Математическое моделирование ранних процессов морфогенеза эпителиальных тканей
Автор: Красняков И.В., Костарев К.В., Брацун Д.А.
Журнал: Российский журнал биомеханики @journal-biomech
Статья в выпуске: 1 (103) т.28, 2024 года.
Бесплатный доступ
Изучение процессов морфогенеза традиционными методами, такими как наблюдение и эксперимент, может быть очень сложным и трудоемким процессом. Используя методы математического моделирования, становится возможным анализировать большие объемы данных и выявлять закономерности, которые могут быть незаметны при использовании традиционных методов. В данной работе предлагается вершинная математическая модель морфогенеза плоской эпителиальной ткани. Элементарной единицей системы является клетка, которая может динамически изменять свою форму и размеры. Мы вводим новый потенциал, который учитывает не только эластичность периметра и площади клеток, но и эластичность их внутренних углов. Также мы вводим интегральное уравнение химического сигнала, что позволяет учитывать хемомеханическое взаимодействие клеток. Помимо перечисленного в модели учитываются важные процессы реального эпителия - пролиферация и интеркаляция клеток. По результатам моделирования построена диаграмма основных состояний системы в зависимости от управляющих параметров. Определена область параметров, при которых клеточная система принимает наиболее энергетически выгодные и стабильные конфигурации. Также исследованы два процесса, которые происходят на ранних стадиях морфогенеза - образование морулы и бластулы. В работе приведено подробное физико-математическое описание этих процессов. Полученные результаты можно использовать при разработке методов воздействия на процессы морфогенеза в медицинских приложениях.
Математическое моделирование, морфогенез эпителиальной ткани, структурообразование, вершинная модель, клеточные сетки
Короткий адрес: https://sciup.org/146282939
IDR: 146282939 | DOI: 10.15593/RZhBiomeh/2024.1.07
Список литературы Математическое моделирование ранних процессов морфогенеза эпителиальных тканей
- Aliee M., Roper J.-C., Landsberg K.P., Pentzold C., Widmann T.J., Julicher F., Dahmann C. Physical mechanisms shaping the Drosophila dorsoventral compartment boundary // Current Biology. - 2012. - Vol. 22. - P. 967-976. DOI: 10.1016/j.cub.2012.03.070
- Alt S., Ganguly P., Salbreux G. Vertex models: from cell mechanics to tissue morphogenesis // Philosophical Transactions of the Royal Society B. - 2017. - Vol. 372. DOI: 10.1098/rstb.2015.0520
- Bajpai S., Chelakkot R., Prabhakar R., Inamdar M. Role of Delta-Notch signalling molecules on cell-cell adhesion in determining heterogeneous chemical and cell morphological patterning // Soft Matter. - 2022. - Vol. 18. - P. 3505-3520. DOI: 10.1101/2022.02.25.481961
- Bessonov N., Volpert V. Deformable cell model of tissue growth // Computational. - 2017. - Vol. 5, - no. 45. DOI: 10.3390/computation5040045
- Bi D., Yang X., Marchetti C.M., Manning M.L. Motility-driven glass and jamming transitions in biological tissues // Physical Review X. - 2016. - Vol. 6. DOI: 10.1103/PhysRevX.6.021011
- Bielmeier C., Alt S., Weichselberger V., La Fortezza M., Harz H., Julicher F., Salbreux G., Classen A.-K. Interface contractility between differently fated cells drives cell elimination and cyst formation // Current Biology. - Vol. 26. - P. 563-574. DOI: 10.1016/j.cub.2015.12.063
