Биосистемная самоорганизация и фрактальная структура частотно-таксономических профилей микробиоты кишечника бройлеров под влиянием кормовых пробиотиков

Автор: Воробьев Н.И., Егоров И.А., Кочиш И.И., Никонов И.Н., Ленкова Т.Н.

Журнал: Сельскохозяйственная биология @agrobiology

Рубрика: Методы исследований

Статья в выпуске: 2 т.56, 2021 года.

Бесплатный доступ

В статье приводятся теоретические и эмпирические данные о влиянии пробиотиков на биоконсолидацию микробиоты кишечника бройлеров кросса Смена. Результаты таких исследований могут быть использованы для повышения качества и объемов мясной продукции при крупномасштабном производстве. Пробиотики использовались для улучшения усвояемости кормов и ускорения развития птицы. Для стимуляции процессов трансформации растительных субстратов в кишечнике птиц вместо антибиотиков применяли пробиотики. Пробиотики содержали бактерии Lactobacillus plantarum и Lactobacillus fermentum. Цель исследования заключалась в разработке методики фрактального анализа частотно-таксономических профилей оперативно-таксономических единиц (ОТЕ) микробиоты кишечника у птиц. С использованием фрактальной методики вычислялся индекс биоконсолидации кишечной микробиты, который характеризует биосистемную самоорганизацию микрофлоры и эффективность биохимических преобразований растительных субстратов в кишечнике птицы. В опыте исследовалась микрофлора у одной контрольной и двух опытных групп птицы. Профили ОТЕ были получены молекулярно-генетическим методом NGS (Next Generation Sequencing). Понятие элементарного фрактала ОТЕ было принято в качестве ключевого для фрактального анализа профилей ОТЕ. Элементарный фрактал ОТЕ - это три ОТЕ, частоты которых образуют геометрическую числовую последовательность, например {0,5; 0,25; 0,125}. Профили ОТЕ могут содержать несколько элементарных фракталов ОТЕ, объединенных в один более крупный мегафрактал ОТЕ. Мы предполагаем, что если увеличивается число ОТЕ, объединенных в мегафрактал ОТЕ, то эффективнее и в больших масштабах осуществляются биохимические преобразования растительного субстрата и макроорганизм получает больше питательных веществ. Поэтому индекс биоконсолидации микробиоты бройлеров мы определяем, как отношение числа ОТЕ в составе мегафрактала ОТЕ к общему числу ОТЕ в профилях ОТЕ. Для выделения элементарных фракталов ОТЕ использовались фрактальные портреты профилей ОТЕ. Идентификация элементарных ОТЕ фракталов осуществлялась по линейному расположению трех изображений ОТЕ на фрактальных портретах. Фрактальный анализ подтвердил, что бактериальные пробиотики увеличивают биоконсолидацию микробиоты в кишечнике птиц. Индекс биоконсолидации микробиоты у птиц из опытных групп (0,82…0,86) был выше, чем у контрольной группы (0,55). По результатам фрактального анализа не рекомендован к применению пробиотик № 1 (с Lactobacillus plantarum) и рекомендован к применению пробиотик № 2 (с Lactobacillus fermentum).

Еще

Частотно-таксономический профиль, фрактальный портрет, микробиота кишечника, индекс биосистемной консолидации микробиоты, бройлеры, кормовые пробиотики

Короткий адрес: https://sciup.org/142229485

IDR: 142229485   |   DOI: 10.15389/agrobiology.2021.2.400rus

Список литературы Биосистемная самоорганизация и фрактальная структура частотно-таксономических профилей микробиоты кишечника бройлеров под влиянием кормовых пробиотиков

