Цифровое моделирование природно-ландшафтных комплексов по данным, полученным с помощью беспилотных летательных аппаратов
Автор: Кабонен А.В., Ольхин Ю.В.
Журнал: Лесохозяйственная информация @forestry-information
Рубрика: Дистанционные методы в лесном хозяйстве
Статья в выпуске: 3, 2020 года.
Бесплатный доступ
В статье представлено исследование арборетума Ботанического сада Петрозаводского государственного университета, основанное на применении беспилотного летательного аппарата и цифрового трехмерного компьютерного моделирования. Созданы реалистичные 3D-модели местности исследования в момент безлистного состояния и в период интенсивного роста биомассы. Выявлена возможность способа определения высоты и диаметра кроны деревьев с использованием цифровых моделей местности с погрешностью, не превышающей точность позиционирования дрона. Аналогичный подход цифровизации биологических данных показан на примере создания 3D-моделей отдельных древесных растений.
Биомоделирование, цифровая модель местности, ортофотоплан, беспилотные летательные аппараты, аэрофотосъемка, фотограмметрия, объемно-пространственная структура, ботанический сад, арборетум, инвентаризация, картография
Короткий адрес: https://sciup.org/143172985
IDR: 143172985 | DOI: 10.24419/LHI.2304-3083.2020.3.09
Текст научной статьи Цифровое моделирование природно-ландшафтных комплексов по данным, полученным с помощью беспилотных летательных аппаратов
сетевой журн. – 2020. – № 3. – С. 101–110. URL:
Традиционные методические подходы к изучению природно-ландшафтных комплексов требуют инновационных изменений. В настоящее время существует возможность исследования растений и насаждений в естественной среде с максимальной детализацией и точностью, благодаря развитию методов оцифровки растений с помощью лазерного сканирования и аэрофотосъемки с беспилотных летательных аппаратов (БПЛА), на основе создания 3D-моделей объектов исследований. Методы лазерного сканирования широко применяют для описания биомассы и структуры экосистем [1], они способствуют значительному прогрессу в разработке теорий формирования архитектоники конкретного дерева и структуры леса [2], а также обеспечивают точные и быстрые возможности моделирования роста деревьев и насаждений для оценки развития биомассы [3].
Реалистичное 3D-моделирование ландшафтов леса является современной технологией анализа множественных характеристик растений (например, высоты и диаметра кроны) [4]. С учетом данных характеристик определяются таксационные показатели насаждений, а также создаются модели прогноза их роста и развития. В настоящее время в России преобладают классические методики определения высоты и диаметра кроны деревьев при проведении полевых измерений с применением, как правило, высотомеров и мерных рулеток. Исследования растений с использованием методов оцифровки, основанные на применении лазерного сканирования [4], немногочисленны. Вероятно, это связано с дороговизной лазерного оборудования. В настоящее время в качестве альтернативы лазерному сканированию может быть предложено проведение аэрофотосъемки с применением БПЛА с последующей фотограмметрической обработкой полученных данных [5]. Однако достоверность и возможная погрешность данного метода при измерении высоты и диаметра крон деревьев не установлена.
Данный метод можно применять не только для лесных насаждений, но и для любых природно-ландшафтных комплексов. Например, таким образом целесообразно исследовать территории ботанических садов. Полученные данные могут быть использованы в целях повышения точности картографии, при дешифрировании и определении характеристик растительности, а также для визуализации и проектирования реконструкции территорий на основе анализа цифровых моделей местности (ЦММ). Арборетумы ботанических садов характеризуются разнообразием древесной растительности, акклиматизация и интродукция которых нуждается в постоянном изучении. Для научных исследований, мониторинга, планирования реконструкции и хозяйственных мероприятий в этих насаждениях необходимо иметь максимально точные планы размещения растений и актуальные сведения об их объемно-пространственной структуре. При анализе объемно-пространственной структуры необходимой составляющей является ее визуализация в цифровом трехмерном виде, что представляет собой сложную задачу из-за неоднородной структуры крон разных видов растений.
