Исследование вакантных электронных состояний активаторов хемилюминесценции на примере молекул 2-кумаранона
Автор: Сафронов Алексей Михайлович, Таюпов Мансаф Масхутович, Маркова Ангелина Вячеславовна, Рахмеев Рустам Габдулшагитович
Журнал: Математическая физика и компьютерное моделирование @mpcm-jvolsu
Рубрика: Физика и астрономия
Статья в выпуске: 4 т.24, 2021 года.
Бесплатный доступ
Методом масс-спектрометрии отрицательных ионов резонансного захвата медленных (0-15 eV) электронов исследованы молекулы 2-кумаранона. Данное вещество широко применяется в качестве платформы, на которой строятся хемилюминесцентные зонды. Анализ каналов распада молекулярных отрицательных ионов (ОИ) на стабильные фрагменты с использованием результатов квантово-химических расчетов в приближении теории функционала плотности, позволил определить наиболее вероятные структуры осколочных ионов ([M - H]-, [M - 2H]-, [M - СО]-).
Масс-спектрометрия отрицательных ионов, резонансный захват электрона, квантово-химические расчеты, хемилюминесценции, биофизика
Короткий адрес: https://sciup.org/149139557
IDR: 149139557 | DOI: 10.15688/mpcm.jvolsu.2021.4.5
Текст научной статьи Исследование вакантных электронных состояний активаторов хемилюминесценции на примере молекул 2-кумаранона
DOI:
просп. Октября, 151, 450075 г. Уфа, Российская Федерация
Каталитический цикл Р450, схема которого была впервые предложена в конце 1960-х годов, а в настоящее время принята в несколько модифицированном варианте [13; 17], осуществляет в основном три типа реакций (гидроксилирование, эпоксидирование и окисление), протекающих путем последовательного двухэлектронного восстановления с участием молекулярного кислорода и протонов [14; 24]. Однако, структура активированного вторым электроном кислородного комплекса, точный механизм расщепления кислорода, и даже механизм переноса электрона между компонентами системы Р450, до сих пор далеки от понимания [25]. Действительно, интермедиаты, образованные после вхождения второго электрона в цикл Р450, являются чрезвычайно активными, так что экспериментальное наблюдение этих процессов сопряжено со значительными трудностями [14; 29; 30]. В связи с этим, разумно предположить, что второй электрон может провзаимодействовать в активном центре не с молекулой O 2 , а с молекулой субстрата (слабо связанной водородными связями [30]), особенно, если сродство к электрону последней будет выше, чем у молекулярного кислорода, что должно привести к конкуренции за захват второго электрона. В таком случае, активные радикалы могут быть образованы благодаря «метаболической активации» [18; 27] субстрата вторым электроном по механизму диссоциативного захвата электронов (ДЗЭ). Вероятно, что в приложении к клеточной среде, было бы корректнее говорить о механизме диссоциативного переноса электронов (ДПЭ) [2; 10; 22], являющегося аналогом ДЗЭ в растворе, который, однако, трудно исследовать столь же подробно, как диссоциативный захват в вакууме.
Одним из самых популярных и точных методов анализа органических радикалов является метод электронного парамагнитного резонанса или ЭПР. Он позволяет не только обнаруживать, но и идентифицировать многие радикалы путем анализа сверхтонкой структуры сигналов ЭПР. Однако в биологических системах он часто оказывается недостаточно чувствительным из за крайне низкой стационарной концентрации радикалов в клетках и тканях, поэтому этот метод все чаще и чаще вытесняется методом хемилюминесцентного анализа. Этот метод обладает тем преимуществом, что, во-первых, он обычно не связан с изменением хода процессов в растворах, клетках или даже целых тканях, где регистрируется свечение, а во-вторых, весьма чувствителен при обнаружении именно высокореакционных радикалов [26].
Химические активаторы хемилюминесценции, называемые также ХЛ-зондами, — это соединения, вступающие в реакции с активными формами кислорода или органическими свободными радикалами, в ходе которых образуются молекулы продуктов в возбужденном электронном состоянии. Наблюдаемое при этом свечение связано с переходом молекул в основное состояние, что приводит к высвечиванию фотонов [1]. С недавних пор, наиболее популярной платформой на основе которой синтезируются ХЛ-зонды, стали молекулы 2-кумаранона [3; 4; 7; 9; 23; 28]. Также существуют работы, где эти молекулы использовались в качестве силовых датчиков в механоиндуцированной хемилюминесценции [6].