- Bratsun D., Krasnyakov I. Modeling the cellular microenvironment near a tissue-liquid interface during cell growth in a porous scaffold // Interfacial Phenomena and Heat Transfer. - 2022. - Vol. 10. - P. 25-44. DOI: 10.1615/InterfacPhenomHeatTransfer.2022045694
- Bratsun D.A., Krasnyakov I.V. Study of architectural forms of invasive carcinoma based on the measurement of pattern complexity // Mathematical Modelling of Natural Phenomena. - 2022. - Vol. 17, - no. 15. DOI: 10.1051/mmnp/2022013
- Bratsun D.A., Krasnyakov I.V., Bratsun A.D. Biomechanical models of living tissue // Russian Journal of Biomechanics. -2023. - Vol. 27, no. 4. - P. 40-58. DOI: 10.155 93/RJBiomech/2023.4.04
- Bratsun D.A., Krasnyakov I.V., Pismen L.M. Biomechanical modeling of invasive breast carcinoma under a dynamic change in cell phenotype: collective migration of large groups of cells // Biomechanics and Modeling in Mechanobiology. -2020. - Vol. 19. - P. 723-743. DOI: 10.1007/s10237-019-01244-z
- Chan K.Y., Yan C.S., Roan H.Y., Hsu S.C., Tseng T.L., Hsiao C.D., Hsu C.P., Chen C.H. Skin cells undergo asynthetic fission to expand body surfaces in Zebrafish // Nature. - 2022. - Vol. 605. - P. 119-125. DOI: 10.1038/s415 86-022-04641 -0
- Chavey D. Tilings by regular polygons - II: a catalog of tilings // Computers & Mathematics with Applications. - 1989. -Vol. 17. - P. 147-165.
- Cockerell A., Wright L., Dattani A., Guo G., Smith A., Tsaneva-Atanasova K., Richards D.M. Biophysical models of early mammalian embryogenesis // Stem Cell Reports. -2023. - Vol. 18. - P. 26-46. DOI: 10.1016/j. stemcr.2022.11.021
- Davidson L.A. Mechanical design in embryos: mechanical signalling, robustness and developmental defects // Philosophical Transactions of the Royal Society B. - 2017. - Vol. 372. DOI: 10.1098/rstb.2015.0516
- Farhadifar R., Roper J.C., Aigouy B., Eaton S., Julicher F. The influence of cell mechanics, cell-cell interactions, and proliferation on epithelial packing // Current Biology. - 2007. - Vol. 17. - P. 2095-2104. DOI: 10.1016/j.cub.2007.11.049
- Finegan T.M., Na D., Cammarota C., Skeeters A.V., Nadasi T.J., Dawney N.S., Fletcher A.G., Oakes P.W., Bergstralh D.T. Tissue tension and not interphase cell shape determines cell division orientation in the Drosophila follicular epithelium // The EMBO Journal. - 2019. - Vol. 38. DOI: 10.15252/embj.2018100072
- Guillot C., Lecuit T. Mechanics of epithelial tissue homeostasis and morphogenesis // Science. - 2013. -Vol. 340. - P. 1185-1189. DOI: 10.1126/science.1235249
- Hannig J., Schafer H., Ackermann J., Hebel M., Schafer T., Doring C., Hartmann S., Hansmann M.-L., Koch I. Bioinformatics analysis of whole slide images reveals significant neighborhood preferences of tumor cells in Hodgkin lymphoma // PLoS Computational Biology. - 2020. - Vol. 16. DOI: 10.1371/journal.pcbi. 1007516
- Heisenberg C.-P., Bellaiche Y. Forces in tissue morphogenesis and patterning // Cell. - 2013. - Vol. 153. - P. 948-962. DOI: 10.1016/j.cell.2013.05.008
- Herold J., Behle E., Rosenbauer J., Ferruzzi J., Schug A. Development of a Scoring Function for Comparing Simulated and Experimental Tumor Spheroids // PLoS Computational Biology. - Vol. 19. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010471
- Kalluri R., Weinberg R.A. The basics of epithelialmesenchymal transition // Journal of Clinical Investigation. -2009. - Vol. 119. - P. 1420-1428. DOI: 10.1172/JCI39104