Задачи картографирования и дешифрирования решаются путем создания геоинформа-ционных систем с использованием электронных планов посадок [6–8], космических снимков [9], спутниковых карт Goggle и др. [10]. Однако информативность планов размещения растений в таких геоинформационных системах не даёт полного представления о пространственном расположении растений относительно друг друга и о GPS-координатах отдельных растений. Точность размещения растений на таких планах не отвечает запросам картографирования коллекций в ботанических садах и аналогичных объектах из-за высокой плотности, большого количества высаженных растений и произрастания их под пологом деревьев.
Не является исключением и арборетум Ботанического сада Петрозаводского государственного университета (ПетрГУ), коллекция которого создавалась одновременно с закладкой сада в 1951 г. В основу размещения коллекции был положен географический принцип [11]: на площади 5 га создано 3 отдела – европейской, азиатской и американской флоры. Пространственное размещение коллекции не изменилось до наших дней. На момент исследования точного плана размещения коллекции арборетума и цифровой модели его объемно-пространственной структуры не существовало.
Цель нашей работы заключалась в создании сезонных цифровых 3D-моделей объемно-пространственной структуры коллекции арборетума Ботанического сада ПетрГУ с использованием данных, полученных с помощью беспилотного летательного аппарата, а также в определении погрешности при измерениях высоты и диаметра крон деревьев на таких цифровых моделях.
Объекты и методы исследований
Исследование проведено в 2019 г. на территории арборетума Ботанического сада ПетрГУ (южная Карелия). На площади 5 га дважды была выполнена аэрофотосъемка с помощью БПЛА: первая – в период безлистного состояния растений в начале апреля, вторая – в период интенсивного роста листвы в конце мая. Кратность аэрофотосъемки обусловлена необходимостью фотофиксации растений, находящихся под пологом широколиственных деревьев, с одной стороны, и выявлении развития биомассы – с другой.
Для аэрофотосъемки использовали квадрокоптер Phantom 4 pro plus со стандартным оборудованием на борту, камерой (матрица камеры: 1’CMOS; число эффективных пикселей: 20 млн; разрешение полученных аэроснимков: 4 096 x 2 160) и спутниковыми системами позиционирования GPS и ГЛОНАСС – точность позиционирования в вертикальной плоскости: ±0,1 м (система визуального позиционирования), ±0,5 м (позиционирование по спутникам); в горизонтальной плоскости: ± 0,3 м (система визуального позиционирования), ±1,5 м (позиционирование по спутникам). В рамках данного исследования погрешность точности позиционирования снимков для последующей обработки рассматривалась как не превышающая заявленные характеристики БПЛА.
Для построения маршрута полета БПЛА использовано приложение Pix4DCapture, реализующее автоматизированный полет дрона с фотофиксацией по заранее запланированным маршруту, высоте и режиму полета (в данном случае режим полета DOUBLE GRID For 3D-models с высотой 45 м при съемке в безлистном состоянии и высотой 80 м при съемке в период роста биомассы). Так как территория съемки не имела прямоугольную форму, ее разделили на 2 граничащих участка маршрута полета. Изображения территории, не относящиеся к части арборетума, после съемки удаляли.
Полученные данные обрабатывали в программе Agisoft Metashape Professional Version 1.5.4, в которой реализована автоматизированная технология создания 3D-моделей высокого качества на основе цифровых снимков. Алгоритм обработки данных включал реализацию предлагаемого в руководстве пользователя решения (выравнивание снимков, построение плотного облака точек, построение текстурированной и тайловой моделей, карты высот и ортофотоплана). Отдельные растения фотографировали цифровым фотоаппаратом Сanon 650d со стандартным объективом. Процесс создания моделей отдельных растений был аналогичен обработке по созданию ЦММ.
С целью установления полного таксономического состава коллекции арборетума в сентябре 2019 г. была проведена ее инвентаризация в полевых условиях. Годы посадок растений были взяты в системе для регистрации коллекционных фондов ботанических садов «Калипсо» [12]. Для проверки достоверности способа определения высоты и диаметра кроны по ЦММ в полевых условиях данные характеристики дополнительно измеряли с помощью электронного высотомера Haglof и мерной рулетки.
Результаты и обсуждение
В результате инвентаризации территории арборетума выявлено 913 коллекционных растений, общее количество древесно-кустарниковых
Год посадки

Рис. 1. Формирование коллекции арборетума Ботанического сада ПетрГУ с 1951 по 2018 г.

