Изучение генетической архитектуры конверсии корма у хряков (Sus scrofa) породы Дюрок на основе полногеномного анализа SNP

Изучение генетической архитектуры конверсии корма у хряков (Sus scrofa) породы Дюрок на основе полногеномного анализа SNP

Автор: Белоус А.А., Сермягин А.А., Костюнина О.В., Brem G., Зиновьева Н.А.

Журнал: Сельскохозяйственная биология @agrobiology

Рубрика: Функциональная структура генома

Статья в выпуске: 4 т.54, 2019 года.

Бесплатный доступ

Конверсия корма (feed conversion ratio - FCR, кг/кг), которую рассчитывают как отношение количества потребленного корма к приросту живой массы, - важнейший показатель, определяющий экономическую эффективность производства свинины. Разработка автоматизированных кормовых станций сделала возможным проведение точного индивидуального учета потребления корма при групповом содержании свиней, что стало основой для интеграции показателя FCR в программы селекционно-племенной работы. Развитие методов высокопроизводительного генотипирования по десяткам тысяч однонуклеотидных полиморфизмов (single nucleotide polymorphism, SNP) сделало возможным выявление генетических факторов, ассоциированных с хозяйственно полезными признаками животных, на уровне геномов. Проведенное ранее изучение различных популяций показало наличие в геноме свиней множественных QTLs для признака FCR, при этом участки генома, идентифицированные в разных исследованиях, лишь частично перекрывались. В настоящем сообщении мы представляем результаты полногеномного анализа в одной из российских популяций хряков породы дюрок, который показал наличие 30 SNPs, достоверно ассоциированных с показателем конверсии корма, а также позиционных и функциональных генов-кандидатов, продукты которых участвуют в регуляции пролиферации и дифференцировки различных типов клеток, в гематопоэзе и метаболизме липидов...

Еще

Полногеномное ассоциативное исследование, конверсия корма, среднесуточный прирост, толщина шпика, хряки породы дюрок

Короткий адрес: https://sciup.org/142222187

IDR: 142222187   |   DOI: 10.15389/agrobiology.2019.4.705rus

Список литературы Изучение генетической архитектуры конверсии корма у хряков (Sus scrofa) породы Дюрок на основе полногеномного анализа SNP