  • Torok V.A., Hughes R.J., Mikkelsen L.L., Perez-Maldonado R., Balding K., MacAlpine R., Percy N.J., Ophel-Keller K. Identification and characterization of potential performance-related gut microbiotas in broiler chickens across various feeding trials. Applied and Environmental Microbiology, 2011, 77(17): 5868-5878 (doi: 10.1128/AEM.00165-11).
  • Sun H., Tang J.-W., Yao X.-H., Wu Y.-F., Wang X., Feng J. Effects of dietary inclusion of fermented cottonseed meal on growth, cecal microbial population, small intestinal morphology, and digestive enzyme activity of broilers. Trop. Anim. Health Prod., 2013, 45: 987-993 (doi: 10.1007/s11250-012-0322-y).
  • Stanley D., Denman S.E., Hughes R.J., Geier M.S., Crowley T.M., Chen H., Haring V.R., Moore R.J. Intestinal microbiota associated with differential feed conversion efficiency in chickens. Appl. Microbiol. Biotechnol, 2012, 96: 1361-1369 (doi: 10.1007/s00253-011-3847-5).
  • Brisbin J.T., Gong J., Orouji S., Esufali J., Mallick A.I., Parvizi P., Shewen P.E., Sharif S. Oral treatment of chickens with lactobacilli influences elicitation of immune responses. Clin. Vaccine Immunol., 2011, 18(9): 1447-1455 (doi: 10.1128/CVI.05100-11).
  • Biggs P., Parsons C.M., Fahey G.C. The effects of several oligosaccharides on growth performance, nutrient digestibilities, and cecal microbial populations in young chicks. Poultry Science, 2007, 86(11): 2327-2336 (doi: 10.3382/ps.2007-00427).
  • Chichlowski M., Croom J., McBride B.W., Daniel L., Davis G., Koci M.D. Direct-fed microbial PrimaLac and Salinomycin modulate whole-body and intestinal oxygen consumption and intestinal mucosal cytokine production in the broiler chick. Poultry Science, 2007, 86(6): 1100-1106 (doi: 10.1093/ps/86.6.1100).
  • Peng W.-X., Marchal J.L.M., van der Poel A.F.B. Strategies to prevent and reduce mycotoxins for compound feed manufacturing. Animal Feed Science and Technology, 2018, 237: 129-153 (doi: 10.1016/j.anifeedsci.2018.01.017).
  • Stanley D., Hughes R.G., Moore R. Microbiota of chicken gastrointestinal tract: influence on health productivity and disease. Applied Microbiology and Biotechnology, 2014, 98(10): 4301-4310 (doi: 10.1007/s00253-014-5646-2).
  • Surai P.F. Polyphenol compounds in the chicken/animal diet: from the past to the future. Journal of Animal Physiology and Animal Nutrition, 2014, 98(1): 19-31 (doi: 10.1111/jpn.12070).
  • Yang Ch., Chowdhury M.A.K., Hou Y., Gong J. Phytogenic compounds as alternatives to in-feed antibiotics: potentials and challenges in application. Pathogens, 2015, 4(1): 137-156 (doi: 10.3390/pathogens4010137).
  • Jamroz D., Wiliczkiewicz A., Wertelecki T., Orda J., Skorupinska J. Use of active substances of plant origin in chicken diets based on maize and locally grown cereals. British Poultry Science, 2005, 46(4): 485-493 (doi: 10.1080/00071660500191056).
  • Воробьев Н.И., Свиридова О.В., Попов А.А., Русакова И.В., Петров В.Б. Граф-анализ генно-метаболических сетей микроорганизмов, трансформирующих растительные остатки в гумусовые вещества. Сельскохозяйственная биология, 2011, 3: 88-93.
  • Фисинин В.И., Ильина Л.А., Йылдырым Е.А., Никонов И.Н., Филиппова В.А., Лаптев Г.Ю., Новикова Н.И., Грозина А.А., Ленкова Т.Н., Манукян В.А., Егоров И.А. Бактериальное сообщество слепых отростков кишечнике цыплят-бройлеров на фоне питательных рационов различный структуры. Микробиология, 2016, 85(4): 472-480 (doi: 10.7868/S0026365616040054).