Рис. 2. Снимок части арборетума с БПЛА, высота полета дрона 75 м:
1 – массив Abies balsamea (L.) Mill.,
2 – Pinus strobus L., 3 – Populus tremula
L. в период облиствения, 4 – Sorbus aucuparia L. в период облиствения, 5 – Larix sibirica Ledeb., 6 – Picea glauca (Moench) Voss, 7 – Picea glauca (Moench) Voss в неудовлетворительном состоянии, 8 – Thuja occidentalis L.
видов составило 136. Возраст большинства растений – более 40 лет. На основе времени посадки растений была установлена этапность формирования коллекции арборетума. Линия тренда на рис. 1 указывает на ее постоянное и постепенное пополнение. Первый этап формирования коллекции пришелся на год закладки сада (1951), за этот год было высажено 235 сохранившихся до наших дней растений. В ходе следующего этапа (до 1962 г.) было высажено еще 234 растения, с 1962 до 1972 г. – 208, с 1972 до 1992 г. – 104, с 1992 по 2018 г. – 132 растения.
Зная размещение каждого растения и год его посадки, можно восстановить и проанализировать объемно-пространственную структуру территории в разные периоды формирования коллекции, несмотря на отсутствие старых планов посадок и цифровых данных о внешнем виде арборетума в прошлом. Данный способ может быть использован в разработке цифровых проектов восстановления памятников ландшафтного искусства, реконструкции ландшафтных объектов и при создании исторических стилизаций садов и парков [13].
В результате аэрофотосъемки было получено 974 снимка территории арборетума в безлистном состоянии и 230 снимков при съемке в момент роста биомассы. Полученные изображения (рис. 2) дают возможность идентифицировать растения, определить их количество и состояние, проводить дешифрирование, устанавливать видовую принадлежность, отмечать фенологические фазы и морфологические особенности. Все материалы аэрофотосъемки подверглись автоматизированной компьютерной обработке для построения ортофотоплана и цифровых моделей местности.
В результате обработки данных в программе Agisoft Metashape получены следующие характеристики проекта съемки в безлистном состоянии: связующие точки – 620 020 точек; карта глубины – 964, низкое качество, мягкая фильтрация; плотное облако – 321 893 906 точек, высокое качество; модель – 471 129 полигонов; тайловая модель - 9 уровней; карта высот - 23 000 x 29 156; ортофотоплан - 39 053 x 42 104, с разрешением 9,58 мм/пикс.
Ортофотоплан территории арборетума был экспортирован в формат tiff. Разрешение составило 9 364 x 10 096 пикселей при объёме памяти 215 МБ. Созданный ортофотоплан, благодаря наличию GPS-координат аэрофотоснимков и алгоритмов работы программы Agisoft Metashape, автоматически привязывался к системе координат WGS-84 с погрешностью, приблизительно равной точности позиционирования дрона. Привязка ортофотоплана к системе координат позволила получить координаты каждого растения на местности с незначительными отклонениями (менее ±1 м), что достаточно для точечного картирования деревьев и их последующего поиска с использованием GPS-навигаторов. Все выявленные в ходе проведения инвентаризации коллекционные растения (913 шт.) детально просматриваются на ортофотоплане, что актуализировало его применение в существующей геоинформационной системе сада с элементами точечного картирования растений и позволило создать максимально точный план размещения всей коллекции (рис. 3). В северной части на ортофотоплане располагается сектор азиатской и сибирской флоры арборетума, в центральной, южной и юго-западной частях – сектор европейской флоры, в юго-восточной части – сектор североамериканской флоры.
С целью анализа и визуализации объемно-пространственной структуры арборетума были созданы цифровые модели местности для двух периодов. Текстурированная модель безлистного состояния имеет реалистичный вид (рис. 4), однако на ней, из-за отсутствия зеленой биомассы на лиственных деревьях, не просматриваются их кроны и стволы (в режиме плотного облака у лиственных деревьев стволы присутствуют).
