Анализ кишечной микробиоты африканского сома (Clarias gariepinus)
Автор: Скворцова Е.Г., Филинская О.В., Бушкарева А.С., Мостофина А.В.
Статья в выпуске: 4 т.256, 2023 года.
Бесплатный доступ
Целью данной работы явился анализ состава микробного сообщества желудочно-кишечного тракта молоди и взрослых рыб вида Clarias gariepinus с помощью технологии секвенирования на Illumina MiSeq. Результаты анализа показали, что в кишечнике всеядных сомов преобладающими типами являются Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria и Fusobacteria. Доля неидентифицированных сиквенсов составила в первой группе 9,1±3.53, во второй 67,7±8,69 %. Доля типа Bacteroidetes в обеих группах была представлена в достаточно небольшом количестве (менее 2 %). Четыре минорные филы были представлены как у мелких, так и у крупных сомов (Cyanobacteria, Verrucomicrobia, Spirochaetes и Thermi). Представители же ещё семи бактериальных типов встречались у единичных особей (Planctomycetes, Chlorobi, Synergistetes и Gemmatimonadetes - у представителей первой группы; Thermotogae, Nitrospirae и Tenericutes - только у второй).
Африканский сом, аквакультура, кишечная микробиота, филотипы
Короткий адрес: https://sciup.org/142239877
IDR: 142239877 | DOI: 10.31588/2413_4201_1883_4_256_249
Список литературы Анализ кишечной микробиоты африканского сома (Clarias gariepinus)
- Белькова, Н. Л. Исследование микробиома кишечника малой голомянки Comephorus dybowski Korotneff, 1904 / Н. Л. Белькова, Н. Н. Деникина, Е. В. Дзюба // Известия Российской академии наук. Серия биологическая. – 2015. – № 5. – С. 544-551.
- Зуенко, В. А. Влияние кормового пробиотика на основе бактерий Bacillus subtilis на пищеварение рыб при садковом выращивании / В. А. Зуенко, К. С. Лактионов, И. В. Правдин, Л. З. Кравцова, Н. А. Ушакова // Вопросы ихтиологии. – 2017. – Т. 57. – № 1. – С. 112-117.
- Дзюба, Е. В. Исследование кишечных микробиомов голомянок (Cottoidei, Comephoridae) озера Байкал / Е. В. Дзюба, Н. Л. Белькова, Н. Н. Деникина // Известия Российской академии наук. Серия биологическая. – 2016. – № 6. – С. 658-662.
- Зуенко, В. А. Повышение продуктивности рыбоводческих хозяйств за счет использования биологически активных кормовых добавок (на примере использования пробиотика на основе бактерий Bacillus sybtillis при выращивании карпа и стерляди в садковых хозяйствах Орловской области) / В. А. Зуенко // Достижения вузовской науки 2018: сборник статей II Международного научно-исследовательского конкурса: в 2 ч., Пенза, 05 мая 2018 года. Том Часть 1. – Пенза: «Наука и Просвещение» (ИП Гуляев Г.Ю.). –2018. – С. 28-35.
- Скворцова, Е. Г. Исследование микробиомов кишечника стерляди Acipenser ruthenus, выращенной в условиях аквакультуры / Е. Г. Скворцова, О. В. Филинская, Д. В. Микряков // Сборник тезисов Всероссийской школы-конференции «Сохранение и преумножение генетических ресурсов микроорганизмов». – Москва: Издательство Перо, 2023. – С. 54.
- Сергалиев, Н. Х. Структура микробиома в установках замкнутого водоснабжения и их связь с возникновением инфекционной патологии осетровых рыб / Н. Х. Сергалиев, М. Г. Какишев, И. Н. Залялов, Н. С. Гинаятов, Ф. Х. Нуржанова // Ученые записки Казанской государственнойакадемии ветеринарной медицины им. Н.Э. Баумана. – 2020. – Т. 243. – № 3. – С. 237-244.
- Razak, S. A. Ecological and Ontogenetic Components of Larval Lake Sturgeon Gut Microbiota Assembly, Successional Dynamics, and Ecological Evaluation of Neutral Community Processes / S. A. Razak, K. T. Scribner // Applied and Environmental Microbiology. – 2020. – № 86 (10). – P. 1-17. doi: 10.1128/AEM.02662-19.
- Bacanu, G. M. Differences in the gut microbiota between wild and domestic Acipenser ruthenus evaluated by denaturing gradient gel electrophoresis / G. M. Bacanu, L. Oprea // Rom Biotechnol Lett. – 2013. – V. 18. – № 2. – P. 8069–8076. doi: 10.7717/peerj.12992.
- Betiku, O. C. Water system is a controlling variable modulating bacterial diversity of gastrointestinal tract and performance in rainbow trout / O. C. Betiku, C. J. Yeoman, T. G. Gaylord, B. Americus, S.Olivo, G. C. Duff, W. M. Sealey // PLoS ONE. – 2018. – № 13(4). – P. 1-20. doi.org/10.1371/journal.pone.0195967.
- Ikeda-Ohtsubo, W. How Can We Define «Optimal Microbiota?»: A Comparative Review of Structure and Functions of Microbiota of Animals, Fish, and Plants in Agriculture / W. Ikeda-Ohtsubo, S. Brugman, C. H. Warden, J. M. J. Rebel, G. Folkerts, C. M. J. Pieterse // Front Nutr. – 2018. – № 5:90. – P. 1–18. doi: 10.3389/fnut.2018.00090.
- Ou, W. Recent progress in the understanding of the gut microbiota of marine fishes / W. Ou, G. Yu, Y. Zhang, K. Mai // Mar Life Sci Technol. – 2021. – № 3(4). – P. 434-448. doi: 10.1007/s42995-021-00094-y.
- Sullam, K. E. Environmental and ecological factors that shape the gut bacterial communities of fish: a meta-analysis / K. E. Sullam, S. D. Essinger, C. A. Lozupone, M. P. O'Connor, G. L. Rosen, R. Knight, S. S. Kilham, J. A. Russell // MolEcol. – 2012. – № 21(13). – P. 3363-3378. doi: 10.1111/j.1365-294X.2012.05552.x.
- Yajima, D. Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics / D. Yajima, H. Fujita, I. Hayashi, G. Shima, K. Suzuki, H. Toju // Microbiome. 2023. – №11(53). – P. 1-15. doi: 10.1186/s40168-023-01498-x.
