ISSR-PCR маркеры и мобильные генетические элементы в геноме домашней лошади Equus caballus

Закономерности и причины различий в полиморфизме отдельных микросателлитов, как и видоспецифичность такой изменчивости до сих пор остаются недостаточно исследованными. Тест-системы, разработанные Международной ассоциацией по генетике животных (International Society of Animal Genetics) для генетической паспортизации сельскохозяйственных животных, оценки межпородных взаимосвязей, консолидированности пород, включают небольшое число маркеров. Поэтому для животных сельскохозяйственных видов более простым и эффективным методом полилокусного генотипирования служит использование фрагментов микросателлитных локусов в качестве ПЦР-праймеров. Нами предложен метод выявления в секвенированных последовательностях позиционирования инвертированных повторов участков микросателлитов. Были исследованы алтайская порода ( n = 96), рысистые породы ( n = 48), карачаевская порода ( n = 34) домашней лошади Equus caballus. Проанализированы нуклеотидные последовательности для фрагментов (ожидаемая длина/фактиче-ская длина) разной локализации: 1250-1350/1326 п.н. (17-я хромосома), 1250-1350/1302 п.н. (2-я хромосома), 1250-350/1296 п.н. (Х-хромосома), 1250-1350/1287 п.н. (20-я хромосома), 980/986 п.н. (23-я хромосома), 800-900/900 п.н. (24-я хромосома), 800-900/876 п.н. (Х-хро-мосома), 800-900/871 п.н. (18-я хромосома), 800-900/857 п.н. (3-я хромосома), 800-900/832 п.н. (6-я хромосома), 800-900/823 п.н. (19-я хромосома), 740/739 п.н. (16-я хромосома), 580/585 п.н. (1-я хромосома), 550/637 п.н. (Х-хромосома), 550/572 п.н. (10-я хромосома), 500/494 п.н. (1-я хромосома), 490/489 п.н. (28-я хромосома), 380/378 п.н. (11-я хромосома), 380/377 п.н. (21-я хромосома), 360 (370)/364 п.н. (5-я хромосома), 310/309 п.н. (5-я хромосома). Рассчитан индекс PIC (polymorphic information content). Выявленные в геноме домашней лошади фрагменты ДНК (99 участков), фланкированные инвертированным повтором (GA) 9C, содержали участки гомологии к мобильным генетическим элементам. При их сопоставлении с продуктами амплификации, полученными в полимеразной цепной реакции у представителей ряда пород лошадей с использованием в качестве праймера последовательности (GA) 9C, выделены близкие по размеру консервативные и полиморфные фрагменты ДНК. Оказалось, что фрагменты ДНК, полиморфные у разных животных, в большинстве случаев несут последовательности, гомологичные фрагментам ретротранспозонов (в частности, ERV III), тогда как консервативные гомологичны участкам ДНК транспозонов. В исследованных фрагментах геномной ДНК лошади, фланкированных инвертированным повтором (GA) 9C, наблюдается увеличенная плотность нуклеотидных последовательностей, потенциально предрасположенных к формированию G 4 квадруплексов, что, по-видимому, может быть ассоциировано с повышенной активностью рекомбинаций в этих участках. Полученные данные позволяют предполагать связь между полиморфизмом фрагментов ДНК, фланкированных инвертированными повторами микросателлитов, и мобильностью ретротранспозонов.