Целью данной работы является исследование методом масс-спектрометрии отрицательных ионов резонансного захвата электронов молекулами 2-кумаранона, определение электронных свойств данного соединения для дальнейшего поиска корреляций с его хемилюминесцентными свойствами. Таким образом, задачи данной работы можно сформулировать следующим образом:
1) С помощью стандартного метода DFT B3LYP/6–31G(d) вычислить энергии вакантных МО нейтральной молекулы и применить масштабирующий коэффициент для определения энергий вертикального захвата электрона по механизму резонанса формы. Сделать выводы о применимости данного коэффициента для этого класса веществ.
2) Проанализировать спектры ДЗЭ 2-кумаранона. Определить наиболее вероятные структуры осколочных ионов. Сделать выводы о характере наблюдаемых на КЭВ резонансов.
2. Результаты и обсуждение
1. Методика эксперимента и расчетов
Измерения проводились на статическом масс-спектрометре МИ-1201, переоборудованном для регистрации ОИ в режиме резонансного захвата электронов (РЗЭ). Схема экспериментальной установки, ее подробное описание и методика эксперимента приведены в работах [5; 12]. Вкратце, сфокусированный пучок квазимонохроматических электронов пропускался через ячейку столкновений, заполненную газом исследуемого вещества при давлениях, отвечающих парным столкновениям. Токи образующихся отрицательных ионов регистрировались масс-спектрометрически (секторное магнитное поле) в зависимости от энергии налетающих электронов в диапазоне энергий 0–15 эВ. Полуширина распределения электронов по энергии составляла 0,4–0,5 эВ на полувысоте, ток электронов ~ 1рЛ, ускоряющее напряжение — 4 кВ. Калибровку шкалы энергии электронов проводили по максимумам кривых эффективного выхода (КЭВ — зависи- мость тока ОИ от энергии налетающих электронов) ионов SF-, образованных захватом тепловых электронов молекулами SF6. Исследованные образцы вещества были приобретены в компании Сигма-Алдрич, продукт с номером 124591 (2-кумаранон, степень чистоты 97 %). Вещество было исследовано без дополнительной очистки и испарялось в ячейку столкновений при температуре 50∘С. Молекулы исследуемых веществ достигали теплового равновесия путем многократных столкновений со стенками ячейки.
Теоретический анализ вакантных орбиталей молекулы проводили с использованием квантово-химических расчетов энергий орбиталей исследованных методами DFT с помощью гибридного функционала B3LYP [9] в базисе 6–31G(d), реализованными в программном пакете Gaussian 09 [31]. На основе изображений пространственного распределения орбиталей определяли их π*- и σ*-характер, так как σ*-орбиталь симметрична относительно линии связи, а π*–орбиталь симметрична относительно плоскости, проходящей через линию связи. Для уточнения рассчитанных значений энергий орбиталей (virtual orbital energies, VOE) использовали подход, предложенный в работе [20], состоящий в корректировке — масштабировании согласно результатам исследований вакантных состояний для малых сопряженных органических молекул [15; 20; 21]. Для дальнейшего анализа использовали отмасштабированные значения энергий орбиталей (scaled virtual orbital energies, SVOE). Для масштабирования π*–молекулярных орбиталей использовали выражение SVOE = (VOE + 1,14)/1,24, а для σ*–орбиталей — выражение SVOE = (VOE + 0,97)/0,79 [19–21]. Для оценок сродства молекул к электрону по разности полных энергий молекулы и аниона, а также оценки термодинамических порогов образования фрагментов при ДЗЭ, использовался базисный набор 6–31+G(d) с минимальным добавлением диффузных функций.