В период интенсивного роста биомассы (рис. 5) для всех лиственных деревьев и поверхности земли характерно наличие зелени. Появление пустот в цифровой модели местности связано с недостаточным количеством аэроснимков на некоторых участках объекта съемки и сложностью ветвления растительности. Тем не менее на ЦММ можно увидеть развитие биомассы,

Масштаб: 1:381,3
Рис. 3. Ортофотоплан коллекции арборетума Ботанического сада ПетрГУ в период безлистного состояния растений: 1 – сектор европейской флоры, 2 – сектор североамериканской флоры, 3 – сектор азиатской и сибирской флоры

Рис. 4. Цифровая модель местности арборетума в безлистном состоянии
(режим просмотра – текстурированная модель)
определить количество и точное расположение растений, измерить высоту и диаметр кроны, оценить объемно-пространственную структуру и рельеф арборетума с разных ракурсов, определить площадь открытых и закрытых пространств

Рис. 5. Цифровая модель местности арборетума в период интенсивного роста биомассы (режим просмотра – плотное облако точек)
и идентифицировать отдельные виды растений. С помощью современных программ по редактированию 3D-моделей можно удалить часть ЦММ или внести в нее новые данные для создания реалистичной визуализации работ по реконструкции территории.
На ЦММ в программе Agisoft Metashape с помощью инструмента «линейка» были установлены высота и диаметр кроны растений. Для определения точности метода измерения их результаты сравнивали с данными полевых измерений, выполненных классическими методами и приборами. Установлено, что погрешность определения характеристик высоты и диаметра кроны на ЦММ не превышает заявленной точности позиционирования дрона. В ряде случаев значения соответствовали полевым данным. Таким образом, метод определения высоты и диаметра крон деревьев на ЦММ является приемлемым для проведения инвентаризации природно-ландшафтных комплексов.
Для метода формирования цифровых моделей местности на основе фотограмметрии и материалов аэрофотосъемки характерен недостаточно реалистичный вид растений, что не позволяет детально рассматривать их структуру, отдельные побеги и другие части. С целью решения данной проблемы с помощью метода фотограмметрии были созданы цифровые 3D-модели некоторых видов, сортов и форм древесных растений Ботанического сада ПетрГУ (рис. 6). На 3D-моделях детально просматривается форма растений, отдельные побеги и хвоя. Перспективным направлением развития гео-информационных систем ботанических садов и природно-ландшафтных комплексов является использование 3D-моделей отдельных растений, интегрированных с ЦММ.
В программе Agisoft Metashape доступна автоматизированная загрузка данных на интернет-платформу для просмотра 3D-моделей Sketchfab. Результаты загрузки созданных 3D-моделей арборетума и отдельных растений доступны по ссылке: alexkabonen/models.
При наличии качественного оборудования и грамотном проведении аэрофотосъемки создание цифровых моделей местности на основе аэроснимков является современной

Рис. 6. 3D-модели отдельных растений Ботанического сада ПетрГУ:
1 – Picea orientalis ‘Golden Start’, 2 – Picea abies ‘Tompa’, 3 – Chamaecyparis lawsoniana ‘Sunkist’
альтернативой лазерному сканированию местности и позволяет определять часть биометрических показателей растений, а также визуализировать сложившуюся объемно-пространственную структуру объекта. Такие материалы служат хорошей основой для проектирования мероприятий по организации пространства природно-ландшафтных комплексов.
Выводы
В результате исследования решены следующие задачи:
-
1. Показана динамика формирования коллекции арборетума Ботанического сада ПетрГУ с 1951 по 2018 г., насчитывающей в настоящее время 136 видов, представленных 913 растениями.
-
2. Создан ортофотоплан территории ар-боретума с GPS-координатами каждого растения, отображающий точное пространственное
-
3. Созданы цифровые модели местности территории арборетума в безлистном состоянии и в момент интенсивного роста биомассы, которые демонстрируют объемно-пространственную структуру арборетума. При создании ЦММ важно учитывать наличие биомассы.
-
4. Установлена погрешность способа определения высоты и диаметра крон деревьев на ЦММ, не превышающая заявленные характеристики использованного БПЛА.
-
5. Впервые созданы реалистичные 3D-мо-дели отдельных растений в естественной среде обитания с помощью метода фотограмметрии.
размещение коллекции арборетума, который можно перенести в существующую геоинформа-ционную систему.
В дальнейшем результаты исследования будут использованы для 3D-моделирования ар-боретума Ботанического сада ПетрГУ в разные периоды формирования его структуры с учетом года посадки и динамики развития растений на протяжении всего существования арборетума.
