Исследование качества ДНК для полимеразной цепной реакции, экстрагированной разными способами из подсолнечника
Автор: Гучетль С.З., Золотавина М.Л., Григорьян А.А., Головатская А.В.
Рубрика: Селекция и семеноводство сельскохозяйственных растений
Статья в выпуске: 1 (185), 2021 года.
Бесплатный доступ
Изучение ДНК растений методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) занимает важное место в организации аграрной деятельности. Одним из этапов, предваряющим изучение ДНК, является его экстракция из растительного материала. В связи с этим целью данного изыскания было исследование качества ДНК, экстрагированной разными способами из семян, проростков и зеленых листьев подсолнечника. В качестве материала исследования выступала инбредная линия подсолнечника. Для анализа брали зародыши, сухие и замоченные на 24 ч семянки, корешки, 7-дневные проростки, зеленые листья. ДНК экстрагировали с использованием пяти способов: 1 - стандартный способ выделения (1%-ный CTAB), 2 - модифицированный способ (2 %-ный CTAB), 3-4 - выделение наборами (Diamond DNA Plant Kit D, Россия; Lumiprobe, Германия), 5 - выделение из зеленых листьев (2%-ный CTAB с добавлением активированного угля). Амплификацию выполняли в термоциклере S1000тм (BioRad, США). Спектрофотометрия проводилась на сканирующем спектрофотометре LEKI SS2110UV (Россия). После анализа всех предложенных способов был сделан вывод, что использованные способы позволяют экстрагировать ДНК из сухих семян, проростков и зеленых листьев подсолнечника с достаточной надежностью и воспроизводимостью, что подтверждается и результатами ПЦР. Не удалось выделить ДНК из корешков и семянок, замоченных на 24 часа, модифицированным способом (2%-ный CTAB). Наиболее экономически выгодным является способ 1 (1%-ный CTAB). По результатам спектрофотометрии показано, что наибольшую степень очистки ДНК позволяют получить способ 3 -выделение набором Diamond DNA Plant Kit D из проростков и способ 5 - выделение с применением 2%-го СТАВ с активированным углем из зеленых листьев. Способ 3 является еще и более предпочтительным по затрачиваемому на экстракцию ДНК времени.
Подсолнечник, днк, экстракция, способ, полимеразная цепная реакция, спектрофотометрия
Короткий адрес: https://sciup.org/142229246
IDR: 142229246 | DOI: 10.25230/2412-608X-2021-1-185-32-42
Список литературы Исследование качества ДНК для полимеразной цепной реакции, экстрагированной разными способами из подсолнечника
- Rogers S.O. Bendich A.J. Extraction of DNA from milligram amounts of fresh, herbarium and mummified plant tissues // Plant Mol. Biol. - 1985. - V. 5. - P. 69-76.
- Doyle J.J., Doyle J.L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue // Phytochem. Bull. - 1987. - V. 19. - P. 11-15.
- Saghai-Maroof M.A., Soliman K.M., Jorgensen R.A., Allard R.W. Ribosomal DNA spacer-length polymorphisms in barley: Mende-lian inheritance, chromosomal location, and population dynamics // PNAS. - 1984. - 81. - P. 8014-8018.
- Водчиц Н.В., Зайцева И.О., Кирикович И.Г. [и др.]. Сравнительный анализ методов экстракции общей геномной ДНК голубики высокорослой // Вестник Полесского государственного университета. Серия природоведческих наук. - 2014. - № 2. - С. 25-30.
- Балановский О.П., Кагазежева Ж.А., Олькова М.В. Методы измерения концентрации ДНК: совпадение относительных величин и различия абсолютных // Вестник РГМУ. -2019. - № 3. - С. 27-33. DOI: 10.24075/vrgmu.2019.043.
- Аукенов Н.Е., Масабаева М.Р., Хасасно-ва У.У. Выделение и очистка нуклеиновых кислот. Состояние проблемы на современном этапе // Наука и здравоохранение. - 2014. - № 1.- С. 51-53.
- Dimitrijevic A., Pejovic I., Imerovski I., Dedic B., Pajevic S., Miladinovic D. DNA isolation from dry samples of broomrape - the effect of isolation method and sample storage on DNA yield and quality // Romanian agricultural research. - 2013. - No. 30. - Р. 349-357.
- Петров Д.Г., Макарова Е.Д., Гермаш Н.Н., Антифеев И.Е. Методы выделения и очистки ДНК из лизатов клеток (обзор) // Научное приборостроение. - 2019. - Т. 29. - № 4.- С. 28-50.
- Bulavin I.V., Brailko V.A., Grebennikova O.A., Mitrofanova I.V., Zhdanova I.V., Khokhlov Yu.S. The quality of the DNA isolated from Lavandula angustifolia leaves // Acta Horticulturae. - 2020. - Vol. 1298. - Р. 563-568. DOI: 10.17660/ActaHortic.2020.1298.77.
- Antonova T.S., Guchetl S.Z., Tchelust-nikova T.A., Ramasanova S.A. Development of marker system for identification and certification of sunflower lines and hybrids on the basis of SSR-analysis // Helia. - 2006. - Vol. 29. -No 45. - Р. 63-72.
- Определение сортовой принадлежности семян сои на основе микросателлитного анализа: методические рекомендации / Волков В.А., Вайман А.В., Потокина Е.К. Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова. - СПб, 2017. - 19 с.
- Vroh Bi I., Harvengt L., Chandelier A., Mergeai P. Improved RAPD amplification of recalcitrant plant DNA by the use of activated charcoal during DNA extraction // Plant breeding. - 1996. - V. 115. - I. 3. - P. 205-206.
- Бондарева Е.В., Стеценко Н.В. Статистическая обработка малых выборок в адаптивной физической культуре с использованием критерия Манна-Уитни // Математическая физика и компьютерное моделирование. - 2017. - Т. 20. - № 4. - С. 39-42.
- Ollier M., Talle V., Brisset A.L. [et al.]. QTL mapping and successful introgression of the spring wheat-derived QTL Fhbl for Fusarium head blight resistance in three European triticale populations // Theor. Appl. Genet. -2020. - V. 133. - P. 457-477. DOI: org/10.1007/s00122-019-03476-0
- Haberer, G., Kamal, N., Bauer, E. [et al.]. European maize genomes highlight intra-species variation in repeat and gene content // Nature Genetics. - 2020. - V. 52. - P. 950957. DOI: org/10.1038/s41588-020-0671-9
- Звягин А.С. Выделение ДНК из гербар-ных листьев Vitis vinifera L. // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. - 2010. - № 58. - С. 436-447.