Токи масс-сепарированных ОИ, образованных при взаимодействии электронов с молекулами 2-кумаранона приведены в зависимости от энергии электронов на рисунке 2 (в порядке убывания интенсивности). Энергии максимумов, относительные интенсивности образования анионов, а также наиболее вероятные структуры отрицательно заряженных фрагментов указаны в таблице 1 (в порядке убывания массового числа). Результаты расчетов методом B3LYP/6-31+G(d) термодинамических порогов появления для наиболее интенсивных распадов, ассоциируемых с отрывом одного и двух атомов водорода (для различных положений в молекуле), так же представлены в таблице 1.
Как показывают КЭВ, самым интенсивным каналом распада является канал, связанный с образованием фрагмента [M – СО] - в двух пиках — 1,08 и 1,45 эВ. В следствии отрыва нейтрального СО, образуется стабильная конформация с раскрытым кольцом, имеющая достаточное сечение захвата электронов, чтобы наблюдаться в спектре. Ток отрицательных ионов [M – H] - , имеющий один более интенсивный пик при энергии 1,08, и один менее интенсивный при 4,64 эВ, является характерным для сходных соединений, имеющих в своем составе структурный элемент фталида [16] . Согласно квантово-химические расчетам, базис B3LYP/6–31+G(d) очень хорошо согласуется с данными, полученными из КЭВ. Так для [M – СО] - рассчитанный порог образования находится при энергии 0,29 эВ, а для [M – H] - при энергиях 1,04 эВ (описывает первый пик) и 3,23 (описывает второй пик).

Рис. 1. Структура молекул 2-кумаранона (C 8 H 6 O 2 )

Рис. 2. Спектр ДЗЭ для 2-кумаранона
Таблица 1
Структуры анионов, наблюдаемых в масс-спектре 2-кумаранона.
Энергии максимумов (эВ) и относительные интенсивности
Anion |
Neutral |
Relative intensity, % |
Peak energy, eV |
Total Energy, eV |
C 7 H 6 O 1 |
C 4 O 2 |
100 |
1,08 1,45 |
0,29 |
C 8 H 5 O 2 |
H 1 |
5,88 |
1,08 4,64 |
1,04 |
C 8 H 5 O 2 |
H 2 |
1,04 |
||
C 8 H 5 O 2 |
H 3 |
2,98 |
||
C 8 H 5 O 2 |
H 4 |
2,87 |
||
C 8 H 5 O 2 |
H 5 |
3,23 |
||
C 8 H 5 O 2 |
H 6 |
3,17 |
||
C 8 H 4 O 2 |
H 1 H 2 |
0,14 |
0,8 5,3 |
1,24 |
C 8 H 4 O 2 |
H 3 H 5 |
2,54 |
||
C 8 H 4 O 2 |
H 4 H 6 |
2,42 |
||
C 8 H 4 O 2 |
H 5 H 6 |
2,64 |
Примечание. Нумерация атомов указана на рисунке 1.
Таблица 2
Распределение вакантных орбиталей в молекуле 2-кумаранона
Орбиталь |
36 |
37 |
38 |
39 |
40 |
41 |
42 |
43 |
44 |
Тип |
n HOMO |
n LUMO |
π 3 |
σ 1 |
σ 2 |
σ 3 |
π 4 |
σ 4 |
σ 5 |
E |
-0,68 |
-0,30 |
0,33 |
2,27 |
2,75 |
3,68 |
3,79 |
4,03 |
4,55 |
scaled, |
0,37 |
0,68 |
1,19 |
4,10 |
4,71 |
5,88 |
3,97 |
6,32 |
6,98 |
Как показали расчеты, отдельный друг от друга, отрыв нейтральных атомов водорода, требует больших энергий, чем отрыв с образованием стабильного Н 2 . Причем, первому случаю на КЭВ соответствует пик с максимумом при 10 эВ, а второму пик при 5 эВ. Самым же вероятным сценарием является разрыв связей и образование нейтрального H 2 , водородами в положениях Н1 и Н2. Согласно расчетам, это происходит уже при энергии 1,24 эВ. Что же касается пика при энергии около 0,9 эВ, то его можно связать с примесными модами от одного из изомеров 2-кумаранона-2-бензофуранол. Как показало моделирование, процесс образования [M – 2H] - в данном соединении может происходить уже при —0 , 07 эВ. В связи с тем, что данный ион неустойчив при диссоциации. В следствии того что, исследуемое вещество было использовано при 97 %-ной степени очистки, а 2-бензофуранол является одним из побочных продуктов синтеза 2-кумаранона, такой вариант объяснения является наиболее вероятным и правдоподобным.
