве - Edaphochlorella mirabilis. Еще 3 штамма являются новыми неописанными таксонами: ACSSI 014 - новый вид рода Watanabea, изолированный из серой лесной почвы и имеющий пиреноид с крахмальной обверткой в отличии от типового вида, и ACSSI 104 и 144 - Nannochloris-подобный род, представители которого найдены в солонце и каштановой почве и обладают скудными морфологическими признаками. Показано, что ни один критерий в отдельности: морфологический или иной признак, вычисление генетических дистанций, анализ и сравнение вторичной структуры ITS2, поиск компенсаторных замен и молекулярных подписей - не позволяет надежно классифицировать таксоны. В связи с чем необходимо использовать полифазный подход в систематике водорослей, особенно при идентификации таксонов с простой клеточной морфологией, которые часто встречаются в почвах.
Дистанции, молекулярные подписи, 18s ррнк, вторичная структура its2
Короткий адрес: https://sciup.org/143161886
IDR: 143161886 | DOI: 10.19047/0136-1694-2018-93-105-120
Список литературы Выбор подхода при идентификации почвенных коккоидных зеленых микроводорослей (Trebouxiophyceae, Chlorophyta)
- Андреева В.М. Почвенные и аэрофильные зеленые водоросли (Chlorophyta: Tetrasporales, Chlorococcales, Chlorosarcinales). СПб.: Наука, 1998. 351 с.
- Голлербах М.М., Штина Э.А. Почвенные водоросли. Л.: Наука, 1969. 228 с.
- Дарвин Ч. Происхождение видов путем естественного отбора. Л.: Наука, 1991. 539 с.
- Классификация и диагностика почв СССР. М.: Колос, 1977. 224 с.
- Штина Э.А., Зенова Г.М., Манучарова Н.А. Альгологический мониторинг почв//Почвоведение. 1998. № 12. С.1449-1461.
- Barcyte D., Hodac L., Nedbalová L. Lunachloris lukesovae gen. et sp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta), a novel coccoid green alga isolated from soil in South Bohemia, Czech Republic//European J. of Phycology. 2017. V. 52. No. 3. P. 281-291
- Buchheim M.A., Keller A., Koetschan C. et al. Internal transcribed spacer 2 (nu ITS2 rRNA) sequence-structure phylogenetics: to-wards an automated reconstruction of the green algal tree of life//PLoS ONE. 2011. V. 6. No. 2. P. e16931.
- Byun Y., Han K. PseudoViewer3: generating planar draw-ings of large-scale RNA structures with pseudoknots//Bioinformatics. 2009. V. 25. P. 1435-1437.
- Caisová L., Marin B., Melkonian M. A Consensus Secondary Structure of ITS2 in the Chlorophyta Identified by Phylogenetic Reconstruction//Protist. 2013. V. 164. P. 482-496.
- Coleman A.W. Pan-eukaryote ITS2 homologies revealed by RNA secondary structure//Nucleic Acids Res. 2007. V. 35. P. 3322-3329.
- Darienko T., Gustavs L., Mudimu O., Menendez C.R., Schumann R., Karsten U., Friedl T., Proschold T. Chloroidium, a common terrestrial coccoid green alga previously assigned to Chlo-rella (Trebouxiophyceae, Chlorophyta)//European J. of Phycology. 2010. V. 45. No. 1. P. 79-95.
- Darienko T., Gustavs L., Pröschold T. Species concept and nomenclatural changes within the genera Elliptochloris and Pseudochlorella (Trebouxiophyceae) based on an integrative approach//J. Phycol. 2016. V. 52. P. 1125-1145 DOI: 10.1111/jpy.12481
- Fucíková K., Lewis P.O., Lewis L.A. Widespread desert affiliation of trebouxiophycean algae (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) including discovery of three new desert genera//Phycol. Res. 2014. V. 62. No. 4. P. 294-305.
- Guiry M.D., Guiry G.M. AlgaeBase//World-wide electronic publication, National University of Ireland, Galway. 2018. URL: http://www.algaebase.org (searched on 19 March 2018)
- Henley W.J., Hironaka J.L., Guillou L., Buchheim M.A., Buchheim J.A., Fawley M.W., Fawley K.P. Picochlorum oklahomensis gen. et sp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta)//Phycologia. 2004. V. 43. P. 641-652.
- Katana A., Kwiatowski J., Spalik K., Zakryś B., Szalacha E., Szymańska H. Phylogenetic position of Koliella (Chlorophyta) as inferred from nuclear and chloroplast small subunit rDNA//J. Phycol. 2001. V. 37. No. 3. P. 443-451.
- Keller A., Schleicher T., Förster F., Ruderisch B., Dandekar T., Müller T., Wolf M. ITS2 data corroborate a monophyletic chlorophycean DO-group (Sphaeropleales)//BMC Evol Biol. 2008. V. 8. P. 218 DOI: 10.1186/1471-2148-8-218
- Krienitz L., Bock C., Dadheech P.K., Proschold T. Taxonomic reassessment of the genus Mychonastes (Chlorophyceae, Chlorophyta) including the description of eight new species//Phycologia. 2011. V. 50. No. 1. P. 89-106.
- Neustupa J., Nemcová Y., Eliéas M., Skaloud P. Kalinella bambusicola gen. etsp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta), a novel coccoid Chlorella-like subaerial alga from Southeast Asia//Phycological Research. 2009. V. 57. No. 3. P. 159-169.
- Neustupa J., Nemcová Y., Veselá J., Steinová J., Skaloud P. Parachloroidium gen. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta), a novel genus of coccoid green algae from subaerial corticolous biofilms//Phycologia. 2013. V. 52. No. 5. P. 411-421.
- Seibel P.N., Muller T., Dandekar T., Schultz J., Wolf M. 4SALE -A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing//BMC Bioinformatics. 2006. V. 7. P. 498.
- Somogyi B., Felfoldi T., Solymosi K., Makk J., Homonnay Z.G., Horváth G., Turcsi E., Boddi B., Márialigeti K., Voros L. Chloroparva pannonicagen. et sp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) -a new picoplanktonic green alga from a turbid, shallow soda pan//Phycologia. 2011. V. 50. No. 1. P. 1-10.
- Song H.Y., Zhang Q., Liu G.X., Hu Z.Y. Polulichloris henanensis gen. et sp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta), a novel subaerial coccoid green alga//Phytotaxa. 2015. V. 218. No. 2. P. 137-146.
- Temraleeva A.D., Moskalenko S.V., El’tsov M.V., Vagapov I.M., Ovchinnikov A.Yu., Gugalinskaya L.A., Alifanov V.M., Pinskii D.L. Stability and morphological and molecular-genetic identification of al-gae in buried soils//Eurasian Soil Science. 2017. V. 50. No. 8. P. 952-960 DOI: 10.1134/S1064229317080129
- White T.J., Bruns T., Lee S., Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics//PCR Protocols. San Diego: Acad. Press,1990. Pt. 3. P. 315-322.
- Zhang J., Huss V.A.R., Sun X., Chang K., Pang D. Morphology and phylogenetic position of a trebouxiophycean green alga (Chlorophyta) growing on the rubber tree, Hevea brasiliensis, with the description of a new genus and species//European J. Phycology. 2008. V. 43. No. 2. P. 185-193.