  • Li J., Hao H., Cheng G., Liu C., Ahmed S., Shabbir M.A.B., Hussain H.I., Dai M., Yuan Z. Microbial shifts in the intestinal microbiota of Salmonella infected chickens in response to en-rofloxacin. Frontiers in Microbiology, 2017, 8: 1711 (doi: 10.3389/fmicb.2017.01711).
  • Wei S., Morrison M., Yu Z. Bacterial census of poultry intestinal microbiome. Poultry Science, 2013, 92(3): 671-683 (doi: 10.3382/ps.2012-02822).
  • Pielsticker C., Glbnder G., Rautenschlein S. Colonization properties of Campylobacter jejuni in chickens. European Journal of Microbiology and Immunology, 2012, 2(1): 61-65 (doi: 10.1556/EuJMI.2.2012.1.9).
  • Lan Y., Verstegen M.W.A., Tamminga S., Williams B.A. The role of the commensal gut microbial community in broiler chickens. World's Poultry Science Journal, 2005, 61(1): 95-104 (doi: 10.1079/WPS200445).
  • Wang Y., Sun J., Zhong H., Li N., Xu H., Zhu Q., Liu Y. Effect of probiotics on the meat flavour and gut microbiota of chicken. Scientific Reports, 2017, 7: 6400 (doi: 10.1038/s41598-017-06677-z).
  • Lu J., Idris U., Harmon B., Hofacre C., Maurer J.J., Lee M.D. Diversity and succession of the intestinal bacterial community of the maturing broiler chicken. Applied and Environmental Microbiology, 2003, 69(11): 6816-6824 (doi: 10.1128/AEM.69.11.6816-6824.2003).
  • Liao N., Yin Y., Sun G., Xiang C., Liu D., Yu H.D., Wang X. Colonization and distribution of segmented filamentous bacteria (SFB) in chicken gastrointestinal tract and their relationship with host immunity. FEMS Microbiology Ecology, 2012, 81(2): 395-406 (doi: 10.1111/j.1574-6941.2012.01362.x).
  • Bjerrum L., Engberg R.M., Leser T.D., Jensen B.B., Finster K., Pedersen K. Microbial community composition of the ileum and cecum of broiler chickens as revealed by molecular and cellular-based techniques. Poultry Science, 2006, 85(7): 1151-1164 (doi: 10.1093/ps/85.7.1151).
  • Louis P., Young P., Holtrop G., Flint H.J. Diversity of human colonic butyrate-producing bacteria revealed by analysis of the butyryl-CoA:acetate CoA-transferase gene. Environmental Microbiology, 2010, 12(2): 304-314 (doi: 10.1111/j.1462-2920.2009.02066.x).
  • Niba A.T., Beal J.D., Kudi A.C., Brooks P.H. Bacterial fermentation in the gastrointestinal tract of non-ruminants: influence of fermented feeds and fermentable carbohydrates. Tropical Animal Health and Production, 2009, 41(7): 1393-1407 (doi: 10.1007/s11250-009-9327-6).
  • Богатых Б.А. Фрактальная природа живого: системное исследование биологической эволюции и природа сознания. М., 2012.
  • Шредер М. (фракталы, хаос, степенные ряды. Ижевск, 2001.
  • Ильина Л.А., Йылдырым Е.А., Никонов И.Н., Филиппова В.А., Лаптев Г.Ю., Новикова Н.И., Грозина А.А., Ленкова Т.Н., Манукян В.А., Фисинин В.И., Егоров И.А. Таксономическое разнообразие микробиома слепых отростков кишечника у цыплят-бройлеров и его изменение под влиянием комбикормов с подсолнечным шротом и сниженной обменной энергией. Сельскохозяйственная биология, 2015, 50(6): 817-824 (doi: 10.15389/agrobiology.2015.6.817rus).
  • Свиридова О.В., Воробьев Н.И., Проворов Н.А., Орлова О.В., Русакова И.В., Андронов Е.Е., Пищик В.Н., Попов А.А., Круглов Ю.В. Выравнивание почвенных условий для развития растений при деструкции растительных остатков микробными препаратами. Сельскохозяйственная биология, 2016, 51(5): 664-672 (doi: 10.15389/agrobiology.2016.5.664rus).
  • Орлова О.В., Андронов Е.Е., Воробьев Н.И., Колодяжный А.Ю., Москалевская Ю.П., Патыка Н.В., Свиридова О.В. Состав и функционирование микробного сообщества при разложении соломы злаковых культур в дерново-подзолистой почве. Сельскохозяйственная биология, 2015, 50(3): 305-314 (doi: 10.15389/agrobiology.2015.3.305rus).
Еще
Статья научная