Исследование выполнено при финансовой поддержке РФФИ в рамках научного проекта № 20-316-90044.
Список литературы Цифровое моделирование природно-ландшафтных комплексов по данным, полученным с помощью беспилотных летательных аппаратов
- Burt, A.P. New 3D-measurements of forest structure: Ph.D. thesis / A.P. Burt. - UCL (University College London), 2017.
- Estimating architecture-based metabolic scaling exponents of tropical trees using terrestrial LiDAR and 3D modelling / А. Lau Sarmiento, С. Martius, Н. Bartholomeus, А. Shenkin, Т. Jackson, Ya. Malhi, М. Herold, L. Bentley // Forest Ecologyand Management.- 439. - 132-145. - DOI: 10.1016/j.foreco.2019.02.019
- Fast Automatic Precision Tree Models from Terrestrial Laser Scanner Data / Р. Raumonen, М. Kaasalainen, М. Akerblom, S. Kaasalainen, Н. Kaartinen, М. Vastaranta, М. Holopainen, M. Disney and Р. Lewis // RemoteSensing. - 2013. - 5(2). - Р. 491-520.
- Ткачева, А.А. Моделирование трехмерных сцен лесных участков по данным лазерного сканирования и аэрофотоснимкам / А.А. Ткачева, М.Н. Фаворская // Информационно-управляющие системы. - 2015. - Вып. 6 (79). - С. 40-49.
- Кабонен, А.В. Дешифрирование форм и морфологических особенностей древесных растений на снимках, полученных с помощью беспилотных летательных аппаратов / А.В. Кабонен, Ю.В. Ольхин // Экосистемы. - 2019. - Вып. 20 (50). - С. 197-202.
- Котенко, Ю.В. Проведение работ по картографированию ландшафтного дендрария в Ставропольском ботаническом саду им. В.В. Скрипчинского / Ю.В. Котенко // Hortus Вotanicus. - 2016. - Т. 11. - С. 198-203.
- Инвентаризация и точечное картирование древесных растений в европейском и американском секторах арборетума Ботанического сада Петрозаводского государственного университета / А.В. Еглачева, В.И. Андросова, М.А. Шредерс, Т.Н. Чернышева, А.Ю. Королева // Hortus Вotanicus. - 2015. - Т. 10. - С. 294-302.
- Ольхин, Ю.В. Разработка геоинформационной системы объекта ландшафтной архитектуры на примере парка Ямка города Петрозаводска / Ю.В. Ольхин, А.В. Кабонен // Экосистемы. - 2016. - Вып. 6 (36). - С. 46-50.
- Компоненты информационного пространства ботанического сада. Геоинформационная система Ботанического сада ПетрГУ / А.А. Прохоров, Е.А. Платонова, М.А. Шредерс, В.В. Тарасенко, В.В. Андрюсенко, В.В. Куликова // Hortus Вotanicus. - Т. 8. - 2013. - С. 66-74.
- Кабонен, А.В. Веб-геоинформационная система Ботанического сада Петрозаводского государственного университета [Электронный ресурс] / А.В. Кабонен, В.В. Андрюсенко // Hortus Вotanicus. - Т. 13. - Петрозаводск, 2018. - С. 356-360. - Режим доступа: https://hb.karelia.ru.
- 50-летняя история Ботанического сада Петрозаводского государственного университета [Электронный ресурс] / А.С. Лантратова,E.Ф. Марковская, E.Л. Обухова, E.A. Платонова, А.А. Прохоров // Hortus Вotanicus. - Т. 1. - Петрозаводск, 2001. - С. 9-18. - Режим доступа: https://hb.karelia.ru.
- Прохоров, А.А. Использование системы "Калипсо" для регистрации коллекционных фондов ботанических садов и гербариев [Электронный ресурс] /А.А. Прохоров, М.И. Нестеренко// Hortus Вotanicus. - Т. 1. - 2001. - С. 69-77. - Режим доступа: https://hb.karelia.ru.
- Ольхин, Ю.В. 3d моделирование исторического ландшафтно-архитектурного объекта на примере Петровского сада г. Петрозаводска [Электронный ресурс]/ Ю.В. Ольхин // Политематический сетевой электронный научный журнал КубГАУ. - 2017. - № 03(127). - Режим доступа: http://ej.kubagro.ru.