Библиотека реализации ассоциативных вычислений на графических ускорителях Custar: представление данных для задач биоинформатики
Автор: Снытникова Т.В.
Журнал: Проблемы информатики @problem-info
Рубрика: Прикладные информационные технологии
Статья в выпуске: 1 (58), 2023 года.
Бесплатный доступ
Система cuSTAR разработана для реализации ассоциативных алгоритмов на GPU. Известно, что ассоциативные вычисления дают преимущество в решении проблем, для которых характерны поисковые запросы по большому объему неструктурированных данных. К такой проблеме относится и обработка геномов. С одной стороны, необходимо обрабатывать большие объемы данных. С другой стороны, различные задачи обработки последовательностей ДНК сводятся к сравнению двух последовательностей нуклеотидов. В этой работе мы рассмотрим используемые представления последовательностей нуклеотидов и их кодировку для использования системой cuSTAR.
Ассоциативные параллельные алгоритмы, биоинформатика
Короткий адрес: https://sciup.org/143180837
IDR: 143180837 | DOI: 10.24412/2073-0667-2023-1-60-68
Список литературы Библиотека реализации ассоциативных вычислений на графических ускорителях Custar: представление данных для задач биоинформатики
- Snytnikova T. V., Nepomniaschaya A. Sh. Reshenie zadach na grafah s pomoshch'yu STAR- mashiny, realizuemoj na graficheskih uskoritelyah // Prikladnaya diskretnaya matematika. 2016. Vol. 3 (33). P. 98-115.
- Snvtnikova T. V. Realizaciva modeli associativnvh vvchislenii na gpu: biblioteka bazovvh procedur vazvka star. // Vvchislitel'nve metodv i programmirovanie. Novve vvchislitel'nve tekhnologii. 2018. Vol. 19. P. 85-95.
- Compeau Ph., Pevzner P. A., Tesler G. How to apply de Bruijn graphs to genome assembly. // Nature Biotechnology. 2011. Vol. 29(11). P. 987-991. EDN: XYRWSU