Energy (eV)

Рис. 3. Схематическое изображение и энергии первых пяти вакантных МО π -типа для 2-кумаранона по данным расчета методом B3LYP/6-31G(d) и масштабирования
Рассчитанное пространственное распределение орбиталей можно было визуализировать с помощью используемого программного пакета, что позволило установить их п*- или ст*-характер. Так, для диапазона эксперимента 0-15 эВ (см. табл. 2) было установлено, что при энергиях менее 0,33 эВ расположены преимущественно п*-орбитали, в диапазоне энергий от 0,33 до 4,02 эВ располагается переходная область, в которой присутствуют как п*-, так и а*-орбитали. После масштабирования же энергий этих орбиталей, данная смешанная область пропала, и выделилось два диапазона- с преимущественно п*-орбиталями от 0,37 до 3,97 эВ, и с а*-орбиталями выше этой энергии.
Как правило, резонансные состояния отрицательных ионов, определяющие положения максимумов спектра ДЗЭ при энергиях меньше 3–4 эВ, образуются по меха- низму резонанса формы [8; 11], то есть путем захвата электрона на одну из вакантных МО π–типа, поскольку такие состояния являются более долгоживущими, нежели σ–состояния, следовательно, дают более заметный вклад в измеряемые спектры ДЗЭ. Согласно расчетам, молекулы исследованных соединений имеют по четыре вакантных МО π–типа, причем первые четыре из них находятся в диапазоне энергий до 4 эВ. Схематическое представление этих МО, а также их расчетные энергии с учетом масштабирования представлены на рисунке 3. Предсказанные положения резонансов формы с захватом электронов на π2 * МО хорошо согласуются с экспериментальными пиками, наблюдаемыми около 0,8 эВ. Орбиталь π3* так же соответствует пикам при 1,08 эВ. Резонансы с захватом e- на орбитали π4*, скорее всего, являются смешанными с электронно-возбужденными состояниями ОИ и могут объяснить максимумы экспериментальных токов, наблюдаемых около 3,9—4,5 эВ и выше. Поэтому же, в целом можно говорить, о том что базис B3LYP/6-31G(d) и масштабирующие коэффициенты [20] могут хорошо описывать π*-состояния в области низких энергий. Что же касается масштабирующих коэффициентов [19] для σ*-состояний, то они не могут адекватно описывать данную область и работают только при энергиях выше, чем 7 эВ.
Заключение
В работе исследован резонансный захват медленных (0–15 эВ) электронов молекулами 2-кумаранона в газовой фазе. Образованные фрагментные отрицательные ионы были проанализированы масс-спектрометрически. Механизмы захвата электронов в области низких энергий электронов интерпретированы с помощью DFT-расчетов. Было показано, что вакантные электронные состояния π*–типа в данной области можно хорошо описать с помощью квантово-химических расчетов методом DFT B3LYP/6–31G(d) и ранее выведенного масштабирующего коэффициента [20; 21]. В ходе вычислений было доказано, что коэффициент применяемый для интерпретации σ*–состояний в методе спектроскопии полного тока при энергиях выше 5–7 эВ [19], при энергиях ниже данных значений, не позволяет адекватно описывать энергию и расположение данных вакантных орбиталей.
Список литературы Исследование вакантных электронных состояний активаторов хемилюминесценции на примере молекул 2-кумаранона
- Владимиров, Ю. А. Свободные радикалы и клеточная хемилюминесценция / Ю. А. Владимиров, Е. В. Проскурнина // Успехи биологической химии. — 2009. — Т. 49. — С. 341-388. — 001: https://doi.org/10.1134/S0006297909130082.
- Владимиров, Ю. А. Хемилюминесценция клеток животных / Ю. А. Владимиров, М. П. Шерстнев // Итоги науки и техники. Биофизика. — 1989. — Т. 24. — С. 3-172.
