Дизайн системы олигонуклеотидов и оптимизация условий амплификации ECF-генов бактерий рода Salinicola семейства Halomonadaсеае
Автор: Ананьина Л.Н., Шестакова Е.А., Пьянкова А.А., Плотникова Е.Г.
Журнал: Вестник Пермского университета. Серия: Биология @vestnik-psu-bio
Рубрика: Микробиология
Статья в выпуске: 3, 2017 года.
Бесплатный доступ
Осуществлен поиск нуклеотидных последовательностей ес/-оперона бактерий сем. Halomonadaceae в публичной базе данных Национального центра биотехнологической информации (США) (bttps://www.ncbi.rdm.nrhgov). Анализ выравненных 33 нуклеотидных последовательностей представителей родов Salinicola, Halomonas, Chromohalobacter, Kushneria, Cobetia и Halotalea позволил обнаружить консервативные области. К ним была разработана система олигонуклеотидных праймеров для амплификации фрагмента ес/-оперона, включающего гены: ес/А, кодирующий Ь-2,4-диаминобутир-атацетилтрансферазу, и ectB, детерминирующий Ь-2,4-диаминобутиратаминотрансферазу. Экспериментально подобраны условия полимеразной цепной реакции и состав ПЦР-смеси для амплификации участка ес/-оперона на ДНК матрице бактерий рода Salinicola.
Олигонуклеотиды, ес/-гены, полимеразная цепная реакция
Короткий адрес: https://sciup.org/147204838
IDR: 147204838
Список литературы Дизайн системы олигонуклеотидов и оптимизация условий амплификации ECF-генов бактерий рода Salinicola семейства Halomonadaсеае
- Ананьина Л.Н. и др. Salinicola socius gen. nov., sp. nov. -новая умеренно галофильная бактерия из ассоциации микроорганизмов, утилизирующей нафталин//Микробиология. 2007. Т. 76, № 3. С. 369-376.
- Ананьина Л.Н, Плотникова Е.Г. Новая система олигонуклеотидов для амплификации ес/-генов бактерий семейства Halomonadaceae II Вестник Уральской медицинской академической науки. 2011. Т. 4, № 1. С. 17.
- Патрушев Л.Н. Искусственные генетические системы. Т. 1: Генная белковая инженерия. М.: Наука, 2004. 526 с.
- Aguilera М. et al. Chromohalobacter salarius sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from a solar saltern in Cabo de Gata, Almeria, southern Spain//Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. Vol. 57. P. 1238-1242.
- Cai L. et al. Comparative genomics study of polyhy-droxyalkanoates (PHA) and ectoine relevant genes from Halomonas sp. TD01 revealed extensive horizontal gene transfer events and co-evolutionary relationships//Microb. Cell Fact. 2011. Vol. 10. P. 1-15. URL: http://www.microbialcellfactories.eom/content/10/l/8 8.
- Calderon M.I. et al. Complex regulation of the synthesis of the compatible solute ectoine in the halophilic bacterium Chromohalobacter salexigens DSM 3043T//Microbiology. 2004. Vol. 150. P. 3051-3063.
- de la Haba R.R. et al. Taxonomic study of the genus Salinicola: transfer of Halomonas salaria and Chromohalobacter salarius to the genus Salinicola as Salinicola salarius comb. nov. and Salinicola halophilus nom. nov., respectively//Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010. Vol. 60. P. 963-971.
- Designing PCR primers and probes URL: https://eu. idtdna. com/pages/decoded/decoded-articles/pipettips/decoded/2013/10/21/designing-pcr-primers-and-probes.
- Huo Y.-Y. et al. Salinicola peritrichatus sp. nov., isolated from deep-sea sediment//Antonie van Leeuwenhoek. 2013. Vol. 104. P. 55-62.
- Kim K.K. et al. Halomonas gomseomensis sp. nov., Halomonas janggokensis sp. nov., Halomonas salaria sp. nov. and Halomonas denitrificans sp. nov., moderately halophilic bacteria isolated from saline water//Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. Vol. 57. P. 675-681.
- Kuhlmann A.U., Bremer E. Osmotically regulated synthesis of the compatible solute ectoine in Bacillus pasteurii and related Bacillus spp.//Appl. Environ. Microbiol. 2002. Vol. 68, № 2. P. 772-783.
- Lepcha R.T. et al., Comparative 16S rRNA signatures and multilocus sequence analysis for the genus Salinicola and description of Salinicola acroporae sp. nov., isolated from coralAcropora digitiferall Antonie van Leeuwenhoek. 2015. Vol. 108. P. 59-73.
- Okamoto T. et al. Comparative phylogenetic analyses of Halomonas variabilis and related organisms based on 16S rRNA, gyrB and ectBC gene sequences//Syst. Appl. Microbiol. 2004. Vol. 27, № 3. P. 323-333.
- Olsson B.E. et al. Draft genome sequences of strains Salinicola socius SMB35T, Salinicola sp. MH3R3-1 and Chromohalobacter sp. SMB17 from the Verkhnekamsk potash mining region of Russia//Stand. Genomic. Sci. 2017. Vol. 19. P. 1-13. DOI 10.1186/s40793-017-0251-5.
- Ono H. et al. Characterization of biosynfhetic enzymes for ectoine as a compatible solute in a moderately halophilic eubacterium, Halomonas elongate II J. Bacteriol. 1999. Vol. 181. P. 91-99.
- Pastor J.M. et al. Role of central metabolism in the osmoadaptation of the halophilic bacterium Chromohalobacter salexigens II J. Biol. Chem. 2013. Vol. 288, № 24. P. 17769-17781.
- Raj и К. et al. Salinicola rhizosphaerae sp. nov., isolated from the rhizosphere of the mangrove Avicennia marina II Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2016. Vol. 66. P. 1074-1079.
- Raymond R.L. Microbial oxidation of n-paraffinic hydrocarbons//Develop. Ind. Microbiol. 1961. Vol. 2. P. 23-32.
- Schwibbert K. et al. A blueprint of ectoine metabolism from the genome of the industrial producer Halomonas elongata DSM 2581T//Environ. Microbiol. 2011. Vol. 13. P. 1973-1994.
- Versalovic J. et al. Genomic fingerprinting of bacteria using repetitive sequence-based polymerase chain reaction//Meth. Cell. Mol. Biol. 1994. Vol. 5. P. 25-40.