- Krakhmal N.V., Zavyalova M.V., Denisov E.V., Vtorushin S.V., Perelmuter V.M. Cancer invasion: patterns and mechanisms // Acta Naturae. - 2015. - Vol. 7, no. 2. -P. 17-28. DOI: 10.32607/20758251-2015-7-2-17-28
- Krasnyakov I., Bratsun D. Cell-based modeling of tissue developing in the scaffold pores of varying cross-sections // Biomimetics. - 2023. - Vol. 8. DOI: 10.3390/biomimetics8080562
- Krasnyakov I.V. Mathematical modeling of invasive carcinoma under conditions of anisotropy of chemical fields: budding and migration of cancer cells // Russian Journal of Biomechanics. - 2022. - Vol. 26, no. 3. - P. 38-48. DOI: 10.15593/RZhBiomeh/2022.3.03
- Krasnyakov I.V., Bratsun D.A. Mathematical modeling of the formation of small cell groups of invasive carcinoma // Russian Journal of Biomechanics. - 2021. - Vol. 25, no. 2. -P. 147-158. DOI: 10.15593/RZhBiomeh/2021.2.05
- Krasnyakov I.V., Bratsun D.A., Pismen L.M. Mathematical modeling of epithelial tissue growth // Russian Journal of Biomechanics. - 2020. - Vol. 24, no. 4. - P. 375-388. DOI: 10.15593/RJBiomech/2020.4.03
- LeBrasseur N. Cells have a bubbly look // Journal of Cell Biology. - 2004. - Vol. 167. - P. 190. DOI: 10.1083/jcb1672rr2
- Lecuit T., Lenne P.-F. Cell surface mechanics and the control of cell shape, tissue patterns and morphogenesis // Nature Reviews Molecular Cell Biology. - Vol. 8. - P. 633-644. DOI: 10.1038/nrm2222
- Legaria-Pena J.U., Sanchez-Morales F., Cortes-Poza Y. Evaluation of entropy and fractal dimension as biomarkers for tumor growth and treatment response using cellular automata // Journal of Theoretical Biology. - 2023. - Vol. 564. DOI: 10.1016/j.jtbi.2023.111462
- Liu T.L., Upadhyayula S., Milkie D.E., Singh V., Wang K., Swinburne I.A., Mosaliganti K.R., Collins Z.M., Hiscock T.W., Shea J. Observing the cell in its native state: Imaging subcellular dynamics in multicellular organisms // Science. -2018. - Vol. 360. - DOI: 10.1126/science.aaq1392
- Maitre J.-L., Berthoumieux H., Krens S.F.G., Salbreux G., Julicher F., Paluch E., Heisenberg C.-P. Adhesion functions in cell sorting by mechanically coupling the cortices of adhering cells // Science. - 2012. - Vol. 338. - P. 253-256. DOI: 10.1126/science.1225399
- Ray R.P., Matamoro-Vidal A., Ribeiro P.S., Tapon N., Houle D., Salazar-Ciudad I., Thompson B.J. Patterned anchorage to the apical extracellular matrix defines tissue shape in the developing appendages of Drosophila // Developmental Cell. - 2015. -Vol. 34. - P. 310-322. DOI: 10.1016/j.devcel.2015.06.019
- Salm M., Pismen L.M. Chemical and mechanical signaling in epithelial spreading // Physical Biology. - 2012. - Vol. 9. -P. 026009-026023. DOI: 10.1088/1478-3975/9/2/026009
- Sato K., Umetsu D. A novel cell vertex model formulation that distinguishes the strength of contraction forces and adhesion at cell boundaries // Frontiers in Physics. - 2021. -Vol. 9. DOI: 10.3389/fphy.2021.704878
- Scardaoni M.P. Energetic convenience of cell division in biological tissues // Physical Review E. - 2022. - Vol. 106. DOI: 10.1103/PhysRevE.106.054405
- Thiery J.P., Sleeman J.P. Complex networks orchestrate epithelial-mesenchymal transitions // Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2006. - Vol. 7. - P. 131-142. DOI: 10.1038/nrm1835,
- Vasiev B., Balter A., Chaplain M., Glazier J.A., Weijer C.J. Modeling Gastrulation in the Chick Embryo: Formation of the Primitive Streak // PLoS ONE. - 2010. - Vol. 5. -DOI: 10.1371/journal.pone.0010571