- Образование и распад отрицательных ионов производных фтали-да / Н. Л. Асфандиаров, С. А. Пшеничнюк, Р. Г. Рахмеев, А. Н. Лачинов, B. А. Крайкин // Журнал технической физики. — 2018. — Т. 88, вып. 7. — C. 1085-1090. — 001: http://dx.doi.org/10.21883/JTP.2018.07.46183.2487.
- Определение сродства к электрону на основе экспериментально измеренных времен жизни отрицательных молекулярных ионов производных кумарина / М. М. Таюпов, Р. Г. Рахмеев, Н. Л. Асфандиаров, С. А. Пшеничнюк // Математическая физика и компьютерное моделирование. — 2020. — Т. 23, № 3. — C. 45-59. — DOI: https://doi.Org/10.15688/mpcm.jvolsu.2020.3.5.
- Резонансный захват электронов органическими электроактивными молекулами / С. А. Пшеничнюк, А. В. Кухто, И. Н. Кухто, Н. Л. Асфандиаров // Хим. физика. — 2010. — Т. 29, № 11. — C. 82-96.
- Хвостенко, В. И. Масс-спектрометрия отрицательных ионов в органической химии / В. И. Хвостенко. — М. : Наука, 1981. — 159 с.
- Antonello, S. Intramolecular dissociative electron transfer / S. Antonello, F. Maran // Chemical Society Reviews. — 2005. — Vol. 34, № 5. — P. 418-428.
- Burrow, P. D. On the treatment of LUMO energies for their use as descriptors / P. D. Burrow, A. Modelli // SAR and QSAR in Env. Res. — 2013. — Vol. 24, iss. 8. — P. 647-659. — DOI: https://doi.org/10.1080/1062936X.2013.792873.
- Carbon tetrachloride toxicity as a model for studying free-radical mediated liver injury / T. F. Slater, K. H. Cheeseman, K. U. Ingold, C. Rice-Evans, H. Sies // Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences. — 1985. — Vol. 311, № 1152. — P. 633-645.
- Density of the unoccupied electronic states of the ultrathin films of the aziridinylphenylpyrrol substituted fullerene / A. S. Komolov, E. F. Lazneva, N. B. Gerasimova, Yu. A. Panina, G. D. Zashikhin, A. V. Baramygin, P. Si, S. N. Akhremtchik, A. A. Gavrikov // J. Electron Spectr. Rel. Phen. — 2015. — Vol. 205. — P. 52-56. — DOI: https://doi.org/10.1016/j-.elspec.2015.08.002.
- Electron affinity evaluation for nitrobenzene derivatives using negative ion lifetime data / N. L. Asfandiarov, S. A. Pshenichnyuk, A. S. Vorob'ev, E. P. Nafikova, A. Modelli // Rapid Commun. Mass Spectrom. — 2015. — Vol. 29, iss. 9. — P. 910-912. — DOI: https://doi.org/10.1002/rcm.7162.
- Evidence supporting a 1,2-dioxetanone as an intermediate in the benzofuran-2(3H)-one chemiluminescence / L. F. M. L. Ciscato, F. H. Bartoloni, A. S. Colavite, D. Weiss, R. Beckert, S. Schramm // Photochem. Photobiol. Sci. — 2014. — Vol. 13, iss. 1. — P. 32-37. — DOI: 10.1039/c3pp50345c.
- Gaussian 09 (Revision A.02) / M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani. — Gaussian, Inc., Wallingford CT. — Electronic text data. — Mode of access: https://www.researchgate.net/publication/260433987_Gaussian_09_Revision_A02. — Title from screen.
- Groves, J. T. The bioinorganic chemistry of iron in oxygenases and supramolecular assemblies / J. T. Groves // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2003. — Vol. 100, iss. 7. — P. 3569-3574. — DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.0830019100.
- Gunsalus, I. C. Oxygenase-catalyzed biological hydroxylations / I. C. Gunsalus, T. C. Pederson, S. G. Sligar // Annual Review of Biochemistry. — 1975. — Vol. 44, № 1. — P. 377-407.
- Illenberger, E. Gaseous Molecular Ions. An Introduction to Elementary Processes Induced by Ionization / E. Illenberger, J. Momigny. — New York : Steinkopff Verlag Darmstadt, Springer Verlag, 1992. — 344 p.
