Исследование митогенетических сигнальных путей в клетке у онкологических больных с помощью программного комплекса Oncofinder
Автор: Корзинкин М.Б., Смирнов Ф.Ю., Венкова Л.С., Крупнов А.В., Кузьмина Н.Б., Жестков Б.Г., Иванова Е.Н., Буздин А.А., Борисов Н.М.
Журнал: Саратовский научно-медицинский журнал @ssmj
Рубрика: Генетика
Статья в выпуске: 4 т.9, 2013 года.
Бесплатный доступ
Хотя основные участники множества митогенетических, про- и антиапоптотических и др. сигнальных путей в клетке подробно исследовались в последние десятилетия, конкретные патологические изменения в этих сигнальных путях у индивидуальных раковых больных до настоящего времени исследованы не были. В данной статье мы предлагаем новый метод исследования влияния онкологического заболевания на интенсивность про- и антимитотических сигналов. В рамках этого подхода биоптат злокачественной опухоли индивидуального больного сначала исследуют с помощью микрочипового анализа мРНК, определяя относительные (по сравнению с нормой для аналогичной ткани / органа в аналогичной популяции) уровни экспрессии нескольких тысяч генов. Затем вычисляют и анализируют уровни патологических изменений в десятках митогенетических сигнальных путей.
Биоинформатика, клеточные сигнальные пути, мрнк, онкология
Короткий адрес: https://sciup.org/14917838
IDR: 14917838
Список литературы Исследование митогенетических сигнальных путей в клетке у онкологических больных с помощью программного комплекса Oncofinder
- Таргетная терапия рака молочной железы (новые направления)/В.Ф. Семиглазов, ГА. Дашян, В. В. Семиглазов [и др.]//Фарматека. 2011. №7. С. 14-20
- Жуков Н.В., Тюляндин С. А. Целевая терапия в лечении солидных опухолей: практика противоречит теории//Биохимия. 2008. Т. 73. № 5. С. 751-768
- Giezen T.J., Mantel-Teeuwisse А. К., Strauss S., Schellekens Н. Safety-related regulatory actions for biologicals approved in the United States and the European Union//JAMA. 2008. Vol. 300. P. 1887-1896
- Bustin S. A. Absolute quantification of mRNA using realtime reverse transcription polymerase chain reaction assays//Journal of Molecular Endocrinology. 2000. Vol. 25. P. 169-193
- Studencki А. В., Conner B.J., Impraim C.C., Teplitz R.L., Wallace R. B. Discrimination among the human beta A, beta S, and beta C-globin genes using allele-specific oligonucleotide hybridization probes//Am. J. Hum. Genet. 1985. Vol. 37. P. 42-51
- Suppression subtractive hybridization: a method for generating differentially regulated or tissue-specific cDNA probes and libraries/L. Diatchenko, Y. Lau, A. Campbell [et al.]//Proc. Natl. Acad.Sci. USA. 1996. Vol. 93. P. 6025-6030
- Enzymatic production of RNAi libraries from cDNAs/D. Shirane, K. Sugao, S. Namiki [et al.]//Nature Genetics. 2004. Vol. 36. P. 190-196
- Black D. L. Mechanisms of alternative pre-messenger RNA splicing//Annual Reviews of Biochemistry. 2003. Vol. 72. P. 291-336
- Targeted capture and massively parallel sequencing of 12 human exomes/S. B. Ng, E. H. Turner, P. D. Robertson [et al.]//Nature. 2009. Vol. 461. P. 272-276
- Scaffolding protein GAB1 sustains epidermal growth factor-induced mitogenicand survival signaling by multiple positive feedback loops/A. Kiyatkin, E. Aksamitiene, N.I. Markevich [et al.]//J. Biol. Chem. 2006. Vol. 281. P. 19925-19938
- Systems-level interactions between insulin-EGF networks amplify mitogenic signaling/N. Borisov, E. Aksamitiene, A. Kiyatkin [et al.]//Mol. Syst. Biol. 2009. Vol. 5, article number 256
- Kuzmina N.B., Borisov N.M. Handling complex rule-based models of mitogenic cell signaling (On the example of ERK activation upon EGF stimulation)//Intl. Proc. Chem. Biol. Envir Engng. 2011. Vol. 5. P. 76-82
- SABiosciences, a Qiagen company. URL: http://www.sabiosciences.com/pathwaycentral.php (дата обращения: 20.11.2013)
- GEO Profiles, a National Center of Biotechnology Information database. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/(дата обращения: 20.11.2013)
- Cell line derived multi-gene predictor of pathologic response to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer: a validation study on US Oncology 02-103 clinical trial/K. Shen, Y Qi, N. Song [et al.]//ВМС Med. Genomics. 2012. Vol. 4, article number 51
- Seventeen-gene signature from enriched Her2/Neu mammary tumor-initiating cells predicts clinical outcome for human HER2+ERa-breast cancer/J. С Liu, V Voisin, G D. Bader [et al.]//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Vol. 109. P. 5832-5837
- Van der Kogel A., Joiner M. Basic Clinical Radiobiology Fourth edition. Oxford university press, 2009
- New specific molecular targets for radio-chemotherapy of rectal cancer/K. Snipstad, С G Fenton, J. Kjaeve [et al.]//Mol. Oncol. 2010. Vol. 4. P. 52-64.
