Использование iPBS маркеров для анализа полиморфизма генотипов озимого ячменя

Цель исследования – оценить эффективность использования iPBSмолекулярных маркеров для анализа генотипов озимого ячменя российских сортов современной селекции. Для генотипирования были подобраны 15 сортов озимого ячменя различных оригинаторов. Оценка их генетического разнообразия проводилась с использованием 10 iPBSмаркеров. Для подготовки образцов к выделению ДНК семена озимого ячменя предварительно проращивали в чашках Петри на увлажненной фильтровальной бумаге с использованием термостата, исключив доступ света. Выделение ДНК проводили СТАВметодом, после чего выделенную ДНК разводили ТЕбуфером и проверяли концентрацию при помощи флуориметра Qubit. С целью обеспечения высокого выхода амплифицированного продукта использовали следующие условия полимеразной цепной реакции: 5 мин при 94 °С, далее 40 циклов, 30 с при 94 °С, 30 с при 55 °С, 1 мин при 72 °С, 3 мин при 72 °С. Электрофоретическое разделение продуктов ПЦР проводили в течение 1 ч, используя 2 % ТАЕ – агарозный гель. Для визуализации результатов разделения использовали гельдокументирующую систему GelDoc. В результате постановки ПЦР и последующей детекции ее продуктов в диапазоне от 100 до 10000 п.н. четко проявилось 1223 аллеля. Статистическая обработка полученных данных позволила определить степень полиморфности генотипов ячменя на основании PCoA и кластерного анализа, которые в свою очередь показали сходные результаты, разделив образцы на четыре популяции. Полученные результаты дают возможность применять маркерные системы класса iPBS для определения степени полиморфизма генотипов озимого ячменя.