Генетические нарушения при рецидивирующих гемобластозах: потеря гетерозиготности, однородительская дисомия и ее прогностическое значение

Материалы и методы. Был проведен анализ STR-профилей у 46 пациентов (27 ОМЛ, 17 ОЛЛ (4 B-ОЛЛ, 8 T-ОЛЛ, 5 Ph+ ОЛЛ), 2 острых лейкоза смешанного фенотипа)после алло-ТГСК в период между 2012 и 2018 гг на базе ФГБУ «НМИЦ гематологии»,Москва. Пациенты были разделены на две группы:«без рецидива в анамнезе» (26 пациентов: 16 ОМЛ, 4 Ph+ ОЛЛ 3 B-ОЛЛ, 2 T-ОЛЛ, 1 острый лейкоз смешанного фенотипа)и группа пациентов с костномозговыми рецидивами или рецидивами центральной нервной системы (20 больных: 9 ОМЛ, 10 ОЛЛ, 1 острый лейкоз смешанного фенотипа). У 40 больных образцы ДНК были выделены из костного мозга в момент диагностики заболе-вания,у 6пациентов «дебютных» образцов не было,так как этим больным индукционную терапию проводили в других медицинских учреждениях. У всех больных с костномозговым рецидивом ДНК выделялась из костного мозга при нейрорецидиве — из спинномозговой жидкости. Содержание бластных клеток в образцах костного мозга и спинномозговой жидкости определялось морфологически и цитогенетически. Контрольные образцы ДНК были выделены из костного мозга тех же пациентов в стадии ремиссии. STR-профили оценивали проводя ПЦР с использованием мультиплексного набора COrDIS Plus (Gordiz Ltd, Россия) с последующим фрагментным анализом на генетическом анализаторе ABI3130. Обработка данных была выполнена с использованием программного обеспечения GeneMapper v.4–0. Частота встречаемости гетерозигот для STR-локусов D3S1358, TH01, D12S391, D1S1656 D10S1248, D22S1045, D2S441, D7S820, D13S317 FGA, TPOX, D18S51, D16S539, D8S1179, CSW118 D8S11S, D8S11S, D8S11S, D33S, D5S, D11S, D5S D11S, D5S, D11S была исследована на когорте пациентов НМИЦ гематологии и их доноров,по 120 человек в каждой. Хромосомный микрома-тричный анализ (ХМА) высокого разрешения на платформе Affimetrix CytoscanTM HD был выполнен для подтверждения ПГ и оценки изменений копийности в геноме. Обработку данных осуществляли с использованием п/о GENOSCAN3000, версия для сборки генома hg19 GRCh37 Genome Reference Consortium Human Reference 37, https://genome. ucsc. edu/.

Результаты . Высокая гетерозиготность (от 70 % до 95 %) исследуемых локусов STR была установлена в предварительном эксперименте. В группе «без рецидивов» ПГ по локусам STR в бластах была выявлена у трех пациентов (11,5 %): у двух с ОМЛ и у одного пациента с T-ОЛЛ. Во второй группе ПГ в STR-локусах была выявлена у 10 пациентов из 20, и дополнительно у трех пациентов ПГ была определена

V Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «ГЕНЕТИКА ОПУХОЛЕЙ КРОВЕТВОРНОЙ СИСТЕМЫ —

ОТДИАГНОСТИКИ К ТЕРАПИИ»

Санкт-Петербург 26–27 апреля 2019 г.

с помощью ХМА (65 %): 5 пациентов с ОМЛ,7 ОЛЛ и один пациент с острым лейкозом смешанного фенотипа. Для всех пациентов этой группы с ПГ в дебюте этот же паттерн подтверждался в рецидиве. У одной пациентки с B-ОЛЛ в дебютной опухолевой ДНК была установлена ПГ в 10 из 15 гетерозиготных локусов этот же STR-профиль с ПГ воспроизводился в образцах из всех рецидивов:3 костномозговых и 4 нейрорецидива. ХМА показал,что ПГ в локусах STR является результатом ОРД, захватывающей плечо или всю хромосому, в 20 случаях, и результатом делеции в 10 случаях ПГ. Для двух пациентов с рецидивом ОМЛ и мутацией FLT3-ITD (13q12.11) ОРД длинного плеча

13 хромосомы обеспечивала гомозиготность этой мутации. Для одной пациентки с Т-ОЛЛ ПГ в регионе 1p36.3–1p35.3 привела к появлению гомозиготного генотипа резус-фактора RH*CwCwDee в рецидиве.

Выводы . Частота ПГ в локусах STR значительно выше в группе пациентов с рецидивами. ОРД объясняет появление гомозиготных генотипов в дебюте и рецидиве заболевания. ХМА позволяет выявить гены-кандидаты в области ОРД или регионе изменения копийности (де-леции, дупликации), вовлеченные в онкогенез у определенного пациента,что может помочь в выборе эффективной таргетной терапии.