  • Kanis E., De Greef K.H., Hiemstra A., van Arendonk J.A. Breeding for societally important traits in pigs. J. Anim. Sci., 2005, 83(4): 948-957 ( ). DOI: 10.2527/2005.834948x
  • Ito T., Fukawa K., Kamikawa M., Nikaidou S., Taniguchi M., Arakawa A., Tanaka G., Mikawa S., Furukawa T., Hirose K. Effects of correcting missing daily feed intake values on the genetic parameters and estimated breeding values for feeding traits in pigs. Animal Science Journal, 2018, 89: 12-20 ( ). DOI: 10.1111/asj.12891
  • Hoque M.A., Suzuki K. Genetic parameters for production traits and measures of residual feed intake in Duroc and Landrace pigs. Animal Science Journal, 2008, 79: 543-549 ( ). DOI: 10.1111/j.1740-0929.2008.00562.x
  • Hoque M.A., Suzuki K., Kadowaki H., Shibata T., Oikawa T. Genetic parameters for feed efficiency traits and their relationships with growth and carcass traits in Duroc pigs. Journal of Animal Breeding and Genetics, 2007, 124(3): 108-116 ( ). DOI: 10.1111/j.1439-0388.2007.00650.x
  • Maselyne J., Saeys W., Van Nuffel A. Quantifying animal feeding behaviour with a focus on pigs. Physiol. Behav., 2015, 138: 37-51 ( ). DOI: 10.1016/j.physbeh.2014.09.012
  • Schulze V., Roehe R., Looft H., Kalm E. Effects of continuous and periodic feeding by electronic feeders on accuracy of measuring feed intake information and their genetic association with growth performances. Journal of Animal Breeding and Genetics, 2001, 118: 403-416 ( ).
  • DOI: 10.1046/j.1439-0388.2001.00158.x
  • Lorenzo Bermejo J., Roehe R., Schulze V., Looft H., Kalm E. Genetic change of feed intake curves in growing pigs using non-linear two-stage genetic analysis and linear random regression models. Journal of Animal Breeding and Genetics, 2003, 120: 217-227 ( ).
  • DOI: 10.1046/j.1439-0388.2003.00396.x
  • Do D.N., Strathe A.B., Jensen J., Mark T., Kadarmideen H.N. Genetic parameters for different measures of feed efficiency and related traits in boars of three pig breeds. J. Anim. Sci., 2013, 91(9): 4069-4079 ( ).
  • DOI: 10.2527/jas.2012-6197
  • Brown-Brandl T., Rohrer G., Eigenberg R. Analysis of feeding behavior of group housed growing-finishing pigs. Computers and electronics in agriculture, 2013, 96(1): 246-252 ( ).
  • DOI: 10.1016/j.compag.2013.06.002
  • Белоус А.А., Сермягин А.А., Костюнина О.В., Требунских Е.А., Зиновьева Н.А. Генетические и паратипические факторы, характеризующие эффективность использования корма у свиней породы дюрок. Сельскохозяйственная биология, 2018, 53(4): 712-722 ( ).
  • DOI: 10.15389/agrobiology.2018.4.712rus
  • Chen Y., Piper E., Zhang Y., Tier B., Graser H.U., Luxford B.G., Moran C. A single nucleotide polymorphism in suppressor of cytokine signalling-2 is associated with growth and feed conversion efficiency in pigs. Animal Genetics, 2011, 42(2): 219-221 ( ).
  • DOI: 10.1111/j.1365-2052.2010.02107.x
  • Duthie C., Simm G., Doeschl-Wilson A., Kalm E., Knap P.W., Roehe R. Quantitative trait loci for chemical body composition traits in pigs and their positional associations with body tissues, growth and feed intake. Animal Genetics, 2008, 39(2): 130-140 ( ).
  • DOI: 10.1111/j.1365-2052.2007.01689.x
  • Oliveira Peixoto J., Facioni Guimaraes S.E., Savio Lopes P., Menck Soares M.A., Vieira Pires A., Gualberto Barbosa M.V., Almeida Torres R., Almeida e Silva M. Associations of leptin gene polymorphisms with production traits in pigs. Journal of Animal Breeding and Genetics, 2006, 123: 378-383 ( ).
  • DOI: 10.1111/j.1439-0388.2006.00611.x
  • Pig QTL Data Base. Интернет-ресурс: http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/index. Дата обращения 11.03.2019.
  • Houston R.D., Haley C.S., Archibald A.L., Rance K.A. A QTL affecting daily feed intake maps to Chromosome 2 in pigs. Mamm. Genome, 2005, 16: 464-470 ( ).
  • DOI: 10.1007/s00335-004-4026-0
  • Zhang Z.Y., Ren J., Ren D.R., Ma J.W., Guo Y.M., Huang L.S. Mapping quantitative trait loci for feed consumption and feeding behaviors in a White Duroc ½ Chinese Erhualian resource population. J. Anim. Sci., 2009, 87(11): 3458-3463 ( ).
  • DOI: 10.2527/jas.2008-1694
  • Gilbert H., Riquet J., Gruand J., Billon Y. Detecting QTL for feed intake traits and other performance traits in growing pigs in a Piétrain-Large White backcross. Animal, 2010, 4(8): 1308-1318 ( ).
  • DOI: 10.1017/S1751731110000339
  • Shirali M., Duthie C.-A., Doeschl-Wilson A., Knap P.W., Kanis E., van Arendonk J.A., Roehe R. Novel insight into the genomic architecture of feed and nitrogen efficiency measured by residual energy intake and nitrogen excretion in growing pigs. BMC Genetics, 2013, 14: Article number 121 ( ).
  • DOI: 10.1186/1471-2156-14-121
  • Sahana G., Kadlecová V., Hornshøj H., Nielsen B., Christensen O.F. A genome-wide association scan in pig identifies novel regions associated with feed efficiency trait. J. Anim. Sci., 2013, 91: 1041-1050 ( ).
  • DOI: 10.2527/jas.2012-5643
  • Wang K., Liu D., Hernandez-Sanchez J., Chen J., Liu C., Wu Z., Fang M., Li N. Genome wide association analysis reveals new production trait genes in a male Duroc population. PLoS ONE, 2015, 10: e0139207 ( ).
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0139207
  • Ding R., Yang M., Wang X., Quan J., Zhuang Z., Zhou S., Li S., Xu Z., Zheng E., Cai G., Liu D., Huang W., Yang J., Wu Z. Genetic architecture of feeding behavior and feed efficiency in a Duroc pig population. Front. Genet., 2018, 9: 220 ( ).
  • DOI: 10.3389/fgene.2018.00220
  • Guo Y.M., Zhang Z.Y., Ma J.W., Ai H.S., Ren J., Huang L.S. A genomewide association study of feed efficiency and feeding behaviors at two fattening stages in a White Duroc ½ Erhualian F population. J. Anim. Sci., 2015, 93(4): 1481-1489 ( ).
  • DOI: 10.2527/jas.2014-8655
  • Reyer H., Shirali M., Ponsuksili S., Murani E., Varley P.F., Jensen J., Wimmers K. Exploring the genetics of feed efficiency and feeding behaviour traits in a pig line highly selected for performance characteristics. Molecular Genetics and Genomics: MGG, 2017, 292(5): 1001-1011 ( ).
  • DOI: 10.1007/s00438-017-1325-1
  • Turner S.D. qqman: an R package for visualizing GWAS results using Q-Q and Manhattan plots. Journal of Open Source Software, 2018, 3(25): 731 ( ).
  • DOI: 10.21105/joss.00731
  • Kagura J., Adair L.S., Munthali R.J., Pettifor J.M., Norris S.A. association between early life growth and blood pressure trajectories in Black South African children. Hypertension, 2016, 68(5): 1123-1131 ( ).
  • DOI: 10.1161/HYPERTENSIONAHA.116.08046
  • Bhattarai S., Nielsen J.P. Association between hematological status at weaning and weight gain post-weaning in piglets. Livestock Science, 2015, 182: 64-68 ( ).
  • DOI: 10.1016/j.livsci.2015.10.017
  • Serem J.K., Wahome R.G., Gakuya D.W., Kiama S.G., Gitao G.C., Onyango D.W. Growth performance, feed conversion efficiency and blood characteristics of growing pigs fed on different levels of Moringa oleifera leaf meal. Journal of Veterinary Medicine and Animal Health, 2017, 9(11): 327-333 ( ).
  • DOI: 10.5897/JVMAH2017.0570
  • Clapperton M., Bishop S.C., Cameron N.D., Glass E.J. Associations of acute phase protein levels with growth performance and with selection for growth performance in Large White pigs. Animal Science, 2005, 81(2): 213-220 ( ).
  • DOI: 10.1079/ASC50180213
Еще
Статья научная
QR-код для установки приложения SciUp Наведите камеру и скачайте бесплатное приложение SciUp