- Investigations on the synthesis and chemiluminescence of novel 2-coumaranones / S. Schramm, D. Weiss, I. Navizet, D. Roca-Sanjuan, R. Beckert, H. Gorls // ARKIVOC. — 2013. — Vol. 3. — P. 174-188. — DOI: https://doi.org/10.3998/ark.5550190.0014.314.
- Investigations on the synthesis and chemiluminescence of novel 2-coumaranones — II / S. Schramm, L. F. M. L. Ciscato, P. Oesau, R. Krieg, J. F. Richter, I. Navizet, D. Roca-Sanjuan, D. Weiss, R. Beckert // ARKIVOC. — 2015. — Iss. 5. — P. 44-59.
- Maran, F. Dissociative electron transfer / F. Maran, M. S. Workentin // Interface-Electrochemical Society. - 2002. - Vol. 11, № 4. - P. 44-50.
- Meunier, B. Mechanism of oxidation reactions catalyzed by cytochrome P450 enzymes / B. Meunier, S. P. De Visser, S. Shaik // Chemical Reviews. - 2004. - Vol. 104, № 9. -P. 3947-3980.
- Miners, J. O. Cytochrome P4502C9: an enzyme of major importance in human drug metabolism / J. O. Miners, D. J. Birkett // British Journal of Clinical Pharmacology. -1998. - Vol. 45, № 6. - P. 525-538.
- Ortiz de Montellano, P. R. Hydrocarbon hydroxylation by cytochrome P450 enzymes / P. R. Ortiz de Montellano // Chemical Reviews. - 2009. - Vol. 110, № 2. - P. 932-948.
- Probing Force with Mechanobase-Induced Chemiluminescence / J. M. Clough, A. Balan, T. L. J. van Daal, R. P. Sijbesma // Angew. Chem., Int. Ed. - 2016. - Vol. 55, iss. 4. - Article ID: 1445-9. - DOI: 10.1002/anie.201508840.
- Rittle, J. Cytochrome P450 compound I: capture, characterization, and CH bond activation kinetics / J. Rittle, M. T. Green // Science. - 2010. - Vol. 330, № 6006. -P. 933-937.
- Saveant, J. M. Electron transfer, bond breaking, and bond formation / J. M. Saveant // Accounts of Chemical Research. - 1993. - Vol. 26, № 9. - P. 455-461.
- Scheer, A. M. n* Orbital System of Alternating Phenyl and Ethynyl Groups: Measurements and Calculations / A. M. Scheer, P. D. Burrow // J. Phys. Chem. B. - 2006. -Vol. 110, iss. 36. - P. 17751-17756. - DOI: 10.1021/jp0628784.
- Schramm, S. Synthesis and chemiluminescence of N-(5-halogen-2-oxo-2, 3-dihydrobenzofuran-3-yl)benzamides / S. Schramm, D. Weiss, R. Beckert // Luminescence. -2012. - Vol. 27. - P. 159-160.
- Schramm, S. Advances in the investigation and synthesis of novel chemiluminescent Benzofuran-2 (3H)-ones / S. Schramm, D. Weiss, R. Beckert // Luminescence. - 2014. -Vol. 29. - P. 45-46.
- Slater, T. F. Free-radical mechanisms in tissue injury / T. F. Slater // Biochemical Journal. - 1984. - Vol. 222, № 1. - P. 1-15.
- Structure and chemistry of cytochrome P450 / I. G. Denisov, T. M. Makris, S. G. Sligar, I. Schlichting // Chemical Reviews. - 2005. - Vol. 105, № 6. - P. 2253-2278.
- The Light Emitter of the 2-Coumaranone Chemiluminescence: Theoretical and Experimental Elucidation of a Possible Model for Bioluminescent Systems / S. Schramm, I. Navizet, P. Naumov, N. K. Nath, R. BerraudPache, P. Oesau, D. Weiss, R. Beckert // Eur. J. Org. Chem. - 2016. - Vol. 16, iss. 4. - P. 678-681. - DOI: 10.1002/ejoc.201501515.